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Fixed OCaml
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parent
972147dc6f
commit
2da264acd1
@ -1,38 +1,101 @@
|
||||
(* =~=~ *)
|
||||
(* Init *)
|
||||
(* =~=~ *)
|
||||
|
||||
open Qptypes;;
|
||||
open Qputils;;
|
||||
open Core;;
|
||||
|
||||
module Ao_basis : sig
|
||||
(* Generate type *)
|
||||
type t =
|
||||
{
|
||||
threshold_overlap_ao_eigenvalues : Threshold.t;
|
||||
} [@@deriving sexp]
|
||||
;;
|
||||
val read : unit -> t option
|
||||
val write : t-> unit
|
||||
type t =
|
||||
{ ao_basis : AO_basis_name.t;
|
||||
ao_num : AO_number.t ;
|
||||
ao_prim_num : AO_prim_number.t array;
|
||||
ao_prim_num_max : AO_prim_number.t;
|
||||
ao_nucl : Nucl_number.t array;
|
||||
ao_power : Symmetry.Xyz.t array;
|
||||
ao_coef : AO_coef.t array;
|
||||
ao_expo : AO_expo.t array;
|
||||
ao_cartesian : bool;
|
||||
} [@@deriving sexp]
|
||||
;;
|
||||
val read : unit -> t option
|
||||
val to_string : t -> string
|
||||
val to_basis : t -> Basis.t
|
||||
val write : t -> unit
|
||||
val to_md5 : t -> MD5.t
|
||||
val to_rst : t -> Rst_string.t
|
||||
val of_rst : Rst_string.t -> t option
|
||||
end = struct
|
||||
(* Generate type *)
|
||||
type t =
|
||||
{
|
||||
threshold_overlap_ao_eigenvalues : Threshold.t;
|
||||
} [@@deriving sexp]
|
||||
;;
|
||||
type t =
|
||||
{ ao_basis : AO_basis_name.t;
|
||||
ao_num : AO_number.t ;
|
||||
ao_prim_num : AO_prim_number.t array;
|
||||
ao_prim_num_max : AO_prim_number.t;
|
||||
ao_nucl : Nucl_number.t array;
|
||||
ao_power : Symmetry.Xyz.t array;
|
||||
ao_coef : AO_coef.t array;
|
||||
ao_expo : AO_expo.t array;
|
||||
ao_cartesian : bool;
|
||||
} [@@deriving sexp]
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let get_default = Qpackage.get_ezfio_default "ao_basis";;
|
||||
|
||||
(* =~=~=~=~=~=~==~=~=~=~=~=~ *)
|
||||
(* Generate Special Function *)
|
||||
(* =~=~=~==~=~~=~=~=~=~=~=~=~ *)
|
||||
let read_ao_basis () =
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_basis ()
|
||||
|> AO_basis_name.of_string
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let read_ao_num () =
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_num ()
|
||||
|> AO_number.of_int
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let read_ao_prim_num () =
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_prim_num ()
|
||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
||||
|> Array.map ~f:AO_prim_number.of_int
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let read_ao_prim_num_max () =
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_prim_num ()
|
||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
||||
|> Array.fold ~f:(fun x y -> if x>y then x else y) ~init:0
|
||||
|> AO_prim_number.of_int
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let read_ao_nucl () =
|
||||
let nmax = Nucl_number.get_max () in
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_nucl ()
|
||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
||||
|> Array.map ~f:(fun x-> Nucl_number.of_int ~max:nmax x)
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let read_ao_power () =
|
||||
let x = Ezfio.get_ao_basis_ao_power () in
|
||||
let dim = x.Ezfio.dim.(0) in
|
||||
let data = Ezfio.flattened_ezfio x in
|
||||
let result = Array.init dim ~f:(fun x -> "") in
|
||||
for i=1 to dim
|
||||
do
|
||||
if (data.(i-1) > 0) then
|
||||
result.(i-1) <- result.(i-1)^"x"^(Int.to_string data.(i-1));
|
||||
if (data.(dim+i-1) > 0) then
|
||||
result.(i-1) <- result.(i-1)^"y"^(Int.to_string data.(dim+i-1));
|
||||
if (data.(2*dim+i-1) > 0) then
|
||||
result.(i-1) <- result.(i-1)^"z"^(Int.to_string data.(2*dim+i-1));
|
||||
done;
|
||||
Array.map ~f:Symmetry.Xyz.of_string result
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let read_ao_coef () =
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_coef ()
|
||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
||||
|> Array.map ~f:AO_coef.of_float
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let read_ao_expo () =
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_expo ()
|
||||
|> Ezfio.flattened_ezfio
|
||||
|> Array.map ~f:AO_expo.of_float
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* Read snippet for ao_cartesian *)
|
||||
let read_ao_cartesian () =
|
||||
if not (Ezfio.has_ao_basis_ao_cartesian ()) then
|
||||
get_default "ao_cartesian"
|
||||
@ -41,119 +104,191 @@ end = struct
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_cartesian ()
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for ao_cartesian *)
|
||||
let write_ao_cartesian =
|
||||
Ezfio.set_ao_basis_ao_cartesian
|
||||
|
||||
let to_long_basis b =
|
||||
let ao_num = AO_number.to_int b.ao_num in
|
||||
let gto_array = Array.init (AO_number.to_int b.ao_num)
|
||||
~f:(fun i ->
|
||||
let s = Symmetry.Xyz.to_symmetry b.ao_power.(i) in
|
||||
let ao_prim_num = AO_prim_number.to_int b.ao_prim_num.(i) in
|
||||
let prims = List.init ao_prim_num ~f:(fun j ->
|
||||
let prim = { GaussianPrimitive.sym = s ;
|
||||
GaussianPrimitive.expo = b.ao_expo.(ao_num*j+i)
|
||||
}
|
||||
in
|
||||
let coef = b.ao_coef.(ao_num*j+i) in
|
||||
(prim,coef)
|
||||
) in
|
||||
Gto.of_prim_coef_list prims
|
||||
)
|
||||
in
|
||||
let rec do_work accu sym gto nucl =
|
||||
match (sym, gto, nucl) with
|
||||
| (s::srest, g::grest, n::nrest) ->
|
||||
do_work ((s,g,n)::accu) srest grest nrest
|
||||
| ([],[],[]) -> List.rev accu
|
||||
| _ -> assert false
|
||||
in
|
||||
do_work []
|
||||
(Array.to_list b.ao_power)
|
||||
(Array.to_list gto_array)
|
||||
(Array.to_list b.ao_nucl)
|
||||
;;
|
||||
let to_basis b =
|
||||
to_long_basis b
|
||||
|> Long_basis.to_basis
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let to_md5 b =
|
||||
let short_basis = to_basis b in
|
||||
Basis.to_md5 short_basis
|
||||
;;
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
let write_md5 b =
|
||||
to_md5 b
|
||||
|> MD5.to_string
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_ao_md5
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* Read snippet for ao_prim_num_max *)
|
||||
let read_ao_prim_num_max () =
|
||||
if not (Ezfio.has_ao_basis_ao_prim_num_max ()) then
|
||||
get_default "ao_prim_num_max"
|
||||
|> Int.of_string
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num_max
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_ao_prim_num_max ()
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for ao_prim_num_max *)
|
||||
let write_ao_prim_num_max =
|
||||
Ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num_max
|
||||
let write_ao_basis name =
|
||||
AO_basis_name.to_string name
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_ao_basis
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* Read snippet for integral_kinetic *)
|
||||
let read_integral_kinetic () =
|
||||
if not (Ezfio.has_ao_basis_integral_kinetic ()) then
|
||||
get_default "integral_kinetic"
|
||||
|> Float.of_string
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_integral_kinetic
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_integral_kinetic ()
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for integral_kinetic *)
|
||||
let write_integral_kinetic =
|
||||
Ezfio.set_ao_basis_integral_kinetic
|
||||
let write b =
|
||||
let { ao_basis ;
|
||||
ao_num ;
|
||||
ao_prim_num ;
|
||||
ao_prim_num_max ;
|
||||
ao_nucl ;
|
||||
ao_power ;
|
||||
ao_coef ;
|
||||
ao_expo ;
|
||||
ao_cartesian ;
|
||||
} = b
|
||||
in
|
||||
write_md5 b ;
|
||||
write_ao_basis ao_basis;
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* Read snippet for integral_nuclear *)
|
||||
let read_integral_nuclear () =
|
||||
if not (Ezfio.has_ao_basis_integral_nuclear ()) then
|
||||
get_default "integral_nuclear"
|
||||
|> Float.of_string
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_integral_nuclear
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_integral_nuclear ()
|
||||
|
||||
let read () =
|
||||
if (Ezfio.has_ao_basis_ao_basis ()) then
|
||||
begin
|
||||
let result =
|
||||
{ ao_basis = read_ao_basis ();
|
||||
ao_num = read_ao_num () ;
|
||||
ao_prim_num = read_ao_prim_num ();
|
||||
ao_prim_num_max = read_ao_prim_num_max ();
|
||||
ao_nucl = read_ao_nucl ();
|
||||
ao_power = read_ao_power ();
|
||||
ao_coef = read_ao_coef () ;
|
||||
ao_expo = read_ao_expo () ;
|
||||
ao_cartesian = read_ao_cartesian () ;
|
||||
}
|
||||
in
|
||||
to_md5 result
|
||||
|> MD5.to_string
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_ao_md5 ;
|
||||
Some result
|
||||
end
|
||||
else
|
||||
None
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for integral_nuclear *)
|
||||
let write_integral_nuclear =
|
||||
Ezfio.set_ao_basis_integral_nuclear
|
||||
|
||||
|
||||
let to_rst b =
|
||||
let print_sym =
|
||||
let l = List.init (Array.length b.ao_power) ~f:(
|
||||
fun i -> ( (i+1),b.ao_nucl.(i),b.ao_power.(i) ) ) in
|
||||
let rec do_work = function
|
||||
| [] -> []
|
||||
| (i,n,x)::tail ->
|
||||
(Printf.sprintf " %5d %6d %-8s\n" i (Nucl_number.to_int n) (Symmetry.Xyz.to_string x))::
|
||||
(do_work tail)
|
||||
in do_work l
|
||||
|> String.concat
|
||||
in
|
||||
|
||||
let short_basis = to_basis b in
|
||||
Printf.sprintf "
|
||||
Name of the AO basis ::
|
||||
|
||||
ao_basis = %s
|
||||
|
||||
Cartesian coordinates (6d,10f,...) ::
|
||||
|
||||
ao_cartesian = %s
|
||||
|
||||
Basis set (read-only) ::
|
||||
|
||||
%s
|
||||
|
||||
|
||||
======= ========= ===========
|
||||
Basis Nucleus Symmetries
|
||||
======= ========= ===========
|
||||
%s
|
||||
======= ========= ===========
|
||||
|
||||
" (AO_basis_name.to_string b.ao_basis)
|
||||
(Bool.to_string b.ao_cartesian)
|
||||
(Basis.to_string short_basis
|
||||
|> String.split ~on:'\n'
|
||||
|> List.map ~f:(fun x-> " "^x)
|
||||
|> String.concat ~sep:"\n"
|
||||
) print_sym
|
||||
|
||||
|> Rst_string.of_string
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* Read snippet for integral_overlap *)
|
||||
let read_integral_overlap () =
|
||||
if not (Ezfio.has_ao_basis_integral_overlap ()) then
|
||||
get_default "integral_overlap"
|
||||
|> Float.of_string
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_integral_overlap
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_integral_overlap ()
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for integral_overlap *)
|
||||
let write_integral_overlap =
|
||||
Ezfio.set_ao_basis_integral_overlap
|
||||
let read_rst s =
|
||||
let s = Rst_string.to_string s
|
||||
|> String.split ~on:'\n'
|
||||
in
|
||||
let rec extract_basis = function
|
||||
| [] -> failwith "Error in basis set"
|
||||
| line :: tail ->
|
||||
let line = String.strip line in
|
||||
if line = "Basis set (read-only) ::" then
|
||||
String.concat tail ~sep:"\n"
|
||||
else
|
||||
extract_basis tail
|
||||
in
|
||||
extract_basis s
|
||||
;;
|
||||
|
||||
(* Read snippet for threshold_overlap_ao_eigenvalues *)
|
||||
let read_threshold_overlap_ao_eigenvalues () =
|
||||
if not (Ezfio.has_ao_basis_threshold_overlap_ao_eigenvalues ()) then
|
||||
get_default "threshold_overlap_ao_eigenvalues"
|
||||
|> Float.of_string
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_threshold_overlap_ao_eigenvalues
|
||||
;
|
||||
Ezfio.get_ao_basis_threshold_overlap_ao_eigenvalues ()
|
||||
|> Threshold.of_float
|
||||
;;
|
||||
(* Write snippet for threshold_overlap_ao_eigenvalues *)
|
||||
let write_threshold_overlap_ao_eigenvalues var =
|
||||
Threshold.to_float var
|
||||
|> Ezfio.set_ao_basis_threshold_overlap_ao_eigenvalues
|
||||
let to_string b =
|
||||
Printf.sprintf "
|
||||
ao_basis = %s
|
||||
ao_num = %s
|
||||
ao_prim_num = %s
|
||||
ao_prim_num_max = %s
|
||||
ao_nucl = %s
|
||||
ao_power = %s
|
||||
ao_coef = %s
|
||||
ao_expo = %s
|
||||
ao_cartesian = %s
|
||||
md5 = %s
|
||||
"
|
||||
(AO_basis_name.to_string b.ao_basis)
|
||||
(AO_number.to_string b.ao_num)
|
||||
(b.ao_prim_num |> Array.to_list |> List.map
|
||||
~f:(AO_prim_number.to_string) |> String.concat ~sep:", " )
|
||||
(AO_prim_number.to_string b.ao_prim_num_max)
|
||||
(b.ao_nucl |> Array.to_list |> List.map ~f:Nucl_number.to_string |>
|
||||
String.concat ~sep:", ")
|
||||
(b.ao_power |> Array.to_list |> List.map ~f:(fun x->
|
||||
"("^(Symmetry.Xyz.to_string x)^")" )|> String.concat ~sep:", ")
|
||||
(b.ao_coef |> Array.to_list |> List.map ~f:AO_coef.to_string
|
||||
|> String.concat ~sep:", ")
|
||||
(b.ao_expo |> Array.to_list |> List.map ~f:AO_expo.to_string
|
||||
|> String.concat ~sep:", ")
|
||||
(b.ao_cartesian |> Bool.to_string)
|
||||
(to_md5 b |> MD5.to_string )
|
||||
|
||||
;;
|
||||
end
|
||||
|
||||
(* =~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~ *)
|
||||
(* Generate Global Function *)
|
||||
(* =~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~=~ *)
|
||||
|
||||
(* Read all *)
|
||||
let read() =
|
||||
Some
|
||||
{
|
||||
threshold_overlap_ao_eigenvalues = read_threshold_overlap_ao_eigenvalues ();
|
||||
}
|
||||
;;
|
||||
(* Write all *)
|
||||
let write{
|
||||
threshold_overlap_ao_eigenvalues;
|
||||
} =
|
||||
write_threshold_overlap_ao_eigenvalues threshold_overlap_ao_eigenvalues;
|
||||
;;
|
||||
(* to_string*)
|
||||
let to_string b =
|
||||
Printf.sprintf "
|
||||
threshold_overlap_ao_eigenvalues = %s
|
||||
"
|
||||
(Threshold.to_string b.threshold_overlap_ao_eigenvalues)
|
||||
;;
|
||||
(* to_rst*)
|
||||
let to_rst b =
|
||||
Printf.sprintf "
|
||||
Threshold on the magnitude of the smallest eigenvalues of the overlap matrix in the AO basis ::
|
||||
|
||||
threshold_overlap_ao_eigenvalues = %s
|
||||
|
||||
"
|
||||
(Threshold.to_string b.threshold_overlap_ao_eigenvalues)
|
||||
|> Rst_string.of_string
|
||||
;;
|
||||
include Generic_input_of_rst;;
|
||||
let of_rst = of_rst t_of_sexp;;
|
||||
|
||||
end
|
||||
@ -16,7 +16,7 @@ interface: ezfio, provider
|
||||
|
||||
[ao_prim_num_max]
|
||||
type: integer
|
||||
doc: number of primitive maximun
|
||||
doc: maximum number of primitives
|
||||
default: =maxval(ao_basis.ao_prim_num)
|
||||
interface: ezfio
|
||||
|
||||
@ -76,9 +76,4 @@ size: (ao_basis.ao_num,ao_basis.ao_num)
|
||||
interface: ezfio
|
||||
default: false
|
||||
|
||||
[threshold_overlap_ao_eigenvalues]
|
||||
type: Threshold
|
||||
doc: Threshold on the magnitude of the smallest eigenvalues of the overlap matrix in the AO basis
|
||||
interface: ezfio,provider,ocaml
|
||||
default: 1.e-6
|
||||
|
||||
|
||||
@ -143,6 +143,7 @@ BEGIN_PROVIDER [ double precision, S_half_inv, (AO_num,AO_num) ]
|
||||
integer :: LDA, LDC
|
||||
double precision, allocatable :: U(:,:),Vt(:,:), D(:)
|
||||
integer :: info, i, j, k
|
||||
double precision, parameter :: threshold_overlap_AO_eigenvalues = 1.d-6
|
||||
|
||||
LDA = size(AO_overlap,1)
|
||||
LDC = size(S_half_inv,1)
|
||||
@ -174,7 +175,6 @@ BEGIN_PROVIDER [ double precision, S_half_inv, (AO_num,AO_num) ]
|
||||
enddo
|
||||
enddo
|
||||
write(*,*) 'linear dependencies',num_linear_dependencies
|
||||
! stop
|
||||
|
||||
do k=1,AO_num
|
||||
if(D(k) /= 0.d0) then
|
||||
|
||||
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