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Working put_pseudo_in_ezfio
This commit is contained in:
parent
1cb79a58a4
commit
0ebbe6f820
@ -4,11 +4,8 @@
|
||||
|
||||
echo "name" $1
|
||||
echo "mul" $2
|
||||
echo "Zeff" $3
|
||||
echo "\`get_basis.sh\` need to be changed"
|
||||
|
||||
rm -R $1.ezfio
|
||||
qp_create_ezfio_from_xyz $1.xyz -b "cc-pvdz" -m $2
|
||||
|
||||
~/quantum_package/scripts/pseudo/put_pseudo_in_ezfio.py --ezfio $1.ezfio/ --atom $1 --zeff $3
|
||||
qp_edit -c $1.ezfio
|
||||
~/quantum_package/scripts/pseudo/put_pseudo_in_ezfio.py --ezfio $1.ezfio/ --atom $1
|
118
scripts/pseudo/elts_num_ele.py
Normal file
118
scripts/pseudo/elts_num_ele.py
Normal file
@ -0,0 +1,118 @@
|
||||
name_to_elec = {"H": 1,
|
||||
"He": 2,
|
||||
"Li": 3,
|
||||
"Be": 4,
|
||||
"B": 5,
|
||||
"C": 6,
|
||||
"N": 7,
|
||||
"O": 8,
|
||||
"F": 9,
|
||||
"Ne": 10,
|
||||
"Na": 11,
|
||||
"Mg": 12,
|
||||
"Al": 13,
|
||||
"Si": 14,
|
||||
"P": 15,
|
||||
"S": 16,
|
||||
"Cl": 17,
|
||||
"Ar": 18,
|
||||
"K": 19,
|
||||
"Ca": 20,
|
||||
"Sc": 21,
|
||||
"Ti": 22,
|
||||
"V": 23,
|
||||
"Cr": 24,
|
||||
"Mn": 25,
|
||||
"Fe": 26,
|
||||
"Co": 27,
|
||||
"Ni": 28,
|
||||
"Cu": 29,
|
||||
"Zn": 30,
|
||||
"Ga": 31,
|
||||
"Ge": 32,
|
||||
"As": 33,
|
||||
"Se": 34,
|
||||
"Br": 35,
|
||||
"Kr": 36,
|
||||
"Rb": 37,
|
||||
"Sr": 38,
|
||||
"Y": 39,
|
||||
"Zr": 40,
|
||||
"Nb": 41,
|
||||
"Mo": 42,
|
||||
"Tc": 43,
|
||||
"Ru": 44,
|
||||
"Rh": 45,
|
||||
"Pd": 46,
|
||||
"Ag": 47,
|
||||
"Cd": 48,
|
||||
"In": 49,
|
||||
"Sn": 50,
|
||||
"Sb": 51,
|
||||
"Te": 52,
|
||||
"I": 53,
|
||||
"Xe": 54,
|
||||
"Cs": 55,
|
||||
"Ba": 56,
|
||||
"La": 57,
|
||||
"Ce": 58,
|
||||
"Pr": 59,
|
||||
"Nd": 60,
|
||||
"Pm": 61,
|
||||
"Sm": 62,
|
||||
"Eu": 63,
|
||||
"Gd": 64,
|
||||
"Tb": 65,
|
||||
"Dy": 66,
|
||||
"Ho": 67,
|
||||
"Er": 68,
|
||||
"Tm": 69,
|
||||
"Yb": 70,
|
||||
"Lu": 71,
|
||||
"Hf": 72,
|
||||
"Ta": 73,
|
||||
"W": 74,
|
||||
"Re": 75,
|
||||
"Os": 76,
|
||||
"Ir": 77,
|
||||
"Pt": 78,
|
||||
"Au": 79,
|
||||
"Hg": 80,
|
||||
"Tl": 81,
|
||||
"Pb": 82,
|
||||
"Bi": 83,
|
||||
"Po": 84,
|
||||
"At": 85,
|
||||
"Rn": 86,
|
||||
"Fr": 87,
|
||||
"Ra": 88,
|
||||
"Ac": 89,
|
||||
"Th": 90,
|
||||
"Pa": 91,
|
||||
"U": 92,
|
||||
"Np": 93,
|
||||
"Pu": 94,
|
||||
"Am": 95,
|
||||
"Cm": 96,
|
||||
"Bk": 97,
|
||||
"Cf": 98,
|
||||
"Es": 99,
|
||||
"Fm": 100,
|
||||
"Md": 101,
|
||||
"No": 102,
|
||||
"Lr": 103,
|
||||
"Rf": 104,
|
||||
"Db": 105,
|
||||
"Sg": 106,
|
||||
"Bh": 107,
|
||||
"Hs": 108,
|
||||
"Mt": 109,
|
||||
"Ds": 110,
|
||||
"Rg": 111,
|
||||
"Cn": 112,
|
||||
"Uut": 113,
|
||||
"Fl": 114,
|
||||
"Uup": 115,
|
||||
"Lv": 116,
|
||||
"Uus": 117,
|
||||
"Uuo": 118}
|
@ -4,7 +4,10 @@
|
||||
Create the pseudo potential for a given atom
|
||||
|
||||
Usage:
|
||||
put_pseudo_in_ezfio.py --ezfio=<path> --atom=<atom>... --zeff=<charge>...
|
||||
put_pseudo_in_ezfio.py --ezfio=<path> --atom=<atom>...
|
||||
|
||||
Help:
|
||||
atom is the Abreviation of the atom
|
||||
"""
|
||||
|
||||
|
||||
@ -28,6 +31,24 @@ p = re.compile(ur'\|(\d+)><\d+\|')
|
||||
def get_pseudo_str(l_atom):
|
||||
"""
|
||||
Run EMSL_local for geting the str of the speudo potential
|
||||
|
||||
str_ele :
|
||||
Element Symbol: Na
|
||||
Number of replaced protons: 10
|
||||
Number of projectors: 2
|
||||
|
||||
Pseudopotential data:
|
||||
|
||||
Local component:
|
||||
Coeff. r^n Exp.
|
||||
1.00000000 -1 5.35838717
|
||||
5.35838717 1 3.67918975
|
||||
-2.07764789 0 1.60507673
|
||||
|
||||
Non-local component:
|
||||
Coeff. r^n Exp. Proj.
|
||||
10.69640234 0 1.32389367 |0><0|
|
||||
10.11238853 0 1.14052020 |1><1|
|
||||
"""
|
||||
|
||||
EMSL_root = "{0}/EMSL_Basis/".format(qpackage_root)
|
||||
@ -101,13 +122,63 @@ def get_v_n_dz_l_nonlocal(str_ele):
|
||||
l_dz_kl.append([dz])
|
||||
|
||||
if not l_v_kl:
|
||||
l_v_kl.append([0.])
|
||||
l_n_kl.append([0])
|
||||
l_dz_kl.append([0.])
|
||||
l_v_kl.append([0.])
|
||||
l_n_kl.append([0])
|
||||
l_dz_kl.append([0.])
|
||||
|
||||
return l_v_kl, l_n_kl, l_dz_kl
|
||||
|
||||
|
||||
def get_zeff_alpha_beta(str_ele):
|
||||
"""
|
||||
Return the the zeff, alpha num elec and beta num elec
|
||||
Assert ezfio_set_file alredy defined
|
||||
"""
|
||||
|
||||
import re
|
||||
|
||||
# ___
|
||||
# | ._ o _|_
|
||||
# _|_ | | | |_
|
||||
#
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# s t r _ e l e #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
m = re.search('Element Symbol: ([a-zA-Z]+)', str_ele)
|
||||
name = m.group(1).capitalize()
|
||||
|
||||
m = re.search('Number of replaced protons: (\d+)', str_ele)
|
||||
z_remove = int(m.group(1))
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# F r o m _ e z f i o #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
alpha = ezfio.get_electrons_elec_alpha_num()
|
||||
beta = ezfio.get_electrons_elec_beta_num()
|
||||
|
||||
# _
|
||||
# |_) _. ._ _ _
|
||||
# | (_| | _> (/_
|
||||
#
|
||||
|
||||
from elts_num_ele import name_to_elec
|
||||
z = name_to_elec[name]
|
||||
|
||||
z_eff = z - z_remove
|
||||
|
||||
alpha = alpha - (z_remove / 2)
|
||||
beta = beta - (z_remove / 2)
|
||||
|
||||
# _
|
||||
# |_) _ _|_ ._ ._
|
||||
# | \ (/_ |_ |_| | | |
|
||||
#
|
||||
|
||||
return [z_eff, alpha, beta]
|
||||
|
||||
if __name__ == "__main__":
|
||||
arguments = docopt(__doc__)
|
||||
|
||||
@ -142,6 +213,10 @@ if __name__ == "__main__":
|
||||
l_str_ele = [str_ele for str_ele in str_.split("Element Symbol: ")
|
||||
if str_ele]
|
||||
|
||||
l_zeff = []
|
||||
alpha_tot = 0
|
||||
beta_tot = 0
|
||||
|
||||
for str_ele in l_str_ele:
|
||||
|
||||
# ~#~#~#~#~ #
|
||||
@ -155,14 +230,8 @@ if __name__ == "__main__":
|
||||
# L o c a l #
|
||||
# ~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
print "local"
|
||||
|
||||
l_v, l_n, l_dz = get_v_n_dz_local(str_ele[l:nl])
|
||||
|
||||
print l_v
|
||||
print l_n
|
||||
print l_dz
|
||||
|
||||
ezfio.pseudo_klocmax = len(l_v)
|
||||
ezfio.pseudo_v_k = l_v
|
||||
ezfio.pseudo_n_k = l_n
|
||||
@ -172,19 +241,24 @@ if __name__ == "__main__":
|
||||
# N o n _ L o c a l #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
print "non local"
|
||||
|
||||
l_v_kl, l_n_kl, l_dz_kl = get_v_n_dz_l_nonlocal(str_ele[nl:])
|
||||
|
||||
print l_v_kl
|
||||
print l_n_kl
|
||||
print l_dz_kl
|
||||
|
||||
ezfio.pseudo_lmaxpo = len(l_v_kl)
|
||||
ezfio.pseudo_kmax = len(l_v_kl[0])
|
||||
ezfio.pseudo_v_kl = l_v_kl
|
||||
ezfio.pseudo_n_kl = l_n_kl
|
||||
ezfio.pseudo_dz_kl = l_dz_kl
|
||||
|
||||
if arguments["--zeff"]:
|
||||
ezfio.nuclei_nucl_charge = map(int, arguments["--zeff"])
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
# Z _ e f f , a l p h a / b e t a _ e l e c #
|
||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||
|
||||
zeff, alpha, beta = get_zeff_alpha_beta(str_)
|
||||
|
||||
alpha_tot += alpha
|
||||
beta_tot += beta
|
||||
l_zeff.append(zeff)
|
||||
|
||||
ezfio.electrons_elec_alpha_num = alpha_tot
|
||||
ezfio.electrons_elec_beta_num = beta_tot
|
||||
ezfio.nuclei_nucl_charge = l_zeff
|
||||
|
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