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Fixed EZFIO.cfg
This commit is contained in:
parent
202a5ac1a2
commit
53bca8fc92
@ -1,101 +1,38 @@
|
|||||||
|
(* =~=~ *)
|
||||||
|
(* Init *)
|
||||||
|
(* =~=~ *)
|
||||||
|
|
||||||
open Qptypes;;
|
open Qptypes;;
|
||||||
open Qputils;;
|
open Qputils;;
|
||||||
open Core;;
|
open Core;;
|
||||||
|
|
||||||
module Ao_basis : sig
|
module Ao_basis : sig
|
||||||
type t =
|
(* Generate type *)
|
||||||
{ ao_basis : AO_basis_name.t;
|
type t =
|
||||||
ao_num : AO_number.t ;
|
{
|
||||||
ao_prim_num : AO_prim_number.t array;
|
threshold_overlap_ao_eigenvalues : Threshold.t;
|
||||||
ao_prim_num_max : AO_prim_number.t;
|
} [@@deriving sexp]
|
||||||
ao_nucl : Nucl_number.t array;
|
;;
|
||||||
ao_power : Symmetry.Xyz.t array;
|
val read : unit -> t option
|
||||||
ao_coef : AO_coef.t array;
|
val write : t-> unit
|
||||||
ao_expo : AO_expo.t array;
|
|
||||||
ao_cartesian : bool;
|
|
||||||
} [@@deriving sexp]
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
val read : unit -> t option
|
|
||||||
val to_string : t -> string
|
val to_string : t -> string
|
||||||
val to_basis : t -> Basis.t
|
|
||||||
val write : t -> unit
|
|
||||||
val to_md5 : t -> MD5.t
|
|
||||||
val to_rst : t -> Rst_string.t
|
val to_rst : t -> Rst_string.t
|
||||||
|
val of_rst : Rst_string.t -> t option
|
||||||
end = struct
|
end = struct
|
||||||
type t =
|
(* Generate type *)
|
||||||
{ ao_basis : AO_basis_name.t;
|
type t =
|
||||||
ao_num : AO_number.t ;
|
{
|
||||||
ao_prim_num : AO_prim_number.t array;
|
threshold_overlap_ao_eigenvalues : Threshold.t;
|
||||||
ao_prim_num_max : AO_prim_number.t;
|
} [@@deriving sexp]
|
||||||
ao_nucl : Nucl_number.t array;
|
;;
|
||||||
ao_power : Symmetry.Xyz.t array;
|
|
||||||
ao_coef : AO_coef.t array;
|
|
||||||
ao_expo : AO_expo.t array;
|
|
||||||
ao_cartesian : bool;
|
|
||||||
} [@@deriving sexp]
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let get_default = Qpackage.get_ezfio_default "ao_basis";;
|
let get_default = Qpackage.get_ezfio_default "ao_basis";;
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_basis () =
|
(* =~=~=~=~=~=~==~=~=~=~=~=~ *)
|
||||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_basis ()
|
(* Generate Special Function *)
|
||||||
|> AO_basis_name.of_string
|
(* =~=~=~==~=~~=~=~=~=~=~=~=~ *)
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_num () =
|
|
||||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_num ()
|
|
||||||
|> AO_number.of_int
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_prim_num () =
|
|
||||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_prim_num ()
|
|
||||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
|
||||||
|> Array.map ~f:AO_prim_number.of_int
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_prim_num_max () =
|
|
||||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_prim_num ()
|
|
||||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
|
||||||
|> Array.fold ~f:(fun x y -> if x>y then x else y) ~init:0
|
|
||||||
|> AO_prim_number.of_int
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_nucl () =
|
|
||||||
let nmax = Nucl_number.get_max () in
|
|
||||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_nucl ()
|
|
||||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
|
||||||
|> Array.map ~f:(fun x-> Nucl_number.of_int ~max:nmax x)
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_power () =
|
|
||||||
let x = Ezfio.get_ao_basis_ao_power () in
|
|
||||||
let dim = x.Ezfio.dim.(0) in
|
|
||||||
let data = Ezfio.flattened_ezfio x in
|
|
||||||
let result = Array.init dim ~f:(fun x -> "") in
|
|
||||||
for i=1 to dim
|
|
||||||
do
|
|
||||||
if (data.(i-1) > 0) then
|
|
||||||
result.(i-1) <- result.(i-1)^"x"^(Int.to_string data.(i-1));
|
|
||||||
if (data.(dim+i-1) > 0) then
|
|
||||||
result.(i-1) <- result.(i-1)^"y"^(Int.to_string data.(dim+i-1));
|
|
||||||
if (data.(2*dim+i-1) > 0) then
|
|
||||||
result.(i-1) <- result.(i-1)^"z"^(Int.to_string data.(2*dim+i-1));
|
|
||||||
done;
|
|
||||||
Array.map ~f:Symmetry.Xyz.of_string result
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_coef () =
|
|
||||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_coef ()
|
|
||||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
|
||||||
|> Array.map ~f:AO_coef.of_float
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_ao_expo () =
|
|
||||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_expo ()
|
|
||||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
|
||||||
|> Array.map ~f:AO_expo.of_float
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
(* Read snippet for ao_cartesian *)
|
||||||
let read_ao_cartesian () =
|
let read_ao_cartesian () =
|
||||||
if not (Ezfio.has_ao_basis_ao_cartesian ()) then
|
if not (Ezfio.has_ao_basis_ao_cartesian ()) then
|
||||||
get_default "ao_cartesian"
|
get_default "ao_cartesian"
|
||||||
@ -104,191 +41,119 @@ end = struct
|
|||||||
;
|
;
|
||||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_cartesian ()
|
Ezfio.get_ao_basis_ao_cartesian ()
|
||||||
;;
|
;;
|
||||||
|
(* Write snippet for ao_cartesian *)
|
||||||
let to_long_basis b =
|
let write_ao_cartesian =
|
||||||
let ao_num = AO_number.to_int b.ao_num in
|
Ezfio.set_ao_basis_ao_cartesian
|
||||||
let gto_array = Array.init (AO_number.to_int b.ao_num)
|
|
||||||
~f:(fun i ->
|
|
||||||
let s = Symmetry.Xyz.to_symmetry b.ao_power.(i) in
|
|
||||||
let ao_prim_num = AO_prim_number.to_int b.ao_prim_num.(i) in
|
|
||||||
let prims = List.init ao_prim_num ~f:(fun j ->
|
|
||||||
let prim = { GaussianPrimitive.sym = s ;
|
|
||||||
GaussianPrimitive.expo = b.ao_expo.(ao_num*j+i)
|
|
||||||
}
|
|
||||||
in
|
|
||||||
let coef = b.ao_coef.(ao_num*j+i) in
|
|
||||||
(prim,coef)
|
|
||||||
) in
|
|
||||||
Gto.of_prim_coef_list prims
|
|
||||||
)
|
|
||||||
in
|
|
||||||
let rec do_work accu sym gto nucl =
|
|
||||||
match (sym, gto, nucl) with
|
|
||||||
| (s::srest, g::grest, n::nrest) ->
|
|
||||||
do_work ((s,g,n)::accu) srest grest nrest
|
|
||||||
| ([],[],[]) -> List.rev accu
|
|
||||||
| _ -> assert false
|
|
||||||
in
|
|
||||||
do_work []
|
|
||||||
(Array.to_list b.ao_power)
|
|
||||||
(Array.to_list gto_array)
|
|
||||||
(Array.to_list b.ao_nucl)
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
let to_basis b =
|
|
||||||
to_long_basis b
|
|
||||||
|> Long_basis.to_basis
|
|
||||||
;;
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
let to_md5 b =
|
(* Read snippet for ao_prim_num_max *)
|
||||||
let short_basis = to_basis b in
|
let read_ao_prim_num_max () =
|
||||||
Basis.to_md5 short_basis
|
if not (Ezfio.has_ao_basis_ao_prim_num_max ()) then
|
||||||
|
get_default "ao_prim_num_max"
|
||||||
|
|> Int.of_string
|
||||||
|
|> Ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num_max
|
||||||
|
;
|
||||||
|
Ezfio.get_ao_basis_ao_prim_num_max ()
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
(* Write snippet for ao_prim_num_max *)
|
||||||
|
let write_ao_prim_num_max =
|
||||||
|
Ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num_max
|
||||||
;;
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
(* Read snippet for integral_kinetic *)
|
||||||
|
let read_integral_kinetic () =
|
||||||
let write_md5 b =
|
if not (Ezfio.has_ao_basis_integral_kinetic ()) then
|
||||||
to_md5 b
|
get_default "integral_kinetic"
|
||||||
|> MD5.to_string
|
|> Float.of_string
|
||||||
|> Ezfio.set_ao_basis_ao_md5
|
|> Ezfio.set_ao_basis_integral_kinetic
|
||||||
|
;
|
||||||
|
Ezfio.get_ao_basis_integral_kinetic ()
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
(* Write snippet for integral_kinetic *)
|
||||||
|
let write_integral_kinetic =
|
||||||
|
Ezfio.set_ao_basis_integral_kinetic
|
||||||
;;
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
let write_ao_basis name =
|
(* Read snippet for integral_nuclear *)
|
||||||
AO_basis_name.to_string name
|
let read_integral_nuclear () =
|
||||||
|> Ezfio.set_ao_basis_ao_basis
|
if not (Ezfio.has_ao_basis_integral_nuclear ()) then
|
||||||
|
get_default "integral_nuclear"
|
||||||
|
|> Float.of_string
|
||||||
|
|> Ezfio.set_ao_basis_integral_nuclear
|
||||||
|
;
|
||||||
|
Ezfio.get_ao_basis_integral_nuclear ()
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
(* Write snippet for integral_nuclear *)
|
||||||
|
let write_integral_nuclear =
|
||||||
|
Ezfio.set_ao_basis_integral_nuclear
|
||||||
;;
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
let write b =
|
(* Read snippet for integral_overlap *)
|
||||||
let { ao_basis ;
|
let read_integral_overlap () =
|
||||||
ao_num ;
|
if not (Ezfio.has_ao_basis_integral_overlap ()) then
|
||||||
ao_prim_num ;
|
get_default "integral_overlap"
|
||||||
ao_prim_num_max ;
|
|> Float.of_string
|
||||||
ao_nucl ;
|
|> Ezfio.set_ao_basis_integral_overlap
|
||||||
ao_power ;
|
;
|
||||||
ao_coef ;
|
Ezfio.get_ao_basis_integral_overlap ()
|
||||||
ao_expo ;
|
;;
|
||||||
ao_cartesian ;
|
(* Write snippet for integral_overlap *)
|
||||||
} = b
|
let write_integral_overlap =
|
||||||
in
|
Ezfio.set_ao_basis_integral_overlap
|
||||||
write_md5 b ;
|
|
||||||
write_ao_basis ao_basis;
|
|
||||||
;;
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
(* Read snippet for threshold_overlap_ao_eigenvalues *)
|
||||||
let read () =
|
let read_threshold_overlap_ao_eigenvalues () =
|
||||||
if (Ezfio.has_ao_basis_ao_basis ()) then
|
if not (Ezfio.has_ao_basis_threshold_overlap_ao_eigenvalues ()) then
|
||||||
begin
|
get_default "threshold_overlap_ao_eigenvalues"
|
||||||
let result =
|
|> Float.of_string
|
||||||
{ ao_basis = read_ao_basis ();
|
|> Ezfio.set_ao_basis_threshold_overlap_ao_eigenvalues
|
||||||
ao_num = read_ao_num () ;
|
;
|
||||||
ao_prim_num = read_ao_prim_num ();
|
Ezfio.get_ao_basis_threshold_overlap_ao_eigenvalues ()
|
||||||
ao_prim_num_max = read_ao_prim_num_max ();
|
|> Threshold.of_float
|
||||||
ao_nucl = read_ao_nucl ();
|
;;
|
||||||
ao_power = read_ao_power ();
|
(* Write snippet for threshold_overlap_ao_eigenvalues *)
|
||||||
ao_coef = read_ao_coef () ;
|
let write_threshold_overlap_ao_eigenvalues var =
|
||||||
ao_expo = read_ao_expo () ;
|
Threshold.to_float var
|
||||||
ao_cartesian = read_ao_cartesian () ;
|
|> Ezfio.set_ao_basis_threshold_overlap_ao_eigenvalues
|
||||||
}
|
|
||||||
in
|
|
||||||
to_md5 result
|
|
||||||
|> MD5.to_string
|
|
||||||
|> Ezfio.set_ao_basis_ao_md5 ;
|
|
||||||
Some result
|
|
||||||
end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
None
|
|
||||||
;;
|
;;
|
||||||
|
|
||||||
|
(* =~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~ *)
|
||||||
|
(* Generate Global Function *)
|
||||||
|
(* =~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~ *)
|
||||||
|
|
||||||
let to_rst b =
|
(* Read all *)
|
||||||
let print_sym =
|
let read() =
|
||||||
let l = List.init (Array.length b.ao_power) ~f:(
|
Some
|
||||||
fun i -> ( (i+1),b.ao_nucl.(i),b.ao_power.(i) ) ) in
|
{
|
||||||
let rec do_work = function
|
threshold_overlap_ao_eigenvalues = read_threshold_overlap_ao_eigenvalues ();
|
||||||
| [] -> []
|
}
|
||||||
| (i,n,x)::tail ->
|
;;
|
||||||
(Printf.sprintf " %5d %6d %-8s\n" i (Nucl_number.to_int n) (Symmetry.Xyz.to_string x))::
|
(* Write all *)
|
||||||
(do_work tail)
|
let write{
|
||||||
in do_work l
|
threshold_overlap_ao_eigenvalues;
|
||||||
|> String.concat
|
} =
|
||||||
in
|
write_threshold_overlap_ao_eigenvalues threshold_overlap_ao_eigenvalues;
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
(* to_string*)
|
||||||
|
let to_string b =
|
||||||
|
Printf.sprintf "
|
||||||
|
threshold_overlap_ao_eigenvalues = %s
|
||||||
|
"
|
||||||
|
(Threshold.to_string b.threshold_overlap_ao_eigenvalues)
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
(* to_rst*)
|
||||||
|
let to_rst b =
|
||||||
|
Printf.sprintf "
|
||||||
|
Threshold on the magnitude of the smallest eigenvalues of the overlap matrix in the AO basis ::
|
||||||
|
|
||||||
let short_basis = to_basis b in
|
threshold_overlap_ao_eigenvalues = %s
|
||||||
Printf.sprintf "
|
|
||||||
Name of the AO basis ::
|
|
||||||
|
|
||||||
ao_basis = %s
|
"
|
||||||
|
(Threshold.to_string b.threshold_overlap_ao_eigenvalues)
|
||||||
|
|> Rst_string.of_string
|
||||||
|
;;
|
||||||
|
include Generic_input_of_rst;;
|
||||||
|
let of_rst = of_rst t_of_sexp;;
|
||||||
|
|
||||||
Cartesian coordinates (6d,10f,...) ::
|
|
||||||
|
|
||||||
ao_cartesian = %s
|
|
||||||
|
|
||||||
Basis set (read-only) ::
|
|
||||||
|
|
||||||
%s
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
======= ========= ===========
|
|
||||||
Basis Nucleus Symmetries
|
|
||||||
======= ========= ===========
|
|
||||||
%s
|
|
||||||
======= ========= ===========
|
|
||||||
|
|
||||||
" (AO_basis_name.to_string b.ao_basis)
|
|
||||||
(Bool.to_string b.ao_cartesian)
|
|
||||||
(Basis.to_string short_basis
|
|
||||||
|> String.split ~on:'\n'
|
|
||||||
|> List.map ~f:(fun x-> " "^x)
|
|
||||||
|> String.concat ~sep:"\n"
|
|
||||||
) print_sym
|
|
||||||
|
|
||||||
|> Rst_string.of_string
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let read_rst s =
|
|
||||||
let s = Rst_string.to_string s
|
|
||||||
|> String.split ~on:'\n'
|
|
||||||
in
|
|
||||||
let rec extract_basis = function
|
|
||||||
| [] -> failwith "Error in basis set"
|
|
||||||
| line :: tail ->
|
|
||||||
let line = String.strip line in
|
|
||||||
if line = "Basis set (read-only) ::" then
|
|
||||||
String.concat tail ~sep:"\n"
|
|
||||||
else
|
|
||||||
extract_basis tail
|
|
||||||
in
|
|
||||||
extract_basis s
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
|
|
||||||
let to_string b =
|
|
||||||
Printf.sprintf "
|
|
||||||
ao_basis = %s
|
|
||||||
ao_num = %s
|
|
||||||
ao_prim_num = %s
|
|
||||||
ao_prim_num_max = %s
|
|
||||||
ao_nucl = %s
|
|
||||||
ao_power = %s
|
|
||||||
ao_coef = %s
|
|
||||||
ao_expo = %s
|
|
||||||
ao_cartesian = %s
|
|
||||||
md5 = %s
|
|
||||||
"
|
|
||||||
(AO_basis_name.to_string b.ao_basis)
|
|
||||||
(AO_number.to_string b.ao_num)
|
|
||||||
(b.ao_prim_num |> Array.to_list |> List.map
|
|
||||||
~f:(AO_prim_number.to_string) |> String.concat ~sep:", " )
|
|
||||||
(AO_prim_number.to_string b.ao_prim_num_max)
|
|
||||||
(b.ao_nucl |> Array.to_list |> List.map ~f:Nucl_number.to_string |>
|
|
||||||
String.concat ~sep:", ")
|
|
||||||
(b.ao_power |> Array.to_list |> List.map ~f:(fun x->
|
|
||||||
"("^(Symmetry.Xyz.to_string x)^")" )|> String.concat ~sep:", ")
|
|
||||||
(b.ao_coef |> Array.to_list |> List.map ~f:AO_coef.to_string
|
|
||||||
|> String.concat ~sep:", ")
|
|
||||||
(b.ao_expo |> Array.to_list |> List.map ~f:AO_expo.to_string
|
|
||||||
|> String.concat ~sep:", ")
|
|
||||||
(b.ao_cartesian |> Bool.to_string)
|
|
||||||
(to_md5 b |> MD5.to_string )
|
|
||||||
|
|
||||||
;;
|
|
||||||
end
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -1,9 +1,3 @@
|
|||||||
[threshold_overlap_ao_eigenvalues]
|
|
||||||
type: Threshold
|
|
||||||
doc: Threshold on the magnitude of the smallest eigenvalues of the overlap matrix in the AO basis
|
|
||||||
interface: ezfio,provider,ocaml
|
|
||||||
default: 1.e-6
|
|
||||||
|
|
||||||
[max_dim_diis]
|
[max_dim_diis]
|
||||||
type: integer
|
type: integer
|
||||||
doc: Maximum size of the DIIS extrapolation procedure
|
doc: Maximum size of the DIIS extrapolation procedure
|
||||||
|
@ -76,3 +76,9 @@ size: (ao_basis.ao_num,ao_basis.ao_num)
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interface: ezfio
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interface: ezfio
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default: false
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default: false
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[threshold_overlap_ao_eigenvalues]
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type: Threshold
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doc: Threshold on the magnitude of the smallest eigenvalues of the overlap matrix in the AO basis
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interface: ezfio,provider,ocaml
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default: 1.e-6
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