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https://github.com/QuantumPackage/qp2.git
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714d53363e
commit
d50cca6f88
747
ocaml/Element.ml
747
ocaml/Element.ml
@ -3,14 +3,19 @@ open Qptypes
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exception ElementError of string
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exception ElementError of string
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type t =
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type t = X
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|X
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|H |He
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|H |He
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|Li|Be |B |C |N |O |F |Ne
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|Li|Be |B |C |N |O |F |Ne
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|Na|Mg |Al|Si|P |S |Cl|Ar
|
|Na|Mg |Al|Si|P |S |Cl|Ar
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||||||
|K |Ca|Sc|Ti|V |Cr|Mn|Fe|Co|Ni|Cu|Zn|Ga|Ge|As|Se|Br|Kr
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|K |Ca|Sc|Ti|V |Cr|Mn|Fe|Co|Ni|Cu|Zn|Ga|Ge|As|Se|Br|Kr
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||||||
|Rb|Sr|Y |Zr|Nb|Mo|Tc|Ru|Rh|Pd|Ag|Cd|In|Sn|Sb|Te|I |Xe
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|Rb|Sr|Y |Zr|Nb|Mo|Tc|Ru|Rh|Pd|Ag|Cd|In|Sn|Sb|Te|I |Xe
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||||||
|Pt
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|Cs|Ba|La|Hf|Ta|W |Re|Os|Ir|Pt|Au|Hg|Tl|Pb|Bi|Po|At|Rn
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|Fr|Ra|Ac|Rf|Db|Sg|Bh|Hs|Mt|Ds|Rg|Cn|Nh|Fl|Mc|Lv|Ts|Og
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|Ce|Pr|Nd|Pm|Sm|Eu|Gd|Tb|Dy|Ho|Er|Tm|Yb|Lu
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|Th|Pa|U |Np|Pu|Am|Cm|Bk|Cf|Es|Fm|Md|No|Lr
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[@@deriving sexp]
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[@@deriving sexp]
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let of_string x =
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let of_string x =
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@ -70,7 +75,70 @@ let of_string x =
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|||||||
| "Te" | "Tellurium" -> Te
|
| "Te" | "Tellurium" -> Te
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||||||
| "I" | "Iodine" -> I
|
| "I" | "Iodine" -> I
|
||||||
| "Xe" | "Xenon" -> Xe
|
| "Xe" | "Xenon" -> Xe
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| "Cs" | "Cesium" -> Cs
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|
| "Ba" | "Barium" -> Ba
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| "La" | "Lanthanum" -> La
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|
| "Ce" | "Cerium" -> Ce
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|
| "Pr" | "Praseodymium" -> Pr
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| "Nd" | "Neodymium" -> Nd
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| "Pm" | "Promethium" -> Pm
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|
| "Sm" | "Samarium" -> Sm
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||||||
|
| "Eu" | "Europium" -> Eu
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|
| "Gd" | "Gadolinium" -> Gd
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|
| "Tb" | "Terbium" -> Tb
|
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|
| "Dy" | "Dysprosium" -> Dy
|
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|
| "Ho" | "Holmium" -> Ho
|
||||||
|
| "Er" | "Erbium" -> Er
|
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|
| "Tm" | "Thulium" -> Tm
|
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|
| "Yb" | "Ytterbium" -> Yb
|
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|
| "Lu" | "Lutetium" -> Lu
|
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|
| "Hf" | "Hafnium" -> Hf
|
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|
| "Ta" | "Tantalum" -> Ta
|
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|
| "W" | "Tungsten" -> W
|
||||||
|
| "Re" | "Rhenium" -> Re
|
||||||
|
| "Os" | "Osmium" -> Os
|
||||||
|
| "Ir" | "Iridium" -> Ir
|
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| "Pt" | "Platinum" -> Pt
|
| "Pt" | "Platinum" -> Pt
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| "Au" | "Gold" -> Au
|
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|
| "Hg" | "Mercury" -> Hg
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|
| "Tl" | "Thallium" -> Tl
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|
| "Pb" | "Lead" -> Pb
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|
| "Bi" | "Bismuth" -> Bi
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|
| "Po" | "Polonium" -> Po
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||||||
|
| "At" | "Astatine" -> At
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|
| "Rn" | "Radon" -> Rn
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| "Fr" | "Francium" -> Fr
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|
| "Ra" | "Radium" -> Ra
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|
| "Ac" | "Actinium" -> Ac
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|
| "Th" | "Thorium" -> Th
|
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|
| "Pa" | "Protactinium" -> Pa
|
||||||
|
| "U" | "Uranium" -> U
|
||||||
|
| "Np" | "Neptunium" -> Np
|
||||||
|
| "Pu" | "Plutonium" -> Pu
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|
| "Am" | "Americium" -> Am
|
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|
| "Cm" | "Curium" -> Cm
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|
| "Bk" | "Berkelium" -> Bk
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|
| "Cf" | "Californium" -> Cf
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|
| "Es" | "Einsteinium" -> Es
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|
| "Fm" | "Fermium" -> Fm
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|
| "Md" | "Mendelevium" -> Md
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|
| "No" | "Nobelium" -> No
|
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|
| "Lr" | "Lawrencium" -> Lr
|
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|
| "Rf" | "Rutherfordium"-> Rf
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| "Db" | "Dubnium" -> Db
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|
| "Sg" | "Seaborgium" -> Sg
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|
| "Bh" | "Bohrium" -> Bh
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|
| "Hs" | "Hassium" -> Hs
|
||||||
|
| "Mt" | "Meitnerium" -> Mt
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|
| "Ds" | "Darmstadtium" -> Ds
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|
| "Rg" | "Roentgenium" -> Rg
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|
| "Cn" | "Copernicium" -> Cn
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|
| "Nh" | "Nihonium" -> Nh
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|
| "Fl" | "Flerovium" -> Fl
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|
| "Mc" | "Moscovium" -> Mc
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|
| "Lv" | "Livermorium" -> Lv
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|
| "Ts" | "Tennessine" -> Ts
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|
| "Og" | "Oganesson" -> Og
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||||||
| x -> raise (ElementError ("Element "^x^" unknown"))
|
| x -> raise (ElementError ("Element "^x^" unknown"))
|
||||||
|
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||||||
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|
||||||
@ -130,7 +198,70 @@ let to_string = function
|
|||||||
| Te -> "Te"
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| Te -> "Te"
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||||||
| I -> "I"
|
| I -> "I"
|
||||||
| Xe -> "Xe"
|
| Xe -> "Xe"
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|
| Cs -> "Cs"
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|
| Ba -> "Ba"
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|
| La -> "La"
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| Hf -> "Hf"
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| Ta -> "Ta"
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|
| W -> "W"
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| Re -> "Re"
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| Os -> "Os"
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| Ir -> "Ir"
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| Pt -> "Pt"
|
| Pt -> "Pt"
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| Au -> "Au"
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|
| Hg -> "Hg"
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| Tl -> "Tl"
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| Pb -> "Pb"
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| Bi -> "Bi"
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|
| Po -> "Po"
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| At -> "At"
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| Rn -> "Rn"
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| Fr -> "Fr"
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| Ra -> "Ra"
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| Ac -> "Ac"
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| Rf -> "Rf"
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|
| Db -> "Db"
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| Sg -> "Sg"
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| Bh -> "Bh"
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|
| Hs -> "Hs"
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|
| Mt -> "Mt"
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|
| Ds -> "Ds"
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| Rg -> "Rg"
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|
| Cn -> "Cn"
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|
| Nh -> "Nh"
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|
| Fl -> "Fl"
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| Mc -> "Mc"
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| Lv -> "Lv"
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|
| Ts -> "Ts"
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|
| Og -> "Og"
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|
| Ce -> "Ce"
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|
| Pr -> "Pr"
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| Nd -> "Nd"
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|
| Pm -> "Pm"
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|
| Sm -> "Sm"
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| Eu -> "Eu"
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| Gd -> "Gd"
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| Tb -> "Tb"
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| Dy -> "Dy"
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| Ho -> "Ho"
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| Er -> "Er"
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| Tm -> "Tm"
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| Yb -> "Yb"
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| Lu -> "Lu"
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|
| Th -> "Th"
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|
| Pa -> "Pa"
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| U -> "U"
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|
| Np -> "Np"
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|
| Pu -> "Pu"
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| Am -> "Am"
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|
| Cm -> "Cm"
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| Bk -> "Bk"
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| Cf -> "Cf"
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| Es -> "Es"
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|
| Fm -> "Fm"
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| Md -> "Md"
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| No -> "No"
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|
| Lr -> "Lr"
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let to_long_string = function
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let to_long_string = function
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@ -189,8 +320,70 @@ let to_long_string = function
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|||||||
| Te -> "Tellurium"
|
| Te -> "Tellurium"
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| I -> "Iodine"
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| I -> "Iodine"
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| Xe -> "Xenon"
|
| Xe -> "Xenon"
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| Cs -> "Cesium"
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| Ba -> "Barium"
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| La -> "Lanthanum"
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| Ce -> "Cerium"
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| Pr -> "Praseodymium"
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| Nd -> "Neodymium"
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| Pm -> "Promethium"
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|
| Sm -> "Samarium"
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| Eu -> "Europium"
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|
| Gd -> "Gadolinium"
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|
| Tb -> "Terbium"
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| Dy -> "Dysprosium"
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| Ho -> "Holmium"
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|
| Er -> "Erbium"
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| Tm -> "Thulium"
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| Yb -> "Ytterbium"
|
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|
| Lu -> "Lutetium"
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|
| Hf -> "Hafnium"
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|
| Ta -> "Tantalum"
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| W -> "Tungsten"
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|
| Re -> "Rhenium"
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|
| Os -> "Osmium"
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| Ir -> "Iridium"
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| Pt -> "Platinum"
|
| Pt -> "Platinum"
|
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|
| Au -> "Gold"
|
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|
| Hg -> "Mercury"
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|
| Tl -> "Thallium"
|
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|
| Pb -> "Lead"
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|
| Bi -> "Bismuth"
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|
| Po -> "Polonium"
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| At -> "Astatine"
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| Rn -> "Radon"
|
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| Fr -> "Francium"
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| Ra -> "Radium"
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| Ac -> "Actinium"
|
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| Th -> "Thorium"
|
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|
| Pa -> "Protactinium"
|
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|
| U -> "Uranium"
|
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|
| Np -> "Neptunium"
|
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|
| Pu -> "Plutonium"
|
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|
| Am -> "Americium"
|
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|
| Cm -> "Curium"
|
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| Bk -> "Berkelium"
|
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| Cf -> "Californium"
|
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| Es -> "Einsteinium"
|
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|
| Fm -> "Fermium"
|
||||||
|
| Md -> "Mendelevium"
|
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|
| No -> "Nobelium"
|
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|
| Lr -> "Lawrencium"
|
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|
| Rf -> "Rutherfordium"
|
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|
| Db -> "Dubnium"
|
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|
| Sg -> "Seaborgium"
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| Bh -> "Bohrium"
|
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|
| Hs -> "Hassium"
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| Mt -> "Meitnerium"
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|
| Ds -> "Darmstadtium"
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|
| Rg -> "Roentgenium"
|
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|
| Cn -> "Copernicium"
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|
| Nh -> "Nihonium"
|
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|
| Fl -> "Flerovium"
|
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|
| Mc -> "Moscovium"
|
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|
| Lv -> "Livermorium"
|
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|
| Ts -> "Tennessine"
|
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|
| Og -> "Oganesson"
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||||||
let to_charge c =
|
let to_charge c =
|
||||||
let result = match c with
|
let result = match c with
|
||||||
@ -249,7 +442,70 @@ let to_charge c =
|
|||||||
| Te -> 52
|
| Te -> 52
|
||||||
| I -> 53
|
| I -> 53
|
||||||
| Xe -> 54
|
| Xe -> 54
|
||||||
|
| Cs -> 55
|
||||||
|
| Ba -> 56
|
||||||
|
| La -> 57
|
||||||
|
| Ce -> 58
|
||||||
|
| Pr -> 59
|
||||||
|
| Nd -> 60
|
||||||
|
| Pm -> 61
|
||||||
|
| Sm -> 62
|
||||||
|
| Eu -> 63
|
||||||
|
| Gd -> 64
|
||||||
|
| Tb -> 65
|
||||||
|
| Dy -> 66
|
||||||
|
| Ho -> 67
|
||||||
|
| Er -> 68
|
||||||
|
| Tm -> 69
|
||||||
|
| Yb -> 70
|
||||||
|
| Lu -> 71
|
||||||
|
| Hf -> 72
|
||||||
|
| Ta -> 73
|
||||||
|
| W -> 74
|
||||||
|
| Re -> 75
|
||||||
|
| Os -> 76
|
||||||
|
| Ir -> 77
|
||||||
| Pt -> 78
|
| Pt -> 78
|
||||||
|
| Au -> 79
|
||||||
|
| Hg -> 80
|
||||||
|
| Tl -> 81
|
||||||
|
| Pb -> 82
|
||||||
|
| Bi -> 83
|
||||||
|
| Po -> 84
|
||||||
|
| At -> 85
|
||||||
|
| Rn -> 86
|
||||||
|
| Fr -> 87
|
||||||
|
| Ra -> 88
|
||||||
|
| Ac -> 89
|
||||||
|
| Th -> 90
|
||||||
|
| Pa -> 91
|
||||||
|
| U -> 92
|
||||||
|
| Np -> 93
|
||||||
|
| Pu -> 94
|
||||||
|
| Am -> 95
|
||||||
|
| Cm -> 96
|
||||||
|
| Bk -> 97
|
||||||
|
| Cf -> 98
|
||||||
|
| Es -> 99
|
||||||
|
| Fm -> 100
|
||||||
|
| Md -> 101
|
||||||
|
| No -> 102
|
||||||
|
| Lr -> 103
|
||||||
|
| Rf -> 104
|
||||||
|
| Db -> 105
|
||||||
|
| Sg -> 106
|
||||||
|
| Bh -> 107
|
||||||
|
| Hs -> 108
|
||||||
|
| Mt -> 109
|
||||||
|
| Ds -> 110
|
||||||
|
| Rg -> 111
|
||||||
|
| Cn -> 112
|
||||||
|
| Nh -> 113
|
||||||
|
| Fl -> 114
|
||||||
|
| Mc -> 115
|
||||||
|
| Lv -> 116
|
||||||
|
| Ts -> 117
|
||||||
|
| Og -> 118
|
||||||
in Charge.of_int result
|
in Charge.of_int result
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -309,49 +565,112 @@ let of_charge c = match (Charge.to_int c) with
|
|||||||
| 52 -> Te
|
| 52 -> Te
|
||||||
| 53 -> I
|
| 53 -> I
|
||||||
| 54 -> Xe
|
| 54 -> Xe
|
||||||
|
| 55 -> Cs
|
||||||
|
| 56 -> Ba
|
||||||
|
| 57 -> La
|
||||||
|
| 58 -> Ce
|
||||||
|
| 59 -> Pr
|
||||||
|
| 60 -> Nd
|
||||||
|
| 61 -> Pm
|
||||||
|
| 62 -> Sm
|
||||||
|
| 63 -> Eu
|
||||||
|
| 64 -> Gd
|
||||||
|
| 65 -> Tb
|
||||||
|
| 66 -> Dy
|
||||||
|
| 67 -> Ho
|
||||||
|
| 68 -> Er
|
||||||
|
| 69 -> Tm
|
||||||
|
| 70 -> Yb
|
||||||
|
| 71 -> Lu
|
||||||
|
| 72 -> Hf
|
||||||
|
| 73 -> Ta
|
||||||
|
| 74 -> W
|
||||||
|
| 75 -> Re
|
||||||
|
| 76 -> Os
|
||||||
|
| 77 -> Ir
|
||||||
| 78 -> Pt
|
| 78 -> Pt
|
||||||
|
| 79 -> Au
|
||||||
|
| 80 -> Hg
|
||||||
|
| 81 -> Tl
|
||||||
|
| 82 -> Pb
|
||||||
|
| 83 -> Bi
|
||||||
|
| 84 -> Po
|
||||||
|
| 85 -> At
|
||||||
|
| 86 -> Rn
|
||||||
|
| 87 -> Fr
|
||||||
|
| 88 -> Ra
|
||||||
|
| 89 -> Ac
|
||||||
|
| 90 -> Th
|
||||||
|
| 91 -> Pa
|
||||||
|
| 92 -> U
|
||||||
|
| 93 -> Np
|
||||||
|
| 94 -> Pu
|
||||||
|
| 95 -> Am
|
||||||
|
| 96 -> Cm
|
||||||
|
| 97 -> Bk
|
||||||
|
| 98 -> Cf
|
||||||
|
| 99 -> Es
|
||||||
|
| 100 -> Fm
|
||||||
|
| 101 -> Md
|
||||||
|
| 102 -> No
|
||||||
|
| 103 -> Lr
|
||||||
|
| 104 -> Rf
|
||||||
|
| 105 -> Db
|
||||||
|
| 106 -> Sg
|
||||||
|
| 107 -> Bh
|
||||||
|
| 108 -> Hs
|
||||||
|
| 109 -> Mt
|
||||||
|
| 110 -> Ds
|
||||||
|
| 111 -> Rg
|
||||||
|
| 112 -> Cn
|
||||||
|
| 113 -> Nh
|
||||||
|
| 114 -> Fl
|
||||||
|
| 115 -> Mc
|
||||||
|
| 116 -> Lv
|
||||||
|
| 117 -> Ts
|
||||||
|
| 118 -> Og
|
||||||
| x -> raise (ElementError ("Element of charge "^(string_of_int x)^" unknown"))
|
| x -> raise (ElementError ("Element of charge "^(string_of_int x)^" unknown"))
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
let covalent_radius x =
|
let covalent_radius x =
|
||||||
let result = function
|
let result = function
|
||||||
| X -> 0.
|
| X -> 0.
|
||||||
| H -> 0.37
|
| H -> 0.31
|
||||||
| He -> 0.70
|
| He -> 0.28
|
||||||
| Li -> 1.23
|
| Li -> 1.28
|
||||||
| Be -> 0.89
|
| Be -> 0.96
|
||||||
| B -> 0.90
|
| B -> 0.85
|
||||||
| C -> 0.85
|
| C -> 0.76
|
||||||
| N -> 0.74
|
| N -> 0.71
|
||||||
| O -> 0.74
|
| O -> 0.66
|
||||||
| F -> 0.72
|
| F -> 0.57
|
||||||
| Ne -> 0.70
|
| Ne -> 0.58
|
||||||
| Na -> 1.00
|
| Na -> 1.66
|
||||||
| Mg -> 1.36
|
| Mg -> 1.41
|
||||||
| Al -> 1.25
|
| Al -> 1.21
|
||||||
| Si -> 1.17
|
| Si -> 1.11
|
||||||
| P -> 1.10
|
| P -> 1.07
|
||||||
| S -> 1.10
|
| S -> 1.05
|
||||||
| Cl -> 0.99
|
| Cl -> 1.02
|
||||||
| Ar -> 0.70
|
| Ar -> 1.06
|
||||||
| K -> 2.03
|
| K -> 2.03
|
||||||
| Ca -> 1.74
|
| Ca -> 1.76
|
||||||
| Sc -> 1.44
|
| Sc -> 1.70
|
||||||
| Ti -> 1.32
|
| Ti -> 1.60
|
||||||
| V -> 1.22
|
| V -> 1.53
|
||||||
| Cr -> 0.00
|
| Cr -> 1.39
|
||||||
| Mn -> 1.16
|
| Mn -> 1.39
|
||||||
| Fe -> 0.00
|
| Fe -> 1.32
|
||||||
| Co -> 1.15
|
| Co -> 1.26
|
||||||
| Ni -> 1.17
|
| Ni -> 1.24
|
||||||
| Cu -> 1.25
|
| Cu -> 1.32
|
||||||
| Zn -> 1.25
|
| Zn -> 1.22
|
||||||
| Ga -> 1.20
|
| Ga -> 1.22
|
||||||
| Ge -> 1.21
|
| Ge -> 1.20
|
||||||
| As -> 1.16
|
| As -> 1.19
|
||||||
| Se -> 0.70
|
| Se -> 1.20
|
||||||
| Br -> 1.24
|
| Br -> 1.20
|
||||||
| Kr -> 1.91
|
| Kr -> 1.16
|
||||||
| Rb -> 2.20
|
| Rb -> 2.20
|
||||||
| Sr -> 1.95
|
| Sr -> 1.95
|
||||||
| Y -> 1.90
|
| Y -> 1.90
|
||||||
@ -370,112 +689,241 @@ let covalent_radius x =
|
|||||||
| Te -> 1.38
|
| Te -> 1.38
|
||||||
| I -> 1.39
|
| I -> 1.39
|
||||||
| Xe -> 1.40
|
| Xe -> 1.40
|
||||||
| Pt -> 1.30
|
| Cs -> 2.44
|
||||||
|
| Ba -> 2.15
|
||||||
|
| La -> 2.07
|
||||||
|
| Ce -> 2.04
|
||||||
|
| Pr -> 2.03
|
||||||
|
| Nd -> 2.01
|
||||||
|
| Pm -> 1.99
|
||||||
|
| Sm -> 1.98
|
||||||
|
| Eu -> 1.98
|
||||||
|
| Gd -> 1.96
|
||||||
|
| Tb -> 1.94
|
||||||
|
| Dy -> 1.92
|
||||||
|
| Ho -> 1.92
|
||||||
|
| Er -> 1.89
|
||||||
|
| Tm -> 1.90
|
||||||
|
| Yb -> 1.87
|
||||||
|
| Lu -> 1.87
|
||||||
|
| Hf -> 1.75
|
||||||
|
| Ta -> 1.70
|
||||||
|
| W -> 1.62
|
||||||
|
| Re -> 1.51
|
||||||
|
| Os -> 1.44
|
||||||
|
| Ir -> 1.41
|
||||||
|
| Pt -> 1.36
|
||||||
|
| Au -> 1.36
|
||||||
|
| Hg -> 1.32
|
||||||
|
| Tl -> 1.45
|
||||||
|
| Pb -> 1.46
|
||||||
|
| Bi -> 1.48
|
||||||
|
| Po -> 1.40
|
||||||
|
| At -> 1.50
|
||||||
|
| Rn -> 1.50
|
||||||
|
| Fr -> 2.60
|
||||||
|
| Ra -> 2.21
|
||||||
|
| Ac -> 2.15
|
||||||
|
| Th -> 2.06
|
||||||
|
| Pa -> 2.00
|
||||||
|
| U -> 1.96
|
||||||
|
| Np -> 1.90
|
||||||
|
| Pu -> 1.87
|
||||||
|
| Am -> 1.80
|
||||||
|
| Cm -> 1.69
|
||||||
|
| Bk -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Bk")
|
||||||
|
| Cf -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Cf")
|
||||||
|
| Es -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Es")
|
||||||
|
| Fm -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Fm")
|
||||||
|
| Md -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Md")
|
||||||
|
| No -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for No")
|
||||||
|
| Lr -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Lr")
|
||||||
|
| Rf -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Rf")
|
||||||
|
| Db -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Db")
|
||||||
|
| Sg -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Sg")
|
||||||
|
| Bh -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Bh")
|
||||||
|
| Hs -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Hs")
|
||||||
|
| Mt -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Mt")
|
||||||
|
| Ds -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Ds")
|
||||||
|
| Rg -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Rg")
|
||||||
|
| Cn -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Cn")
|
||||||
|
| Nh -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Nh")
|
||||||
|
| Fl -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Fl")
|
||||||
|
| Mc -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Mc")
|
||||||
|
| Lv -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Lv")
|
||||||
|
| Ts -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Ts")
|
||||||
|
| Og -> raise (ElementError "Covalent radius not defined for Og")
|
||||||
in
|
in
|
||||||
Units.angstrom_to_bohr *. (result x)
|
Units.angstrom_to_bohr *. (result x)
|
||||||
|> Positive_float.of_float
|
|> Positive_float.of_float
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
let vdw_radius x =
|
let vdw_radius x =
|
||||||
let result = function
|
let result = function
|
||||||
| X -> 0.
|
| X -> Some 0.
|
||||||
| H -> 1.20
|
| H -> Some 1.20
|
||||||
| He -> 1.70
|
| He -> Some 1.40
|
||||||
| Li -> 1.70
|
| Li -> Some 1.82
|
||||||
| Be -> 1.70
|
| Be -> None
|
||||||
| B -> 1.70
|
| B -> None
|
||||||
| C -> 1.70
|
| C -> Some 1.70
|
||||||
| N -> 1.55
|
| N -> Some 1.55
|
||||||
| O -> 1.52
|
| O -> Some 1.52
|
||||||
| F -> 1.47
|
| F -> Some 1.47
|
||||||
| Ne -> 1.70
|
| Ne -> Some 1.54
|
||||||
| Na -> 1.70
|
| Na -> Some 2.27
|
||||||
| Mg -> 1.70
|
| Mg -> Some 1.73
|
||||||
| Al -> 1.94
|
| Al -> Some 1.94
|
||||||
| Si -> 2.10
|
| Si -> Some 2.10
|
||||||
| P -> 1.80
|
| P -> Some 1.80
|
||||||
| S -> 1.80
|
| S -> Some 1.80
|
||||||
| Cl -> 1.75
|
| Cl -> Some 1.75
|
||||||
| Ar -> 1.70
|
| Ar -> Some 1.88
|
||||||
| K -> 1.70
|
| K -> Some 2.75
|
||||||
| Ca -> 1.70
|
| Ca -> None
|
||||||
| Sc -> 1.70
|
| Sc -> None
|
||||||
| Ti -> 1.70
|
| Ti -> None
|
||||||
| V -> 1.98
|
| V -> Some 1.98
|
||||||
| Cr -> 1.94
|
| Cr -> Some 1.94
|
||||||
| Mn -> 1.93
|
| Mn -> Some 1.93
|
||||||
| Fe -> 1.93
|
| Fe -> Some 1.93
|
||||||
| Co -> 1.92
|
| Co -> Some 1.92
|
||||||
| Ni -> 1.70
|
| Ni -> Some 1.63
|
||||||
| Cu -> 1.70
|
| Cu -> Some 1.40
|
||||||
| Zn -> 1.70
|
| Zn -> Some 1.39
|
||||||
| Ga -> 2.02
|
| Ga -> Some 1.87
|
||||||
| Ge -> 1.70
|
| Ge -> None
|
||||||
| As -> 1.96
|
| As -> Some 1.85
|
||||||
| Se -> 1.70
|
| Se -> Some 1.90
|
||||||
| Br -> 2.10
|
| Br -> Some 1.85
|
||||||
| Kr -> 1.70
|
| Kr -> Some 2.02
|
||||||
| Rb -> 3.03
|
| Rb -> Some 3.03
|
||||||
| Sr -> 2.49
|
| Sr -> Some 2.49
|
||||||
| Y -> 0.
|
| Y -> None
|
||||||
| Zr -> 0.
|
| Zr -> None
|
||||||
| Nb -> 0.
|
| Nb -> None
|
||||||
| Mo -> 0.
|
| Mo -> None
|
||||||
| Tc -> 0.
|
| Tc -> None
|
||||||
| Ru -> 0.
|
| Ru -> None
|
||||||
| Rh -> 0.
|
| Rh -> None
|
||||||
| Pd -> 1.63
|
| Pd -> Some 1.63
|
||||||
| Ag -> 1.72
|
| Ag -> Some 1.72
|
||||||
| Cd -> 1.58
|
| Cd -> Some 1.58
|
||||||
| In -> 1.93
|
| In -> Some 1.93
|
||||||
| Sn -> 2.17
|
| Sn -> Some 2.17
|
||||||
| Sb -> 2.06
|
| Sb -> Some 2.06
|
||||||
| Te -> 2.06
|
| Te -> Some 2.06
|
||||||
| I -> 1.98
|
| I -> Some 1.98
|
||||||
| Xe -> 2.16
|
| Xe -> Some 2.16
|
||||||
| Pt -> 1.75
|
| Cs -> None
|
||||||
|
| Ba -> None
|
||||||
|
| La -> None
|
||||||
|
| Ce -> None
|
||||||
|
| Pr -> None
|
||||||
|
| Nd -> None
|
||||||
|
| Pm -> None
|
||||||
|
| Sm -> None
|
||||||
|
| Eu -> None
|
||||||
|
| Gd -> None
|
||||||
|
| Tb -> None
|
||||||
|
| Dy -> None
|
||||||
|
| Ho -> None
|
||||||
|
| Er -> None
|
||||||
|
| Tm -> None
|
||||||
|
| Yb -> None
|
||||||
|
| Lu -> None
|
||||||
|
| Hf -> None
|
||||||
|
| Ta -> None
|
||||||
|
| W -> None
|
||||||
|
| Re -> None
|
||||||
|
| Os -> None
|
||||||
|
| Ir -> None
|
||||||
|
| Pt -> Some 1.75
|
||||||
|
| Au -> Some 1.66
|
||||||
|
| Hg -> Some 1.55
|
||||||
|
| Tl -> Some 1.96
|
||||||
|
| Pb -> Some 2.02
|
||||||
|
| Bi -> None
|
||||||
|
| Po -> None
|
||||||
|
| At -> None
|
||||||
|
| Rn -> None
|
||||||
|
| Fr -> None
|
||||||
|
| Ra -> None
|
||||||
|
| Ac -> None
|
||||||
|
| Th -> None
|
||||||
|
| Pa -> None
|
||||||
|
| U -> Some 1.86
|
||||||
|
| Np -> None
|
||||||
|
| Pu -> None
|
||||||
|
| Am -> None
|
||||||
|
| Cm -> None
|
||||||
|
| Bk -> None
|
||||||
|
| Cf -> None
|
||||||
|
| Es -> None
|
||||||
|
| Fm -> None
|
||||||
|
| Md -> None
|
||||||
|
| No -> None
|
||||||
|
| Lr -> None
|
||||||
|
| Rf -> None
|
||||||
|
| Db -> None
|
||||||
|
| Sg -> None
|
||||||
|
| Bh -> None
|
||||||
|
| Hs -> None
|
||||||
|
| Mt -> None
|
||||||
|
| Ds -> None
|
||||||
|
| Rg -> None
|
||||||
|
| Cn -> None
|
||||||
|
| Nh -> None
|
||||||
|
| Fl -> None
|
||||||
|
| Mc -> None
|
||||||
|
| Lv -> None
|
||||||
|
| Ts -> None
|
||||||
|
| Og -> None
|
||||||
in
|
in
|
||||||
Units.angstrom_to_bohr *. (result x)
|
match result x with
|
||||||
|> Positive_float.of_float
|
| Some y -> Some (Positive_float.of_float @@ Units.angstrom_to_bohr *. y )
|
||||||
|
| None -> None
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
let mass x =
|
let mass x =
|
||||||
let result = function
|
let result = function
|
||||||
| X -> 0.
|
| X -> 0.
|
||||||
| H -> 1.0079
|
| H -> 1.0079
|
||||||
| He -> 4.00260
|
| He -> 4.002602
|
||||||
| Li -> 6.941
|
| Li -> 6.941
|
||||||
| Be -> 9.01218
|
| Be -> 9.0121831
|
||||||
| B -> 10.81
|
| B -> 10.81
|
||||||
| C -> 12.011
|
| C -> 12.011
|
||||||
| N -> 14.0067
|
| N -> 14.0067
|
||||||
| O -> 15.9994
|
| O -> 15.9994
|
||||||
| F -> 18.998403
|
| F -> 18.998403163
|
||||||
| Ne -> 20.179
|
| Ne -> 20.1797
|
||||||
| Na -> 22.98977
|
| Na -> 22.98976928
|
||||||
| Mg -> 24.305
|
| Mg -> 24.305
|
||||||
| Al -> 26.98154
|
| Al -> 26.9815385
|
||||||
| Si -> 28.0855
|
| Si -> 28.0855
|
||||||
| P -> 30.97376
|
| P -> 30.973761998
|
||||||
| S -> 32.06
|
| S -> 32.06
|
||||||
| Cl -> 35.453
|
| Cl -> 35.453
|
||||||
| Ar -> 39.948
|
| Ar -> 39.948
|
||||||
| K -> 39.0983
|
| K -> 39.0983
|
||||||
| Ca -> 40.08
|
| Ca -> 40.078
|
||||||
| Sc -> 44.9559
|
| Sc -> 44.955908
|
||||||
| Ti -> 47.90
|
| Ti -> 47.867
|
||||||
| V -> 50.9415
|
| V -> 50.9415
|
||||||
| Cr -> 51.996
|
| Cr -> 51.9961
|
||||||
| Mn -> 54.9380
|
| Mn -> 54.938044
|
||||||
| Fe -> 55.9332
|
| Fe -> 55.845
|
||||||
| Co -> 58.9332
|
| Co -> 58.933194
|
||||||
| Ni -> 58.70
|
| Ni -> 58.6934
|
||||||
| Cu -> 63.546
|
| Cu -> 63.546
|
||||||
| Zn -> 65.38
|
| Zn -> 65.38
|
||||||
| Ga -> 69.72
|
| Ga -> 69.723
|
||||||
| Ge -> 72.59
|
| Ge -> 72.630
|
||||||
| As -> 74.9216
|
| As -> 74.921595
|
||||||
| Se -> 78.96
|
| Se -> 78.971
|
||||||
| Br -> 79.904
|
| Br -> 79.904
|
||||||
| Kr -> 83.80
|
| Kr -> 83.798
|
||||||
| Rb -> 85.4678
|
| Rb -> 85.4678
|
||||||
| Sr -> 87.62
|
| Sr -> 87.62
|
||||||
| Y -> 88.90584
|
| Y -> 88.90584
|
||||||
@ -494,7 +942,70 @@ let mass x =
|
|||||||
| Te -> 127.60
|
| Te -> 127.60
|
||||||
| I -> 126.90447
|
| I -> 126.90447
|
||||||
| Xe -> 131.293
|
| Xe -> 131.293
|
||||||
|
| Cs -> 132.90545196
|
||||||
|
| Ba -> 137.327
|
||||||
|
| La -> 138.90547
|
||||||
|
| Ce -> 140.116
|
||||||
|
| Pr -> 140.90766
|
||||||
|
| Nd -> 144.242
|
||||||
|
| Pm -> 145.
|
||||||
|
| Sm -> 150.36
|
||||||
|
| Eu -> 151.964
|
||||||
|
| Gd -> 157.25
|
||||||
|
| Tb -> 158.92535
|
||||||
|
| Dy -> 162.500
|
||||||
|
| Ho -> 164.93033
|
||||||
|
| Er -> 167.259
|
||||||
|
| Tm -> 168.93422
|
||||||
|
| Yb -> 173.045
|
||||||
|
| Lu -> 174.9668
|
||||||
|
| Hf -> 178.49
|
||||||
|
| Ta -> 180.94788
|
||||||
|
| W -> 183.84
|
||||||
|
| Re -> 186.207
|
||||||
|
| Os -> 190.23
|
||||||
|
| Ir -> 192.217
|
||||||
| Pt -> 195.084
|
| Pt -> 195.084
|
||||||
|
| Au -> 196.966569
|
||||||
|
| Hg -> 200.592
|
||||||
|
| Tl -> 204.38
|
||||||
|
| Pb -> 207.2
|
||||||
|
| Bi -> 208.98040
|
||||||
|
| Po -> 209.
|
||||||
|
| At -> 210.
|
||||||
|
| Rn -> 222.
|
||||||
|
| Fr -> 223.
|
||||||
|
| Ra -> 226.
|
||||||
|
| Ac -> 227.
|
||||||
|
| Th -> 232.0377
|
||||||
|
| Pa -> 231.03588
|
||||||
|
| U -> 238.02891
|
||||||
|
| Np -> 237.
|
||||||
|
| Pu -> 244.
|
||||||
|
| Am -> 243.
|
||||||
|
| Cm -> 247.
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| Bk -> 247.
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| Cf -> 251.
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| Es -> 252.
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|
| Fm -> 257.
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|
| Md -> 258.
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|
| No -> 259.
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| Lr -> 262.
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|
| Rf -> 267.
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|
| Db -> 270.
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||||||
|
| Sg -> 269.
|
||||||
|
| Bh -> 270.
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||||||
|
| Hs -> 270.
|
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|
| Mt -> 278.
|
||||||
|
| Ds -> 281.
|
||||||
|
| Rg -> 281.
|
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|
| Cn -> 285.
|
||||||
|
| Nh -> 286.
|
||||||
|
| Fl -> 289.
|
||||||
|
| Mc -> 289.
|
||||||
|
| Lv -> 293.
|
||||||
|
| Ts -> 293.
|
||||||
|
| Og -> 294.
|
||||||
in
|
in
|
||||||
result x
|
result x
|
||||||
|> Positive_float.of_float
|
|> Positive_float.of_float
|
||||||
|
|||||||
@ -1,13 +1,18 @@
|
|||||||
exception ElementError of string
|
exception ElementError of string
|
||||||
|
|
||||||
type t =
|
type t = X
|
||||||
|X
|
|
||||||
|H |He
|
|H |He
|
||||||
|Li|Be |B |C |N |O |F |Ne
|
|Li|Be |B |C |N |O |F |Ne
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||||||
|Na|Mg |Al|Si|P |S |Cl|Ar
|
|Na|Mg |Al|Si|P |S |Cl|Ar
|
||||||
|K |Ca|Sc|Ti|V |Cr|Mn|Fe|Co|Ni|Cu|Zn|Ga|Ge|As|Se|Br|Kr
|
|K |Ca|Sc|Ti|V |Cr|Mn|Fe|Co|Ni|Cu|Zn|Ga|Ge|As|Se|Br|Kr
|
||||||
|Rb|Sr|Y |Zr|Nb|Mo|Tc|Ru|Rh|Pd|Ag|Cd|In|Sn|Sb|Te|I |Xe
|
|Rb|Sr|Y |Zr|Nb|Mo|Tc|Ru|Rh|Pd|Ag|Cd|In|Sn|Sb|Te|I |Xe
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||||||
|Pt
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|Cs|Ba|La|Hf|Ta|W |Re|Os|Ir|Pt|Au|Hg|Tl|Pb|Bi|Po|At|Rn
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|Fr|Ra|Ac|Rf|Db|Sg|Bh|Hs|Mt|Ds|Rg|Cn|Nh|Fl|Mc|Lv|Ts|Og
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|
|Ce|Pr|Nd|Pm|Sm|Eu|Gd|Tb|Dy|Ho|Er|Tm|Yb|Lu
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|
|Th|Pa|U |Np|Pu|Am|Cm|Bk|Cf|Es|Fm|Md|No|Lr
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|
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||||||
[@@deriving sexp]
|
[@@deriving sexp]
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||||||
|
|
||||||
(** String conversion functions *)
|
(** String conversion functions *)
|
||||||
@ -19,5 +24,5 @@ val to_long_string : t -> string
|
|||||||
val to_charge : t -> Charge.t
|
val to_charge : t -> Charge.t
|
||||||
val of_charge : Charge.t -> t
|
val of_charge : Charge.t -> t
|
||||||
val covalent_radius : t -> Qptypes.Positive_float.t
|
val covalent_radius : t -> Qptypes.Positive_float.t
|
||||||
val vdw_radius : t -> Qptypes.Positive_float.t
|
val vdw_radius : t -> Qptypes.Positive_float.t option
|
||||||
val mass : t -> Qptypes.Positive_float.t
|
val mass : t -> Qptypes.Positive_float.t
|
||||||
|
|||||||
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