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TApplencourt
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d8fa797cf8
commit
1969a463fe
2
ocaml/.gitignore
vendored
2
ocaml/.gitignore
vendored
@ -16,6 +16,8 @@ qp_edit
|
||||
qp_edit.ml
|
||||
qp_edit.native
|
||||
qp_print
|
||||
qp_print_basis
|
||||
qp_print_basis.native
|
||||
qp_print.native
|
||||
qp_run
|
||||
qp_run.native
|
||||
|
||||
@ -133,10 +133,6 @@ let run ?o b c d m p xyz_file =
|
||||
|
||||
let fetch_channel basis =
|
||||
let command =
|
||||
if (p) then
|
||||
Qpackage.root ^ "/scripts/get_basis.sh \"" ^ temp_filename
|
||||
^ "." ^ basis ^ "\" \"" ^ basis ^"\" pseudo"
|
||||
else
|
||||
Qpackage.root ^ "/scripts/get_basis.sh \"" ^ temp_filename
|
||||
^ "." ^ basis ^ "\" \"" ^ basis ^"\""
|
||||
in
|
||||
@ -344,7 +340,7 @@ let run ?o b c d m p xyz_file =
|
||||
(* Doesn't work... *)
|
||||
if (p) then
|
||||
begin
|
||||
Qpackage.root ^ "/scripts/pseudo/put_pseudo_in_ezfio.py " ^ ezfio_file
|
||||
Qpackage.root ^ "/scripts/pseudo/put_pseudo_in_ezfio.py " ^ ezfio_file ^ " " ^ " BFD-Pseudo"
|
||||
|> Sys.command_exn
|
||||
end;
|
||||
|
||||
|
||||
@ -1,7 +1,7 @@
|
||||
open Core.Std
|
||||
open Qptypes
|
||||
|
||||
let () =
|
||||
let basis ()=
|
||||
let ezfio_filename =
|
||||
Sys.argv.(1)
|
||||
in
|
||||
@ -16,4 +16,24 @@ let () =
|
||||
Input.Ao_basis.to_rst basis
|
||||
|> Rst_string.to_string
|
||||
|> print_endline
|
||||
;;
|
||||
|
||||
let mo ()=
|
||||
let ezfio_filename =
|
||||
Sys.argv.(1)
|
||||
in
|
||||
if (not (Sys.file_exists_exn ezfio_filename)) then
|
||||
failwith "Error reading EZFIO file";
|
||||
Ezfio.set_file ezfio_filename;
|
||||
let mo_coef =
|
||||
match Input.Mo_basis.read () with
|
||||
| Some mo_coef -> mo_coef
|
||||
| _ -> failwith "Error reading the mo set"
|
||||
in
|
||||
Input.Mo_basis.to_rst mo_coef
|
||||
|> Rst_string.to_string
|
||||
|> print_endline
|
||||
;;
|
||||
|
||||
basis ();;
|
||||
mo ();;
|
||||
@ -46,15 +46,4 @@ then
|
||||
exit 1
|
||||
fi
|
||||
|
||||
pseudo="$1"
|
||||
shift
|
||||
|
||||
if [[ -z $pseudo ]]
|
||||
then
|
||||
${EMSL_API_ROOT}/EMSL_api.py get_basis_data --treat_l --save --path="${tmpfile}" --basis="${basis}"
|
||||
else
|
||||
${EMSL_API_ROOT}/EMSL_api.py get_basis_data --save --path="${tmpfile}" --basis="${basis}" --db_path="${EMSL_API_ROOT}/db/Pseudo.db"
|
||||
# echo ${EMSL_API_ROOT}/EMSL_api.py get_basis_data --save --path="${tmpfile}" --basis="${basis}" --db_path="${EMSL_API_ROOT}/db/Pseudo.db" 1>&2
|
||||
# echo $PWD/BASIS
|
||||
fi
|
||||
|
||||
${EMSL_API_ROOT}/EMSL_api.py get_basis_data --treat_l --save --path="${tmpfile}" --basis="${basis}"
|
||||
|
||||
@ -4,7 +4,7 @@
|
||||
Create the pseudo potential for a given atom
|
||||
|
||||
Usage:
|
||||
put_pseudo_in_ezfio.py <ezfio_path>
|
||||
put_pseudo_in_ezfio.py <ezfio_path> <pseudo_name> [<db_path>]
|
||||
|
||||
Help:
|
||||
atom is the Abreviation of the atom
|
||||
@ -28,7 +28,7 @@ import re
|
||||
p = re.compile(ur'\|(\d+)><\d+\|')
|
||||
|
||||
|
||||
def get_pseudo_str(l_atom):
|
||||
def get_pseudo_str(db_path,pseudo_name,l_atom):
|
||||
"""
|
||||
Run EMSL_local for getting the str of the pseudo potential
|
||||
|
||||
@ -53,7 +53,6 @@ def get_pseudo_str(l_atom):
|
||||
|
||||
EMSL_root = "{0}/install/emsl/".format(qpackage_root)
|
||||
EMSL_path = "{0}/EMSL_api.py".format(EMSL_root)
|
||||
db_path = "{0}/db/Pseudo.db".format(EMSL_root)
|
||||
|
||||
str_ = ""
|
||||
|
||||
@ -64,7 +63,7 @@ def get_pseudo_str(l_atom):
|
||||
|
||||
l_cmd_head = [EMSL_path, "get_basis_data",
|
||||
"--db_path", db_path,
|
||||
"--basis", "BFD-Pseudo"]
|
||||
"--basis", pseudo_name]
|
||||
|
||||
process = Popen(l_cmd_head + l_cmd_atom, stdout=PIPE, stderr=PIPE)
|
||||
|
||||
@ -180,19 +179,22 @@ def get_zeff_alpha_beta(str_ele):
|
||||
#
|
||||
|
||||
from elts_num_ele import name_to_elec
|
||||
from math import ceil, floor
|
||||
z = name_to_elec[name]
|
||||
|
||||
z_eff = z - z_remove
|
||||
|
||||
alpha = (z_remove / 2)
|
||||
beta = (z_remove / 2)
|
||||
alpha = int(ceil(z_remove / 2.))
|
||||
beta = int(floor(z_remove / 2.))
|
||||
|
||||
# Remove more alpha, than beta
|
||||
|
||||
# _
|
||||
# |_) _ _|_ ._ ._
|
||||
# | \ (/_ |_ |_| | | |
|
||||
#
|
||||
|
||||
return [z_eff, alpha, beta]
|
||||
return [z_remove, z_eff, alpha, beta]
|
||||
|
||||
|
||||
def add_zero(array, size, type):
|
||||
@ -224,6 +226,12 @@ def make_it_square(matrix, dim, type=float):
|
||||
|
||||
return matrix
|
||||
|
||||
def full_path(path):
|
||||
path = os.path.expanduser(path)
|
||||
path = os.path.expandvars(path)
|
||||
path = os.path.abspath(path)
|
||||
return path
|
||||
|
||||
if __name__ == "__main__":
|
||||
arguments = docopt(__doc__)
|
||||
# ___
|
||||
@ -235,19 +243,22 @@ if __name__ == "__main__":
|
||||
# E Z F I O #
|
||||
# ~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
ezfio_path = arguments["<ezfio_path>"]
|
||||
ezfio_path = os.path.expanduser(ezfio_path)
|
||||
ezfio_path = os.path.expandvars(ezfio_path)
|
||||
ezfio_path = os.path.abspath(ezfio_path)
|
||||
|
||||
ezfio_path = full_path(arguments["<ezfio_path>"])
|
||||
ezfio.set_file("{0}".format(ezfio_path))
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# P s e u d o _ d a t a #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
if arguments["<db_path>"]:
|
||||
db_path = full_path(arguments["<db_path>"])
|
||||
else:
|
||||
db_path= full_path("{0}/data/BFD-Pseudo.db".format(qpackage_root))
|
||||
|
||||
pseudo_name = arguments["<pseudo_name>"]
|
||||
l_ele = ezfio.get_nuclei_nucl_label()
|
||||
str_ = get_pseudo_str(l_ele)
|
||||
|
||||
str_ = get_pseudo_str(db_path,pseudo_name,l_ele)
|
||||
|
||||
# _
|
||||
# |_) _. ._ _ _
|
||||
@ -257,7 +268,7 @@ if __name__ == "__main__":
|
||||
l_str_ele = [str_ele for str_ele in str_.split("Element Symbol: ")
|
||||
if str_ele]
|
||||
|
||||
for i in "l_zeff v_k n_k dz_k v_kl n_kl dz_kl".split():
|
||||
for i in "l_zeff l_remove v_k n_k dz_k v_kl n_kl dz_kl".split():
|
||||
exec("{0} = []".format(i))
|
||||
|
||||
alpha_tot = 0
|
||||
@ -296,11 +307,13 @@ if __name__ == "__main__":
|
||||
# Z _ e f f , a l p h a / b e t a _ e l e c #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
zeff, alpha, beta = get_zeff_alpha_beta(str_ele)
|
||||
zremove, zeff, alpha, beta = get_zeff_alpha_beta(str_ele)
|
||||
|
||||
alpha_tot += alpha
|
||||
beta_tot += beta
|
||||
l_zeff.append(zeff)
|
||||
l_remove.append(zremove)
|
||||
|
||||
# _
|
||||
# /\ _| _| _|_ _ _ _ _|_ o _
|
||||
# /--\ (_| (_| |_ (_) (/_ /_ | | (_)
|
||||
@ -311,6 +324,7 @@ if __name__ == "__main__":
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
ezfio.nuclei_nucl_charge = l_zeff
|
||||
ezfio.pseudo_nucl_charge_remove = l_remove
|
||||
|
||||
alpha_tot = ezfio.get_electrons_elec_alpha_num() - alpha_tot
|
||||
beta_tot = ezfio.get_electrons_elec_beta_num() - beta_tot
|
||||
|
||||
@ -1,3 +1,10 @@
|
||||
[nucl_charge_remove]
|
||||
doc: Nuclear charges removed
|
||||
type:double precision
|
||||
size: (nuclei.nucl_num)
|
||||
interface: ezfio, provider
|
||||
|
||||
|
||||
[pseudo_klocmax]
|
||||
doc: test
|
||||
type:integer
|
||||
|
||||
@ -7,6 +7,9 @@
|
||||
# So we strip the "-", is the abs value of the poor
|
||||
function eq() {
|
||||
awk -v n1=${1#-} -v n2=${2#-} -v p=$3 'BEGIN{ if ((n1-n2)^2 < p^2) exit 0; exit 1}'
|
||||
if [ $? -ne 0 ]; then
|
||||
echo $1 $2
|
||||
fi
|
||||
}
|
||||
|
||||
#: "${QP_ROOT?Pls set your quantum_package.rc}"
|
||||
@ -44,8 +47,10 @@ cd ${TEST_DIR}
|
||||
qp_run full_ci HBO.ezfio
|
||||
energy="$(ezfio get full_ci energy)"
|
||||
eq $energy -98.9649618899175 1E-2
|
||||
# -98.964541775171284
|
||||
energy_pt2="$(ezfio get full_ci energy_pt2)"
|
||||
eq $energy_pt2 -98.966228232164 1E-5
|
||||
# -98.966209348290292
|
||||
}
|
||||
|
||||
@test "cas_sd_selected HBO STO-3G" {
|
||||
@ -58,6 +63,7 @@ cd ${TEST_DIR}
|
||||
# Check energy
|
||||
energy="$(ezfio get cas_sd energy)"
|
||||
eq $energy -98.9646946027433 1E-5
|
||||
# -98.964352450115271
|
||||
}
|
||||
|
||||
@test "mrcc_cassd HBO STO-3G" {
|
||||
@ -69,6 +75,7 @@ cd ${TEST_DIR}
|
||||
# Check energy
|
||||
energy="$(ezfio get mrcc_cassd energy)"
|
||||
eq $energy -98.9653606184686 1E-5
|
||||
# -98.96509060765523
|
||||
}
|
||||
|
||||
@test "script conversion HBO.out" {
|
||||
|
||||
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