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Update qp_convert_output_to_ezfio.py
This commit is contained in:
parent
1b5166cecc
commit
2dc3eea92b
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@ -12,12 +12,10 @@ Option:
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import sys
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import sys
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import os
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import os
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from functools import reduce
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from functools import reduce
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# ~#~#~#~#~#~#~#~ #
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# ~#~#~#~#~#~#~#~ #
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# Add to the path #
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# Add to the path #
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# ~#~#~#~#~#~#~#~ #
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# ~#~#~#~#~#~#~#~ #
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@ -29,9 +27,9 @@ except:
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print "Error: QP_ROOT environment variable not found."
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print "Error: QP_ROOT environment variable not found."
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sys.exit(1)
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sys.exit(1)
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else:
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else:
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sys.path = [QP_ROOT + "/install/EZFIO/Python",
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sys.path = [ QP_ROOT + "/install/EZFIO/Python",
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QP_ROOT + "/resultsFile",
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QP_ROOT + "/resultsFile",
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QP_ROOT + "/scripts"] + sys.path
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QP_ROOT + "/scripts"] + sys.path
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# ~#~#~#~#~#~ #
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# ~#~#~#~#~#~ #
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# I m p o r t #
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# I m p o r t #
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@ -39,7 +37,6 @@ else:
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from ezfio import ezfio
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from ezfio import ezfio
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try:
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try:
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from resultsFile import *
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from resultsFile import *
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except:
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except:
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@ -254,7 +251,7 @@ def write_ezfio(res, filename):
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for coef in m.vector:
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for coef in m.vector:
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MoMatrix.append(coef)
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MoMatrix.append(coef)
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while len(MoMatrix) < len(MOs[0].vector) ** 2:
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while len(MoMatrix) < len(MOs[0].vector)**2:
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MoMatrix.append(0.)
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MoMatrix.append(0.)
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# ~#~#~#~#~ #
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# ~#~#~#~#~ #
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@ -273,7 +270,130 @@ def write_ezfio(res, filename):
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# \_| |___/\___|\__,_|\__,_|\___/
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# \_| |___/\___|\__,_|\__,_|\___/
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#
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#
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ezfio.set_pseudo_do_pseudo(False)
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# INPUT
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# {% for lanel,zcore, l_block in l_atom $}
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# #local l_block l=0}
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# {label} GEN {zcore} {len(l_block)-1 #lmax_block}
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# {% for l_param in l_block%}
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# {len(l_param) # list of parameter aka n_max_bock_max(n)}
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# {% for coef,n,zeta for l_param}
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# {coef,n, zeta}
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# OUTPUT
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# Local are 1 array padded by max(n_max_block) when l == 0 (output:k_loc_max)
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# v_k[n-2][atom] = value
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#No Local are 2 array padded with max of lmax_block when l!=0 (output:lmax+1) and max(n_max_block)whem l !=0 (kmax)
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# v_kl[l][n-2][atom] = value
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def pad(array, size, value=0):
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new_array = array
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for add in xrange(len(array), size):
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new_array.append(value)
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return new_array
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def parse_str(pseudo_str):
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'''Return 4d array atom,l,n, attribute (attribute is coef, n, zeta)'''
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matrix = []
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array_l_max_block = []
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array_z_remove = []
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for block in [b for b in pseudo_str.split('\n\n') if b]:
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#First element is header, the rest are l_param
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array_party = [i for i in re.split(r"\n\d+\n", block) if i]
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z_remove, l_max_block = map(int, array_party[0].split()[-2:])
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array_l_max_block.append(l_max_block)
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array_z_remove.append(z_remove)
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matrix.append([[coef_n_zeta.split()[1:] for coef_n_zeta in l.split('\n')] for l in array_party[1:]])
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return (matrix, array_l_max_block, array_z_remove)
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def get_local_stuff(matrix):
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matrix_local_unpad = [atom[0] for atom in matrix]
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k_loc_max = max(len(i) for i in matrix_local_unpad)
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matrix_local = [ pad(ll, k_loc_max, [0., 2, 0.]) for ll in matrix_local_unpad]
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m_coef = [[float(i[0]) for i in atom] for atom in matrix_local]
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m_n = [[int(i[1]) - 2 for i in atom] for atom in matrix_local]
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m_zeta = [[float(i[2]) for i in atom] for atom in matrix_local]
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return (k_loc_max, m_coef, m_n, m_zeta)
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def get_non_local_stuff(matrix):
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matrix_unlocal_unpad = [atom[1:] for atom in matrix]
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l_max_block = max(len(i) for i in matrix_unlocal_unpad)
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k_max = max([len(item) for row in matrix_unlocal_unpad for item in row])
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matrix_unlocal_semipaded = [[pad(item, k_max, [0., 2, 0.]) for item in row] for row in matrix_unlocal_unpad]
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empty_row = [[0., 2, 0.] for k in range(l_max_block)]
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matrix_unlocal = [ pad(ll, l_max_block, empty_row) for ll in matrix_unlocal_semipaded ]
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m_coef_noloc = [[[float(k[0]) for k in j] for j in i] for i in matrix_unlocal]
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m_n_noloc = [[[int(k[1]) - 2 for k in j] for j in i] for i in matrix_unlocal]
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m_zeta_noloc = [[[float(k[2]) for k in j] for j in i] for i in matrix_unlocal]
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return (l_max_block, k_max, m_coef_noloc, m_n_noloc, m_zeta_noloc)
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try:
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pseudo_str = res_file.get_pseudo()
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except:
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ezfio.set_pseudo_do_pseudo(False)
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else:
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ezfio.set_pseudo_do_pseudo(True)
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matrix, array_l_max_block, array_z_remove = parse_str(pseudo_str)
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# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
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# Z _ e f f , a l p h a / b e t a _ e l e c #
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# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
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ezfio.pseudo_charge_remove = array_z_remove
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ezfio.nuclei_nucl_charge = [
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i - j for i, j in zip(ezfio.nuclei_nucl_charge, array_z_remove)
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]
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import math
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num_elec = sum(ezfio.nuclei_nucl_charge)
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ezfio.electrons_elec_alpha_num = int(math.ceil(num_elec / 2.))
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ezfio.electrons_elec_beta_num = int(math.floor(num_elec / 2.))
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# Change all the array 'cause EZFIO
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# v_kl (v, l) => v_kl(l,v)
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# v_kl => zip(*_v_kl)
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# [[7.0, 79.74474797, -49.45159098], [1.0, 5.41040609, -4.60151975]]
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# [(7.0, 1.0), (79.74474797, 5.41040609), (-49.45159098, -4.60151975)]
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# ~#~#~#~#~ #
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# L o c a l #
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# ~#~#~#~#~ #
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klocmax, m_coef, m_n, m_zeta = get_local_stuff(matrix)
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ezfio.pseudo_pseudo_klocmax = klocmax
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ezfio.pseudo_pseudo_v_k = zip(*m_coef)
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ezfio.pseudo_pseudo_n_k = zip(*m_n)
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ezfio.pseudo_pseudo_dz_k = zip(*m_zeta)
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# ~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
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# N o n _ L o c a l #
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# ~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
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l_max_block, k_max, m_coef_noloc, m_n_noloc, m_zeta_noloc = get_non_local_stuff(
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matrix)
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ezfio.pseudo_pseudo_lmax = l_max_block - 1
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ezfio.pseudo_pseudo_kmax = k_max
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ezfio.pseudo_pseudo_v_kl = zip(*m_coef_noloc)
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ezfio.pseudo_pseudo_n_kl = zip(*m_n_noloc)
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ezfio.pseudo_pseudo_dz_kl = zip(*m_zeta_noloc)
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def get_full_path(file_path):
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def get_full_path(file_path):
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@ -282,6 +402,7 @@ def get_full_path(file_path):
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file_path = os.path.abspath(file_path)
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file_path = os.path.abspath(file_path)
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||||||
return file_path
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return file_path
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if __name__ == '__main__':
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if __name__ == '__main__':
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arguments = docopt(__doc__)
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arguments = docopt(__doc__)
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