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2a2d1050b5
...
7f5448fd9e
Author | SHA1 | Date | |
---|---|---|---|
7f5448fd9e | |||
20ca64fec9 | |||
b5111d0f62 | |||
|
452bd1142f |
@ -6,6 +6,7 @@ Usage:
|
|||||||
qp_plugins download <url> [-n <name>]
|
qp_plugins download <url> [-n <name>]
|
||||||
qp_plugins install <name>...
|
qp_plugins install <name>...
|
||||||
qp_plugins uninstall <name>
|
qp_plugins uninstall <name>
|
||||||
|
qp_plugins update [-r <repo>]
|
||||||
qp_plugins create -n <name> [-r <repo>] [<needed_modules>...]
|
qp_plugins create -n <name> [-r <repo>] [<needed_modules>...]
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Options:
|
Options:
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@ -23,6 +24,8 @@ Options:
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uninstall Uninstall a plugin
|
uninstall Uninstall a plugin
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||||||
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|
update Update the repository
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create
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create
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-n --name=<name> Create a new plugin named <name>
|
-n --name=<name> Create a new plugin named <name>
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||||||
-r --repository=<repo> Name of the repository in which to create the plugin
|
-r --repository=<repo> Name of the repository in which to create the plugin
|
||||||
@ -89,16 +92,19 @@ def save_new_module(path, l_child):
|
|||||||
end
|
end
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||||||
""")
|
""")
|
||||||
|
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||||||
|
def get_repositories():
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||||||
|
l_result = [f for f in os.listdir(QP_PLUGINS) \
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if f not in [".gitignore", "local"] ]
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||||||
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return sorted(l_result)
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||||||
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||||||
def main(arguments):
|
def main(arguments):
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"""Main function"""
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"""Main function"""
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||||||
arguments["<name>"] = [os.path.normpath(name) for name in arguments["<name>"]]
|
arguments["<name>"] = [os.path.normpath(name) for name in arguments["<name>"]]
|
||||||
|
|
||||||
if arguments["list"]:
|
if arguments["list"]:
|
||||||
if arguments["--repositories"]:
|
if arguments["--repositories"]:
|
||||||
l_result = [f for f in os.listdir(QP_PLUGINS) \
|
for repo in get_repositories():
|
||||||
if f not in [".gitignore", "local"] ]
|
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||||||
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||||||
for repo in sorted(l_result):
|
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||||||
print repo
|
print repo
|
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||||||
else:
|
else:
|
||||||
@ -138,6 +144,7 @@ def main(arguments):
|
|||||||
for module in sorted(l_result):
|
for module in sorted(l_result):
|
||||||
print "%-30s %-30s"%(module, repo_of_plugin[module])
|
print "%-30s %-30s"%(module, repo_of_plugin[module])
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
if arguments["create"]:
|
if arguments["create"]:
|
||||||
m_instance = ModuleHandler([QP_SRC])
|
m_instance = ModuleHandler([QP_SRC])
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||||||
|
|
||||||
@ -306,6 +313,20 @@ def main(arguments):
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|||||||
print "%s is a core module which can't be removed" % module
|
print "%s is a core module which can't be removed" % module
|
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elif arguments["update"]:
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if arguments["--repository"]:
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l_repositories = [ arguments["--repository"] ]
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|
else:
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l_repositories = get_repositories()
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for repo in l_repositories:
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print "Updating ", repo
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os.chdir(os.path.join(QP_PLUGINS,repo))
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git_cmd=["git", "pull"]
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|
subprocess.check_call(git_cmd)
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||||||
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if __name__ == '__main__':
|
if __name__ == '__main__':
|
||||||
ARG = docopt(__doc__)
|
ARG = docopt(__doc__)
|
||||||
main(ARG)
|
main(ARG)
|
||||||
|
@ -6,18 +6,39 @@ Automatically finds n, the number of core electrons. Calls qp_set_mo_class
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|||||||
setting all MOs as Active, except the n/2 first ones which are set as Core.
|
setting all MOs as Active, except the n/2 first ones which are set as Core.
|
||||||
If pseudo-potentials are used, all the MOs are set as Active.
|
If pseudo-potentials are used, all the MOs are set as Active.
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||||||
|
|
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For elements on the right of the periodic table, qp_set_frozen_core will work
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as expected. But for elements on the left, a small core will be chosen. For
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example, a Carbon atom will have 2 core electrons, but a Lithium atom will have
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zero.
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Usage:
|
Usage:
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qp_set_frozen_core [-q|--query] [-l|--large] EZFIO_DIR
|
qp_set_frozen_core [-q|--query] [(-l|-s|--large|--small)] EZFIO_DIR
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||||||
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Options:
|
Options:
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-q --query Prints in the standard output the number of frozen MOs
|
-q --query Prints in the standard output the number of frozen MOs
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-l --large Use a large core
|
-l --large Use a small core
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||||||
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-s --small Use a large core
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Default numbers of frozen electrons:
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========== ========= ======= =======
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Range Default Small Large
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========== ========= ======= =======
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H -> He 0 0 0
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Li -> Be 0 0 2
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|
B -> Ne 2 2 2
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||||||
|
Na -> Mg 2 2 10
|
||||||
|
Al -> Ar 10 2 10
|
||||||
|
K -> Ca 10 10 18
|
||||||
|
Sc -> Zn 10 10 18
|
||||||
|
Ga -> Kr 18 10 18
|
||||||
|
Rb -> Sr 18 18 36
|
||||||
|
Y -> Cd 18 18 36
|
||||||
|
In -> Xe 36 18 36
|
||||||
|
Cs -> Ba 36 36 54
|
||||||
|
La -> Hg 36 36 54
|
||||||
|
Tl -> Rn 54 36 54
|
||||||
|
Fr -> Ra 54 54 86
|
||||||
|
Ac -> Cn 54 54 86
|
||||||
|
Nh -> Og 86 54 86
|
||||||
|
========== ========= ======= =======
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
"""
|
"""
|
||||||
|
|
||||||
@ -47,47 +68,36 @@ def main(arguments):
|
|||||||
except:
|
except:
|
||||||
do_pseudo = False
|
do_pseudo = False
|
||||||
|
|
||||||
large = 0
|
|
||||||
small = 1
|
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||||||
|
|
||||||
size = small
|
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||||||
if arguments["--large"]:
|
|
||||||
size = large
|
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||||||
|
|
||||||
if not do_pseudo:
|
if not do_pseudo:
|
||||||
|
|
||||||
if size == large:
|
if arguments["--large"]:
|
||||||
for charge in ezfio.nuclei_nucl_charge:
|
for charge in ezfio.nuclei_nucl_charge:
|
||||||
if charge <= 2:
|
if charge <= 2: pass
|
||||||
pass
|
elif charge <= 10: n_frozen += 1
|
||||||
elif charge <= 10:
|
elif charge <= 18: n_frozen += 5
|
||||||
n_frozen += 1
|
elif charge <= 36: n_frozen += 9
|
||||||
elif charge <= 18:
|
elif charge <= 54: n_frozen += 18
|
||||||
n_frozen += 5
|
elif charge <= 86: n_frozen += 27
|
||||||
elif charge <= 36:
|
elif charge <= 118: n_frozen += 43
|
||||||
n_frozen += 9
|
|
||||||
elif charge <= 54:
|
|
||||||
n_frozen += 18
|
|
||||||
elif charge <= 86:
|
|
||||||
n_frozen += 27
|
|
||||||
elif charge <= 118:
|
|
||||||
n_frozen += 43
|
|
||||||
|
|
||||||
if size == small:
|
elif arguments["--small"]:
|
||||||
|
if charge <= 4: pass
|
||||||
|
elif charge <= 18: n_frozen += 1
|
||||||
|
elif charge <= 36: n_frozen += 5
|
||||||
|
elif charge <= 54: n_frozen += 9
|
||||||
|
elif charge <= 86: n_frozen += 18
|
||||||
|
elif charge <= 118: n_frozen += 27
|
||||||
|
|
||||||
|
else: # default
|
||||||
for charge in ezfio.nuclei_nucl_charge:
|
for charge in ezfio.nuclei_nucl_charge:
|
||||||
if charge < 5:
|
if charge <= 4: pass
|
||||||
pass
|
elif charge <= 12: n_frozen += 1
|
||||||
elif charge < 13:
|
elif charge <= 30: n_frozen += 5
|
||||||
n_frozen += 1
|
elif charge <= 48: n_frozen += 9
|
||||||
elif charge < 31:
|
elif charge <= 80: n_frozen += 18
|
||||||
n_frozen += 5
|
elif charge <= 112: n_frozen += 27
|
||||||
elif charge < 49:
|
|
||||||
n_frozen += 9
|
|
||||||
elif charge < 81:
|
|
||||||
n_frozen += 18
|
|
||||||
elif charge < 113:
|
|
||||||
n_frozen += 27
|
|
||||||
|
|
||||||
mo_num = ezfio.mo_basis_mo_num
|
mo_num = ezfio.mo_basis_mo_num
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -263,4 +263,16 @@ vtz_mclean-chandler 'McLean/Chandler VTZ' VTZ Vale
|
|||||||
vtzp_binning-curtiss 'Binning/Curtiss VTZP' VTZP Valence Triple Zeta + Polarization
|
vtzp_binning-curtiss 'Binning/Curtiss VTZP' VTZP Valence Triple Zeta + Polarization
|
||||||
wachters+f 'Wachters+f' VDZP Valence Double Zeta + Polarization on All Atoms
|
wachters+f 'Wachters+f' VDZP Valence Double Zeta + Polarization on All Atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
aug-cc-pvdz_ecp_ncsu 'aug-cc-pvdz ecp ncsu' augmented cc-pvDz basis set designed for the NCSU ECP found in https://pseudopotentiallibrary.org/
|
||||||
|
aug-cc-pvtz_ecp_ncsu 'aug-cc-pvtz ecp ncsu' augmented cc-pvTz basis set designed for the NCSU ECP found in https://pseudopotentiallibrary.org/
|
||||||
|
aug-cc-pvqz_ecp_ncsu 'aug-cc-pvqz ecp ncsu' augmented cc-pvQz basis set designed for the NCSU ECP found in https://pseudopotentiallibrary.org/
|
||||||
|
aug-cc-pv5z_ecp_ncsu 'aug-cc-pv5z ecp ncsu' augmented cc-pv5z basis set designed for the NCSU ECP found in https://pseudopotentiallibrary.org/
|
||||||
|
cc-pvdz_ecp_ncsu 'cc-pvdz ecp ncsu' cc-pvDz basis set designed for the NCSU ECP found in https://pseudopotentiallibrary.org/
|
||||||
|
cc-pvtz_ecp_ncsu 'cc-pvtz ecp ncsu' cc-pvTz basis set designed for the NCSU ECP found in https://pseudopotentiallibrary.org/
|
||||||
|
cc-pvqz_ecp_ncsu 'cc-pvqz ecp ncsu' cc-pvQz basis set designed for the NCSU ECP found in https://pseudopotentiallibrary.org/
|
||||||
|
cc-pv5z_ecp_ncsu 'cc-pv5z ecp ncsu' cc-pv5z basis set designed for the NCSU ECP found in https://pseudopotentiallibrary.org/
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
# ; vim::nowrap
|
# ; vim::nowrap
|
||||||
|
3535
data/basis/aug-cc-pv5z_ecp_ncsu
Normal file
3535
data/basis/aug-cc-pv5z_ecp_ncsu
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
1777
data/basis/aug-cc-pvdz_ecp_ncsu
Normal file
1777
data/basis/aug-cc-pvdz_ecp_ncsu
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
2910
data/basis/aug-cc-pvqz_ecp_ncsu
Normal file
2910
data/basis/aug-cc-pvqz_ecp_ncsu
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
2325
data/basis/aug-cc-pvtz_ecp_ncsu
Normal file
2325
data/basis/aug-cc-pvtz_ecp_ncsu
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
3512
data/basis/cc-pv5z_ecp_ncsu
Normal file
3512
data/basis/cc-pv5z_ecp_ncsu
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
1772
data/basis/cc-pvdz_ecp_ncsu
Normal file
1772
data/basis/cc-pvdz_ecp_ncsu
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
2888
data/basis/cc-pvqz_ecp_ncsu
Normal file
2888
data/basis/cc-pvqz_ecp_ncsu
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
2308
data/basis/cc-pvtz_ecp_ncsu
Normal file
2308
data/basis/cc-pvtz_ecp_ncsu
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
344
data/pseudo/ncsu
344
data/pseudo/ncsu
@ -1,56 +1,46 @@
|
|||||||
H GEN 0 1
|
H GEN 0 1
|
||||||
3
|
3
|
||||||
-10.851924053 2 21.7769665504
|
1.00000000000000 1 21.24359508259891
|
||||||
1.0 1 21.2435950826
|
21.24359508259891 3 21.24359508259891
|
||||||
21.2435950826 3 21.2435950826
|
-10.85192405303825 2 21.77696655044365
|
||||||
1
|
1
|
||||||
0.0 2 1.0
|
0.00000000000000 2 1.000000000000000
|
||||||
|
|
||||||
|
B GEN 2 1
|
||||||
|
3
|
||||||
|
3.00000 1 31.49298
|
||||||
|
94.47895 3 22.56509
|
||||||
|
-9.74800 2 8.64669
|
||||||
|
1
|
||||||
|
20.74800 2 4.06246
|
||||||
|
|
||||||
C GEN 2 1
|
C GEN 2 1
|
||||||
3
|
3
|
||||||
4.0 1 14.43502
|
4.00000 1 14.43502
|
||||||
57.74008 3 8.39889
|
57.74008 3 8.39889
|
||||||
-25.81955 2 7.38188
|
-25.81955 2 7.38188
|
||||||
1
|
1
|
||||||
52.13345 2 7.76079
|
52.13345 2 7.76079
|
||||||
|
|
||||||
Cl GEN 10 2
|
N GEN 2 1
|
||||||
|
6
|
||||||
|
3.25000 1 12.91881
|
||||||
|
1.75000 1 9.22825
|
||||||
|
41.98612 3 12.96581
|
||||||
|
16.14945 3 8.05477
|
||||||
|
-26.09522 2 12.54876
|
||||||
|
-10.32626 2 7.53360
|
||||||
|
2
|
||||||
|
34.77692 2 9.41609
|
||||||
|
15.20330 2 8.16694
|
||||||
|
|
||||||
|
O GEN 2 1
|
||||||
3
|
3
|
||||||
7.0 1 22.71655173
|
6.000000 1 12.30997
|
||||||
159.01586213 3 78.57185685
|
73.85984 3 14.76962
|
||||||
-15.6531065 2 7.47352436
|
-47.87600 2 13.71419
|
||||||
2
|
1
|
||||||
6.50888648 2 17.23708573
|
85.86406 2 13.65512
|
||||||
46.763467 2 4.31148447
|
|
||||||
2
|
|
||||||
2.9946477 2 11.38275704
|
|
||||||
28.0170341 2 3.83218762
|
|
||||||
|
|
||||||
Co GEN 10 2
|
|
||||||
4
|
|
||||||
17.0 1 24.7400138129
|
|
||||||
420.580234819 3 23.5426031368
|
|
||||||
-194.630579018 2 24.0406241364
|
|
||||||
-2.94301943013 2 10.237411369
|
|
||||||
2
|
|
||||||
270.86974114 2 23.0205711168
|
|
||||||
54.1910212498 2 10.9219568474
|
|
||||||
2
|
|
||||||
200.63032558 2 25.3244045243
|
|
||||||
38.9480947892 2 10.6533915029
|
|
||||||
|
|
||||||
Cr GEN 10 2
|
|
||||||
4
|
|
||||||
14.0 1 18.2809107439
|
|
||||||
255.932750414 3 17.0980065531
|
|
||||||
-132.018263171 2 16.7226727605
|
|
||||||
-0.773887613451 2 5.02865105891
|
|
||||||
2
|
|
||||||
219.481462096 2 16.9007876081
|
|
||||||
28.079331766 2 7.33662150761
|
|
||||||
2
|
|
||||||
139.983968717 2 17.3197451654
|
|
||||||
19.5483578632 2 6.92409757503
|
|
||||||
|
|
||||||
F GEN 2 1
|
F GEN 2 1
|
||||||
3
|
3
|
||||||
@ -60,124 +50,214 @@ F GEN 2 1
|
|||||||
1
|
1
|
||||||
51.3934743997 2 11.3903478843
|
51.3934743997 2 11.3903478843
|
||||||
|
|
||||||
Fe GEN 10 2
|
Na GEN 10 2
|
||||||
4
|
|
||||||
16.0 1 23.2209171361
|
|
||||||
371.534674178 3 23.5471467972
|
|
||||||
-181.226034452 2 23.4725634461
|
|
||||||
-2.3730523614 2 9.85238815041
|
|
||||||
2
|
|
||||||
277.500325475 2 22.2106269743
|
|
||||||
46.2049558527 2 9.51515800919
|
|
||||||
2
|
|
||||||
194.998750566 2 24.5700087185
|
|
||||||
31.6794513291 2 8.86648776669
|
|
||||||
|
|
||||||
Mn GEN 10 2
|
|
||||||
4
|
|
||||||
15.0 1 21.9061889166
|
|
||||||
328.592833748 3 21.3460106503
|
|
||||||
-162.049880237 2 21.2709151562
|
|
||||||
-1.85679609726 2 7.90771171833
|
|
||||||
2
|
|
||||||
244.669998154 2 18.9263045646
|
|
||||||
33.5399867643 2 8.31114792811
|
|
||||||
2
|
|
||||||
162.350195446 2 20.162449313
|
|
||||||
24.1593874179 2 7.79269955633
|
|
||||||
|
|
||||||
Ni GEN 10 2
|
|
||||||
4
|
|
||||||
18.0 1 37.839331506
|
|
||||||
681.107967108 3 23.875701156
|
|
||||||
-173.162219465 2 19.8803935987
|
|
||||||
0.34274858261 2 3.56565870195
|
|
||||||
2
|
|
||||||
91.6513902571 2 13.545098213
|
|
||||||
331.659352198 2 27.7907700999
|
|
||||||
2
|
|
||||||
7.5147228016 2 6.46792786898
|
|
||||||
265.586894944 2 23.6921476759
|
|
||||||
|
|
||||||
O GEN 2 1
|
|
||||||
3
|
3
|
||||||
6.0 1 12.30997
|
1.000000 1 4.311678
|
||||||
73.85984 3 14.76962
|
4.311678 3 1.925689
|
||||||
-47.876 2 13.71419
|
-2.083137 2 1.549498
|
||||||
1
|
2
|
||||||
85.86406 2 13.65512
|
6.234064 2 5.377666
|
||||||
|
9.075931 2 1.408414
|
||||||
|
2
|
||||||
|
3.232724 2 1.379949
|
||||||
|
2.494079 2 0.862453
|
||||||
|
|
||||||
|
Mg GEN 10 2
|
||||||
|
3
|
||||||
|
2.000000 1 6.048538
|
||||||
|
12.097075 3 2.796989
|
||||||
|
-17.108313 2 2.547408
|
||||||
|
2
|
||||||
|
6.428631 2 5.936017
|
||||||
|
14.195491 2 1.592891
|
||||||
|
2
|
||||||
|
3.315069 2 1.583969
|
||||||
|
4.403025 2 1.077297
|
||||||
|
|
||||||
|
Al GEN 2 1
|
||||||
|
3
|
||||||
|
11.000000 1 11.062056
|
||||||
|
121.682619 3 12.369778
|
||||||
|
-82.624567 2 11.965444
|
||||||
|
2
|
||||||
|
25.157259 2 81.815564
|
||||||
|
113.067525 2 24.522883
|
||||||
|
|
||||||
|
Si GEN 10 2
|
||||||
|
3
|
||||||
|
4.000000 1 5.168316
|
||||||
|
20.673264 3 8.861690
|
||||||
|
-14.818174 2 3.933474
|
||||||
|
2
|
||||||
|
14.832760 2 9.447023
|
||||||
|
26.349664 2 2.553812
|
||||||
|
2
|
||||||
|
7.621400 2 3.660001
|
||||||
|
10.331583 2 1.903653
|
||||||
|
|
||||||
|
P GEN 2 1
|
||||||
|
3
|
||||||
|
13.000000 1 15.073300
|
||||||
|
195.952906 3 18.113176
|
||||||
|
-117.611086 2 17.371539
|
||||||
|
2
|
||||||
|
25.197230 2 101.982019
|
||||||
|
189.426261 2 37.485881
|
||||||
|
|
||||||
S GEN 2 1
|
S GEN 2 1
|
||||||
3
|
3
|
||||||
14.00000000 1 17.46806994
|
14.000000 1 17.977612
|
||||||
244.55297916 3 16.40396851
|
251.686565 3 20.435964
|
||||||
-128.37752591 2 16.71429998
|
-135.538891 2 19.796579
|
||||||
2
|
2
|
||||||
30.00006536 2 54.87912854
|
25.243283 2 111.936344
|
||||||
125.50010056 2 31.32968867
|
227.060768 2 43.941844
|
||||||
|
|
||||||
|
Cl GEN 2 1
|
||||||
|
3
|
||||||
|
15.000000 1 22.196266
|
||||||
|
332.943994 3 26.145117
|
||||||
|
-161.999982 2 25.015118
|
||||||
|
2
|
||||||
|
26.837357 2 124.640433
|
||||||
|
277.296696 2 52.205433
|
||||||
|
|
||||||
|
Ar GEN 2 1
|
||||||
|
3
|
||||||
|
16.000000 1 23.431337
|
||||||
|
374.901386 3 26.735872
|
||||||
|
-178.039517 2 26.003325
|
||||||
|
2
|
||||||
|
25.069215 2 135.620522
|
||||||
|
332.151842 2 60.471053
|
||||||
|
|
||||||
Sc GEN 10 2
|
Sc GEN 10 2
|
||||||
4
|
4
|
||||||
11.0 1 16.0484863686
|
11.00000000 1 16.02394388
|
||||||
176.533350054 3 14.07764439
|
176.26338271 3 14.08647403
|
||||||
-83.673420518 2 11.993486653
|
-83.68149599 2 11.93985121
|
||||||
0.331064789149 2 3.75115298216
|
0.43282764 2 3.69440111
|
||||||
2
|
2
|
||||||
153.959870288 2 11.4712713921
|
153.96530175 2 11.49466541
|
||||||
14.9643185607 2 5.00756742752
|
14.93675657 2 5.01031394
|
||||||
2
|
2
|
||||||
97.2094454291 2 11.4449481137
|
97.21725690 2 11.45126730
|
||||||
10.8162163087 2 4.78509457131
|
10.81704018 2 4.76798446
|
||||||
|
|
||||||
Ti GEN 10 2
|
Ti GEN 10 2
|
||||||
4
|
4
|
||||||
12.0 1 18.4136620219
|
12.00000000 1 18.41366202
|
||||||
220.963944263 3 15.9229241432
|
220.96394426 3 15.92292414
|
||||||
-94.2902582468 2 13.6500062314
|
-94.29025824 2 13.65000623
|
||||||
0.0979114248227 2 5.0955521057
|
0.09791142 2 5.09555210
|
||||||
2
|
2
|
||||||
173.946572359 2 12.7058061392
|
173.94657235 2 12.70580613
|
||||||
18.8376833381 2 6.11178551988
|
18.83768333 2 6.11178551
|
||||||
2
|
2
|
||||||
111.45672882 2 12.6409192965
|
111.45672882 2 12.64091929
|
||||||
11.1770268269 2 5.35437415684
|
11.17702682 2 5.35437415
|
||||||
|
|
||||||
V GEN 10 2
|
V GEN 10 2
|
||||||
4
|
4
|
||||||
13.0 1 20.3216891426
|
13.00000000 1 20.32168914
|
||||||
264.181958854 3 19.5969804012
|
264.18195885 3 19.59698040
|
||||||
-115.292932083 2 17.3314734817
|
-115.29293208 2 17.33147348
|
||||||
-0.662887260057 2 5.12320657929
|
-0.66288726 2 5.12320657
|
||||||
2
|
2
|
||||||
195.567138911 2 15.1250215054
|
195.56713891 2 15.12502150
|
||||||
22.8864283476 2 6.2989891447
|
22.88642834 2 6.29898914
|
||||||
2
|
2
|
||||||
126.421195008 2 15.9385511327
|
126.42119500 2 15.93855113
|
||||||
16.0359712766 2 5.74006266866
|
16.03597127 2 5.74006266
|
||||||
|
|
||||||
Zn GEN 10 2
|
Cr GEN 10 2
|
||||||
4
|
4
|
||||||
20.0 1 35.8079761618
|
14.00000000 1 18.28091074
|
||||||
716.159523235 3 34.536460837
|
255.93275041 3 17.09800655
|
||||||
-204.683933235 2 28.6283017827
|
-132.01826317 2 16.72267276
|
||||||
0.760266144617 2 7.9623968256
|
-0.77388761 2 5.02865105
|
||||||
2
|
2
|
||||||
95.8764043739 2 14.6349869153
|
219.48146209 2 16.90078760
|
||||||
431.708043027 2 35.0214135667
|
28.07933176 2 7.33662150
|
||||||
2
|
2
|
||||||
74.0127004894 2 14.5742930415
|
139.98396871 2 17.31974516
|
||||||
313.577705639 2 42.2297923499
|
19.54835786 2 6.92409757
|
||||||
|
|
||||||
|
Mn GEN 10 2
|
||||||
|
4
|
||||||
|
15.00000000 1 21.91937433
|
||||||
|
328.79061500 3 21.35527127
|
||||||
|
-162.05172805 2 21.27162653
|
||||||
|
-1.82694272 2 7.93913962
|
||||||
|
2
|
||||||
|
244.66870492 2 18.92044965
|
||||||
|
33.54162717 2 8.32764757
|
||||||
|
2
|
||||||
|
162.35033685 2 20.17347020
|
||||||
|
24.17956695 2 7.80047874
|
||||||
|
|
||||||
|
Fe GEN 10 2
|
||||||
|
4
|
||||||
|
16.00000000 1 23.22091713
|
||||||
|
371.53467417 3 23.54714679
|
||||||
|
-181.22603445 2 23.47256344
|
||||||
|
-2.37305236 2 9.85238815
|
||||||
|
2
|
||||||
|
277.50032547 2 22.21062697
|
||||||
|
46.20495585 2 9.51515800
|
||||||
|
2
|
||||||
|
194.99875056 2 24.57000871
|
||||||
|
31.67945132 2 8.86648776
|
||||||
|
|
||||||
|
Co GEN 10 2
|
||||||
|
4
|
||||||
|
17.00000000 1 25.00124115
|
||||||
|
425.02109971 3 22.83490096
|
||||||
|
-195.48211282 2 23.47468155
|
||||||
|
-2.81572866 2 10.33794825
|
||||||
|
2
|
||||||
|
271.77708486 2 23.41427030
|
||||||
|
54.26461121 2 10.76931694
|
||||||
|
2
|
||||||
|
201.53430745 2 25.47446316
|
||||||
|
38.99231927 2 10.68404901
|
||||||
|
|
||||||
|
Ni GEN 10 2
|
||||||
|
4
|
||||||
|
18.000 1 2.82630001015327e+01
|
||||||
|
508.7340018275886 3 2.69360254587070e+01
|
||||||
|
-2.20099999296390e+02 2 2.70860075292970e+01
|
||||||
|
-2.13493270999809e+00 2 1.22130001295874e+01
|
||||||
|
2
|
||||||
|
3.21240002430625e+02 2 2.64320193944270e+01
|
||||||
|
6.03470084610628e+01 2 1.17489696842121e+01
|
||||||
|
2
|
||||||
|
2.36539998999428e+02 2 2.94929998193907e+01
|
||||||
|
4.43969887908906e+01 2 1.15569831458722e+01
|
||||||
|
|
||||||
Cu GEN 10 2
|
Cu GEN 10 2
|
||||||
4
|
4
|
||||||
19.0 1 31.5381126304
|
19.00000000 1 31.53811263
|
||||||
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|
599.22413997 3 31.06925531
|
||||||
-244.689154841 2 30.5903586806
|
-244.68915484 2 30.59035868
|
||||||
-1.2934952584 2 14.0514106386
|
-1.29349525 2 14.05141063
|
||||||
2
|
2
|
||||||
66.2756081341 2 12.7723591969
|
370.71371824 2 29.35562242
|
||||||
370.71371825 2 29.355622426
|
66.27560813 2 12.77235919
|
||||||
2
|
2
|
||||||
49.7626505709 2 12.5247148487
|
271.66281028 2 33.51694543
|
||||||
271.662810283 2 33.5169454376
|
49.76265057 2 12.52471484
|
||||||
|
|
||||||
|
Zn GEN 10 2
|
||||||
|
4
|
||||||
|
20.00000000 1 35.80797616
|
||||||
|
716.15952323 3 34.53646083
|
||||||
|
-204.68393323 2 28.62830178
|
||||||
|
0.76026614 2 7.96239682
|
||||||
|
2
|
||||||
|
431.70804302 2 35.02141356
|
||||||
|
95.87640437 2 14.63498691
|
||||||
|
2
|
||||||
|
313.57770563 2 42.22979234
|
||||||
|
74.01270048 2 14.57429304
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -953,6 +953,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
|
|
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Gets multiple AO bi-electronic integral from the AO map .
|
Gets multiple AO bi-electronic integral from the AO map .
|
||||||
All i are retrieved for j,k,l fixed.
|
All i are retrieved for j,k,l fixed.
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|
physicist convention : <ij|kl>
|
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|
|
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Needs:
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
@ -1224,6 +1225,8 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
subroutine two_e_integrals_index(i,j,k,l,i1)
|
subroutine two_e_integrals_index(i,j,k,l,i1)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Gives a unique index for i,j,k,l using permtuation symmetry.
|
||||||
|
i <-> k, j <-> l, and (i,k) <-> (j,l)
|
||||||
|
|
||||||
Called by:
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
@ -1255,7 +1258,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:data:`mo_integrals_erf_cache`
|
* :c:data:`mo_integrals_erf_cache`
|
||||||
* :c:data:`mo_integrals_erf_map`
|
* :c:data:`mo_integrals_erf_map`
|
||||||
* :c:data:`mo_integrals_map`
|
* :c:data:`mo_integrals_map`
|
||||||
* :c:func:`two_e_integrals_index_reverse`
|
* :c:func:`test`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:function:: two_e_integrals_index_reverse:
|
.. c:function:: two_e_integrals_index_reverse:
|
||||||
@ -1268,6 +1271,15 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
subroutine two_e_integrals_index_reverse(i,j,k,l,i1)
|
subroutine two_e_integrals_index_reverse(i,j,k,l,i1)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Computes the 4 indices $i,j,k,l$ from a unique index $i_1$.
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For 2 indices $i,j$ and $i \le j$, we have
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|
$p = i(i-1)/2 + j$.
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|
The key point is that because $j < i$,
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|
$i(i-1)/2 < p \le i(i+1)/2$. So $i$ can be found by solving
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$i^2 - i - 2p=0$. One obtains $i=1 + \sqrt{1+8p}/2$
|
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|
and $j = p - i(i-1)/2$.
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|
This rule is applied 3 times. First for the symmetry of the
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|
pairs (i,k) and (j,l), and then for the symmetry within each pair.
|
||||||
|
|
||||||
Called by:
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
@ -1275,11 +1287,5 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
||||||
|
* :c:func:`test`
|
||||||
Calls:
|
|
||||||
|
|
||||||
.. hlist::
|
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||||||
:columns: 3
|
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||||||
|
|
||||||
* :c:func:`two_e_integrals_index`
|
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -51,3 +51,13 @@ EZFIO parameters
|
|||||||
|
|
||||||
Beta one body density matrix on the |MO| basis computed with the wave function
|
Beta one body density matrix on the |MO| basis computed with the wave function
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: data_one_e_dm_alpha_ao
|
||||||
|
|
||||||
|
Alpha one body density matrix on the |AO| basis computed with the wave function
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: data_one_e_dm_beta_ao
|
||||||
|
|
||||||
|
Beta one body density matrix on the |AO| basis computed with the wave function
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -241,6 +241,7 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`mos_in_r_array`
|
* :c:data:`mos_in_r_array`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: final_weight_at_r
|
.. c:var:: final_weight_at_r
|
||||||
@ -339,6 +340,7 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`mos_in_r_array`
|
* :c:data:`mos_in_r_array`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: grid_points_per_atom
|
.. c:var:: grid_points_per_atom
|
||||||
@ -468,6 +470,7 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`mos_in_r_array`
|
* :c:data:`mos_in_r_array`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: index_final_points_reverse
|
.. c:var:: index_final_points_reverse
|
||||||
@ -532,6 +535,7 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`mos_in_r_array`
|
* :c:data:`mos_in_r_array`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: m_knowles
|
.. c:var:: m_knowles
|
||||||
@ -608,6 +612,7 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`mos_lapl_in_r_array`
|
* :c:data:`mos_lapl_in_r_array`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
* :c:data:`pot_grad_x_alpha_ao_pbe`
|
* :c:data:`pot_grad_x_alpha_ao_pbe`
|
||||||
* :c:data:`pot_grad_xc_alpha_ao_pbe`
|
* :c:data:`pot_grad_xc_alpha_ao_pbe`
|
||||||
* :c:data:`pot_scal_x_alpha_ao_pbe`
|
* :c:data:`pot_scal_x_alpha_ao_pbe`
|
||||||
@ -749,6 +754,7 @@ Providers
|
|||||||
|
|
||||||
* :c:data:`grid_points_per_atom`
|
* :c:data:`grid_points_per_atom`
|
||||||
* :c:data:`n_points_radial_grid`
|
* :c:data:`n_points_radial_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge`
|
||||||
* :c:data:`nucl_coord_transp`
|
* :c:data:`nucl_coord_transp`
|
||||||
* :c:data:`nucl_dist_inv`
|
* :c:data:`nucl_dist_inv`
|
||||||
* :c:data:`nucl_num`
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
@ -818,6 +824,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:data:`nucl_dist_inv`
|
* :c:data:`nucl_dist_inv`
|
||||||
* :c:data:`slater_bragg_type_inter_distance_ua`
|
* :c:data:`slater_bragg_type_inter_distance_ua`
|
||||||
* :c:data:`nucl_coord_transp`
|
* :c:data:`nucl_coord_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge`
|
||||||
* :c:data:`nucl_num`
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -108,10 +108,12 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
||||||
|
|
||||||
@ -150,8 +152,6 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`closed_shell_ref_bitmask`
|
* :c:data:`closed_shell_ref_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`psi_cas`
|
* :c:data:`psi_cas`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: closed_shell_ref_bitmask
|
.. c:var:: closed_shell_ref_bitmask
|
||||||
@ -246,10 +246,12 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
||||||
|
|
||||||
@ -374,10 +376,12 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
||||||
|
|
||||||
@ -814,10 +818,12 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
||||||
|
|
||||||
@ -943,10 +949,12 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
||||||
|
|
||||||
@ -1021,10 +1029,12 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
||||||
|
|
||||||
@ -1099,10 +1109,12 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
||||||
|
|
||||||
@ -1110,12 +1122,12 @@ Providers
|
|||||||
.. c:var:: list_core_inact_act
|
.. c:var:: list_core_inact_act
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`bitmask/bitmasks.irp.f`
|
File : :file:`bitmask/core_inact_act_virt.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
integer, allocatable :: list_core_inact_act (n_core_inact_act_orb)
|
integer, allocatable :: list_core_inact_act (n_core_inact_act_orb)
|
||||||
integer, allocatable :: list_core_inact_act_reverse (mo_num)
|
integer, allocatable :: list_core_inact_act_reverse (n_core_inact_act_orb)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -1125,7 +1137,8 @@ Providers
|
|||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`list_inact`
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
* :c:data:`mo_num`
|
* :c:data:`n_core_inact_act_orb`
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_int`
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
|
|
||||||
@ -1134,12 +1147,12 @@ Providers
|
|||||||
.. c:var:: list_core_inact_act_reverse
|
.. c:var:: list_core_inact_act_reverse
|
||||||
|
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File : :file:`bitmask/bitmasks.irp.f`
|
File : :file:`bitmask/core_inact_act_virt.irp.f`
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||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
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||||||
integer, allocatable :: list_core_inact_act (n_core_inact_act_orb)
|
integer, allocatable :: list_core_inact_act (n_core_inact_act_orb)
|
||||||
integer, allocatable :: list_core_inact_act_reverse (mo_num)
|
integer, allocatable :: list_core_inact_act_reverse (n_core_inact_act_orb)
|
||||||
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|
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@ -1149,7 +1162,8 @@ Providers
|
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:columns: 3
|
:columns: 3
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||||||
* :c:data:`list_inact`
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
* :c:data:`mo_num`
|
* :c:data:`n_core_inact_act_orb`
|
||||||
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* :c:data:`n_core_orb`
|
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* :c:data:`n_int`
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
|
|
||||||
@ -1225,10 +1239,12 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
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* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
||||||
|
|
||||||
@ -1303,10 +1319,12 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
||||||
|
|
||||||
@ -1381,10 +1399,12 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
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* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
||||||
|
|
||||||
@ -1459,14 +1479,38 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
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* :c:data:`list_inact_act`
|
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* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
||||||
|
|
||||||
|
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.. c:var:: list_inact_act
|
||||||
|
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File : :file:`bitmask/core_inact_act_virt.irp.f`
|
||||||
|
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|
.. code:: fortran
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||||||
|
integer, allocatable :: list_inact_act (n_inact_act_orb)
|
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|
Needs:
|
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|
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
|
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|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_orb`
|
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|
* :c:data:`n_inact_act_orb`
|
||||||
|
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: list_inact_reverse
|
.. c:var:: list_inact_reverse
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|
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||||||
|
|
||||||
@ -1537,10 +1581,12 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
||||||
|
|
||||||
@ -1615,10 +1661,12 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
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* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
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* :c:data:`list_inact_act`
|
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* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
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* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
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* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
||||||
|
|
||||||
@ -1693,10 +1741,12 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
||||||
|
|
||||||
@ -1772,9 +1822,13 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`dim_list_core_orb`
|
* :c:data:`dim_list_core_orb`
|
||||||
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`list_inact`
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_inact_act_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_core_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_core_orb_allocate`
|
||||||
|
* :c:data:`n_inact_act_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_inact_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_inact_orb_allocate`
|
||||||
* :c:data:`n_virt_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_virt_orb_allocate`
|
||||||
* :c:data:`pt2_f`
|
* :c:data:`pt2_f`
|
||||||
@ -1813,31 +1867,26 @@ Providers
|
|||||||
.. c:var:: n_core_inact_act_orb
|
.. c:var:: n_core_inact_act_orb
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`bitmask/bitmasks.irp.f`
|
File : :file:`bitmask/core_inact_act_virt.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
integer(bit_kind), allocatable :: reunion_of_core_inact_act_bitmask (N_int,2)
|
|
||||||
integer :: n_core_inact_act_orb
|
integer :: n_core_inact_act_orb
|
||||||
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||||||
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||||||
Reunion of the core, inactive and active bitmasks
|
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||||||
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Needs:
|
Needs:
|
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|
|
||||||
.. hlist::
|
.. hlist::
|
||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`cas_bitmask`
|
* :c:data:`n_core_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_int`
|
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
|
||||||
|
|
||||||
Needed by:
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
.. hlist::
|
.. hlist::
|
||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`core_inact_act_bitmask_4`
|
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -1919,9 +1968,13 @@ Providers
|
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* :c:data:`dim_list_core_orb`
|
* :c:data:`dim_list_core_orb`
|
||||||
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`list_inact`
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_inact_act_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_core_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_core_orb_allocate`
|
||||||
|
* :c:data:`n_inact_act_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_inact_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_inact_orb_allocate`
|
||||||
* :c:data:`n_virt_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_virt_orb_allocate`
|
||||||
* :c:data:`pt2_f`
|
* :c:data:`pt2_f`
|
||||||
@ -2004,9 +2057,13 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`dim_list_core_orb`
|
* :c:data:`dim_list_core_orb`
|
||||||
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`list_inact`
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_inact_act_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_core_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_core_orb_allocate`
|
||||||
|
* :c:data:`n_inact_act_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_inact_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_inact_orb_allocate`
|
||||||
* :c:data:`n_virt_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_virt_orb_allocate`
|
||||||
* :c:data:`pt2_f`
|
* :c:data:`pt2_f`
|
||||||
@ -2072,6 +2129,32 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`generators_bitmask_restart`
|
* :c:data:`generators_bitmask_restart`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: n_inact_act_orb
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`bitmask/core_inact_act_virt.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: n_inact_act_orb
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_orb`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: n_inact_orb
|
.. c:var:: n_inact_orb
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -2129,9 +2212,13 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`dim_list_core_orb`
|
* :c:data:`dim_list_core_orb`
|
||||||
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`list_inact`
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_inact_act_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_core_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_core_orb_allocate`
|
||||||
|
* :c:data:`n_inact_act_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_inact_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_inact_orb_allocate`
|
||||||
* :c:data:`n_virt_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_virt_orb_allocate`
|
||||||
* :c:data:`pt2_f`
|
* :c:data:`pt2_f`
|
||||||
@ -2309,9 +2396,13 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`dim_list_core_orb`
|
* :c:data:`dim_list_core_orb`
|
||||||
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`list_inact`
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_inact_act_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_core_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_core_orb_allocate`
|
||||||
|
* :c:data:`n_inact_act_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_inact_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_inact_orb_allocate`
|
||||||
* :c:data:`n_virt_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_virt_orb_allocate`
|
||||||
* :c:data:`pt2_f`
|
* :c:data:`pt2_f`
|
||||||
@ -2412,7 +2503,6 @@ Providers
|
|||||||
.. hlist::
|
.. hlist::
|
||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`cas_bitmask`
|
|
||||||
* :c:data:`list_inact`
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
* :c:data:`n_int`
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
|
||||||
@ -2426,7 +2516,6 @@ Providers
|
|||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
integer(bit_kind), allocatable :: reunion_of_core_inact_act_bitmask (N_int,2)
|
integer(bit_kind), allocatable :: reunion_of_core_inact_act_bitmask (N_int,2)
|
||||||
integer :: n_core_inact_act_orb
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Reunion of the core, inactive and active bitmasks
|
Reunion of the core, inactive and active bitmasks
|
||||||
@ -2436,7 +2525,7 @@ Providers
|
|||||||
.. hlist::
|
.. hlist::
|
||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`cas_bitmask`
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
* :c:data:`n_int`
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
|
|
||||||
@ -2570,10 +2659,12 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
* :c:data:`inact_virt_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_cas_inact_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_act_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
* :c:data:`reunion_of_core_inact_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
* :c:data:`virt_bitmask_4`
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -344,6 +344,34 @@ Providers
|
|||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: pt2_match_weight
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`cipsi/selection.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: pt2_match_weight (N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Weights adjusted along the selection to make the PT2 contributions
|
||||||
|
of each state coincide.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`selection_weight`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: pt2_mindetinfirstteeth
|
.. c:var:: pt2_mindetinfirstteeth
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -698,6 +726,7 @@ Providers
|
|||||||
|
|
||||||
* :c:data:`c0_weight`
|
* :c:data:`c0_weight`
|
||||||
* :c:data:`n_states`
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_match_weight`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -854,6 +883,8 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:data:`psi_det_hii`
|
* :c:data:`psi_det_hii`
|
||||||
* :c:data:`do_only_1h1p`
|
* :c:data:`do_only_1h1p`
|
||||||
* :c:data:`h0_type`
|
* :c:data:`h0_type`
|
||||||
|
* :c:data:`thresh_sym`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_sym`
|
||||||
* :c:data:`psi_det_generators`
|
* :c:data:`psi_det_generators`
|
||||||
|
|
||||||
Called by:
|
Called by:
|
||||||
@ -1584,6 +1615,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:data:`psi_energy`
|
* :c:data:`psi_energy`
|
||||||
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
||||||
* :c:data:`psi_energy`
|
* :c:data:`psi_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_match_weight`
|
||||||
* :c:data:`pt2_stoch_istate`
|
* :c:data:`pt2_stoch_istate`
|
||||||
* :c:data:`state_average_weight`
|
* :c:data:`state_average_weight`
|
||||||
* :c:data:`threshold_generators`
|
* :c:data:`threshold_generators`
|
||||||
@ -1805,6 +1837,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
.. hlist::
|
.. hlist::
|
||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`fci`
|
||||||
* :c:func:`pt2`
|
* :c:func:`pt2`
|
||||||
|
|
||||||
Calls:
|
Calls:
|
||||||
@ -1991,6 +2024,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:data:`psi_energy`
|
* :c:data:`psi_energy`
|
||||||
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
||||||
* :c:data:`psi_energy`
|
* :c:data:`psi_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_match_weight`
|
||||||
* :c:data:`pt2_stoch_istate`
|
* :c:data:`pt2_stoch_istate`
|
||||||
* :c:data:`state_average_weight`
|
* :c:data:`state_average_weight`
|
||||||
* :c:data:`threshold_generators`
|
* :c:data:`threshold_generators`
|
||||||
@ -2344,6 +2378,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:data:`state_average_weight`
|
* :c:data:`state_average_weight`
|
||||||
* :c:data:`n_det`
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
* :c:data:`s2_eig`
|
* :c:data:`s2_eig`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_match_weight`
|
||||||
* :c:data:`pt2_j`
|
* :c:data:`pt2_j`
|
||||||
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
* :c:data:`psi_bilinear_matrix_transp_values`
|
* :c:data:`psi_bilinear_matrix_transp_values`
|
||||||
@ -2415,6 +2450,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:data:`psi_det`
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
* :c:data:`psi_det_size`
|
* :c:data:`psi_det_size`
|
||||||
* :c:data:`psi_det_sorted_bit`
|
* :c:data:`psi_det_sorted_bit`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_match_weight`
|
||||||
* :c:data:`pt2_stoch_istate`
|
* :c:data:`pt2_stoch_istate`
|
||||||
* :c:data:`state_average_weight`
|
* :c:data:`state_average_weight`
|
||||||
|
|
||||||
@ -2441,6 +2477,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:data:`n_det`
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
* :c:data:`psi_bilinear_matrix_columns_loc`
|
* :c:data:`psi_bilinear_matrix_columns_loc`
|
||||||
* :c:data:`n_det_selectors`
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_bilinear_matrix_transp_values`
|
||||||
* :c:data:`psi_det_alpha_unique`
|
* :c:data:`psi_det_alpha_unique`
|
||||||
* :c:data:`psi_bilinear_matrix_transp_values`
|
* :c:data:`psi_bilinear_matrix_transp_values`
|
||||||
* :c:data:`state_average_weight`
|
* :c:data:`state_average_weight`
|
||||||
@ -2456,7 +2493,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:data:`n_states`
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
* :c:data:`pt2_f`
|
* :c:data:`pt2_f`
|
||||||
* :c:data:`n_det_generators`
|
* :c:data:`n_det_generators`
|
||||||
* :c:data:`psi_bilinear_matrix_transp_values`
|
* :c:data:`pt2_match_weight`
|
||||||
* :c:data:`n_int`
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
|
||||||
Called by:
|
Called by:
|
||||||
@ -2496,4 +2533,5 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:data:`psi_det`
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
* :c:data:`psi_det_size`
|
* :c:data:`psi_det_size`
|
||||||
* :c:data:`psi_det_sorted_bit`
|
* :c:data:`psi_det_sorted_bit`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_match_weight`
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -72,7 +72,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
.. c:function:: h_apply_cis:
|
.. c:function:: h_apply_cis:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_13`
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
@ -134,7 +134,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
.. c:function:: h_apply_cis_diexc:
|
.. c:function:: h_apply_cis_diexc:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_13`
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
@ -169,7 +169,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
.. c:function:: h_apply_cis_diexcorg:
|
.. c:function:: h_apply_cis_diexcorg:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_13`
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
@ -208,7 +208,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
.. c:function:: h_apply_cis_diexcp:
|
.. c:function:: h_apply_cis_diexcp:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_13`
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
@ -243,7 +243,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
.. c:function:: h_apply_cis_monoexc:
|
.. c:function:: h_apply_cis_monoexc:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_13`
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
@ -278,3 +278,215 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:func:`bitstring_to_list_ab`
|
* :c:func:`bitstring_to_list_ab`
|
||||||
* :c:func:`fill_h_apply_buffer_no_selection`
|
* :c:func:`fill_h_apply_buffer_no_selection`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: h_apply_cis_sym:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_13`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cis_sym()
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls H_apply on the |HF| determinant and selects all connected single and double
|
||||||
|
excitations (of the same symmetry). Auto-generated by the ``generate_h_apply`` script.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`psi_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`generators_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`h_apply_buffer_allocated`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`s2_eig`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`i_bitmask_gen`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_generators`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`build_fock_tmp`
|
||||||
|
* :c:func:`copy_h_apply_buffer_to_wf`
|
||||||
|
* :c:func:`dsort`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis_sym_diexc`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis_sym_monoexc`
|
||||||
|
* :c:func:`make_s2_eigenfunction`
|
||||||
|
* :c:func:`wall_time`
|
||||||
|
|
||||||
|
Touches:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
||||||
|
* :c:data:`c0_weight`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted_bit`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_size`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted_bit`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: h_apply_cis_sym_diexc:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_13`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cis_sym_diexc(key_in, key_prev, hole_1,particl_1, hole_2, particl_2, fock_diag_tmp, i_generator, iproc_in )
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis_sym`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis_sym_diexcp`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: h_apply_cis_sym_diexcorg:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_13`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cis_sym_diexcOrg(key_in,key_mask,hole_1,particl_1,hole_2, particl_2, fock_diag_tmp, i_generator, iproc_in )
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Generate all double excitations of key_in using the bit masks of holes and
|
||||||
|
particles.
|
||||||
|
Assume N_int is already provided.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis_sym_diexcp`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`bitstring_to_list_ab`
|
||||||
|
* :c:func:`connected_to_hf`
|
||||||
|
* :c:func:`fill_h_apply_buffer_no_selection`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: h_apply_cis_sym_diexcp:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_13`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cis_sym_diexcP(key_in, fs1, fh1, particl_1, fs2, fh2, particl_2, fock_diag_tmp, i_generator, iproc_in )
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis_sym_diexc`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis_sym_diexcorg`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: h_apply_cis_sym_monoexc:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_13`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cis_sym_monoexc(key_in, hole_1,particl_1,fock_diag_tmp,i_generator,iproc_in )
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Generate all single excitations of key_in using the bit masks of holes and
|
||||||
|
particles.
|
||||||
|
Assume N_int is already provided.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis_sym`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`bitstring_to_list_ab`
|
||||||
|
* :c:func:`connected_to_hf`
|
||||||
|
* :c:func:`fill_h_apply_buffer_no_selection`
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -65,7 +65,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
.. c:function:: h_apply_cisd:
|
.. c:function:: h_apply_cisd:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_12`
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
@ -127,7 +127,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
.. c:function:: h_apply_cisd_diexc:
|
.. c:function:: h_apply_cisd_diexc:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_12`
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
@ -162,7 +162,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
.. c:function:: h_apply_cisd_diexcorg:
|
.. c:function:: h_apply_cisd_diexcorg:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_12`
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
@ -201,7 +201,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
.. c:function:: h_apply_cisd_diexcp:
|
.. c:function:: h_apply_cisd_diexcp:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_12`
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
@ -236,7 +236,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
.. c:function:: h_apply_cisd_monoexc:
|
.. c:function:: h_apply_cisd_monoexc:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_12`
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
@ -271,3 +271,215 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:func:`bitstring_to_list_ab`
|
* :c:func:`bitstring_to_list_ab`
|
||||||
* :c:func:`fill_h_apply_buffer_no_selection`
|
* :c:func:`fill_h_apply_buffer_no_selection`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: h_apply_cisd_sym:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_12`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cisd_sym()
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls H_apply on the |HF| determinant and selects all connected single and double
|
||||||
|
excitations (of the same symmetry). Auto-generated by the ``generate_h_apply`` script.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`psi_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`generators_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`h_apply_buffer_allocated`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`s2_eig`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`i_bitmask_gen`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_generators`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`build_fock_tmp`
|
||||||
|
* :c:func:`copy_h_apply_buffer_to_wf`
|
||||||
|
* :c:func:`dsort`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_sym_diexc`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_sym_monoexc`
|
||||||
|
* :c:func:`make_s2_eigenfunction`
|
||||||
|
* :c:func:`wall_time`
|
||||||
|
|
||||||
|
Touches:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
||||||
|
* :c:data:`c0_weight`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted_bit`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_size`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted_bit`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: h_apply_cisd_sym_diexc:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_12`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cisd_sym_diexc(key_in, key_prev, hole_1,particl_1, hole_2, particl_2, fock_diag_tmp, i_generator, iproc_in )
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_sym`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_sym_diexcp`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: h_apply_cisd_sym_diexcorg:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_12`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cisd_sym_diexcOrg(key_in,key_mask,hole_1,particl_1,hole_2, particl_2, fock_diag_tmp, i_generator, iproc_in )
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Generate all double excitations of key_in using the bit masks of holes and
|
||||||
|
particles.
|
||||||
|
Assume N_int is already provided.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_sym_diexcp`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`bitstring_to_list_ab`
|
||||||
|
* :c:func:`connected_to_hf`
|
||||||
|
* :c:func:`fill_h_apply_buffer_no_selection`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: h_apply_cisd_sym_diexcp:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_12`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cisd_sym_diexcP(key_in, fs1, fh1, particl_1, fs2, fh2, particl_2, fock_diag_tmp, i_generator, iproc_in )
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_sym_diexc`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_sym_diexcorg`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: h_apply_cisd_sym_monoexc:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_12`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cisd_sym_monoexc(key_in, hole_1,particl_1,fock_diag_tmp,i_generator,iproc_in )
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Generate all single excitations of key_in using the bit masks of holes and
|
||||||
|
particles.
|
||||||
|
Assume N_int is already provided.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_sym`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`bitstring_to_list_ab`
|
||||||
|
* :c:func:`connected_to_hf`
|
||||||
|
* :c:func:`fill_h_apply_buffer_no_selection`
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -44,6 +44,12 @@ EZFIO parameters
|
|||||||
|
|
||||||
Default: full_density
|
Default: full_density
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: normalize_dm
|
||||||
|
|
||||||
|
if .True., then you normalize the no_core_dm to elec_alpha_num - n_core_orb and elec_beta_num - n_core_orb
|
||||||
|
|
||||||
|
Default: True
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Providers
|
Providers
|
||||||
---------
|
---------
|
||||||
@ -131,6 +137,9 @@ Providers
|
|||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`ao_num`
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`density_for_dft`
|
||||||
* :c:data:`mo_coef`
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
* :c:data:`mo_num`
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
* :c:data:`n_states`
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
@ -147,6 +156,39 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: one_e_dm_alpha_ao_for_dft_no_core
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`density_for_dft/density_for_dft.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_alpha_ao_for_dft_no_core (ao_num,ao_num,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_beta_ao_for_dft_no_core (ao_num,ao_num,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
one body density matrix on the AO basis based on one_e_dm_mo_alpha_for_dft_no_core
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_for_dft_no_core`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta_for_dft_no_core`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: one_e_dm_average_mo_for_dft
|
.. c:var:: one_e_dm_average_mo_for_dft
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -195,6 +237,9 @@ Providers
|
|||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`ao_num`
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`density_for_dft`
|
||||||
* :c:data:`mo_coef`
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
* :c:data:`mo_num`
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
* :c:data:`n_states`
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
@ -211,6 +256,39 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: one_e_dm_beta_ao_for_dft_no_core
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`density_for_dft/density_for_dft.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_alpha_ao_for_dft_no_core (ao_num,ao_num,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_beta_ao_for_dft_no_core (ao_num,ao_num,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
one body density matrix on the AO basis based on one_e_dm_mo_alpha_for_dft_no_core
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_for_dft_no_core`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta_for_dft_no_core`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: one_e_dm_mo_alpha_for_dft
|
.. c:var:: one_e_dm_mo_alpha_for_dft
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -228,14 +306,18 @@ Providers
|
|||||||
.. hlist::
|
.. hlist::
|
||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
* :c:data:`damping_for_rs_dft`
|
* :c:data:`damping_for_rs_dft`
|
||||||
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
||||||
* :c:data:`density_for_dft`
|
* :c:data:`density_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
* :c:data:`mo_coef`
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
* :c:data:`mo_num`
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
* :c:data:`n_core_orb`
|
* :c:data:`n_core_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_states`
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
* :c:data:`no_core_density`
|
* :c:data:`no_core_density`
|
||||||
|
* :c:data:`normalize_dm`
|
||||||
* :c:data:`one_body_dm_mo_alpha_one_det`
|
* :c:data:`one_body_dm_mo_alpha_one_det`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_average`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_average`
|
||||||
@ -246,12 +328,44 @@ Providers
|
|||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_for_dft_no_core`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_for_dft`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_for_dft`
|
||||||
* :c:data:`psi_dft_energy_kinetic`
|
* :c:data:`psi_dft_energy_kinetic`
|
||||||
* :c:data:`trace_v_xc`
|
* :c:data:`trace_v_xc`
|
||||||
* :c:data:`trace_v_xc_new`
|
* :c:data:`trace_v_xc_new`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: one_e_dm_mo_alpha_for_dft_no_core
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`density_for_dft/density_for_dft.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_mo_alpha_for_dft_no_core (mo_num,mo_num,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
density matrix for alpha electrons in the MO basis without the core orbitals
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_orb`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_for_dft`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft_no_core`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: one_e_dm_mo_beta_for_dft
|
.. c:var:: one_e_dm_mo_beta_for_dft
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -269,14 +383,18 @@ Providers
|
|||||||
.. hlist::
|
.. hlist::
|
||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
* :c:data:`damping_for_rs_dft`
|
* :c:data:`damping_for_rs_dft`
|
||||||
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
||||||
* :c:data:`density_for_dft`
|
* :c:data:`density_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
* :c:data:`mo_coef`
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
* :c:data:`mo_num`
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
* :c:data:`n_core_orb`
|
* :c:data:`n_core_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_states`
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
* :c:data:`no_core_density`
|
* :c:data:`no_core_density`
|
||||||
|
* :c:data:`normalize_dm`
|
||||||
* :c:data:`one_body_dm_mo_alpha_one_det`
|
* :c:data:`one_body_dm_mo_alpha_one_det`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_average`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_average`
|
||||||
@ -287,12 +405,44 @@ Providers
|
|||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta_for_dft_no_core`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_for_dft`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_for_dft`
|
||||||
* :c:data:`psi_dft_energy_kinetic`
|
* :c:data:`psi_dft_energy_kinetic`
|
||||||
* :c:data:`trace_v_xc`
|
* :c:data:`trace_v_xc`
|
||||||
* :c:data:`trace_v_xc_new`
|
* :c:data:`trace_v_xc_new`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: one_e_dm_mo_beta_for_dft_no_core
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`density_for_dft/density_for_dft.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_mo_beta_for_dft_no_core (mo_num,mo_num,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
density matrix for beta electrons in the MO basis without the core orbitals
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_orb`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta_for_dft`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft_no_core`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: one_e_dm_mo_for_dft
|
.. c:var:: one_e_dm_mo_for_dft
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -71,7 +71,7 @@ EZFIO parameters
|
|||||||
|
|
||||||
Thresholds on generators (fraction of the square of the norm)
|
Thresholds on generators (fraction of the square of the norm)
|
||||||
|
|
||||||
Default: 0.99
|
Default: 0.999
|
||||||
|
|
||||||
.. option:: n_int
|
.. option:: n_int
|
||||||
|
|
||||||
@ -119,6 +119,18 @@ EZFIO parameters
|
|||||||
Weight of the states in state-average calculations.
|
Weight of the states in state-average calculations.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: thresh_sym
|
||||||
|
|
||||||
|
Thresholds to check if a determinant is connected with HF
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||||||
|
|
||||||
|
Default: 1.e-15
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: pseudo_sym
|
||||||
|
|
||||||
|
If |true|, discard any Slater determinants with an interaction smaller than thresh_sym with HF.
|
||||||
|
|
||||||
|
Default: False
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Providers
|
Providers
|
||||||
---------
|
---------
|
||||||
@ -3971,6 +3983,37 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:func:`debug_det`
|
* :c:func:`debug_det`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: connected_to_hf:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`determinants/slater_rules.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine connected_to_hf(key_i,yes_no)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`thresh_sym`
|
||||||
|
* :c:data:`ref_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`get_excitation_degree`
|
||||||
|
* :c:func:`get_single_excitation`
|
||||||
|
* :c:func:`i_h_j`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:function:: connected_to_ref:
|
.. c:function:: connected_to_ref:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -5367,6 +5410,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
.. hlist::
|
.. hlist::
|
||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`connected_to_hf`
|
||||||
* :c:data:`degree_max_generators`
|
* :c:data:`degree_max_generators`
|
||||||
* :c:func:`diag_h_mat_elem_fock`
|
* :c:func:`diag_h_mat_elem_fock`
|
||||||
* :c:func:`example_determinants`
|
* :c:func:`example_determinants`
|
||||||
@ -5699,6 +5743,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
.. hlist::
|
.. hlist::
|
||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`connected_to_hf`
|
||||||
* :c:func:`diag_h_mat_elem_fock`
|
* :c:func:`diag_h_mat_elem_fock`
|
||||||
* :c:func:`get_excitation`
|
* :c:func:`get_excitation`
|
||||||
* :c:func:`i_h_j`
|
* :c:func:`i_h_j`
|
||||||
@ -5866,6 +5911,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`coef_hf_selector`
|
* :c:data:`coef_hf_selector`
|
||||||
|
* :c:func:`connected_to_hf`
|
||||||
* :c:func:`example_determinants`
|
* :c:func:`example_determinants`
|
||||||
* :c:func:`get_d0`
|
* :c:func:`get_d0`
|
||||||
* :c:func:`get_d1`
|
* :c:func:`get_d1`
|
||||||
|
@ -344,6 +344,94 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`mos_lapl_in_r_array`
|
* :c:data:`mos_lapl_in_r_array`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: elec_alpha_num_grid_becke
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_alpha_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_beta_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: elec_beta_num_grid_becke (N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: elec_alpha_num_grid_becke (N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
one_e_dm_alpha_at_r(i,istate) = n_alpha(r_i,istate)
|
||||||
|
one_e_dm_beta_at_r(i,istate) = n_beta(r_i,istate)
|
||||||
|
where r_i is the ith point of the grid and istate is the state number
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`final_grid_points`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vxc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vxc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_c_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_c_sr_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_sr_x_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_sr_lda`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: elec_beta_num_grid_becke
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_alpha_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_beta_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: elec_beta_num_grid_becke (N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: elec_alpha_num_grid_becke (N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
one_e_dm_alpha_at_r(i,istate) = n_alpha(r_i,istate)
|
||||||
|
one_e_dm_beta_at_r(i,istate) = n_beta(r_i,istate)
|
||||||
|
where r_i is the ith point of the grid and istate is the state number
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`final_grid_points`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vxc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vxc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_c_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_c_sr_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_sr_x_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_sr_lda`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: mos_grad_in_r_array
|
.. c:var:: mos_grad_in_r_array
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -467,6 +555,8 @@ Providers
|
|||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: one_e_dm_alpha_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_alpha_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
double precision, allocatable :: one_e_dm_beta_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_beta_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: elec_beta_num_grid_becke (N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: elec_alpha_num_grid_becke (N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
one_e_dm_alpha_at_r(i,istate) = n_alpha(r_i,istate)
|
one_e_dm_alpha_at_r(i,istate) = n_alpha(r_i,istate)
|
||||||
@ -628,6 +718,8 @@ Providers
|
|||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: one_e_dm_alpha_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_alpha_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
double precision, allocatable :: one_e_dm_beta_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_beta_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: elec_beta_num_grid_becke (N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: elec_alpha_num_grid_becke (N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
one_e_dm_alpha_at_r(i,istate) = n_alpha(r_i,istate)
|
one_e_dm_alpha_at_r(i,istate) = n_alpha(r_i,istate)
|
||||||
@ -688,6 +780,66 @@ Providers
|
|||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r (4,n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_no_core_and_grad_beta_in_r (4,n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r(1,i,i_state) = d\dx n_alpha(r_i,istate) without core orbitals
|
||||||
|
one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r(2,i,i_state) = d\dy n_alpha(r_i,istate) without core orbitals
|
||||||
|
one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r(3,i,i_state) = d\dz n_alpha(r_i,istate) without core orbitals
|
||||||
|
one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r(4,i,i_state) = n_alpha(r_i,istate) without core orbitals
|
||||||
|
where r_i is the ith point of the grid and istate is the state number
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`final_grid_points`
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|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
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|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft_no_core`
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.. c:var:: one_e_dm_no_core_and_grad_beta_in_r
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File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
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.. code:: fortran
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||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r (4,n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_no_core_and_grad_beta_in_r (4,n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r(1,i,i_state) = d\dx n_alpha(r_i,istate) without core orbitals
|
||||||
|
one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r(2,i,i_state) = d\dy n_alpha(r_i,istate) without core orbitals
|
||||||
|
one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r(3,i,i_state) = d\dz n_alpha(r_i,istate) without core orbitals
|
||||||
|
one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r(4,i,i_state) = n_alpha(r_i,istate) without core orbitals
|
||||||
|
where r_i is the ith point of the grid and istate is the state number
|
||||||
|
|
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|
Needs:
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|
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`final_grid_points`
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||||||
|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
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|
* :c:data:`n_states`
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|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft_no_core`
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.. c:var:: one_e_grad_2_dm_alpha_at_r
|
.. c:var:: one_e_grad_2_dm_alpha_at_r
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -784,6 +936,55 @@ Providers
|
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Subroutines / functions
|
Subroutines / functions
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-----------------------
|
-----------------------
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||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: dens_grad_a_b_no_core_and_aos_grad_aos_at_r:
|
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|
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||||||
|
File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
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|
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|
.. code:: fortran
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||||||
|
|
||||||
|
subroutine dens_grad_a_b_no_core_and_aos_grad_aos_at_r(r,dm_a,dm_b, grad_dm_a, grad_dm_b, aos_array, grad_aos_array)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
input:
|
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|
* r(1) ==> r(1) = x, r(2) = y, r(3) = z
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|
output:
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|
|
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|
* dm_a = alpha density evaluated at r without the core orbitals
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* dm_b = beta density evaluated at r without the core orbitals
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|
* aos_array(i) = ao(i) evaluated at r without the core orbitals
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||||||
|
* grad_dm_a(1) = X gradient of the alpha density evaluated in r without the core orbitals
|
||||||
|
* grad_dm_a(1) = X gradient of the beta density evaluated in r without the core orbitals
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||||||
|
* grad_aos_array(1) = X gradient of the aos(i) evaluated at r
|
||||||
|
|
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
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|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft_no_core`
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|
* :c:data:`n_states`
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|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
|
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|
Calls:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
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|
* :c:func:`dsymv`
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||||||
|
* :c:func:`give_all_aos_and_grad_at_r`
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|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:function:: density_and_grad_alpha_beta_and_all_aos_and_grad_aos_at_r:
|
.. c:function:: density_and_grad_alpha_beta_and_all_aos_and_grad_aos_at_r:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -905,3 +1106,35 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:func:`dgemv`
|
* :c:func:`dgemv`
|
||||||
* :c:func:`give_all_aos_at_r`
|
* :c:func:`give_all_aos_at_r`
|
||||||
|
|
||||||
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||||||
|
.. c:function:: dm_dft_alpha_beta_no_core_at_r:
|
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|
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||||||
|
File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
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|
|
||||||
|
.. code:: fortran
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||||||
|
|
||||||
|
subroutine dm_dft_alpha_beta_no_core_at_r(r,dm_a,dm_b)
|
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||||||
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|
input: r(1) ==> r(1) = x, r(2) = y, r(3) = z
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|
output : dm_a = alpha density evaluated at r(3) without the core orbitals
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||||||
|
output : dm_b = beta density evaluated at r(3) without the core orbitals
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|
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|
Needs:
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:data:`ao_num`
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||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft_no_core`
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|
* :c:data:`n_states`
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|
|
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|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`dgemv`
|
||||||
|
* :c:func:`give_all_aos_at_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -387,320 +387,6 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`energy_x_sr_pbe`
|
* :c:data:`energy_x_sr_pbe`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: potential_sr_c_alpha_ao_lda
|
|
||||||
|
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||||||
File : :file:`dft_utils_one_e/sr_pot_ao_lda.irp.f`
|
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_c_alpha_ao_lda (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_c_beta_ao_lda (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
short range correlation alpha/beta potentials with LDA functional on the |AO| basis
|
|
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|
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Needs:
|
|
||||||
|
|
||||||
.. hlist::
|
|
||||||
:columns: 3
|
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`ao_num`
|
|
||||||
* :c:data:`aos_in_r_array`
|
|
||||||
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_lda_w`
|
|
||||||
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
|
||||||
* :c:data:`n_states`
|
|
||||||
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: potential_sr_c_alpha_ao_pbe
|
|
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|
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|
|
||||||
File : :file:`dft_utils_one_e/sr_pot_ao_pbe.irp.f`
|
|
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|
|
||||||
.. code:: fortran
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_x_alpha_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_x_beta_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_c_alpha_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_c_beta_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
exchange / correlation potential for alpha / beta electrons with the Perdew-Burke-Ernzerhof GGA functional
|
|
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|
|
||||||
Needs:
|
|
||||||
|
|
||||||
.. hlist::
|
|
||||||
:columns: 3
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||||||
|
|
||||||
* :c:data:`ao_num`
|
|
||||||
* :c:data:`n_states`
|
|
||||||
* :c:data:`pot_sr_grad_x_alpha_ao_pbe`
|
|
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* :c:data:`pot_sr_scal_x_alpha_ao_pbe`
|
|
||||||
|
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: potential_sr_c_beta_ao_lda
|
|
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|
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||||||
|
|
||||||
File : :file:`dft_utils_one_e/sr_pot_ao_lda.irp.f`
|
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_c_alpha_ao_lda (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_c_beta_ao_lda (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
short range correlation alpha/beta potentials with LDA functional on the |AO| basis
|
|
||||||
|
|
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Needs:
|
|
||||||
|
|
||||||
.. hlist::
|
|
||||||
:columns: 3
|
|
||||||
|
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||||||
* :c:data:`ao_num`
|
|
||||||
* :c:data:`aos_in_r_array`
|
|
||||||
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_lda_w`
|
|
||||||
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
|
||||||
* :c:data:`n_states`
|
|
||||||
|
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||||||
|
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||||||
|
|
||||||
.. c:var:: potential_sr_c_beta_ao_pbe
|
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||||||
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||||||
|
|
||||||
File : :file:`dft_utils_one_e/sr_pot_ao_pbe.irp.f`
|
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_x_alpha_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_x_beta_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_c_alpha_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_c_beta_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
exchange / correlation potential for alpha / beta electrons with the Perdew-Burke-Ernzerhof GGA functional
|
|
||||||
|
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||||||
Needs:
|
|
||||||
|
|
||||||
.. hlist::
|
|
||||||
:columns: 3
|
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`ao_num`
|
|
||||||
* :c:data:`n_states`
|
|
||||||
* :c:data:`pot_sr_grad_x_alpha_ao_pbe`
|
|
||||||
* :c:data:`pot_sr_scal_x_alpha_ao_pbe`
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: potential_sr_x_alpha_ao_lda
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`dft_utils_one_e/sr_pot_ao_lda.irp.f`
|
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_x_alpha_ao_lda (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_x_beta_ao_lda (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
short range exchange alpha/beta potentials with LDA functional on the |AO| basis
|
|
||||||
|
|
||||||
Needs:
|
|
||||||
|
|
||||||
.. hlist::
|
|
||||||
:columns: 3
|
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`ao_num`
|
|
||||||
* :c:data:`aos_in_r_array`
|
|
||||||
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_lda_w`
|
|
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* :c:data:`n_points_final_grid`
|
|
||||||
* :c:data:`n_states`
|
|
||||||
|
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: potential_sr_x_alpha_ao_pbe
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`dft_utils_one_e/sr_pot_ao_pbe.irp.f`
|
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_x_alpha_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_x_beta_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_c_alpha_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_c_beta_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
exchange / correlation potential for alpha / beta electrons with the Perdew-Burke-Ernzerhof GGA functional
|
|
||||||
|
|
||||||
Needs:
|
|
||||||
|
|
||||||
.. hlist::
|
|
||||||
:columns: 3
|
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`ao_num`
|
|
||||||
* :c:data:`n_states`
|
|
||||||
* :c:data:`pot_sr_grad_x_alpha_ao_pbe`
|
|
||||||
* :c:data:`pot_sr_scal_x_alpha_ao_pbe`
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: potential_sr_x_beta_ao_lda
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`dft_utils_one_e/sr_pot_ao_lda.irp.f`
|
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_x_alpha_ao_lda (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_x_beta_ao_lda (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
short range exchange alpha/beta potentials with LDA functional on the |AO| basis
|
|
||||||
|
|
||||||
Needs:
|
|
||||||
|
|
||||||
.. hlist::
|
|
||||||
:columns: 3
|
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`ao_num`
|
|
||||||
* :c:data:`aos_in_r_array`
|
|
||||||
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_lda_w`
|
|
||||||
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
|
||||||
* :c:data:`n_states`
|
|
||||||
|
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: potential_sr_x_beta_ao_pbe
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`dft_utils_one_e/sr_pot_ao_pbe.irp.f`
|
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_x_alpha_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_x_beta_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_c_alpha_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_c_beta_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
exchange / correlation potential for alpha / beta electrons with the Perdew-Burke-Ernzerhof GGA functional
|
|
||||||
|
|
||||||
Needs:
|
|
||||||
|
|
||||||
.. hlist::
|
|
||||||
:columns: 3
|
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`ao_num`
|
|
||||||
* :c:data:`n_states`
|
|
||||||
* :c:data:`pot_sr_grad_x_alpha_ao_pbe`
|
|
||||||
* :c:data:`pot_sr_scal_x_alpha_ao_pbe`
|
|
||||||
|
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: potential_sr_xc_alpha_ao_lda
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`dft_utils_one_e/sr_pot_ao_lda_smashed.irp.f`
|
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_xc_alpha_ao_lda (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_xc_beta_ao_lda (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
short range exchange/correlation alpha/beta potentials with LDA functional on the AO basis
|
|
||||||
|
|
||||||
Needs:
|
|
||||||
|
|
||||||
.. hlist::
|
|
||||||
:columns: 3
|
|
||||||
|
|
||||||
* :c:data:`ao_num`
|
|
||||||
* :c:data:`aos_in_r_array`
|
|
||||||
* :c:data:`aos_sr_vxc_alpha_lda_w`
|
|
||||||
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
|
||||||
* :c:data:`n_states`
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. c:var:: potential_sr_xc_alpha_ao_pbe
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
File : :file:`dft_utils_one_e/sr_pot_ao_pbe_smashed.irp.f`
|
|
||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
|
||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_xc_alpha_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_xc_beta_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
exchange / correlation potential for alpha / beta electrons with the Perdew-Burke-Ernzerhof GGA functional
|
|
||||||
|
|
||||||
Needs:
|
|
||||||
|
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||||||
.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`n_states`
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* :c:data:`pot_sr_grad_xc_alpha_ao_pbe`
|
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* :c:data:`pot_sr_scal_xc_alpha_ao_pbe`
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.. c:var:: potential_sr_xc_beta_ao_lda
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File : :file:`dft_utils_one_e/sr_pot_ao_lda_smashed.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision, allocatable :: potential_sr_xc_alpha_ao_lda (ao_num,ao_num,N_states)
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double precision, allocatable :: potential_sr_xc_beta_ao_lda (ao_num,ao_num,N_states)
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short range exchange/correlation alpha/beta potentials with LDA functional on the AO basis
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`aos_in_r_array`
|
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* :c:data:`aos_sr_vxc_alpha_lda_w`
|
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* :c:data:`n_points_final_grid`
|
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||||||
* :c:data:`n_states`
|
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.. c:var:: potential_sr_xc_beta_ao_pbe
|
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||||||
File : :file:`dft_utils_one_e/sr_pot_ao_pbe_smashed.irp.f`
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||||||
.. code:: fortran
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||||||
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|
||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_xc_alpha_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
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||||||
double precision, allocatable :: potential_sr_xc_beta_ao_pbe (ao_num,ao_num,N_states)
|
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||||||
exchange / correlation potential for alpha / beta electrons with the Perdew-Burke-Ernzerhof GGA functional
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Needs:
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||||||
.. hlist::
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||||||
:columns: 3
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||||||
* :c:data:`ao_num`
|
|
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* :c:data:`n_states`
|
|
||||||
* :c:data:`pot_sr_grad_xc_alpha_ao_pbe`
|
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* :c:data:`pot_sr_scal_xc_alpha_ao_pbe`
|
|
||||||
|
|
||||||
|
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||||||
.. c:var:: psi_dft_energy_h_core
|
.. c:var:: psi_dft_energy_h_core
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -58,7 +58,9 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`correlation_energy_ratio_max`
|
* :c:data:`correlation_energy_ratio_max`
|
||||||
* :c:data:`data_energy_proj`
|
* :c:data:`data_energy_proj`
|
||||||
* :c:data:`data_energy_var`
|
* :c:data:`data_energy_var`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_ao`
|
||||||
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_ao`
|
||||||
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
||||||
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
||||||
* :c:data:`disk_access_nuclear_repulsion`
|
* :c:data:`disk_access_nuclear_repulsion`
|
||||||
@ -131,6 +133,7 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`pseudo_lmax`
|
* :c:data:`pseudo_lmax`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_n_k`
|
* :c:data:`pseudo_n_k`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_sym`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_v_k`
|
* :c:data:`pseudo_v_k`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
||||||
* :c:data:`psi_coef`
|
* :c:data:`psi_coef`
|
||||||
@ -146,6 +149,7 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`state_following`
|
* :c:data:`state_following`
|
||||||
* :c:data:`target_energy`
|
* :c:data:`target_energy`
|
||||||
* :c:data:`thresh_scf`
|
* :c:data:`thresh_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`thresh_sym`
|
||||||
* :c:data:`threshold_davidson`
|
* :c:data:`threshold_davidson`
|
||||||
* :c:data:`threshold_diis`
|
* :c:data:`threshold_diis`
|
||||||
* :c:data:`threshold_generators`
|
* :c:data:`threshold_generators`
|
||||||
@ -219,7 +223,9 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`correlation_energy_ratio_max`
|
* :c:data:`correlation_energy_ratio_max`
|
||||||
* :c:data:`data_energy_proj`
|
* :c:data:`data_energy_proj`
|
||||||
* :c:data:`data_energy_var`
|
* :c:data:`data_energy_var`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_ao`
|
||||||
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_ao`
|
||||||
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
||||||
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
||||||
* :c:data:`disk_access_nuclear_repulsion`
|
* :c:data:`disk_access_nuclear_repulsion`
|
||||||
@ -281,6 +287,7 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`pseudo_lmax`
|
* :c:data:`pseudo_lmax`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_n_k`
|
* :c:data:`pseudo_n_k`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_sym`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_v_k`
|
* :c:data:`pseudo_v_k`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
||||||
* :c:data:`pt2_iterations`
|
* :c:data:`pt2_iterations`
|
||||||
@ -292,6 +299,7 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`state_following`
|
* :c:data:`state_following`
|
||||||
* :c:data:`target_energy`
|
* :c:data:`target_energy`
|
||||||
* :c:data:`thresh_scf`
|
* :c:data:`thresh_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`thresh_sym`
|
||||||
* :c:data:`threshold_davidson`
|
* :c:data:`threshold_davidson`
|
||||||
* :c:data:`threshold_diis`
|
* :c:data:`threshold_diis`
|
||||||
* :c:data:`threshold_generators`
|
* :c:data:`threshold_generators`
|
||||||
@ -330,7 +338,9 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`correlation_energy_ratio_max`
|
* :c:data:`correlation_energy_ratio_max`
|
||||||
* :c:data:`data_energy_proj`
|
* :c:data:`data_energy_proj`
|
||||||
* :c:data:`data_energy_var`
|
* :c:data:`data_energy_var`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_ao`
|
||||||
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_ao`
|
||||||
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
||||||
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
||||||
* :c:data:`disk_access_nuclear_repulsion`
|
* :c:data:`disk_access_nuclear_repulsion`
|
||||||
@ -392,6 +402,7 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`pseudo_lmax`
|
* :c:data:`pseudo_lmax`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_n_k`
|
* :c:data:`pseudo_n_k`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_sym`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_v_k`
|
* :c:data:`pseudo_v_k`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
||||||
* :c:data:`pt2_iterations`
|
* :c:data:`pt2_iterations`
|
||||||
@ -403,6 +414,7 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`state_following`
|
* :c:data:`state_following`
|
||||||
* :c:data:`target_energy`
|
* :c:data:`target_energy`
|
||||||
* :c:data:`thresh_scf`
|
* :c:data:`thresh_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`thresh_sym`
|
||||||
* :c:data:`threshold_davidson`
|
* :c:data:`threshold_davidson`
|
||||||
* :c:data:`threshold_diis`
|
* :c:data:`threshold_diis`
|
||||||
* :c:data:`threshold_generators`
|
* :c:data:`threshold_generators`
|
||||||
@ -673,7 +685,9 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:func:`damping_scf`
|
* :c:func:`damping_scf`
|
||||||
* :c:data:`data_energy_proj`
|
* :c:data:`data_energy_proj`
|
||||||
* :c:data:`data_energy_var`
|
* :c:data:`data_energy_var`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_ao`
|
||||||
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_ao`
|
||||||
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
||||||
* :c:func:`davidson_diag_hjj_sjj`
|
* :c:func:`davidson_diag_hjj_sjj`
|
||||||
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
||||||
@ -740,6 +754,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:data:`pseudo_lmax`
|
* :c:data:`pseudo_lmax`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_n_k`
|
* :c:data:`pseudo_n_k`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_sym`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_v_k`
|
* :c:data:`pseudo_v_k`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
||||||
* :c:data:`pt2_iterations`
|
* :c:data:`pt2_iterations`
|
||||||
@ -752,6 +767,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:data:`state_following`
|
* :c:data:`state_following`
|
||||||
* :c:data:`target_energy`
|
* :c:data:`target_energy`
|
||||||
* :c:data:`thresh_scf`
|
* :c:data:`thresh_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`thresh_sym`
|
||||||
* :c:data:`threshold_davidson`
|
* :c:data:`threshold_davidson`
|
||||||
* :c:data:`threshold_diis`
|
* :c:data:`threshold_diis`
|
||||||
* :c:data:`threshold_generators`
|
* :c:data:`threshold_generators`
|
||||||
|
@ -51,6 +51,7 @@ Programs
|
|||||||
--------
|
--------
|
||||||
|
|
||||||
* :ref:`scf`
|
* :ref:`scf`
|
||||||
|
* :ref:`test`
|
||||||
|
|
||||||
Providers
|
Providers
|
||||||
---------
|
---------
|
||||||
|
@ -80,9 +80,9 @@ Providers
|
|||||||
|
|
||||||
Molecular orbital coefficients on |AO| basis set
|
Molecular orbital coefficients on |AO| basis set
|
||||||
|
|
||||||
mo_coef(i,j) = coefficient of the i-th |AO| on the jth mo
|
mo_coef(i,j) = coefficient of the i-th |AO| on the jth |MO|
|
||||||
|
|
||||||
mo_label : Label characterizing the MOS (local, canonical, natural, etc)
|
mo_label : Label characterizing the |MOs| (local, canonical, natural, etc)
|
||||||
|
|
||||||
Needs:
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
@ -286,7 +286,6 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`fps_spf_matrix_mo`
|
* :c:data:`fps_spf_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`full_ijkl_bitmask`
|
* :c:data:`full_ijkl_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`int_erf_3_index`
|
* :c:data:`int_erf_3_index`
|
||||||
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
|
||||||
* :c:data:`list_inact`
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
* :c:data:`mo_class`
|
* :c:data:`mo_class`
|
||||||
* :c:data:`mo_coef`
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
@ -762,8 +761,11 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:func:`hcore_guess`
|
* :c:func:`hcore_guess`
|
||||||
* :c:func:`huckel_guess`
|
* :c:func:`huckel_guess`
|
||||||
* :c:func:`roothaan_hall_scf`
|
* :c:func:`roothaan_hall_scf`
|
||||||
|
* :c:func:`rotate_mos`
|
||||||
* :c:func:`save_natural_mos`
|
* :c:func:`save_natural_mos`
|
||||||
* :c:func:`save_ortho_mos`
|
* :c:func:`save_ortho_mos`
|
||||||
|
* :c:func:`sort_by_fock_energies`
|
||||||
|
* :c:func:`swap_mos`
|
||||||
|
|
||||||
Calls:
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -74,7 +74,9 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`correlation_energy_ratio_max`
|
* :c:data:`correlation_energy_ratio_max`
|
||||||
* :c:data:`data_energy_proj`
|
* :c:data:`data_energy_proj`
|
||||||
* :c:data:`data_energy_var`
|
* :c:data:`data_energy_var`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_ao`
|
||||||
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_ao`
|
||||||
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
||||||
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
||||||
* :c:data:`disk_access_nuclear_repulsion`
|
* :c:data:`disk_access_nuclear_repulsion`
|
||||||
@ -152,6 +154,7 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`pseudo_lmax`
|
* :c:data:`pseudo_lmax`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_n_k`
|
* :c:data:`pseudo_n_k`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_sym`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_v_k`
|
* :c:data:`pseudo_v_k`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
||||||
* :c:data:`psi_cas`
|
* :c:data:`psi_cas`
|
||||||
@ -174,6 +177,7 @@ Providers
|
|||||||
* :c:data:`state_following`
|
* :c:data:`state_following`
|
||||||
* :c:data:`target_energy`
|
* :c:data:`target_energy`
|
||||||
* :c:data:`thresh_scf`
|
* :c:data:`thresh_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`thresh_sym`
|
||||||
* :c:data:`threshold_davidson`
|
* :c:data:`threshold_davidson`
|
||||||
* :c:data:`threshold_diis`
|
* :c:data:`threshold_diis`
|
||||||
* :c:data:`threshold_generators`
|
* :c:data:`threshold_generators`
|
||||||
|
@ -526,7 +526,7 @@ Providers
|
|||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: slater_bragg_radii (100)
|
double precision, allocatable :: slater_bragg_radii (0:100)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
atomic radii in Angstrom defined in table I of JCP 41, 3199 (1964) Slater
|
atomic radii in Angstrom defined in table I of JCP 41, 3199 (1964) Slater
|
||||||
@ -604,7 +604,7 @@ Providers
|
|||||||
|
|
||||||
.. code:: fortran
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
double precision, allocatable :: slater_bragg_radii_ua (100)
|
double precision, allocatable :: slater_bragg_radii_ua (0:100)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -165,7 +165,7 @@ Providers
|
|||||||
double precision, allocatable :: eigenvectors_fock_matrix_mo (ao_num,mo_num)
|
double precision, allocatable :: eigenvectors_fock_matrix_mo (ao_num,mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Eigenvectors of the Fock matrix in the MO basis obtained with level shift.
|
Eigenvectors of the Fock matrix in the |MO| basis obtained with level shift.
|
||||||
|
|
||||||
Needs:
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -22,9 +22,12 @@ Programs
|
|||||||
* :ref:`print_ci_vectors`
|
* :ref:`print_ci_vectors`
|
||||||
* :ref:`print_e_conv`
|
* :ref:`print_e_conv`
|
||||||
* :ref:`print_wf`
|
* :ref:`print_wf`
|
||||||
|
* :ref:`rotate_mos`
|
||||||
* :ref:`save_natorb`
|
* :ref:`save_natorb`
|
||||||
* :ref:`save_one_e_dm`
|
* :ref:`save_one_e_dm`
|
||||||
* :ref:`save_ortho_mos`
|
* :ref:`save_ortho_mos`
|
||||||
|
* :ref:`sort_by_fock_energies`
|
||||||
|
* :ref:`swap_mos`
|
||||||
* :ref:`write_integrals_erf`
|
* :ref:`write_integrals_erf`
|
||||||
|
|
||||||
Subroutines / functions
|
Subroutines / functions
|
||||||
@ -115,6 +118,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
.. hlist::
|
.. hlist::
|
||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_ao_alpha`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha`
|
||||||
|
|
||||||
Called by:
|
Called by:
|
||||||
@ -129,6 +133,8 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
.. hlist::
|
.. hlist::
|
||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_aux_quantities_data_one_e_dm_alpha_ao`
|
||||||
* :c:func:`ezfio_set_aux_quantities_data_one_e_dm_alpha_mo`
|
* :c:func:`ezfio_set_aux_quantities_data_one_e_dm_alpha_mo`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_aux_quantities_data_one_e_dm_beta_ao`
|
||||||
* :c:func:`ezfio_set_aux_quantities_data_one_e_dm_beta_mo`
|
* :c:func:`ezfio_set_aux_quantities_data_one_e_dm_beta_mo`
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -997,6 +997,7 @@ Subroutines / functions
|
|||||||
* :c:func:`make_selection_buffer_s2`
|
* :c:func:`make_selection_buffer_s2`
|
||||||
* :c:data:`psi_det_sorted`
|
* :c:data:`psi_det_sorted`
|
||||||
* :c:func:`reorder_core_orb`
|
* :c:func:`reorder_core_orb`
|
||||||
|
* :c:func:`sort_by_fock_energies`
|
||||||
* :c:func:`sort_selection_buffer`
|
* :c:func:`sort_selection_buffer`
|
||||||
|
|
||||||
Calls:
|
Calls:
|
||||||
|
@ -168,7 +168,9 @@ Index of Providers
|
|||||||
* :c:data:`damping_for_rs_dft`
|
* :c:data:`damping_for_rs_dft`
|
||||||
* :c:data:`data_energy_proj`
|
* :c:data:`data_energy_proj`
|
||||||
* :c:data:`data_energy_var`
|
* :c:data:`data_energy_var`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_ao`
|
||||||
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_ao`
|
||||||
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
||||||
* :c:data:`davidson_criterion`
|
* :c:data:`davidson_criterion`
|
||||||
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
||||||
@ -214,7 +216,9 @@ Index of Providers
|
|||||||
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_ao`
|
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_ao`
|
||||||
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
||||||
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num_grid_becke`
|
||||||
* :c:data:`elec_beta_num`
|
* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_beta_num_grid_becke`
|
||||||
* :c:data:`elec_num`
|
* :c:data:`elec_num`
|
||||||
* :c:data:`elec_num_tab`
|
* :c:data:`elec_num_tab`
|
||||||
* :c:data:`element_mass`
|
* :c:data:`element_mass`
|
||||||
@ -351,6 +355,7 @@ Index of Providers
|
|||||||
* :c:data:`list_del`
|
* :c:data:`list_del`
|
||||||
* :c:data:`list_del_reverse`
|
* :c:data:`list_del_reverse`
|
||||||
* :c:data:`list_inact`
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact_act`
|
||||||
* :c:data:`list_inact_reverse`
|
* :c:data:`list_inact_reverse`
|
||||||
* :c:data:`list_virt`
|
* :c:data:`list_virt`
|
||||||
* :c:data:`list_virt_reverse`
|
* :c:data:`list_virt_reverse`
|
||||||
@ -441,6 +446,7 @@ Index of Providers
|
|||||||
* :c:data:`n_double_selectors`
|
* :c:data:`n_double_selectors`
|
||||||
* :c:data:`n_generators_bitmask`
|
* :c:data:`n_generators_bitmask`
|
||||||
* :c:data:`n_generators_bitmask_restart`
|
* :c:data:`n_generators_bitmask_restart`
|
||||||
|
* :c:data:`n_inact_act_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_inact_orb`
|
* :c:data:`n_inact_orb`
|
||||||
* :c:data:`n_inact_orb_allocate`
|
* :c:data:`n_inact_orb_allocate`
|
||||||
* :c:data:`n_int`
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
@ -463,6 +469,7 @@ Index of Providers
|
|||||||
* :c:data:`no_ivvv_integrals`
|
* :c:data:`no_ivvv_integrals`
|
||||||
* :c:data:`no_vvv_integrals`
|
* :c:data:`no_vvv_integrals`
|
||||||
* :c:data:`no_vvvv_integrals`
|
* :c:data:`no_vvvv_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`normalize_dm`
|
||||||
* :c:data:`nproc`
|
* :c:data:`nproc`
|
||||||
* :c:data:`nthreads_davidson`
|
* :c:data:`nthreads_davidson`
|
||||||
* :c:data:`nthreads_pt2`
|
* :c:data:`nthreads_pt2`
|
||||||
@ -487,6 +494,7 @@ Index of Providers
|
|||||||
* :c:data:`one_body_dm_mo_alpha_one_det`
|
* :c:data:`one_body_dm_mo_alpha_one_det`
|
||||||
* :c:data:`one_body_dm_mo_beta_one_det`
|
* :c:data:`one_body_dm_mo_beta_one_det`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft_no_core`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_alpha_in_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_in_r`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
@ -495,6 +503,7 @@ Index of Providers
|
|||||||
* :c:data:`one_e_dm_ao_beta`
|
* :c:data:`one_e_dm_ao_beta`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_average_mo_for_dft`
|
* :c:data:`one_e_dm_average_mo_for_dft`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_beta_ao_for_dft`
|
* :c:data:`one_e_dm_beta_ao_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_beta_ao_for_dft_no_core`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_beta_at_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_beta_at_r`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_beta_in_r`
|
* :c:data:`one_e_dm_beta_in_r`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_dagger_mo_spin_index`
|
* :c:data:`one_e_dm_dagger_mo_spin_index`
|
||||||
@ -502,12 +511,16 @@ Index of Providers
|
|||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_average`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_average`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_for_dft`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_for_dft_no_core`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta_average`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta_average`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta_for_dft`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta_for_dft_no_core`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_diff`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_diff`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_for_dft`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_for_dft`
|
||||||
* :c:data:`one_e_dm_mo_spin_index`
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_spin_index`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_no_core_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_no_core_and_grad_beta_in_r`
|
||||||
* :c:data:`one_e_energy`
|
* :c:data:`one_e_energy`
|
||||||
* :c:data:`one_e_grad_2_dm_alpha_at_r`
|
* :c:data:`one_e_grad_2_dm_alpha_at_r`
|
||||||
* :c:data:`one_e_grad_2_dm_beta_at_r`
|
* :c:data:`one_e_grad_2_dm_beta_at_r`
|
||||||
@ -556,18 +569,6 @@ Index of Providers
|
|||||||
* :c:data:`potential_c_beta_ao_sr_lda`
|
* :c:data:`potential_c_beta_ao_sr_lda`
|
||||||
* :c:data:`potential_c_beta_ao_sr_pbe`
|
* :c:data:`potential_c_beta_ao_sr_pbe`
|
||||||
* :c:data:`potential_c_beta_mo`
|
* :c:data:`potential_c_beta_mo`
|
||||||
* :c:data:`potential_sr_c_alpha_ao_lda`
|
|
||||||
* :c:data:`potential_sr_c_alpha_ao_pbe`
|
|
||||||
* :c:data:`potential_sr_c_beta_ao_lda`
|
|
||||||
* :c:data:`potential_sr_c_beta_ao_pbe`
|
|
||||||
* :c:data:`potential_sr_x_alpha_ao_lda`
|
|
||||||
* :c:data:`potential_sr_x_alpha_ao_pbe`
|
|
||||||
* :c:data:`potential_sr_x_beta_ao_lda`
|
|
||||||
* :c:data:`potential_sr_x_beta_ao_pbe`
|
|
||||||
* :c:data:`potential_sr_xc_alpha_ao_lda`
|
|
||||||
* :c:data:`potential_sr_xc_alpha_ao_pbe`
|
|
||||||
* :c:data:`potential_sr_xc_beta_ao_lda`
|
|
||||||
* :c:data:`potential_sr_xc_beta_ao_pbe`
|
|
||||||
* :c:data:`potential_x_alpha_ao`
|
* :c:data:`potential_x_alpha_ao`
|
||||||
* :c:data:`potential_x_alpha_ao_lda`
|
* :c:data:`potential_x_alpha_ao_lda`
|
||||||
* :c:data:`potential_x_alpha_ao_none`
|
* :c:data:`potential_x_alpha_ao_none`
|
||||||
@ -609,6 +610,7 @@ Index of Providers
|
|||||||
* :c:data:`pseudo_n_k_transp`
|
* :c:data:`pseudo_n_k_transp`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_n_kl_transp`
|
* :c:data:`pseudo_n_kl_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_sym`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_v_k`
|
* :c:data:`pseudo_v_k`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_v_k_transp`
|
* :c:data:`pseudo_v_k_transp`
|
||||||
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
||||||
@ -679,6 +681,7 @@ Index of Providers
|
|||||||
* :c:data:`pt2_f`
|
* :c:data:`pt2_f`
|
||||||
* :c:data:`pt2_iterations`
|
* :c:data:`pt2_iterations`
|
||||||
* :c:data:`pt2_j`
|
* :c:data:`pt2_j`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_match_weight`
|
||||||
* :c:data:`pt2_max`
|
* :c:data:`pt2_max`
|
||||||
* :c:data:`pt2_mindetinfirstteeth`
|
* :c:data:`pt2_mindetinfirstteeth`
|
||||||
* :c:data:`pt2_n_0`
|
* :c:data:`pt2_n_0`
|
||||||
@ -773,6 +776,7 @@ Index of Providers
|
|||||||
* :c:data:`target_energy`
|
* :c:data:`target_energy`
|
||||||
* :c:data:`theta_angular_integration_lebedev`
|
* :c:data:`theta_angular_integration_lebedev`
|
||||||
* :c:data:`thresh_scf`
|
* :c:data:`thresh_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`thresh_sym`
|
||||||
* :c:data:`threshold_davidson`
|
* :c:data:`threshold_davidson`
|
||||||
* :c:data:`threshold_diis`
|
* :c:data:`threshold_diis`
|
||||||
* :c:data:`threshold_diis_nonzero`
|
* :c:data:`threshold_diis_nonzero`
|
||||||
@ -891,6 +895,7 @@ Index of Subroutines/Functions
|
|||||||
* :c:func:`compute_ao_two_e_integrals`
|
* :c:func:`compute_ao_two_e_integrals`
|
||||||
* :c:func:`compute_ao_two_e_integrals_erf`
|
* :c:func:`compute_ao_two_e_integrals_erf`
|
||||||
* :c:func:`connect_to_taskserver`
|
* :c:func:`connect_to_taskserver`
|
||||||
|
* :c:func:`connected_to_hf`
|
||||||
* :c:func:`connected_to_ref`
|
* :c:func:`connected_to_ref`
|
||||||
* :c:func:`connected_to_ref_by_single`
|
* :c:func:`connected_to_ref_by_single`
|
||||||
* :c:func:`copy_h_apply_buffer_to_wf`
|
* :c:func:`copy_h_apply_buffer_to_wf`
|
||||||
@ -925,6 +930,7 @@ Index of Subroutines/Functions
|
|||||||
* :c:func:`decode_exc`
|
* :c:func:`decode_exc`
|
||||||
* :c:func:`decode_exc_spin`
|
* :c:func:`decode_exc_spin`
|
||||||
* :c:func:`delete_selection_buffer`
|
* :c:func:`delete_selection_buffer`
|
||||||
|
* :c:func:`dens_grad_a_b_no_core_and_aos_grad_aos_at_r`
|
||||||
* :c:func:`density_and_grad_alpha_beta_and_all_aos_and_grad_aos_at_r`
|
* :c:func:`density_and_grad_alpha_beta_and_all_aos_and_grad_aos_at_r`
|
||||||
* :c:func:`derivative_knowles_function`
|
* :c:func:`derivative_knowles_function`
|
||||||
* :c:func:`det_inf`
|
* :c:func:`det_inf`
|
||||||
@ -942,6 +948,7 @@ Index of Subroutines/Functions
|
|||||||
* :c:func:`disconnect_from_taskserver_state`
|
* :c:func:`disconnect_from_taskserver_state`
|
||||||
* :c:func:`dm_dft_alpha_beta_and_all_aos_at_r`
|
* :c:func:`dm_dft_alpha_beta_and_all_aos_at_r`
|
||||||
* :c:func:`dm_dft_alpha_beta_at_r`
|
* :c:func:`dm_dft_alpha_beta_at_r`
|
||||||
|
* :c:func:`dm_dft_alpha_beta_no_core_at_r`
|
||||||
* :c:func:`do_single_excitation`
|
* :c:func:`do_single_excitation`
|
||||||
* :c:func:`dpol`
|
* :c:func:`dpol`
|
||||||
* :c:func:`dpold`
|
* :c:func:`dpold`
|
||||||
@ -1093,11 +1100,21 @@ Index of Subroutines/Functions
|
|||||||
* :c:func:`h_apply_cis_diexcorg`
|
* :c:func:`h_apply_cis_diexcorg`
|
||||||
* :c:func:`h_apply_cis_diexcp`
|
* :c:func:`h_apply_cis_diexcp`
|
||||||
* :c:func:`h_apply_cis_monoexc`
|
* :c:func:`h_apply_cis_monoexc`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis_sym`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis_sym_diexc`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis_sym_diexcorg`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis_sym_diexcp`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis_sym_monoexc`
|
||||||
* :c:func:`h_apply_cisd`
|
* :c:func:`h_apply_cisd`
|
||||||
* :c:func:`h_apply_cisd_diexc`
|
* :c:func:`h_apply_cisd_diexc`
|
||||||
* :c:func:`h_apply_cisd_diexcorg`
|
* :c:func:`h_apply_cisd_diexcorg`
|
||||||
* :c:func:`h_apply_cisd_diexcp`
|
* :c:func:`h_apply_cisd_diexcp`
|
||||||
* :c:func:`h_apply_cisd_monoexc`
|
* :c:func:`h_apply_cisd_monoexc`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_sym`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_sym_diexc`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_sym_diexcorg`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_sym_diexcp`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_sym_monoexc`
|
||||||
* :c:func:`h_s2_u_0_nstates_openmp`
|
* :c:func:`h_s2_u_0_nstates_openmp`
|
||||||
* :c:func:`h_s2_u_0_nstates_openmp_work`
|
* :c:func:`h_s2_u_0_nstates_openmp_work`
|
||||||
* :c:func:`h_s2_u_0_nstates_openmp_work_1`
|
* :c:func:`h_s2_u_0_nstates_openmp_work_1`
|
||||||
@ -1321,6 +1338,7 @@ Index of Subroutines/Functions
|
|||||||
* :c:func:`rinteg`
|
* :c:func:`rinteg`
|
||||||
* :c:func:`rintgauss`
|
* :c:func:`rintgauss`
|
||||||
* :c:func:`roothaan_hall_scf`
|
* :c:func:`roothaan_hall_scf`
|
||||||
|
* :c:func:`rotate_mos`
|
||||||
* :c:func:`routine`
|
* :c:func:`routine`
|
||||||
* :c:func:`routine_e_conv`
|
* :c:func:`routine_e_conv`
|
||||||
* :c:func:`routine_example_psi_det`
|
* :c:func:`routine_example_psi_det`
|
||||||
@ -1369,6 +1387,7 @@ Index of Subroutines/Functions
|
|||||||
* :c:func:`set_order_big`
|
* :c:func:`set_order_big`
|
||||||
* :c:func:`single_excitation_wee`
|
* :c:func:`single_excitation_wee`
|
||||||
* :c:func:`sort`
|
* :c:func:`sort`
|
||||||
|
* :c:func:`sort_by_fock_energies`
|
||||||
* :c:func:`sort_dets_ab`
|
* :c:func:`sort_dets_ab`
|
||||||
* :c:func:`sort_dets_ab_v`
|
* :c:func:`sort_dets_ab_v`
|
||||||
* :c:func:`sort_dets_ba_v`
|
* :c:func:`sort_dets_ba_v`
|
||||||
@ -1384,10 +1403,12 @@ Index of Subroutines/Functions
|
|||||||
* :c:func:`spot_isinwf`
|
* :c:func:`spot_isinwf`
|
||||||
* :c:func:`step_function_becke`
|
* :c:func:`step_function_becke`
|
||||||
* :c:func:`svd`
|
* :c:func:`svd`
|
||||||
|
* :c:func:`swap_mos`
|
||||||
* :c:func:`switch_qp_run_to_master`
|
* :c:func:`switch_qp_run_to_master`
|
||||||
* :c:func:`tamiser`
|
* :c:func:`tamiser`
|
||||||
* :c:func:`task_done_to_taskserver`
|
* :c:func:`task_done_to_taskserver`
|
||||||
* :c:func:`tasks_done_to_taskserver`
|
* :c:func:`tasks_done_to_taskserver`
|
||||||
|
* :c:func:`test`
|
||||||
* :c:func:`testteethbuilding`
|
* :c:func:`testteethbuilding`
|
||||||
* :c:func:`total_memory`
|
* :c:func:`total_memory`
|
||||||
* :c:func:`two_e_integrals_index`
|
* :c:func:`two_e_integrals_index`
|
||||||
|
@ -60,6 +60,7 @@ fci
|
|||||||
:columns: 3
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
* :c:func:`run_cipsi`
|
* :c:func:`run_cipsi`
|
||||||
|
* :c:func:`run_slave_cipsi`
|
||||||
* :c:func:`run_stochastic_cipsi`
|
* :c:func:`run_stochastic_cipsi`
|
||||||
|
|
||||||
Touches:
|
Touches:
|
||||||
@ -75,6 +76,7 @@ fci
|
|||||||
* :c:data:`n_iter`
|
* :c:data:`n_iter`
|
||||||
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
||||||
* :c:data:`c0_weight`
|
* :c:data:`c0_weight`
|
||||||
|
* :c:data:`distributed_davidson`
|
||||||
* :c:data:`psi_coef`
|
* :c:data:`psi_coef`
|
||||||
* :c:data:`psi_det_sorted_bit`
|
* :c:data:`psi_det_sorted_bit`
|
||||||
* :c:data:`psi_det`
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
@ -83,6 +85,9 @@ fci
|
|||||||
* :c:data:`psi_energy`
|
* :c:data:`psi_energy`
|
||||||
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
||||||
* :c:data:`psi_energy`
|
* :c:data:`psi_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_e0_denominator`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_match_weight`
|
||||||
* :c:data:`pt2_stoch_istate`
|
* :c:data:`pt2_stoch_istate`
|
||||||
|
* :c:data:`read_wf`
|
||||||
* :c:data:`state_average_weight`
|
* :c:data:`state_average_weight`
|
||||||
* :c:data:`threshold_generators`
|
* :c:data:`threshold_generators`
|
||||||
|
@ -9,15 +9,15 @@ save_one_e_dm
|
|||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Program that computes the one body density on the |MO| basis
|
Program that computes the one body density on the |MO| and |AO| basis
|
||||||
for $\alpha$ and $\beta$ electrons from the wave function
|
for $\alpha$ and $\beta$ electrons from the wave function
|
||||||
stored in the |EZFIO| directory, and then saves it into the
|
stored in the |EZFIO| directory, and then saves it into the
|
||||||
:ref:`module_aux_quantities`.
|
:ref:`module_aux_quantities`.
|
||||||
|
|
||||||
Then, the global variable :option:`aux_quantities data_one_e_dm_alpha_mo`
|
Then, the global variable :option:`aux_quantities data_one_e_dm_alpha_mo`
|
||||||
and :option:`aux_quantities data_one_e_dm_beta_mo` will automatically
|
and :option:`aux_quantities data_one_e_dm_beta_mo` (and the corresponding for |AO|)
|
||||||
read this density in the next calculation. This can be used to perform
|
will automatically ! read this density in the next calculation.
|
||||||
damping on the density in |RSDFT| calculations (see
|
This can be used to perform damping on the density in |RSDFT| calculations (see
|
||||||
:ref:`module_density_for_dft`).
|
:ref:`module_density_for_dft`).
|
||||||
|
|
||||||
Needs:
|
Needs:
|
||||||
|
@ -53,6 +53,10 @@ Usage
|
|||||||
|
|
||||||
Uninstall the plugin ``plugin_name``.
|
Uninstall the plugin ``plugin_name``.
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: update
|
||||||
|
|
||||||
|
Update the repositories of the plugins. Should be followed by a re-compilation.
|
||||||
|
|
||||||
.. option:: -n, --name=<plugin_name>
|
.. option:: -n, --name=<plugin_name>
|
||||||
|
|
||||||
Create a new plugin named ``plugin_name`` (in local repository by default).
|
Create a new plugin named ``plugin_name`` (in local repository by default).
|
||||||
|
@ -11,6 +11,29 @@ Automatically finds *n*, the number of core electrons. Calls
|
|||||||
:math:`n/2` first ones which are set as ``Core``. If pseudo-potentials
|
:math:`n/2` first ones which are set as ``Core``. If pseudo-potentials
|
||||||
are used, all the |MOs| are set as ``Active``.
|
are used, all the |MOs| are set as ``Active``.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
========== ========= ======= =======
|
||||||
|
Range Default Small Large
|
||||||
|
========== ========= ======= =======
|
||||||
|
H -> He 0 0 0
|
||||||
|
Li -> Be 0 0 2
|
||||||
|
B -> Ne 2 2 2
|
||||||
|
Na -> Mg 2 2 10
|
||||||
|
Al -> Ar 10 2 10
|
||||||
|
K -> Ca 10 10 18
|
||||||
|
Sc -> Zn 10 10 18
|
||||||
|
Ga -> Kr 18 10 18
|
||||||
|
Rb -> Sr 18 18 36
|
||||||
|
Y -> Cd 18 18 36
|
||||||
|
In -> Xe 36 18 36
|
||||||
|
Cs -> Ba 36 36 54
|
||||||
|
La -> Hg 36 36 54
|
||||||
|
Tl -> Rn 54 36 54
|
||||||
|
Fr -> Ra 54 54 86
|
||||||
|
Ac -> Cn 54 54 86
|
||||||
|
Nh -> Og 86 54 86
|
||||||
|
========== ========= ======= =======
|
||||||
|
|
||||||
For elements on the right of the periodic table, `qp_set_frozen_core`
|
For elements on the right of the periodic table, `qp_set_frozen_core`
|
||||||
will work as expected. But for elements on the left, a small core will
|
will work as expected. But for elements on the left, a small core will
|
||||||
be chosen. For example, a Carbon atom will have 2 core electrons, but a
|
be chosen. For example, a Carbon atom will have 2 core electrons, but a
|
||||||
@ -21,11 +44,19 @@ Usage
|
|||||||
|
|
||||||
.. code:: bash
|
.. code:: bash
|
||||||
|
|
||||||
qp_set_frozen_core [-q] EZFIO_DIR
|
qp_set_frozen_core [-q|--query] [(-l|-s|--large|--small) EZFIO_DIR
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
.. option:: -q
|
.. option:: -q, --query
|
||||||
|
|
||||||
Prints in the standard output the number of core electrons.
|
Prints in the standard output the number of core electrons.
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: -s, --small
|
||||||
|
|
||||||
|
Use a small core.
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: -l, --large
|
||||||
|
|
||||||
|
Use a large core.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "CIS" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "CIS" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
cis \- | Quantum Package >
|
cis \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "CISD" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "CISD" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
cisd \- | Quantum Package >
|
cisd \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "CONFIGURE" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "CONFIGURE" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
configure \- | Quantum Package >
|
configure \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "DIAGONALIZE_H" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "DIAGONALIZE_H" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
diagonalize_h \- | Quantum Package >
|
diagonalize_h \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "EXCITED_STATES" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "EXCITED_STATES" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
excited_states \- | Quantum Package >
|
excited_states \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
20
man/fci.1
20
man/fci.1
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "FCI" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "FCI" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
fci \- | Quantum Package >
|
fci \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
@ -98,9 +98,11 @@ Calls:
|
|||||||
.UNINDENT
|
.UNINDENT
|
||||||
.INDENT 2.0
|
.INDENT 2.0
|
||||||
.IP \(bu 2
|
.IP \(bu 2
|
||||||
\fBrun_stochastic_cipsi()\fP
|
\fBrun_slave_cipsi()\fP
|
||||||
.UNINDENT
|
.UNINDENT
|
||||||
.INDENT 2.0
|
.INDENT 2.0
|
||||||
|
.IP \(bu 2
|
||||||
|
\fBrun_stochastic_cipsi()\fP
|
||||||
.UNINDENT
|
.UNINDENT
|
||||||
.UNINDENT
|
.UNINDENT
|
||||||
.sp
|
.sp
|
||||||
@ -121,10 +123,12 @@ Touches:
|
|||||||
\fBn_iter\fP
|
\fBn_iter\fP
|
||||||
.IP \(bu 2
|
.IP \(bu 2
|
||||||
\fBpsi_occ_pattern\fP
|
\fBpsi_occ_pattern\fP
|
||||||
|
.IP \(bu 2
|
||||||
|
\fBc0_weight\fP
|
||||||
.UNINDENT
|
.UNINDENT
|
||||||
.INDENT 2.0
|
.INDENT 2.0
|
||||||
.IP \(bu 2
|
.IP \(bu 2
|
||||||
\fBc0_weight\fP
|
\fBdistributed_davidson\fP
|
||||||
.IP \(bu 2
|
.IP \(bu 2
|
||||||
\fBpsi_coef\fP
|
\fBpsi_coef\fP
|
||||||
.IP \(bu 2
|
.IP \(bu 2
|
||||||
@ -135,17 +139,23 @@ Touches:
|
|||||||
\fBpsi_det_size\fP
|
\fBpsi_det_size\fP
|
||||||
.IP \(bu 2
|
.IP \(bu 2
|
||||||
\fBpsi_det_sorted_bit\fP
|
\fBpsi_det_sorted_bit\fP
|
||||||
|
.IP \(bu 2
|
||||||
|
\fBpsi_energy\fP
|
||||||
|
.IP \(bu 2
|
||||||
|
\fBpsi_occ_pattern\fP
|
||||||
.UNINDENT
|
.UNINDENT
|
||||||
.INDENT 2.0
|
.INDENT 2.0
|
||||||
.IP \(bu 2
|
.IP \(bu 2
|
||||||
\fBpsi_energy\fP
|
\fBpsi_energy\fP
|
||||||
.IP \(bu 2
|
.IP \(bu 2
|
||||||
\fBpsi_occ_pattern\fP
|
\fBpt2_e0_denominator\fP
|
||||||
.IP \(bu 2
|
.IP \(bu 2
|
||||||
\fBpsi_energy\fP
|
\fBpt2_match_weight\fP
|
||||||
.IP \(bu 2
|
.IP \(bu 2
|
||||||
\fBpt2_stoch_istate\fP
|
\fBpt2_stoch_istate\fP
|
||||||
.IP \(bu 2
|
.IP \(bu 2
|
||||||
|
\fBread_wf\fP
|
||||||
|
.IP \(bu 2
|
||||||
\fBstate_average_weight\fP
|
\fBstate_average_weight\fP
|
||||||
.IP \(bu 2
|
.IP \(bu 2
|
||||||
\fBthreshold_generators\fP
|
\fBthreshold_generators\fP
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "FCIDUMP" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "FCIDUMP" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
fcidump \- | Quantum Package >
|
fcidump \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "FOUR_IDX_TRANSFORM" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "FOUR_IDX_TRANSFORM" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
four_idx_transform \- | Quantum Package >
|
four_idx_transform \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "INTERFACES" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "INTERFACES" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
interfaces \- | Quantum Package >
|
interfaces \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "KS_SCF" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "KS_SCF" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
ks_scf \- | Quantum Package >
|
ks_scf \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "MOLDEN" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "MOLDEN" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
molden \- | Quantum Package >
|
molden \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "NATURAL_ORBITALS" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "NATURAL_ORBITALS" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
natural_orbitals \- | Quantum Package >
|
natural_orbitals \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "PLUGINS" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "PLUGINS" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
plugins \- | Quantum Package >
|
plugins \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
87
man/print_ci_vectors.1
Normal file
87
man/print_ci_vectors.1
Normal file
@ -0,0 +1,87 @@
|
|||||||
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
|
.
|
||||||
|
.TH "PRINT_CI_VECTORS" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
|
.SH NAME
|
||||||
|
print_ci_vectors \- | Quantum Package >
|
||||||
|
.
|
||||||
|
.nr rst2man-indent-level 0
|
||||||
|
.
|
||||||
|
.de1 rstReportMargin
|
||||||
|
\\$1 \\n[an-margin]
|
||||||
|
level \\n[rst2man-indent-level]
|
||||||
|
level margin: \\n[rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level]]
|
||||||
|
-
|
||||||
|
\\n[rst2man-indent0]
|
||||||
|
\\n[rst2man-indent1]
|
||||||
|
\\n[rst2man-indent2]
|
||||||
|
..
|
||||||
|
.de1 INDENT
|
||||||
|
.\" .rstReportMargin pre:
|
||||||
|
. RS \\$1
|
||||||
|
. nr rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level] \\n[an-margin]
|
||||||
|
. nr rst2man-indent-level +1
|
||||||
|
.\" .rstReportMargin post:
|
||||||
|
..
|
||||||
|
.de UNINDENT
|
||||||
|
. RE
|
||||||
|
.\" indent \\n[an-margin]
|
||||||
|
.\" old: \\n[rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level]]
|
||||||
|
.nr rst2man-indent-level -1
|
||||||
|
.\" new: \\n[rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level]]
|
||||||
|
.in \\n[rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level]]u
|
||||||
|
..
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.INDENT 3.5
|
||||||
|
Print the ground state wave function stored in the \fI\%EZFIO\fP directory
|
||||||
|
in the intermediate normalization.
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
It also prints a lot of information regarding the excitation
|
||||||
|
operators from the reference determinant ! and a first\-order
|
||||||
|
perturbative analysis of the wave function.
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
If the wave function strongly deviates from the first\-order analysis,
|
||||||
|
something funny is going on :)
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.INDENT 2.0
|
||||||
|
.IP \(bu 2
|
||||||
|
\fBread_wf\fP
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 2.0
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 2.0
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.INDENT 2.0
|
||||||
|
.IP \(bu 2
|
||||||
|
\fBroutine()\fP
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 2.0
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 2.0
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
Touches:
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.INDENT 2.0
|
||||||
|
.IP \(bu 2
|
||||||
|
\fBread_wf\fP
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 2.0
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 2.0
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.SH AUTHOR
|
||||||
|
A. Scemama, E. Giner
|
||||||
|
.SH COPYRIGHT
|
||||||
|
2019, A. Scemama, E. Giner
|
||||||
|
.\" Generated by docutils manpage writer.
|
||||||
|
.
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "PRINT_E_CONV" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "PRINT_E_CONV" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
print_e_conv \- | Quantum Package >
|
print_e_conv \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "PRINT_WF" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "PRINT_WF" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
print_wf \- | Quantum Package >
|
print_wf \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "PRINTING" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "PRINTING" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
printing \- | Quantum Package >
|
printing \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "PT2" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "PT2" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
pt2 \- | Quantum Package >
|
pt2 \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "QP_CONVERT_OUTPUT_TO_EZFIO" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "QP_CONVERT_OUTPUT_TO_EZFIO" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
qp_convert_output_to_ezfio \- | Quantum Package >
|
qp_convert_output_to_ezfio \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
235
man/qp_create_ezfio.1
Normal file
235
man/qp_create_ezfio.1
Normal file
@ -0,0 +1,235 @@
|
|||||||
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
|
.
|
||||||
|
.TH "QP_CREATE_EZFIO" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
|
.SH NAME
|
||||||
|
qp_create_ezfio \- | Quantum Package >
|
||||||
|
.
|
||||||
|
.nr rst2man-indent-level 0
|
||||||
|
.
|
||||||
|
.de1 rstReportMargin
|
||||||
|
\\$1 \\n[an-margin]
|
||||||
|
level \\n[rst2man-indent-level]
|
||||||
|
level margin: \\n[rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level]]
|
||||||
|
-
|
||||||
|
\\n[rst2man-indent0]
|
||||||
|
\\n[rst2man-indent1]
|
||||||
|
\\n[rst2man-indent2]
|
||||||
|
..
|
||||||
|
.de1 INDENT
|
||||||
|
.\" .rstReportMargin pre:
|
||||||
|
. RS \\$1
|
||||||
|
. nr rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level] \\n[an-margin]
|
||||||
|
. nr rst2man-indent-level +1
|
||||||
|
.\" .rstReportMargin post:
|
||||||
|
..
|
||||||
|
.de UNINDENT
|
||||||
|
. RE
|
||||||
|
.\" indent \\n[an-margin]
|
||||||
|
.\" old: \\n[rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level]]
|
||||||
|
.nr rst2man-indent-level -1
|
||||||
|
.\" new: \\n[rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level]]
|
||||||
|
.in \\n[rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level]]u
|
||||||
|
..
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
This command creates an \fI\%EZFIO\fP directory from a standard \fIxyz\fP file or
|
||||||
|
from a \fIz\-matrix\fP file in Gaussian format.
|
||||||
|
.SH USAGE
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.INDENT 3.5
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
.nf
|
||||||
|
.ft C
|
||||||
|
qp_create_ezfio [\-a] \-b <string> [\-c <int>] [\-d <float>]
|
||||||
|
[\-h] [\-m <int>] [\-o EZFIO_DIR] [\-p <string>] [\-x] [\-\-] FILE
|
||||||
|
.ft P
|
||||||
|
.fi
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.TP
|
||||||
|
.B \-a, \-\-au
|
||||||
|
If present, input geometry is in atomic units.
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.TP
|
||||||
|
.B \-b, \-\-basis=<string>
|
||||||
|
Name of basis set. The basis set is defined as a single string if
|
||||||
|
all the atoms are taken from the same basis set, otherwise specific
|
||||||
|
elements can be defined as follows:
|
||||||
|
.INDENT 7.0
|
||||||
|
.INDENT 3.5
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
.nf
|
||||||
|
.ft C
|
||||||
|
\-b "cc\-pcvdz | H:cc\-pvdz | C:6\-31g"
|
||||||
|
\-b "cc\-pvtz | 1,H:sto\-3g | 3,H:6\-31g"
|
||||||
|
.ft P
|
||||||
|
.fi
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
By default, the basis set is obtained from the local database of the.
|
||||||
|
\fIQuantum Package\fP This option is mandatory .
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
If \fB<string>\fP is set to \fBshow\fP, the list of all available basis
|
||||||
|
sets is displayed.
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.TP
|
||||||
|
.B \-c, \-\-charge=<int>
|
||||||
|
Total charge of the molecule. Default is 0.
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.TP
|
||||||
|
.B \-d, \-\-dummy=<float>
|
||||||
|
Add dummy atoms (X) between atoms when the distance between two atoms
|
||||||
|
is less than x \etimes \esum R_\emathrm{cov}, the covalent radii
|
||||||
|
of the atoms. The default is x=0, so no dummy atom is added.
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.TP
|
||||||
|
.B \-h, \-\-help
|
||||||
|
Print the help text and exit
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.TP
|
||||||
|
.B \-m, \-\-multiplicity=<int>
|
||||||
|
Spin multiplicity 2S+1 of the molecule. Default is 1.
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.TP
|
||||||
|
.B \-o, \-\-output=EZFIO_DIR
|
||||||
|
Name of the created \fI\%EZFIO\fP directory.
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.TP
|
||||||
|
.B \-p <string>, \-\-pseudo=<string>
|
||||||
|
Name of the pseudo\-potential. Follows the same conventions as the basis set.
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.TP
|
||||||
|
.B \-x, \-\-cart
|
||||||
|
Compute AOs in the Cartesian basis set (6d, 10f, …)
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.SH USING CUSTOM ATOMIC BASIS SETS
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
If a file with the same name as the basis set exists, this file will
|
||||||
|
be read. For example, if the file containing the basis set is named
|
||||||
|
\fBcustom.basis\fP, and the \fIxyz\fP geometry is in \fBmolecule.xyz\fP, the
|
||||||
|
following should be used:
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.INDENT 3.5
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
.nf
|
||||||
|
.ft C
|
||||||
|
qp_create_ezfio \-b custom.basis molecule.xyz
|
||||||
|
.ft P
|
||||||
|
.fi
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
Basis set files should be given in \fI\%GAMESS\fP format, where the full
|
||||||
|
names of the atoms are given, and the basis sets for each element are
|
||||||
|
separated by a blank line. Here is an example
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.INDENT 3.5
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
.nf
|
||||||
|
.ft C
|
||||||
|
HYDROGEN
|
||||||
|
S 3
|
||||||
|
1 13.0100000 0.0196850
|
||||||
|
2 1.9620000 0.1379770
|
||||||
|
3 0.4446000 0.4781480
|
||||||
|
S 1
|
||||||
|
1 0.1220000 1.0000000
|
||||||
|
P 1
|
||||||
|
1 0.7270000 1.0000000
|
||||||
|
|
||||||
|
BORON
|
||||||
|
S 8
|
||||||
|
1 4570.0000000 0.0006960
|
||||||
|
2 685.9000000 0.0053530
|
||||||
|
3 156.5000000 0.0271340
|
||||||
|
4 44.4700000 0.1013800
|
||||||
|
5 14.4800000 0.2720550
|
||||||
|
6 5.1310000 0.4484030
|
||||||
|
7 1.8980000 0.2901230
|
||||||
|
8 0.3329000 0.0143220
|
||||||
|
S 8
|
||||||
|
1 4570.0000000 \-0.0001390
|
||||||
|
2 685.9000000 \-0.0010970
|
||||||
|
3 156.5000000 \-0.0054440
|
||||||
|
4 44.4700000 \-0.0219160
|
||||||
|
5 14.4800000 \-0.0597510
|
||||||
|
6 5.1310000 \-0.1387320
|
||||||
|
7 1.8980000 \-0.1314820
|
||||||
|
8 0.3329000 0.5395260
|
||||||
|
S 1
|
||||||
|
1 0.1043000 1.0000000
|
||||||
|
P 3
|
||||||
|
1 6.0010000 0.0354810
|
||||||
|
2 1.2410000 0.1980720
|
||||||
|
3 0.3364000 0.5052300
|
||||||
|
P 1
|
||||||
|
1 0.0953800 1.0000000
|
||||||
|
D 1
|
||||||
|
1 0.3430000 1.0000000
|
||||||
|
.ft P
|
||||||
|
.fi
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.SH USING CUSTOM PSEUDO-POTENTIALS
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
As for the basis set, if a file with the same name as the
|
||||||
|
pseudo\-potential exists, this file will be read. For example, if the
|
||||||
|
file containing the custom pseudo\-potential is named \fBcustom.pseudo\fP,
|
||||||
|
the basis set is named \fBcustom.basis\fP, and the \fIxyz\fP geometry is in
|
||||||
|
\fBmolecule.xyz\fP, the following command should be used
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.INDENT 3.5
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
.nf
|
||||||
|
.ft C
|
||||||
|
qp_create_ezfio \-b custom.basis \-p custom.pseudo molecule.xyz
|
||||||
|
.ft P
|
||||||
|
.fi
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
Pseudo\-potential files should be given in a format very close to
|
||||||
|
\fI\%GAMESS\fP format. The first line should be formatted as \fB%s GEN %d %d\fP
|
||||||
|
where the first string is the chemical symbol, the first integer is
|
||||||
|
the number of core electrons to be removed and the second integer is
|
||||||
|
LMAX+1 as in \fI\%GAMESS\fP format. The pseudo\-potential for each element are
|
||||||
|
separated by a blank line. Here is an example
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.INDENT 3.5
|
||||||
|
.sp
|
||||||
|
.nf
|
||||||
|
.ft C
|
||||||
|
Ne GEN 2 1
|
||||||
|
3
|
||||||
|
8.00000000 1 10.74945199
|
||||||
|
85.99561593 3 10.19801460
|
||||||
|
\-56.79004456 2 10.18694048
|
||||||
|
1
|
||||||
|
55.11144535 2 12.85042963
|
||||||
|
|
||||||
|
F GEN 2 1
|
||||||
|
3
|
||||||
|
7.00000000 1 11.39210685
|
||||||
|
79.74474797 3 10.74911370
|
||||||
|
\-49.45159098 2 10.45120693
|
||||||
|
1
|
||||||
|
50.25646328 2 11.30345826
|
||||||
|
.ft P
|
||||||
|
.fi
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.SH AUTHOR
|
||||||
|
A. Scemama, E. Giner
|
||||||
|
.SH COPYRIGHT
|
||||||
|
2019, A. Scemama, E. Giner
|
||||||
|
.\" Generated by docutils manpage writer.
|
||||||
|
.
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "QP_EDIT" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "QP_EDIT" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
qp_edit \- | Quantum Package >
|
qp_edit \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "QP_EXPORT_AS_TGZ" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "QP_EXPORT_AS_TGZ" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
qp_export_as_tgz \- | Quantum Package >
|
qp_export_as_tgz \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "QP_PLUGINS" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "QP_PLUGINS" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
qp_plugins \- | Quantum Package >
|
qp_plugins \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
@ -93,6 +93,11 @@ Uninstall the plugin \fBplugin_name\fP\&.
|
|||||||
.UNINDENT
|
.UNINDENT
|
||||||
.INDENT 0.0
|
.INDENT 0.0
|
||||||
.TP
|
.TP
|
||||||
|
.B update
|
||||||
|
Update the repositories of the plugins. Should be followed by a re\-compilation.
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.TP
|
||||||
.B \-n, \-\-name=<plugin_name>
|
.B \-n, \-\-name=<plugin_name>
|
||||||
Create a new plugin named \fBplugin_name\fP (in local repository by default).
|
Create a new plugin named \fBplugin_name\fP (in local repository by default).
|
||||||
.UNINDENT
|
.UNINDENT
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "QP_RESET" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "QP_RESET" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
qp_reset \- | Quantum Package >
|
qp_reset \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "QP_RUN" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "QP_RUN" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
qp_run \- | Quantum Package >
|
qp_run \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "QP_SET_FROZEN_CORE" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "QP_SET_FROZEN_CORE" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
qp_set_frozen_core \- | Quantum Package >
|
qp_set_frozen_core \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
@ -35,6 +35,191 @@ Automatically finds \fIn\fP, the number of core electrons. Calls
|
|||||||
qp_set_mo_class setting all MOs as \fBActive\fP, except the
|
qp_set_mo_class setting all MOs as \fBActive\fP, except the
|
||||||
n/2 first ones which are set as \fBCore\fP\&. If pseudo\-potentials
|
n/2 first ones which are set as \fBCore\fP\&. If pseudo\-potentials
|
||||||
are used, all the MOs are set as \fBActive\fP\&.
|
are used, all the MOs are set as \fBActive\fP\&.
|
||||||
|
.TS
|
||||||
|
center;
|
||||||
|
|l|l|l|l|.
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
Range
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
Default
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
Small
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
Large
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
H \-> He
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
0
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
0
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
0
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
Li \-> Be
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
0
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
0
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
2
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
B \-> Ne
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
2
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
2
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
2
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
Na \-> Mg
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
2
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
2
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
10
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
Al \-> Ar
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
10
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
2
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
10
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
K \-> Ca
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
10
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
10
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
18
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
Sc \-> Zn
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
10
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
10
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
18
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
Ga \-> Kr
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
18
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
10
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
18
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
Rb \-> Sr
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
18
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
18
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
36
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
Y \-> Cd
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
18
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
18
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
36
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
In \-> Xe
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
36
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
18
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
36
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
Cs \-> Ba
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
36
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
36
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
54
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
La \-> Hg
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
36
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
36
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
54
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
Tl \-> Rn
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
54
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
36
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
54
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
Fr \-> Ra
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
54
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
54
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
86
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
Ac \-> Cn
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
54
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
54
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
86
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
T{
|
||||||
|
Nh \-> Og
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
86
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
54
|
||||||
|
T} T{
|
||||||
|
86
|
||||||
|
T}
|
||||||
|
_
|
||||||
|
.TE
|
||||||
.sp
|
.sp
|
||||||
For elements on the right of the periodic table, \fIqp_set_frozen_core\fP
|
For elements on the right of the periodic table, \fIqp_set_frozen_core\fP
|
||||||
will work as expected. But for elements on the left, a small core will
|
will work as expected. But for elements on the left, a small core will
|
||||||
@ -46,16 +231,26 @@ Lithium atom will have zero.
|
|||||||
.sp
|
.sp
|
||||||
.nf
|
.nf
|
||||||
.ft C
|
.ft C
|
||||||
qp_set_frozen_core [\-q] EZFIO_DIR
|
qp_set_frozen_core [\-q|\-\-query] [(\-l|\-s|\-\-large|\-\-small) EZFIO_DIR
|
||||||
.ft P
|
.ft P
|
||||||
.fi
|
.fi
|
||||||
.UNINDENT
|
.UNINDENT
|
||||||
.UNINDENT
|
.UNINDENT
|
||||||
.INDENT 0.0
|
.INDENT 0.0
|
||||||
.TP
|
.TP
|
||||||
.B \-q
|
.B \-q, \-\-query
|
||||||
Prints in the standard output the number of core electrons.
|
Prints in the standard output the number of core electrons.
|
||||||
.UNINDENT
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.TP
|
||||||
|
.B \-s, \-\-small
|
||||||
|
Use a small core.
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
|
.INDENT 0.0
|
||||||
|
.TP
|
||||||
|
.B \-l, \-\-large
|
||||||
|
Use a large core.
|
||||||
|
.UNINDENT
|
||||||
.SH AUTHOR
|
.SH AUTHOR
|
||||||
A. Scemama, E. Giner
|
A. Scemama, E. Giner
|
||||||
.SH COPYRIGHT
|
.SH COPYRIGHT
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "QP_SET_MO_CLASS" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "QP_SET_MO_CLASS" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
qp_set_mo_class \- | Quantum Package >
|
qp_set_mo_class \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "QP_STOP" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "QP_STOP" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
qp_stop \- | Quantum Package >
|
qp_stop \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "QP_UPDATE" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "QP_UPDATE" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
qp_update \- | Quantum Package >
|
qp_update \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "QPSH" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "QPSH" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
qpsh \- | Quantum Package >
|
qpsh \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "RS_KS_SCF" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "RS_KS_SCF" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
rs_ks_scf \- | Quantum Package >
|
rs_ks_scf \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "SAVE_NATORB" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "SAVE_NATORB" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
save_natorb \- | Quantum Package >
|
save_natorb \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "SAVE_ONE_E_DM" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "SAVE_ONE_E_DM" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
save_one_e_dm \- | Quantum Package >
|
save_one_e_dm \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
@ -32,15 +32,15 @@ level margin: \\n[rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level]]
|
|||||||
..
|
..
|
||||||
.INDENT 0.0
|
.INDENT 0.0
|
||||||
.INDENT 3.5
|
.INDENT 3.5
|
||||||
Program that computes the one body density on the MO basis
|
Program that computes the one body density on the MO and AO basis
|
||||||
for $alpha$ and $beta$ electrons from the wave function
|
for $alpha$ and $beta$ electrons from the wave function
|
||||||
stored in the \fI\%EZFIO\fP directory, and then saves it into the
|
stored in the \fI\%EZFIO\fP directory, and then saves it into the
|
||||||
module_aux_quantities\&.
|
module_aux_quantities\&.
|
||||||
.sp
|
.sp
|
||||||
Then, the global variable \fBaux_quantities data_one_e_dm_alpha_mo\fP
|
Then, the global variable \fBaux_quantities data_one_e_dm_alpha_mo\fP
|
||||||
and \fBaux_quantities data_one_e_dm_beta_mo\fP will automatically
|
and \fBaux_quantities data_one_e_dm_beta_mo\fP (and the corresponding for AO)
|
||||||
read this density in the next calculation. This can be used to perform
|
will automatically ! read this density in the next calculation.
|
||||||
damping on the density in RSDFT calculations (see
|
This can be used to perform damping on the density in RSDFT calculations (see
|
||||||
module_density_for_dft).
|
module_density_for_dft).
|
||||||
.sp
|
.sp
|
||||||
Needs:
|
Needs:
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "SAVE_ORTHO_MOS" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "SAVE_ORTHO_MOS" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
save_ortho_mos \- | Quantum Package >
|
save_ortho_mos \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "SCF" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "SCF" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
scf \- | Quantum Package >
|
scf \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
@ -1,6 +1,6 @@
|
|||||||
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
.\" Man page generated from reStructuredText.
|
||||||
.
|
.
|
||||||
.TH "WRITE_INTEGRALS_ERF" "1" "Mar 07, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
.TH "WRITE_INTEGRALS_ERF" "1" "May 28, 2019" "2.0" "Quantum Package"
|
||||||
.SH NAME
|
.SH NAME
|
||||||
write_integrals_erf \- | Quantum Package >
|
write_integrals_erf \- | Quantum Package >
|
||||||
.
|
.
|
||||||
|
747
ocaml/Element.ml
747
ocaml/Element.ml
@ -3,14 +3,19 @@ open Qptypes
|
|||||||
|
|
||||||
exception ElementError of string
|
exception ElementError of string
|
||||||
|
|
||||||
type t =
|
type t = X
|
||||||
|X
|
|
||||||
|H |He
|
|H |He
|
||||||
|Li|Be |B |C |N |O |F |Ne
|
|Li|Be |B |C |N |O |F |Ne
|
||||||
|Na|Mg |Al|Si|P |S |Cl|Ar
|
|Na|Mg |Al|Si|P |S |Cl|Ar
|
||||||
|K |Ca|Sc|Ti|V |Cr|Mn|Fe|Co|Ni|Cu|Zn|Ga|Ge|As|Se|Br|Kr
|
|K |Ca|Sc|Ti|V |Cr|Mn|Fe|Co|Ni|Cu|Zn|Ga|Ge|As|Se|Br|Kr
|
||||||
|Rb|Sr|Y |Zr|Nb|Mo|Tc|Ru|Rh|Pd|Ag|Cd|In|Sn|Sb|Te|I |Xe
|
|Rb|Sr|Y |Zr|Nb|Mo|Tc|Ru|Rh|Pd|Ag|Cd|In|Sn|Sb|Te|I |Xe
|
||||||
|Pt
|
|Cs|Ba|La|Hf|Ta|W |Re|Os|Ir|Pt|Au|Hg|Tl|Pb|Bi|Po|At|Rn
|
||||||
|
|Fr|Ra|Ac|Rf|Db|Sg|Bh|Hs|Mt|Ds|Rg|Cn|Nh|Fl|Mc|Lv|Ts|Og
|
||||||
|
|
||||||
|
|Ce|Pr|Nd|Pm|Sm|Eu|Gd|Tb|Dy|Ho|Er|Tm|Yb|Lu
|
||||||
|
|Th|Pa|U |Np|Pu|Am|Cm|Bk|Cf|Es|Fm|Md|No|Lr
|
||||||
|
|
||||||
[@@deriving sexp]
|
[@@deriving sexp]
|
||||||
|
|
||||||
let of_string x =
|
let of_string x =
|
||||||
@ -70,7 +75,70 @@ let of_string x =
|
|||||||
| "Te" | "Tellurium" -> Te
|
| "Te" | "Tellurium" -> Te
|
||||||
| "I" | "Iodine" -> I
|
| "I" | "Iodine" -> I
|
||||||
| "Xe" | "Xenon" -> Xe
|
| "Xe" | "Xenon" -> Xe
|
||||||
|
| "Cs" | "Cesium" -> Cs
|
||||||
|
| "Ba" | "Barium" -> Ba
|
||||||
|
| "La" | "Lanthanum" -> La
|
||||||
|
| "Ce" | "Cerium" -> Ce
|
||||||
|
| "Pr" | "Praseodymium" -> Pr
|
||||||
|
| "Nd" | "Neodymium" -> Nd
|
||||||
|
| "Pm" | "Promethium" -> Pm
|
||||||
|
| "Sm" | "Samarium" -> Sm
|
||||||
|
| "Eu" | "Europium" -> Eu
|
||||||
|
| "Gd" | "Gadolinium" -> Gd
|
||||||
|
| "Tb" | "Terbium" -> Tb
|
||||||
|
| "Dy" | "Dysprosium" -> Dy
|
||||||
|
| "Ho" | "Holmium" -> Ho
|
||||||
|
| "Er" | "Erbium" -> Er
|
||||||
|
| "Tm" | "Thulium" -> Tm
|
||||||
|
| "Yb" | "Ytterbium" -> Yb
|
||||||
|
| "Lu" | "Lutetium" -> Lu
|
||||||
|
| "Hf" | "Hafnium" -> Hf
|
||||||
|
| "Ta" | "Tantalum" -> Ta
|
||||||
|
| "W" | "Tungsten" -> W
|
||||||
|
| "Re" | "Rhenium" -> Re
|
||||||
|
| "Os" | "Osmium" -> Os
|
||||||
|
| "Ir" | "Iridium" -> Ir
|
||||||
| "Pt" | "Platinum" -> Pt
|
| "Pt" | "Platinum" -> Pt
|
||||||
|
| "Au" | "Gold" -> Au
|
||||||
|
| "Hg" | "Mercury" -> Hg
|
||||||
|
| "Tl" | "Thallium" -> Tl
|
||||||
|
| "Pb" | "Lead" -> Pb
|
||||||
|
| "Bi" | "Bismuth" -> Bi
|
||||||
|
| "Po" | "Polonium" -> Po
|
||||||
|
| "At" | "Astatine" -> At
|
||||||
|
| "Rn" | "Radon" -> Rn
|
||||||
|
| "Fr" | "Francium" -> Fr
|
||||||
|
| "Ra" | "Radium" -> Ra
|
||||||
|
| "Ac" | "Actinium" -> Ac
|
||||||
|
| "Th" | "Thorium" -> Th
|
||||||
|
| "Pa" | "Protactinium" -> Pa
|
||||||
|
| "U" | "Uranium" -> U
|
||||||
|
| "Np" | "Neptunium" -> Np
|
||||||
|
| "Pu" | "Plutonium" -> Pu
|
||||||
|
| "Am" | "Americium" -> Am
|
||||||
|
| "Cm" | "Curium" -> Cm
|
||||||
|
| "Bk" | "Berkelium" -> Bk
|
||||||
|
| "Cf" | "Californium" -> Cf
|
||||||
|
| "Es" | "Einsteinium" -> Es
|
||||||
|
| "Fm" | "Fermium" -> Fm
|
||||||
|
| "Md" | "Mendelevium" -> Md
|
||||||
|
| "No" | "Nobelium" -> No
|
||||||
|
| "Lr" | "Lawrencium" -> Lr
|
||||||
|
| "Rf" | "Rutherfordium"-> Rf
|
||||||
|
| "Db" | "Dubnium" -> Db
|
||||||
|
| "Sg" | "Seaborgium" -> Sg
|
||||||
|
| "Bh" | "Bohrium" -> Bh
|
||||||
|
| "Hs" | "Hassium" -> Hs
|
||||||
|
| "Mt" | "Meitnerium" -> Mt
|
||||||
|
| "Ds" | "Darmstadtium" -> Ds
|
||||||
|
| "Rg" | "Roentgenium" -> Rg
|
||||||
|
| "Cn" | "Copernicium" -> Cn
|
||||||
|
| "Nh" | "Nihonium" -> Nh
|
||||||
|
| "Fl" | "Flerovium" -> Fl
|
||||||
|
| "Mc" | "Moscovium" -> Mc
|
||||||
|
| "Lv" | "Livermorium" -> Lv
|
||||||
|
| "Ts" | "Tennessine" -> Ts
|
||||||
|
| "Og" | "Oganesson" -> Og
|
||||||
| x -> raise (ElementError ("Element "^x^" unknown"))
|
| x -> raise (ElementError ("Element "^x^" unknown"))
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -130,7 +198,70 @@ let to_string = function
|
|||||||
| Te -> "Te"
|
| Te -> "Te"
|
||||||
| I -> "I"
|
| I -> "I"
|
||||||
| Xe -> "Xe"
|
| Xe -> "Xe"
|
||||||
|
| Cs -> "Cs"
|
||||||
|
| Ba -> "Ba"
|
||||||
|
| La -> "La"
|
||||||
|
| Hf -> "Hf"
|
||||||
|
| Ta -> "Ta"
|
||||||
|
| W -> "W"
|
||||||
|
| Re -> "Re"
|
||||||
|
| Os -> "Os"
|
||||||
|
| Ir -> "Ir"
|
||||||
| Pt -> "Pt"
|
| Pt -> "Pt"
|
||||||
|
| Au -> "Au"
|
||||||
|
| Hg -> "Hg"
|
||||||
|
| Tl -> "Tl"
|
||||||
|
| Pb -> "Pb"
|
||||||
|
| Bi -> "Bi"
|
||||||
|
| Po -> "Po"
|
||||||
|
| At -> "At"
|
||||||
|
| Rn -> "Rn"
|
||||||
|
| Fr -> "Fr"
|
||||||
|
| Ra -> "Ra"
|
||||||
|
| Ac -> "Ac"
|
||||||
|
| Rf -> "Rf"
|
||||||
|
| Db -> "Db"
|
||||||
|
| Sg -> "Sg"
|
||||||
|
| Bh -> "Bh"
|
||||||
|
| Hs -> "Hs"
|
||||||
|
| Mt -> "Mt"
|
||||||
|
| Ds -> "Ds"
|
||||||
|
| Rg -> "Rg"
|
||||||
|
| Cn -> "Cn"
|
||||||
|
| Nh -> "Nh"
|
||||||
|
| Fl -> "Fl"
|
||||||
|
| Mc -> "Mc"
|
||||||
|
| Lv -> "Lv"
|
||||||
|
| Ts -> "Ts"
|
||||||
|
| Og -> "Og"
|
||||||
|
| Ce -> "Ce"
|
||||||
|
| Pr -> "Pr"
|
||||||
|
| Nd -> "Nd"
|
||||||
|
| Pm -> "Pm"
|
||||||
|
| Sm -> "Sm"
|
||||||
|
| Eu -> "Eu"
|
||||||
|
| Gd -> "Gd"
|
||||||
|
| Tb -> "Tb"
|
||||||
|
| Dy -> "Dy"
|
||||||
|
| Ho -> "Ho"
|
||||||
|
| Er -> "Er"
|
||||||
|
| Tm -> "Tm"
|
||||||
|
| Yb -> "Yb"
|
||||||
|
| Lu -> "Lu"
|
||||||
|
| Th -> "Th"
|
||||||
|
| Pa -> "Pa"
|
||||||
|
| U -> "U"
|
||||||
|
| Np -> "Np"
|
||||||
|
| Pu -> "Pu"
|
||||||
|
| Am -> "Am"
|
||||||
|
| Cm -> "Cm"
|
||||||
|
| Bk -> "Bk"
|
||||||
|
| Cf -> "Cf"
|
||||||
|
| Es -> "Es"
|
||||||
|
| Fm -> "Fm"
|
||||||
|
| Md -> "Md"
|
||||||
|
| No -> "No"
|
||||||
|
| Lr -> "Lr"
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
let to_long_string = function
|
let to_long_string = function
|
||||||
@ -189,8 +320,70 @@ let to_long_string = function
|
|||||||
| Te -> "Tellurium"
|
| Te -> "Tellurium"
|
||||||
| I -> "Iodine"
|
| I -> "Iodine"
|
||||||
| Xe -> "Xenon"
|
| Xe -> "Xenon"
|
||||||
|
| Cs -> "Cesium"
|
||||||
|
| Ba -> "Barium"
|
||||||
|
| La -> "Lanthanum"
|
||||||
|
| Ce -> "Cerium"
|
||||||
|
| Pr -> "Praseodymium"
|
||||||
|
| Nd -> "Neodymium"
|
||||||
|
| Pm -> "Promethium"
|
||||||
|
| Sm -> "Samarium"
|
||||||
|
| Eu -> "Europium"
|
||||||
|
| Gd -> "Gadolinium"
|
||||||
|
| Tb -> "Terbium"
|
||||||
|
| Dy -> "Dysprosium"
|
||||||
|
| Ho -> "Holmium"
|
||||||
|
| Er -> "Erbium"
|
||||||
|
| Tm -> "Thulium"
|
||||||
|
| Yb -> "Ytterbium"
|
||||||
|
| Lu -> "Lutetium"
|
||||||
|
| Hf -> "Hafnium"
|
||||||
|
| Ta -> "Tantalum"
|
||||||
|
| W -> "Tungsten"
|
||||||
|
| Re -> "Rhenium"
|
||||||
|
| Os -> "Osmium"
|
||||||
|
| Ir -> "Iridium"
|
||||||
| Pt -> "Platinum"
|
| Pt -> "Platinum"
|
||||||
|
| Au -> "Gold"
|
||||||
|
| Hg -> "Mercury"
|
||||||
|
| Tl -> "Thallium"
|
||||||
|
| Pb -> "Lead"
|
||||||
|
| Bi -> "Bismuth"
|
||||||
|
| Po -> "Polonium"
|
||||||
|
| At -> "Astatine"
|
||||||
|
| Rn -> "Radon"
|
||||||
|
| Fr -> "Francium"
|
||||||
|
| Ra -> "Radium"
|
||||||
|
| Ac -> "Actinium"
|
||||||
|
| Th -> "Thorium"
|
||||||
|
| Pa -> "Protactinium"
|
||||||
|
| U -> "Uranium"
|
||||||
|
| Np -> "Neptunium"
|
||||||
|
| Pu -> "Plutonium"
|
||||||
|
| Am -> "Americium"
|
||||||
|
| Cm -> "Curium"
|
||||||
|
| Bk -> "Berkelium"
|
||||||
|
| Cf -> "Californium"
|
||||||
|
| Es -> "Einsteinium"
|
||||||
|
| Fm -> "Fermium"
|
||||||
|
| Md -> "Mendelevium"
|
||||||
|
| No -> "Nobelium"
|
||||||
|
| Lr -> "Lawrencium"
|
||||||
|
| Rf -> "Rutherfordium"
|
||||||
|
| Db -> "Dubnium"
|
||||||
|
| Sg -> "Seaborgium"
|
||||||
|
| Bh -> "Bohrium"
|
||||||
|
| Hs -> "Hassium"
|
||||||
|
| Mt -> "Meitnerium"
|
||||||
|
| Ds -> "Darmstadtium"
|
||||||
|
| Rg -> "Roentgenium"
|
||||||
|
| Cn -> "Copernicium"
|
||||||
|
| Nh -> "Nihonium"
|
||||||
|
| Fl -> "Flerovium"
|
||||||
|
| Mc -> "Moscovium"
|
||||||
|
| Lv -> "Livermorium"
|
||||||
|
| Ts -> "Tennessine"
|
||||||
|
| Og -> "Oganesson"
|
||||||
|
|
||||||
let to_charge c =
|
let to_charge c =
|
||||||
let result = match c with
|
let result = match c with
|
||||||
@ -249,7 +442,70 @@ let to_charge c =
|
|||||||
| Te -> 52
|
| Te -> 52
|
||||||
| I -> 53
|
| I -> 53
|
||||||
| Xe -> 54
|
| Xe -> 54
|
||||||
|
| Cs -> 55
|
||||||
|
| Ba -> 56
|
||||||
|
| La -> 57
|
||||||
|
| Ce -> 58
|
||||||
|
| Pr -> 59
|
||||||
|
| Nd -> 60
|
||||||
|
| Pm -> 61
|
||||||
|
| Sm -> 62
|
||||||
|
| Eu -> 63
|
||||||
|
| Gd -> 64
|
||||||
|
| Tb -> 65
|
||||||
|
| Dy -> 66
|
||||||
|
| Ho -> 67
|
||||||
|
| Er -> 68
|
||||||
|
| Tm -> 69
|
||||||
|
| Yb -> 70
|
||||||
|
| Lu -> 71
|
||||||
|
| Hf -> 72
|
||||||
|
| Ta -> 73
|
||||||
|
| W -> 74
|
||||||
|
| Re -> 75
|
||||||
|
| Os -> 76
|
||||||
|
| Ir -> 77
|
||||||
| Pt -> 78
|
| Pt -> 78
|
||||||
|
| Au -> 79
|
||||||
|
| Hg -> 80
|
||||||
|
| Tl -> 81
|
||||||
|
| Pb -> 82
|
||||||
|
| Bi -> 83
|
||||||
|
| Po -> 84
|
||||||
|
| At -> 85
|
||||||
|
| Rn -> 86
|
||||||
|
| Fr -> 87
|
||||||
|
| Ra -> 88
|
||||||
|
| Ac -> 89
|
||||||
|
| Th -> 90
|
||||||
|
| Pa -> 91
|
||||||
|
| U -> 92
|
||||||
|
| Np -> 93
|
||||||
|
| Pu -> 94
|
||||||
|
| Am -> 95
|
||||||
|
| Cm -> 96
|
||||||
|
| Bk -> 97
|
||||||
|
| Cf -> 98
|
||||||
|
| Es -> 99
|
||||||
|
| Fm -> 100
|
||||||
|
| Md -> 101
|
||||||
|
| No -> 102
|
||||||
|
| Lr -> 103
|
||||||
|
| Rf -> 104
|
||||||
|
| Db -> 105
|
||||||
|
| Sg -> 106
|
||||||
|
| Bh -> 107
|
||||||
|
| Hs -> 108
|
||||||
|
| Mt -> 109
|
||||||
|
| Ds -> 110
|
||||||
|
| Rg -> 111
|
||||||
|
| Cn -> 112
|
||||||
|
| Nh -> 113
|
||||||
|
| Fl -> 114
|
||||||
|
| Mc -> 115
|
||||||
|
| Lv -> 116
|
||||||
|
| Ts -> 117
|
||||||
|
| Og -> 118
|
||||||
in Charge.of_int result
|
in Charge.of_int result
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -309,49 +565,112 @@ let of_charge c = match (Charge.to_int c) with
|
|||||||
| 52 -> Te
|
| 52 -> Te
|
||||||
| 53 -> I
|
| 53 -> I
|
||||||
| 54 -> Xe
|
| 54 -> Xe
|
||||||
|
| 55 -> Cs
|
||||||
|
| 56 -> Ba
|
||||||
|
| 57 -> La
|
||||||
|
| 58 -> Ce
|
||||||
|
| 59 -> Pr
|
||||||
|
| 60 -> Nd
|
||||||
|
| 61 -> Pm
|
||||||
|
| 62 -> Sm
|
||||||
|
| 63 -> Eu
|
||||||
|
| 64 -> Gd
|
||||||
|
| 65 -> Tb
|
||||||
|
| 66 -> Dy
|
||||||
|
| 67 -> Ho
|
||||||
|
| 68 -> Er
|
||||||
|
| 69 -> Tm
|
||||||
|
| 70 -> Yb
|
||||||
|
| 71 -> Lu
|
||||||
|
| 72 -> Hf
|
||||||
|
| 73 -> Ta
|
||||||
|
| 74 -> W
|
||||||
|
| 75 -> Re
|
||||||
|
| 76 -> Os
|
||||||
|
| 77 -> Ir
|
||||||
| 78 -> Pt
|
| 78 -> Pt
|
||||||
|
| 79 -> Au
|
||||||
|
| 80 -> Hg
|
||||||
|
| 81 -> Tl
|
||||||
|
| 82 -> Pb
|
||||||
|
| 83 -> Bi
|
||||||
|
| 84 -> Po
|
||||||
|
| 85 -> At
|
||||||
|
| 86 -> Rn
|
||||||
|
| 87 -> Fr
|
||||||
|
| 88 -> Ra
|
||||||
|
| 89 -> Ac
|
||||||
|
| 90 -> Th
|
||||||
|
| 91 -> Pa
|
||||||
|
| 92 -> U
|
||||||
|
| 93 -> Np
|
||||||
|
| 94 -> Pu
|
||||||
|
| 95 -> Am
|
||||||
|
| 96 -> Cm
|
||||||
|
| 97 -> Bk
|
||||||
|
| 98 -> Cf
|
||||||
|
| 99 -> Es
|
||||||
|
| 100 -> Fm
|
||||||
|
| 101 -> Md
|
||||||
|
| 102 -> No
|
||||||
|
| 103 -> Lr
|
||||||
|
| 104 -> Rf
|
||||||
|
| 105 -> Db
|
||||||
|
| 106 -> Sg
|
||||||
|
| 107 -> Bh
|
||||||
|
| 108 -> Hs
|
||||||
|
| 109 -> Mt
|
||||||
|
| 110 -> Ds
|
||||||
|
| 111 -> Rg
|
||||||
|
| 112 -> Cn
|
||||||
|
| 113 -> Nh
|
||||||
|
| 114 -> Fl
|
||||||
|
| 115 -> Mc
|
||||||
|
| 116 -> Lv
|
||||||
|
| 117 -> Ts
|
||||||
|
| 118 -> Og
|
||||||
| x -> raise (ElementError ("Element of charge "^(string_of_int x)^" unknown"))
|
| x -> raise (ElementError ("Element of charge "^(string_of_int x)^" unknown"))
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
let covalent_radius x =
|
let covalent_radius x =
|
||||||
let result = function
|
let result = function
|
||||||
| X -> 0.
|
| X -> 0.
|
||||||
| H -> 0.37
|
| H -> 0.31
|
||||||
| He -> 0.70
|
| He -> 0.28
|
||||||
| Li -> 1.23
|
| Li -> 1.28
|
||||||
| Be -> 0.89
|
| Be -> 0.96
|
||||||
| B -> 0.90
|
| B -> 0.85
|
||||||
| C -> 0.85
|
| C -> 0.76
|
||||||
| N -> 0.74
|
| N -> 0.71
|
||||||
| O -> 0.74
|
| O -> 0.66
|
||||||
| F -> 0.72
|
| F -> 0.57
|
||||||
| Ne -> 0.70
|
| Ne -> 0.58
|
||||||
| Na -> 1.00
|
| Na -> 1.66
|
||||||
| Mg -> 1.36
|
| Mg -> 1.41
|
||||||
| Al -> 1.25
|
| Al -> 1.21
|
||||||
| Si -> 1.17
|
| Si -> 1.11
|
||||||
| P -> 1.10
|
| P -> 1.07
|
||||||
| S -> 1.10
|
| S -> 1.05
|
||||||
| Cl -> 0.99
|
| Cl -> 1.02
|
||||||
| Ar -> 0.70
|
| Ar -> 1.06
|
||||||
| K -> 2.03
|
| K -> 2.03
|
||||||
| Ca -> 1.74
|
| Ca -> 1.76
|
||||||
| Sc -> 1.44
|
| Sc -> 1.70
|
||||||
| Ti -> 1.32
|
| Ti -> 1.60
|
||||||
| V -> 1.22
|
| V -> 1.53
|
||||||
| Cr -> 0.00
|
| Cr -> 1.39
|
||||||
| Mn -> 1.16
|
| Mn -> 1.39
|
||||||
| Fe -> 0.00
|
| Fe -> 1.32
|
||||||
| Co -> 1.15
|
| Co -> 1.26
|
||||||
| Ni -> 1.17
|
| Ni -> 1.24
|
||||||
| Cu -> 1.25
|
| Cu -> 1.32
|
||||||
| Zn -> 1.25
|
| Zn -> 1.22
|
||||||
| Ga -> 1.20
|
| Ga -> 1.22
|
||||||
| Ge -> 1.21
|
| Ge -> 1.20
|
||||||
| As -> 1.16
|
| As -> 1.19
|
||||||
| Se -> 0.70
|
| Se -> 1.20
|
||||||
| Br -> 1.24
|
| Br -> 1.20
|
||||||
| Kr -> 1.91
|
| Kr -> 1.16
|
||||||
| Rb -> 2.20
|
| Rb -> 2.20
|
||||||
| Sr -> 1.95
|
| Sr -> 1.95
|
||||||
| Y -> 1.90
|
| Y -> 1.90
|
||||||
@ -370,112 +689,241 @@ let covalent_radius x =
|
|||||||
| Te -> 1.38
|
| Te -> 1.38
|
||||||
| I -> 1.39
|
| I -> 1.39
|
||||||
| Xe -> 1.40
|
| Xe -> 1.40
|
||||||
| Pt -> 1.30
|
| Cs -> 2.44
|
||||||
|
| Ba -> 2.15
|
||||||
|
| La -> 2.07
|
||||||
|
| Ce -> 2.04
|
||||||
|
| Pr -> 2.03
|
||||||
|
| Nd -> 2.01
|
||||||
|
| Pm -> 1.99
|
||||||
|
| Sm -> 1.98
|
||||||
|
| Eu -> 1.98
|
||||||
|
| Gd -> 1.96
|
||||||
|
| Tb -> 1.94
|
||||||
|
| Dy -> 1.92
|
||||||
|
| Ho -> 1.92
|
||||||
|
| Er -> 1.89
|
||||||
|
| Tm -> 1.90
|
||||||
|
| Yb -> 1.87
|
||||||
|
| Lu -> 1.87
|
||||||
|
| Hf -> 1.75
|
||||||
|
| Ta -> 1.70
|
||||||
|
| W -> 1.62
|
||||||
|
| Re -> 1.51
|
||||||
|
| Os -> 1.44
|
||||||
|
| Ir -> 1.41
|
||||||
|
| Pt -> 1.36
|
||||||
|
| Au -> 1.36
|
||||||
|
| Hg -> 1.32
|
||||||
|
| Tl -> 1.45
|
||||||
|
| Pb -> 1.46
|
||||||
|
| Bi -> 1.48
|
||||||
|
| Po -> 1.40
|
||||||
|
| At -> 1.50
|
||||||
|
| Rn -> 1.50
|
||||||
|
| Fr -> 2.60
|
||||||
|
| Ra -> 2.21
|
||||||
|
| Ac -> 2.15
|
||||||
|
| Th -> 2.06
|
||||||
|
| Pa -> 2.00
|
||||||
|
| U -> 1.96
|
||||||
|
| Np -> 1.90
|
||||||
|
| Pu -> 1.87
|
||||||
|
| Am -> 1.80
|
||||||
|
| Cm -> 1.69
|
||||||
|
| Bk -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Bk")
|
||||||
|
| Cf -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Cf")
|
||||||
|
| Es -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Es")
|
||||||
|
| Fm -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Fm")
|
||||||
|
| Md -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Md")
|
||||||
|
| No -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for No")
|
||||||
|
| Lr -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Lr")
|
||||||
|
| Rf -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Rf")
|
||||||
|
| Db -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Db")
|
||||||
|
| Sg -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Sg")
|
||||||
|
| Bh -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Bh")
|
||||||
|
| Hs -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Hs")
|
||||||
|
| Mt -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Mt")
|
||||||
|
| Ds -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Ds")
|
||||||
|
| Rg -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Rg")
|
||||||
|
| Cn -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Cn")
|
||||||
|
| Nh -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Nh")
|
||||||
|
| Fl -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Fl")
|
||||||
|
| Mc -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Mc")
|
||||||
|
| Lv -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Lv")
|
||||||
|
| Ts -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Ts")
|
||||||
|
| Og -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Og")
|
||||||
in
|
in
|
||||||
Units.angstrom_to_bohr *. (result x)
|
Units.angstrom_to_bohr *. (result x)
|
||||||
|> Positive_float.of_float
|
|> Positive_float.of_float
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
let vdw_radius x =
|
let vdw_radius x =
|
||||||
let result = function
|
let result = function
|
||||||
| X -> 0.
|
| X -> Some 0.
|
||||||
| H -> 1.20
|
| H -> Some 1.20
|
||||||
| He -> 1.70
|
| He -> Some 1.40
|
||||||
| Li -> 1.70
|
| Li -> Some 1.82
|
||||||
| Be -> 1.70
|
| Be -> None
|
||||||
| B -> 1.70
|
| B -> None
|
||||||
| C -> 1.70
|
| C -> Some 1.70
|
||||||
| N -> 1.55
|
| N -> Some 1.55
|
||||||
| O -> 1.52
|
| O -> Some 1.52
|
||||||
| F -> 1.47
|
| F -> Some 1.47
|
||||||
| Ne -> 1.70
|
| Ne -> Some 1.54
|
||||||
| Na -> 1.70
|
| Na -> Some 2.27
|
||||||
| Mg -> 1.70
|
| Mg -> Some 1.73
|
||||||
| Al -> 1.94
|
| Al -> Some 1.94
|
||||||
| Si -> 2.10
|
| Si -> Some 2.10
|
||||||
| P -> 1.80
|
| P -> Some 1.80
|
||||||
| S -> 1.80
|
| S -> Some 1.80
|
||||||
| Cl -> 1.75
|
| Cl -> Some 1.75
|
||||||
| Ar -> 1.70
|
| Ar -> Some 1.88
|
||||||
| K -> 1.70
|
| K -> Some 2.75
|
||||||
| Ca -> 1.70
|
| Ca -> None
|
||||||
| Sc -> 1.70
|
| Sc -> None
|
||||||
| Ti -> 1.70
|
| Ti -> None
|
||||||
| V -> 1.98
|
| V -> Some 1.98
|
||||||
| Cr -> 1.94
|
| Cr -> Some 1.94
|
||||||
| Mn -> 1.93
|
| Mn -> Some 1.93
|
||||||
| Fe -> 1.93
|
| Fe -> Some 1.93
|
||||||
| Co -> 1.92
|
| Co -> Some 1.92
|
||||||
| Ni -> 1.70
|
| Ni -> Some 1.63
|
||||||
| Cu -> 1.70
|
| Cu -> Some 1.40
|
||||||
| Zn -> 1.70
|
| Zn -> Some 1.39
|
||||||
| Ga -> 2.02
|
| Ga -> Some 1.87
|
||||||
| Ge -> 1.70
|
| Ge -> None
|
||||||
| As -> 1.96
|
| As -> Some 1.85
|
||||||
| Se -> 1.70
|
| Se -> Some 1.90
|
||||||
| Br -> 2.10
|
| Br -> Some 1.85
|
||||||
| Kr -> 1.70
|
| Kr -> Some 2.02
|
||||||
| Rb -> 3.03
|
| Rb -> Some 3.03
|
||||||
| Sr -> 2.49
|
| Sr -> Some 2.49
|
||||||
| Y -> 0.
|
| Y -> None
|
||||||
| Zr -> 0.
|
| Zr -> None
|
||||||
| Nb -> 0.
|
| Nb -> None
|
||||||
| Mo -> 0.
|
| Mo -> None
|
||||||
| Tc -> 0.
|
| Tc -> None
|
||||||
| Ru -> 0.
|
| Ru -> None
|
||||||
| Rh -> 0.
|
| Rh -> None
|
||||||
| Pd -> 1.63
|
| Pd -> Some 1.63
|
||||||
| Ag -> 1.72
|
| Ag -> Some 1.72
|
||||||
| Cd -> 1.58
|
| Cd -> Some 1.58
|
||||||
| In -> 1.93
|
| In -> Some 1.93
|
||||||
| Sn -> 2.17
|
| Sn -> Some 2.17
|
||||||
| Sb -> 2.06
|
| Sb -> Some 2.06
|
||||||
| Te -> 2.06
|
| Te -> Some 2.06
|
||||||
| I -> 1.98
|
| I -> Some 1.98
|
||||||
| Xe -> 2.16
|
| Xe -> Some 2.16
|
||||||
| Pt -> 1.75
|
| Cs -> None
|
||||||
|
| Ba -> None
|
||||||
|
| La -> None
|
||||||
|
| Ce -> None
|
||||||
|
| Pr -> None
|
||||||
|
| Nd -> None
|
||||||
|
| Pm -> None
|
||||||
|
| Sm -> None
|
||||||
|
| Eu -> None
|
||||||
|
| Gd -> None
|
||||||
|
| Tb -> None
|
||||||
|
| Dy -> None
|
||||||
|
| Ho -> None
|
||||||
|
| Er -> None
|
||||||
|
| Tm -> None
|
||||||
|
| Yb -> None
|
||||||
|
| Lu -> None
|
||||||
|
| Hf -> None
|
||||||
|
| Ta -> None
|
||||||
|
| W -> None
|
||||||
|
| Re -> None
|
||||||
|
| Os -> None
|
||||||
|
| Ir -> None
|
||||||
|
| Pt -> Some 1.75
|
||||||
|
| Au -> Some 1.66
|
||||||
|
| Hg -> Some 1.55
|
||||||
|
| Tl -> Some 1.96
|
||||||
|
| Pb -> Some 2.02
|
||||||
|
| Bi -> None
|
||||||
|
| Po -> None
|
||||||
|
| At -> None
|
||||||
|
| Rn -> None
|
||||||
|
| Fr -> None
|
||||||
|
| Ra -> None
|
||||||
|
| Ac -> None
|
||||||
|
| Th -> None
|
||||||
|
| Pa -> None
|
||||||
|
| U -> Some 1.86
|
||||||
|
| Np -> None
|
||||||
|
| Pu -> None
|
||||||
|
| Am -> None
|
||||||
|
| Cm -> None
|
||||||
|
| Bk -> None
|
||||||
|
| Cf -> None
|
||||||
|
| Es -> None
|
||||||
|
| Fm -> None
|
||||||
|
| Md -> None
|
||||||
|
| No -> None
|
||||||
|
| Lr -> None
|
||||||
|
| Rf -> None
|
||||||
|
| Db -> None
|
||||||
|
| Sg -> None
|
||||||
|
| Bh -> None
|
||||||
|
| Hs -> None
|
||||||
|
| Mt -> None
|
||||||
|
| Ds -> None
|
||||||
|
| Rg -> None
|
||||||
|
| Cn -> None
|
||||||
|
| Nh -> None
|
||||||
|
| Fl -> None
|
||||||
|
| Mc -> None
|
||||||
|
| Lv -> None
|
||||||
|
| Ts -> None
|
||||||
|
| Og -> None
|
||||||
in
|
in
|
||||||
Units.angstrom_to_bohr *. (result x)
|
match result x with
|
||||||
|> Positive_float.of_float
|
| Some y -> Some (Positive_float.of_float @@ Units.angstrom_to_bohr *. y )
|
||||||
|
| None -> None
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
let mass x =
|
let mass x =
|
||||||
let result = function
|
let result = function
|
||||||
| X -> 0.
|
| X -> 0.
|
||||||
| H -> 1.0079
|
| H -> 1.0079
|
||||||
| He -> 4.00260
|
| He -> 4.002602
|
||||||
| Li -> 6.941
|
| Li -> 6.941
|
||||||
| Be -> 9.01218
|
| Be -> 9.0121831
|
||||||
| B -> 10.81
|
| B -> 10.81
|
||||||
| C -> 12.011
|
| C -> 12.011
|
||||||
| N -> 14.0067
|
| N -> 14.0067
|
||||||
| O -> 15.9994
|
| O -> 15.9994
|
||||||
| F -> 18.998403
|
| F -> 18.998403163
|
||||||
| Ne -> 20.179
|
| Ne -> 20.1797
|
||||||
| Na -> 22.98977
|
| Na -> 22.98976928
|
||||||
| Mg -> 24.305
|
| Mg -> 24.305
|
||||||
| Al -> 26.98154
|
| Al -> 26.9815385
|
||||||
| Si -> 28.0855
|
| Si -> 28.0855
|
||||||
| P -> 30.97376
|
| P -> 30.973761998
|
||||||
| S -> 32.06
|
| S -> 32.06
|
||||||
| Cl -> 35.453
|
| Cl -> 35.453
|
||||||
| Ar -> 39.948
|
| Ar -> 39.948
|
||||||
| K -> 39.0983
|
| K -> 39.0983
|
||||||
| Ca -> 40.08
|
| Ca -> 40.078
|
||||||
| Sc -> 44.9559
|
| Sc -> 44.955908
|
||||||
| Ti -> 47.90
|
| Ti -> 47.867
|
||||||
| V -> 50.9415
|
| V -> 50.9415
|
||||||
| Cr -> 51.996
|
| Cr -> 51.9961
|
||||||
| Mn -> 54.9380
|
| Mn -> 54.938044
|
||||||
| Fe -> 55.9332
|
| Fe -> 55.845
|
||||||
| Co -> 58.9332
|
| Co -> 58.933194
|
||||||
| Ni -> 58.70
|
| Ni -> 58.6934
|
||||||
| Cu -> 63.546
|
| Cu -> 63.546
|
||||||
| Zn -> 65.38
|
| Zn -> 65.38
|
||||||
| Ga -> 69.72
|
| Ga -> 69.723
|
||||||
| Ge -> 72.59
|
| Ge -> 72.630
|
||||||
| As -> 74.9216
|
| As -> 74.921595
|
||||||
| Se -> 78.96
|
| Se -> 78.971
|
||||||
| Br -> 79.904
|
| Br -> 79.904
|
||||||
| Kr -> 83.80
|
| Kr -> 83.798
|
||||||
| Rb -> 85.4678
|
| Rb -> 85.4678
|
||||||
| Sr -> 87.62
|
| Sr -> 87.62
|
||||||
| Y -> 88.90584
|
| Y -> 88.90584
|
||||||
@ -494,7 +942,70 @@ let mass x =
|
|||||||
| Te -> 127.60
|
| Te -> 127.60
|
||||||
| I -> 126.90447
|
| I -> 126.90447
|
||||||
| Xe -> 131.293
|
| Xe -> 131.293
|
||||||
|
| Cs -> 132.90545196
|
||||||
|
| Ba -> 137.327
|
||||||
|
| La -> 138.90547
|
||||||
|
| Ce -> 140.116
|
||||||
|
| Pr -> 140.90766
|
||||||
|
| Nd -> 144.242
|
||||||
|
| Pm -> 145.
|
||||||
|
| Sm -> 150.36
|
||||||
|
| Eu -> 151.964
|
||||||
|
| Gd -> 157.25
|
||||||
|
| Tb -> 158.92535
|
||||||
|
| Dy -> 162.500
|
||||||
|
| Ho -> 164.93033
|
||||||
|
| Er -> 167.259
|
||||||
|
| Tm -> 168.93422
|
||||||
|
| Yb -> 173.045
|
||||||
|
| Lu -> 174.9668
|
||||||
|
| Hf -> 178.49
|
||||||
|
| Ta -> 180.94788
|
||||||
|
| W -> 183.84
|
||||||
|
| Re -> 186.207
|
||||||
|
| Os -> 190.23
|
||||||
|
| Ir -> 192.217
|
||||||
| Pt -> 195.084
|
| Pt -> 195.084
|
||||||
|
| Au -> 196.966569
|
||||||
|
| Hg -> 200.592
|
||||||
|
| Tl -> 204.38
|
||||||
|
| Pb -> 207.2
|
||||||
|
| Bi -> 208.98040
|
||||||
|
| Po -> 209.
|
||||||
|
| At -> 210.
|
||||||
|
| Rn -> 222.
|
||||||
|
| Fr -> 223.
|
||||||
|
| Ra -> 226.
|
||||||
|
| Ac -> 227.
|
||||||
|
| Th -> 232.0377
|
||||||
|
| Pa -> 231.03588
|
||||||
|
| U -> 238.02891
|
||||||
|
| Np -> 237.
|
||||||
|
| Pu -> 244.
|
||||||
|
| Am -> 243.
|
||||||
|
| Cm -> 247.
|
||||||
|
| Bk -> 247.
|
||||||
|
| Cf -> 251.
|
||||||
|
| Es -> 252.
|
||||||
|
| Fm -> 257.
|
||||||
|
| Md -> 258.
|
||||||
|
| No -> 259.
|
||||||
|
| Lr -> 262.
|
||||||
|
| Rf -> 267.
|
||||||
|
| Db -> 270.
|
||||||
|
| Sg -> 269.
|
||||||
|
| Bh -> 270.
|
||||||
|
| Hs -> 270.
|
||||||
|
| Mt -> 278.
|
||||||
|
| Ds -> 281.
|
||||||
|
| Rg -> 281.
|
||||||
|
| Cn -> 285.
|
||||||
|
| Nh -> 286.
|
||||||
|
| Fl -> 289.
|
||||||
|
| Mc -> 289.
|
||||||
|
| Lv -> 293.
|
||||||
|
| Ts -> 293.
|
||||||
|
| Og -> 294.
|
||||||
in
|
in
|
||||||
result x
|
result x
|
||||||
|> Positive_float.of_float
|
|> Positive_float.of_float
|
||||||
|
@ -1,13 +1,18 @@
|
|||||||
exception ElementError of string
|
exception ElementError of string
|
||||||
|
|
||||||
type t =
|
type t = X
|
||||||
|X
|
|
||||||
|H |He
|
|H |He
|
||||||
|Li|Be |B |C |N |O |F |Ne
|
|Li|Be |B |C |N |O |F |Ne
|
||||||
|Na|Mg |Al|Si|P |S |Cl|Ar
|
|Na|Mg |Al|Si|P |S |Cl|Ar
|
||||||
|K |Ca|Sc|Ti|V |Cr|Mn|Fe|Co|Ni|Cu|Zn|Ga|Ge|As|Se|Br|Kr
|
|K |Ca|Sc|Ti|V |Cr|Mn|Fe|Co|Ni|Cu|Zn|Ga|Ge|As|Se|Br|Kr
|
||||||
|Rb|Sr|Y |Zr|Nb|Mo|Tc|Ru|Rh|Pd|Ag|Cd|In|Sn|Sb|Te|I |Xe
|
|Rb|Sr|Y |Zr|Nb|Mo|Tc|Ru|Rh|Pd|Ag|Cd|In|Sn|Sb|Te|I |Xe
|
||||||
|Pt
|
|Cs|Ba|La|Hf|Ta|W |Re|Os|Ir|Pt|Au|Hg|Tl|Pb|Bi|Po|At|Rn
|
||||||
|
|Fr|Ra|Ac|Rf|Db|Sg|Bh|Hs|Mt|Ds|Rg|Cn|Nh|Fl|Mc|Lv|Ts|Og
|
||||||
|
|
||||||
|
|Ce|Pr|Nd|Pm|Sm|Eu|Gd|Tb|Dy|Ho|Er|Tm|Yb|Lu
|
||||||
|
|Th|Pa|U |Np|Pu|Am|Cm|Bk|Cf|Es|Fm|Md|No|Lr
|
||||||
|
|
||||||
[@@deriving sexp]
|
[@@deriving sexp]
|
||||||
|
|
||||||
(** String conversion functions *)
|
(** String conversion functions *)
|
||||||
@ -19,5 +24,5 @@ val to_long_string : t -> string
|
|||||||
val to_charge : t -> Charge.t
|
val to_charge : t -> Charge.t
|
||||||
val of_charge : Charge.t -> t
|
val of_charge : Charge.t -> t
|
||||||
val covalent_radius : t -> Qptypes.Positive_float.t
|
val covalent_radius : t -> Qptypes.Positive_float.t
|
||||||
val vdw_radius : t -> Qptypes.Positive_float.t
|
val vdw_radius : t -> Qptypes.Positive_float.t option
|
||||||
val mass : t -> Qptypes.Positive_float.t
|
val mass : t -> Qptypes.Positive_float.t
|
||||||
|
23
src/generators_cas/extract_cas.irp.f
Normal file
23
src/generators_cas/extract_cas.irp.f
Normal file
@ -0,0 +1,23 @@
|
|||||||
|
subroutine extract_cas
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Replaces the total wave function by the normalized projection on the CAS.
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: i,j,k
|
||||||
|
do k=1,N_states
|
||||||
|
do j=1,N_det_generators
|
||||||
|
psi_coef(j,k) = psi_coef_generators(j,k)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
|
||||||
|
do j=1,N_det_generators
|
||||||
|
do k=1,N_int
|
||||||
|
psi_det(k,1,j) = psi_det_generators(k,1,j)
|
||||||
|
psi_det(k,2,j) = psi_det_generators(k,2,j)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
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N_det = N_det_generators
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SOFT_TOUCH N_det psi_det psi_coef
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end
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