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b3f481b11a
commit
a61f6291da
2
plugins/local/tc_scf/README.md
Normal file
2
plugins/local/tc_scf/README.md
Normal file
@ -0,0 +1,2 @@
|
|||||||
|
Transcorrelated SCF
|
||||||
|
===================
|
||||||
104
src/ao_extra_basis/EZFIO.cfg
Normal file
104
src/ao_extra_basis/EZFIO.cfg
Normal file
@ -0,0 +1,104 @@
|
|||||||
|
[ao_extra_basis]
|
||||||
|
type: character*(256)
|
||||||
|
doc: Name of the |ao_extra| basis set
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||||||
|
interface: ezfio
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||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_only_1s]
|
||||||
|
type: logical
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||||||
|
doc: If |true|, you know that the additional AO basis is built only with 1s functions
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||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
default: true
|
||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_num]
|
||||||
|
type: integer
|
||||||
|
doc: Number of |ao_extras|
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||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_prim_num]
|
||||||
|
type: integer
|
||||||
|
doc: Number of primitives per |ao_extra|
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||||||
|
size: (ao_extra_basis.ao_extra_num)
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_prim_num_max]
|
||||||
|
type: integer
|
||||||
|
doc: Maximum number of primitives
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||||||
|
default: =maxval(ao_extra_basis.ao_extra_prim_num)
|
||||||
|
interface: ezfio
|
||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_nucl]
|
||||||
|
type: integer
|
||||||
|
doc: Index of the nucleus on which the |ao_extra| is centered
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||||||
|
size: (ao_extra_basis.ao_extra_num)
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_power]
|
||||||
|
type: integer
|
||||||
|
doc: Powers of x, y and z for each |ao_extra|
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||||||
|
size: (ao_extra_basis.ao_extra_num,3)
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_coef]
|
||||||
|
type: double precision
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||||||
|
doc: Primitive coefficients, read from input. Those should not be used directly, as the MOs are expressed on the basis of **normalized** ao_extras.
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||||||
|
size: (ao_extra_basis.ao_extra_num,ao_extra_basis.ao_extra_prim_num_max)
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_expo]
|
||||||
|
type: double precision
|
||||||
|
doc: Exponents for each primitive of each |ao_extra|
|
||||||
|
size: (ao_extra_basis.ao_extra_num,ao_extra_basis.ao_extra_prim_num_max)
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_md5]
|
||||||
|
type: character*(32)
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||||||
|
doc: MD5 key, specific of the |ao_extra| basis
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||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_cartesian]
|
||||||
|
type: logical
|
||||||
|
doc: If |true|, use |ao_extras| in Cartesian coordinates (6d,10f,...)
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
default: false
|
||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_normalized]
|
||||||
|
type: logical
|
||||||
|
doc: Use normalized basis functions
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
default: true
|
||||||
|
|
||||||
|
[primitives_normalized_extra]
|
||||||
|
type: logical
|
||||||
|
doc: Use normalized primitive functions
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
default: true
|
||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_expo_im]
|
||||||
|
type: double precision
|
||||||
|
doc: imag part for Exponents for each primitive of each cGTOs |ao_extra|
|
||||||
|
size: (ao_extra_basis.ao_extra_num,ao_extra_basis.ao_extra_prim_num_max)
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_expo_pw]
|
||||||
|
type: double precision
|
||||||
|
doc: plane wave part for each primitive GTOs |ao_extra|
|
||||||
|
size: (3,ao_extra_basis.ao_extra_num,ao_extra_basis.ao_extra_prim_num_max)
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_expo_phase]
|
||||||
|
type: double precision
|
||||||
|
doc: phase shift for each primitive GTOs |ao_extra|
|
||||||
|
size: (3,ao_extra_basis.ao_extra_num,ao_extra_basis.ao_extra_prim_num_max)
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_one_e_dm]
|
||||||
|
type: double precision
|
||||||
|
doc: reduced density matrix on the ao extra basis
|
||||||
|
size: (ao_extra_basis.ao_extra_num,ao_extra_basis.ao_extra_num)
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[ao_extra_center]
|
||||||
|
type: double precision
|
||||||
|
doc: shift with which the atoms are shifted to mimick p functions
|
||||||
|
interface: ezfio
|
||||||
|
|
||||||
4
src/ao_extra_basis/LiH.xyz
Normal file
4
src/ao_extra_basis/LiH.xyz
Normal file
@ -0,0 +1,4 @@
|
|||||||
|
2
|
||||||
|
|
||||||
|
H 0. 0. 0.
|
||||||
|
Li 0. 0. 1.0
|
||||||
3
src/ao_extra_basis/NEED
Normal file
3
src/ao_extra_basis/NEED
Normal file
@ -0,0 +1,3 @@
|
|||||||
|
extra_nuclei
|
||||||
|
basis
|
||||||
|
ao_basis
|
||||||
15
src/ao_extra_basis/README.rst
Normal file
15
src/ao_extra_basis/README.rst
Normal file
@ -0,0 +1,15 @@
|
|||||||
|
===========
|
||||||
|
extra_basis
|
||||||
|
===========
|
||||||
|
|
||||||
|
Plugin to handle an extra basis, which is attached to the extra_nuclei.
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|
It is essentially a duplication of all important quantities (coefficients, exponents and so on) of the usual |AO| basis.
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|
An interesting feature is the possibility to fit any basis made at most with "p" functions onto a purely "s" basis.
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|
This is done with the various scripts here:
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|
- qp_fit_1s_basis : script that creates an |EZFIO| folder corresponding to an .xyz file and a basis fitted with only "s" functions
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|
- qp_add_extra_fit_system : script that takes as input an |EZFIO| folder and an .xyz file and add an extra_basis and extra_nuclei with a 1s fitted basis
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Ex:
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qp_add_extra_fit_system LiH.ezfio/ h2o.xyz # takes the EZFIO folder "LiH.ezfio" and creates all necessary additional basis and nuclei based on h2o.xyz, but only with 1s functions.
|
||||||
325
src/ao_extra_basis/aos.irp.f
Normal file
325
src/ao_extra_basis/aos.irp.f
Normal file
@ -0,0 +1,325 @@
|
|||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, ao_extra_prim_num_max ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Max number of primitives.
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||||||
|
END_DOC
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||||||
|
ao_extra_prim_num_max = maxval(ao_extra_prim_num)
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, ao_extra_shell, (ao_extra_num) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Index of the shell to which the ao_extra corresponds
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i, j, k, n
|
||||||
|
k=0
|
||||||
|
do i=1,shell_num
|
||||||
|
n = shell_ang_mom(i)+1
|
||||||
|
do j=1,(n*(n+1))/2
|
||||||
|
k = k+1
|
||||||
|
ao_extra_shell(k) = i
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, ao_extra_first_of_shell, (shell_num) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Index of the shell to which the ao_extra corresponds
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i, j, k, n
|
||||||
|
k=1
|
||||||
|
do i=1,shell_num
|
||||||
|
ao_extra_first_of_shell(i) = k
|
||||||
|
n = shell_ang_mom(i)+1
|
||||||
|
k = k+(n*(n+1))/2
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_extra_coef_normalized, (ao_extra_num,ao_extra_prim_num_max) ]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_extra_coef_normalization_factor, (ao_extra_num) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Coefficients including the |ao_extra| normalization
|
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|
END_DOC
|
||||||
|
double precision :: norm,overlap_x,overlap_y,overlap_z,C_A(3), c
|
||||||
|
integer :: l, powA(3), nz
|
||||||
|
integer :: i,j,k
|
||||||
|
nz=100
|
||||||
|
C_A(1) = 0.d0
|
||||||
|
C_A(2) = 0.d0
|
||||||
|
C_A(3) = 0.d0
|
||||||
|
ao_extra_coef_normalized = 0.d0
|
||||||
|
|
||||||
|
do i=1,ao_extra_num
|
||||||
|
|
||||||
|
! powA(1) = ao_extra_power(i,1) + ao_extra_power(i,2) + ao_extra_power(i,3)
|
||||||
|
! powA(2) = 0
|
||||||
|
! powA(3) = 0
|
||||||
|
powA(1) = ao_extra_power(i,1)
|
||||||
|
powA(2) = ao_extra_power(i,2)
|
||||||
|
powA(3) = ao_extra_power(i,3)
|
||||||
|
|
||||||
|
! Normalization of the primitives
|
||||||
|
if (primitives_normalized_extra) then
|
||||||
|
do j=1,ao_extra_prim_num(i)
|
||||||
|
call overlap_gaussian_xyz(C_A,C_A,ao_extra_expo(i,j),ao_extra_expo(i,j), &
|
||||||
|
powA,powA,overlap_x,overlap_y,overlap_z,norm,nz)
|
||||||
|
ao_extra_coef_normalized(i,j) = ao_extra_coef(i,j)/dsqrt(norm)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
else
|
||||||
|
do j=1,ao_extra_prim_num(i)
|
||||||
|
ao_extra_coef_normalized(i,j) = ao_extra_coef(i,j)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
|
||||||
|
! Normalization of the contracted basis functions
|
||||||
|
if (ao_extra_normalized) then
|
||||||
|
norm = 0.d0
|
||||||
|
do j=1,ao_extra_prim_num(i)
|
||||||
|
do k=1,ao_extra_prim_num(i)
|
||||||
|
call overlap_gaussian_xyz(C_A,C_A,ao_extra_expo(i,j),ao_extra_expo(i,k),powA,powA,overlap_x,overlap_y,overlap_z,c,nz)
|
||||||
|
norm = norm+c*ao_extra_coef_normalized(i,j)*ao_extra_coef_normalized(i,k)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
ao_extra_coef_normalization_factor(i) = 1.d0/dsqrt(norm)
|
||||||
|
else
|
||||||
|
ao_extra_coef_normalization_factor(i) = 1.d0
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_extra_coef_normalized_ordered, (ao_extra_num,ao_extra_prim_num_max) ]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_extra_expo_ordered, (ao_extra_num,ao_extra_prim_num_max) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Sorted primitives to accelerate 4 index |MO| transformation
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: iorder(ao_extra_prim_num_max)
|
||||||
|
double precision :: d(ao_extra_prim_num_max,2)
|
||||||
|
integer :: i,j
|
||||||
|
do i=1,ao_extra_num
|
||||||
|
do j=1,ao_extra_prim_num(i)
|
||||||
|
iorder(j) = j
|
||||||
|
d(j,1) = ao_extra_expo(i,j)
|
||||||
|
d(j,2) = ao_extra_coef_normalized(i,j)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
call dsort(d(1,1),iorder,ao_extra_prim_num(i))
|
||||||
|
call dset_order(d(1,2),iorder,ao_extra_prim_num(i))
|
||||||
|
do j=1,ao_extra_prim_num(i)
|
||||||
|
ao_extra_expo_ordered(i,j) = d(j,1)
|
||||||
|
ao_extra_coef_normalized_ordered(i,j) = d(j,2)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_extra_coef_normalized_ordered_transp, (ao_extra_prim_num_max,ao_extra_num) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Transposed :c:data:`ao_extra_coef_normalized_ordered`
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i,j
|
||||||
|
do j=1, ao_extra_num
|
||||||
|
do i=1, ao_extra_prim_num_max
|
||||||
|
ao_extra_coef_normalized_ordered_transp(i,j) = ao_extra_coef_normalized_ordered(j,i)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_extra_expo_ordered_transp, (ao_extra_prim_num_max,ao_extra_num) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Transposed :c:data:`ao_extra_expo_ordered`
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i,j
|
||||||
|
do j=1, ao_extra_num
|
||||||
|
do i=1, ao_extra_prim_num_max
|
||||||
|
ao_extra_expo_ordered_transp(i,j) = ao_extra_expo_ordered(j,i)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, ao_extra_l, (ao_extra_num) ]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ integer, ao_extra_l_max ]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ character*(128), ao_extra_l_char, (ao_extra_num) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! :math:`l` value of the |ao_extra|: :math`a+b+c` in :math:`x^a y^b z^c`
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i
|
||||||
|
do i=1,ao_extra_num
|
||||||
|
ao_extra_l(i) = ao_extra_power(i,1) + ao_extra_power(i,2) + ao_extra_power(i,3)
|
||||||
|
ao_extra_l_char(i) = l_to_character(ao_extra_l(i))
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
ao_extra_l_max = maxval(ao_extra_l)
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
integer function ao_extra_power_index(nx,ny,nz)
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer, intent(in) :: nx, ny, nz
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Unique index given to a triplet of powers:
|
||||||
|
!
|
||||||
|
! :math:`\frac{1}{2} (l-n_x) (l-n_x+1) + n_z + 1`
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: l
|
||||||
|
l = nx + ny + nz
|
||||||
|
ao_extra_power_index = ((l-nx)*(l-nx+1))/2 + nz + 1
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, Nucl_N_ao_extras, (extra_nucl_num)]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ integer, N_ao_extras_max ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Number of |ao_extras| per atom
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i
|
||||||
|
Nucl_N_ao_extras = 0
|
||||||
|
do i = 1, ao_extra_num
|
||||||
|
Nucl_N_ao_extras(ao_extra_nucl(i)) +=1
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
N_ao_extras_max = maxval(Nucl_N_ao_extras)
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, Nucl_ao_extras, (extra_nucl_num,N_ao_extras_max)]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! List of |ao_extras| centered on each atom
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i
|
||||||
|
integer, allocatable :: nucl_tmp(:)
|
||||||
|
allocate(nucl_tmp(nucl_num))
|
||||||
|
nucl_tmp = 0
|
||||||
|
Nucl_ao_extras = 0
|
||||||
|
do i = 1, ao_extra_num
|
||||||
|
nucl_tmp(ao_extra_nucl(i))+=1
|
||||||
|
Nucl_ao_extras(ao_extra_nucl(i),nucl_tmp(ao_extra_nucl(i))) = i
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
deallocate(nucl_tmp)
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, Nucl_list_shell_ao_extras, (extra_nucl_num,N_ao_extras_max)]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ integer, Nucl_num_shell_ao_extras, (nucl_num)]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer :: i,j,k
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Index of the shell type |ao_extras| and of the corresponding |ao_extras|
|
||||||
|
! By convention, for p,d,f and g |ao_extras|, we take the index
|
||||||
|
! of the |ao_extra| with the the corresponding power in the x axis
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
do i = 1, extra_nucl_num
|
||||||
|
Nucl_num_shell_ao_extras(i) = 0
|
||||||
|
do j = 1, Nucl_N_ao_extras(i)
|
||||||
|
if (ao_extra_power(Nucl_ao_extras(i,j),1) == ao_extra_l(Nucl_ao_extras(i,j))) then
|
||||||
|
Nucl_num_shell_ao_extras(i)+=1
|
||||||
|
Nucl_list_shell_ao_extras(i,Nucl_num_shell_ao_extras(i))=Nucl_ao_extras(i,j)
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ character*(4), ao_extra_l_char_space, (ao_extra_num) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Converts an l value to a string
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i
|
||||||
|
character*(4) :: give_ao_extra_character_space
|
||||||
|
do i=1,ao_extra_num
|
||||||
|
|
||||||
|
if(ao_extra_l(i)==0)then
|
||||||
|
! S type ao_extra
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'S '
|
||||||
|
elseif(ao_extra_l(i) == 1)then
|
||||||
|
! P type ao_extra
|
||||||
|
if(ao_extra_power(i,1)==1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'X '
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,2) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'Y '
|
||||||
|
else
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'Z '
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
elseif(ao_extra_l(i) == 2)then
|
||||||
|
! D type ao_extra
|
||||||
|
if(ao_extra_power(i,1)==2)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'XX '
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,2) == 2)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'YY '
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,3) == 2)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'ZZ '
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,1) == 1 .and. ao_extra_power(i,2) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'XY '
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,1) == 1 .and. ao_extra_power(i,3) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'XZ '
|
||||||
|
else
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'YZ '
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
elseif(ao_extra_l(i) == 3)then
|
||||||
|
! F type ao_extra
|
||||||
|
if(ao_extra_power(i,1)==3)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'XXX '
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,2) == 3)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'YYY '
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,3) == 3)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'ZZZ '
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,1) == 2 .and. ao_extra_power(i,2) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'XXY '
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,1) == 2 .and. ao_extra_power(i,3) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'XXZ '
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,2) == 2 .and. ao_extra_power(i,1) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'YYX '
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,2) == 2 .and. ao_extra_power(i,3) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'YYZ '
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,3) == 2 .and. ao_extra_power(i,1) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'ZZX '
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,3) == 2 .and. ao_extra_power(i,2) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'ZZY '
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,3) == 1 .and. ao_extra_power(i,2) == 1 .and. ao_extra_power(i,3) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'XYZ '
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
elseif(ao_extra_l(i) == 4)then
|
||||||
|
! G type ao_extra
|
||||||
|
if(ao_extra_power(i,1)==4)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'XXXX'
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,2) == 4)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'YYYY'
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,3) == 4)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'ZZZZ'
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,1) == 3 .and. ao_extra_power(i,2) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'XXXY'
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,1) == 3 .and. ao_extra_power(i,3) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'XXXZ'
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,2) == 3 .and. ao_extra_power(i,1) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'YYYX'
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,2) == 3 .and. ao_extra_power(i,3) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'YYYZ'
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,3) == 3 .and. ao_extra_power(i,1) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'ZZZX'
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,3) == 3 .and. ao_extra_power(i,2) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'ZZZY'
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,1) == 2 .and. ao_extra_power(i,2) == 2)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'XXYY'
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,2) == 2 .and. ao_extra_power(i,3) == 2)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'YYZZ'
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,1) == 2 .and. ao_extra_power(i,2) == 1 .and. ao_extra_power(i,3) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'XXYZ'
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,2) == 2 .and. ao_extra_power(i,1) == 1 .and. ao_extra_power(i,3) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'YYXZ'
|
||||||
|
elseif(ao_extra_power(i,3) == 2 .and. ao_extra_power(i,1) == 1 .and. ao_extra_power(i,2) == 1)then
|
||||||
|
give_ao_extra_character_space = 'ZZXY'
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
ao_extra_l_char_space(i) = give_ao_extra_character_space
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
68
src/ao_extra_basis/aos_transp.irp.f
Normal file
68
src/ao_extra_basis/aos_transp.irp.f
Normal file
@ -0,0 +1,68 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
! ---
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, Nucl_ao_extras_transposed, (N_ao_extras_max,nucl_num)]
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! List of ao_extras attached on each atom
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer :: i
|
||||||
|
integer, allocatable :: nucl_tmp(:)
|
||||||
|
|
||||||
|
allocate(nucl_tmp(nucl_num))
|
||||||
|
nucl_tmp = 0
|
||||||
|
do i = 1, ao_extra_num
|
||||||
|
nucl_tmp(ao_extra_nucl(i)) += 1
|
||||||
|
Nucl_ao_extras_transposed(nucl_tmp(ao_extra_nucl(i)),ao_extra_nucl(i)) = i
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
deallocate(nucl_tmp)
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
! ---
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [double precision, ao_extra_expo_ordered_transp_per_nucl, (ao_extra_prim_num_max,N_ao_extras_max,nucl_num) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer :: i,j,k,l
|
||||||
|
do i = 1, nucl_num
|
||||||
|
do j = 1,Nucl_N_ao_extras(i)
|
||||||
|
k = Nucl_ao_extras_transposed(j,i)
|
||||||
|
do l = 1, ao_extra_prim_num(k)
|
||||||
|
ao_extra_expo_ordered_transp_per_nucl(l,j,i) = ao_extra_expo_ordered_transp(l,k)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, ao_extra_power_ordered_transp_per_nucl, (3,N_ao_extras_max,nucl_num) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer :: i,j,k,l
|
||||||
|
do i = 1, nucl_num
|
||||||
|
do j = 1,Nucl_N_ao_extras(i)
|
||||||
|
k = Nucl_ao_extras_transposed(j,i)
|
||||||
|
do l = 1, 3
|
||||||
|
ao_extra_power_ordered_transp_per_nucl(l,j,i) = ao_extra_power(k,l)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_extra_coef_normalized_ordered_transp_per_nucl, (ao_extra_prim_num_max,N_ao_extras_max,nucl_num) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer :: i,j,k,l
|
||||||
|
do i = 1, nucl_num
|
||||||
|
do j = 1,Nucl_N_ao_extras(i)
|
||||||
|
k = Nucl_ao_extras_transposed(j,i)
|
||||||
|
do l = 1, ao_extra_prim_num(k)
|
||||||
|
ao_extra_coef_normalized_ordered_transp_per_nucl(l,j,i) = ao_extra_coef_normalized_ordered_transp(l,k)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
87
src/ao_extra_basis/density_extra.irp.f
Normal file
87
src/ao_extra_basis/density_extra.irp.f
Normal file
@ -0,0 +1,87 @@
|
|||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, effective_ao_extra_dm, (ao_extra_num, ao_extra_num)]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! effective density matrix : rho_pq x N_p x N_q x E_pq x (pi/gamma_pq)^3/2
|
||||||
|
!
|
||||||
|
! where rho_pq is the usual density matrix
|
||||||
|
!
|
||||||
|
! N_p and N_q are the normalization factors associated with the two Gaussians
|
||||||
|
!
|
||||||
|
! E_pq is the prefactor resulting from the Gaussian product
|
||||||
|
!
|
||||||
|
! gamma_pq = gamma_p + gamm_q
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i,j
|
||||||
|
do i = 1, ao_extra_num
|
||||||
|
do j = 1, ao_extra_num
|
||||||
|
effective_ao_extra_dm(j,i) = ao_extra_one_e_dm(j,i) * ao_extra_coef_normalized(j,1) * ao_extra_coef_normalized(i,1) &
|
||||||
|
* inv_pi_gamma_pq_3_2_ao_extra(j,i) * E_pq_ao_extra(j,i)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, gamma_pq_ao_extra, (ao_extra_num,ao_extra_num)]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ double precision, inv_gamma_pq_ao_extra, (ao_extra_num,ao_extra_num)]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ double precision, inv_pi_gamma_pq_3_2_ao_extra, (ao_extra_num,ao_extra_num)]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ double precision, sqrt_gamma_pq_ao_extra, (ao_extra_num,ao_extra_num)]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! gamma_pq_ao_extra = gamma_p + gamma_q
|
||||||
|
!
|
||||||
|
! inv_gamma_pq_ao_extra = 1/(gamma_p + gamma_q)
|
||||||
|
!
|
||||||
|
! sqrt_gamma_pq_ao_extra = sqrt(gamma_p + gamma_q)
|
||||||
|
!
|
||||||
|
! WARNING :: VALID ONLY IN THE CASE OF A PURELY 1S BASIS
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
include 'constants.include.F'
|
||||||
|
integer :: i,j
|
||||||
|
do i = 1, ao_extra_num
|
||||||
|
do j = 1, ao_extra_num
|
||||||
|
gamma_pq_ao_extra(j,i) = ao_extra_expo(j,1) + ao_extra_expo(i,1)
|
||||||
|
inv_gamma_pq_ao_extra(j,i) = 1.d0/gamma_pq_ao_extra(j,i)
|
||||||
|
sqrt_gamma_pq_ao_extra(j,i) = dsqrt(gamma_pq_ao_extra(j,i))
|
||||||
|
inv_pi_gamma_pq_3_2_ao_extra(j,i) = (pi * inv_gamma_pq_ao_extra(j,i))**(1.5d0)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, E_pq_ao_extra, (ao_extra_num,ao_extra_num)]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! E_pq_ao_extra = exp(-alpha_p alpha_q/gamma_pq (Q_p - Q_q)^2)
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i,j
|
||||||
|
do i = 1, ao_extra_num
|
||||||
|
do j = 1, ao_extra_num
|
||||||
|
E_pq_ao_extra(j,i) = dexp(-ao_extra_center_1s_dist(j,i)**2 * ao_extra_expo(j,1)*ao_extra_expo(i,1)*inv_gamma_pq_ao_extra(j,i))
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_extra_center_1s, (3,ao_extra_num)]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Original position of each extra AO
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i,i_nucl
|
||||||
|
do i = 1, ao_extra_num
|
||||||
|
i_nucl= ao_extra_nucl(i)
|
||||||
|
ao_extra_center_1s(1:3,i) = extra_nucl_coord(i_nucl,1:3)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_extra_center_1s_dist, (ao_extra_num,ao_extra_num)]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer :: i,j
|
||||||
|
do i = 1, ao_extra_num
|
||||||
|
do j = 1, ao_extra_num
|
||||||
|
ao_extra_center_1s_dist(j,i) = (ao_extra_center_1s(1,j) - ao_extra_center_1s(1,i))**2 &
|
||||||
|
+ (ao_extra_center_1s(2,j) - ao_extra_center_1s(2,i))**2 &
|
||||||
|
+ (ao_extra_center_1s(3,j) - ao_extra_center_1s(3,i))**2
|
||||||
|
ao_extra_center_1s_dist(j,i)=dsqrt(ao_extra_center_1s_dist(j,i))
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
19
src/ao_extra_basis/dimensions_integrals.irp.f
Normal file
19
src/ao_extra_basis/dimensions_integrals.irp.f
Normal file
@ -0,0 +1,19 @@
|
|||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, n_pt_max_extra_basis_integrals ]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ integer, n_pt_max_extra_basis_i_x]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Number of points used in the numerical integrations.
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: n_pt_sup
|
||||||
|
integer :: prim_power_l_max
|
||||||
|
include 'utils/constants.include.F'
|
||||||
|
prim_power_l_max = maxval(ao_extra_power)
|
||||||
|
n_pt_max_extra_basis_integrals = 24 * prim_power_l_max + 4
|
||||||
|
n_pt_max_extra_basis_i_x = 8 * prim_power_l_max
|
||||||
|
ASSERT (n_pt_max_extra_basis_i_x-1 <= max_dim)
|
||||||
|
if (n_pt_max_extra_basis_i_x-1 > max_dim) then
|
||||||
|
print *, 'Increase max_dim in utils/constants.include.F to ', n_pt_max_extra_basis_i_x-1
|
||||||
|
stop 1
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
16
src/ao_extra_basis/extra_basis.irp.f
Normal file
16
src/ao_extra_basis/extra_basis.irp.f
Normal file
@ -0,0 +1,16 @@
|
|||||||
|
program extra_basis
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! TODO : Put the documentation of the program here
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i
|
||||||
|
print*,'extra_nucl_num = ',extra_nucl_num
|
||||||
|
do i = 1, extra_nucl_num
|
||||||
|
print*,'i = ',i
|
||||||
|
print*,'extra_nucl_label = ',extra_nucl_label(i)
|
||||||
|
print*,'extra_nucl_charge = ',extra_nucl_charge(i)
|
||||||
|
print*,'extra_nucl_coord = '
|
||||||
|
print*,extra_nucl_coord(i,1:3)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
print*,ao_extra_num
|
||||||
|
end
|
||||||
41
src/ao_extra_basis/fit_1s_basis.irp.f
Normal file
41
src/ao_extra_basis/fit_1s_basis.irp.f
Normal file
@ -0,0 +1,41 @@
|
|||||||
|
program fit_1s_basis
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
provide lmax_too_big
|
||||||
|
integer :: i,j
|
||||||
|
print*,'////////////////////////////////////////////////////'
|
||||||
|
print*,'////////////////////////////////////////////////////'
|
||||||
|
print*,'Fitting the original basis set on uncontracted s only functions '
|
||||||
|
print*,'WARNING :: works for now with only P functions at most !!'
|
||||||
|
print*,'WARNING :: otherwise it will stop '
|
||||||
|
print*,'Writting the results in the extra_nuclei and ao_extra_basis folders of EZFIO'
|
||||||
|
print*,'New number of atomic functions : '
|
||||||
|
print*,'n_func_tot = ',n_func_tot
|
||||||
|
|
||||||
|
print*,'extra_fictious_nucl = ',extra_fictious_nucl
|
||||||
|
do i = 1, extra_fictious_nucl
|
||||||
|
print*,list_fict_nucl(i)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
print*,''
|
||||||
|
print*,''
|
||||||
|
do i = 1, nucl_num
|
||||||
|
print*,list_real_nucl(i)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
call ezfio_set_extra_nuclei_extra_nucl_num(new_nucl_num)
|
||||||
|
call ezfio_set_extra_nuclei_extra_nucl_fictious_num(extra_fictious_nucl)
|
||||||
|
call ezfio_set_extra_nuclei_extra_nucl_real_num(nucl_num)
|
||||||
|
call ezfio_set_extra_nuclei_extra_nucl_fictious_list(list_fict_nucl)
|
||||||
|
call ezfio_set_extra_nuclei_extra_nucl_real_list(list_real_nucl)
|
||||||
|
call ezfio_set_extra_nuclei_extra_nucl_real_fictious_list(extra_nucl_real_fictious_list_prov)
|
||||||
|
call ezfio_set_extra_nuclei_extra_nucl_charge(new_nucl_charge_1s)
|
||||||
|
call ezfio_set_extra_nuclei_extra_nucl_coord(new_nucl_coord_1s)
|
||||||
|
call ezfio_set_extra_nuclei_extra_nucl_label(new_nucl_label_1s)
|
||||||
|
!
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_extra_basis_ao_extra_num(n_func_tot)
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_extra_basis_ao_extra_center(ao_extra_center)
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_extra_basis_ao_extra_nucl(new_ao_nucl_1s)
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_extra_basis_ao_extra_prim_num(new_ao_prim_num_1s)
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_extra_basis_ao_extra_coef(new_ao_coef_1s)
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_extra_basis_ao_extra_expo(new_ao_expo_1s)
|
||||||
|
call ezfio_set_ao_extra_basis_ao_extra_power(new_ao_power_1s)
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
7
src/ao_extra_basis/h2o.xyz
Normal file
7
src/ao_extra_basis/h2o.xyz
Normal file
@ -0,0 +1,7 @@
|
|||||||
|
3
|
||||||
|
|
||||||
|
O 0.000000 -0.399441 3.000000
|
||||||
|
H 0.761232 0.199721 3.000000
|
||||||
|
H -0.761232 0.199721 3.000000
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
23
src/ao_extra_basis/install
Executable file
23
src/ao_extra_basis/install
Executable file
@ -0,0 +1,23 @@
|
|||||||
|
#!/bin/bash
|
||||||
|
|
||||||
|
# Check if the QP_ROOT environment variable is set.
|
||||||
|
if [[ -z ${QP_ROOT} ]]
|
||||||
|
then
|
||||||
|
print "The QP_ROOT environment variable is not set."
|
||||||
|
print "Please reload the quantum_package.rc file."
|
||||||
|
exit -1
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
# Get the absolute path of the current directory.
|
||||||
|
currdir=${PWD}
|
||||||
|
|
||||||
|
# list of the scripts to be used by the module
|
||||||
|
scripts_list="qp_copy_extra_basis qp_add_extra_fit_system qp_copy_extra_basis_to_usual_basis qp_fit_1s_basis"
|
||||||
|
|
||||||
|
# Make a symbolic link for all scripts to be used in the ${QP_ROOT}/scripts/
|
||||||
|
# directory.
|
||||||
|
for i in $scripts_list
|
||||||
|
do
|
||||||
|
ln --symbolic ${currdir}/$i ${QP_ROOT}/scripts/
|
||||||
|
done
|
||||||
|
|
||||||
266
src/ao_extra_basis/prov_fit_1s.irp.f
Normal file
266
src/ao_extra_basis/prov_fit_1s.irp.f
Normal file
@ -0,0 +1,266 @@
|
|||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_extra_center]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
ao_extra_center = 0.01d0
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, n_func_tot]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! n_func_tot :: total number of functions in the fitted basis set
|
||||||
|
!
|
||||||
|
! returned in an uncontracted way
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i,prefact
|
||||||
|
n_func_tot = 0
|
||||||
|
print*,'n_func_tot '
|
||||||
|
do i = 1, ao_num
|
||||||
|
if(ao_l(i) == 0)then
|
||||||
|
prefact = 1 ! s functions
|
||||||
|
else
|
||||||
|
! p functions are fitted with 2 functions
|
||||||
|
! d functions are fitted with 4 functions etc ...
|
||||||
|
prefact=2*ao_l(i)
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
n_func_tot += prefact * ao_prim_num(i)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, n_prim_tot_orig]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer :: i
|
||||||
|
n_prim_tot_orig = 0
|
||||||
|
do i = 1, ao_num
|
||||||
|
n_prim_tot_orig += ao_prim_num(i)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ logical, lmax_too_big]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
if (ao_l_max.gt.1)then
|
||||||
|
lmax_too_big = .True.
|
||||||
|
else
|
||||||
|
lmax_too_big = .False.
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
if(lmax_too_big)then
|
||||||
|
print*,'STOPPING !! lmax is larger than 1 !'
|
||||||
|
print*,'Cannot yet fit with 1s functions ...'
|
||||||
|
stop
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, n_2p_func_orig]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ integer, n_2p_func_tot]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer :: i
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! n_2p_func_orig :: number of 2p functions in the original basis
|
||||||
|
!
|
||||||
|
! n_2p_func_tot :: total number of p functions in the fitted basis
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
n_2p_func_orig= 0
|
||||||
|
n_2p_func_tot = 0
|
||||||
|
do i = 1, ao_num
|
||||||
|
if(ao_l(i)==1)then
|
||||||
|
n_2p_func_orig+= 1
|
||||||
|
n_2p_func_tot += ao_prim_num(i) * 2
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
print*,'n_2p_func_tot = ',n_2p_func_tot
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, list_2p_functions, (n_2p_func_orig)]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! list of 2p functions in the original basis
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i,j
|
||||||
|
j=0
|
||||||
|
do i = 1, ao_num
|
||||||
|
if(ao_l(i)==1)then
|
||||||
|
j+=1
|
||||||
|
list_2p_functions(j) = i
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, extra_fictious_nucl]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
extra_fictious_nucl = n_2p_func_tot
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, new_nucl_num]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
new_nucl_num = nucl_num + n_2p_func_tot
|
||||||
|
print*,'new_nucl_num = ',new_nucl_num
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ character*(32), new_nucl_label_1s , (new_nucl_num) ]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ integer, list_real_nucl, (nucl_num) ]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ integer, list_fict_nucl, (extra_fictious_nucl) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer :: i,j
|
||||||
|
do i = 1, nucl_num
|
||||||
|
new_nucl_label_1s(i) = nucl_label(i)
|
||||||
|
list_real_nucl(i) = i
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
j=0
|
||||||
|
do i = nucl_num+1,new_nucl_num
|
||||||
|
j+=1
|
||||||
|
new_nucl_label_1s(i) = "X"
|
||||||
|
list_fict_nucl(j) = i
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, new_nucl_coord_1s, (new_nucl_num,3)]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer :: i,j
|
||||||
|
do i = 1, new_nucl_num
|
||||||
|
new_nucl_coord_1s(i,1:3) = new_nucl_coord_1s_transp(1:3,i)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, new_nucl_coord_1s_transp, (3,new_nucl_num)]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ double precision, new_nucl_charge_1s, (new_nucl_num)]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ integer, extra_nucl_real_fictious_list_prov, (extra_fictious_nucl)]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! the real atoms are located in the first nucl_num entries
|
||||||
|
!
|
||||||
|
! then the fictious atoms are located after
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i,ii,j,i_ao,k,n_ao
|
||||||
|
integer :: return_xyz_int,power(3),good_i
|
||||||
|
new_nucl_charge_1s = 0.d0
|
||||||
|
do i = 1, nucl_num
|
||||||
|
new_nucl_coord_1s_transp(1:3,i) = nucl_coord_transp(1:3,i)
|
||||||
|
new_nucl_charge_1s(i) = nucl_charge(i)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
k = nucl_num
|
||||||
|
do i = 1, nucl_num
|
||||||
|
do ii = 1, Nucl_N_Aos(i)
|
||||||
|
i_ao = nucl_aos_transposed(ii,i)
|
||||||
|
if(ao_l(i_ao)==1)then
|
||||||
|
! split the function into 2 s functions
|
||||||
|
! one is centered in R_x + d
|
||||||
|
power(1:3) = ao_power(i_ao,1:3)
|
||||||
|
good_i = return_xyz_int(power)
|
||||||
|
do j = 1, ao_prim_num(i_ao)
|
||||||
|
k+=1
|
||||||
|
new_nucl_coord_1s_transp(1:3,k)= nucl_coord_transp(1:3,i)
|
||||||
|
new_nucl_coord_1s_transp(good_i,k)+= ao_extra_center
|
||||||
|
new_nucl_charge_1s(k) = 0.d0
|
||||||
|
extra_nucl_real_fictious_list_prov(k-nucl_num)=i
|
||||||
|
k+=1
|
||||||
|
! one is centered in R_x - d
|
||||||
|
new_nucl_coord_1s_transp(1:3,k)= nucl_coord_transp(1:3,i)
|
||||||
|
new_nucl_coord_1s_transp(good_i,k)-= ao_extra_center
|
||||||
|
new_nucl_charge_1s(k) = 0.d0
|
||||||
|
extra_nucl_real_fictious_list_prov(k-nucl_num)=i
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
else if(ao_l(i_ao).gt.1)then
|
||||||
|
print*,'WARNING ! Lmax value not implemented yet !'
|
||||||
|
print*,'stopping ...'
|
||||||
|
stop
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, new_n_AOs_max]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
new_n_AOs_max = ao_prim_num_max * n_AOs_max
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, new_Nucl_N_Aos, (new_nucl_num)]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ integer, new_nucl_aos_transposed, (new_n_AOs_max,new_nucl_num) ]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ double precision, new_ao_expo_1s , (n_func_tot) ]
|
||||||
|
&BEGIN_PROVIDER [ integer, new_ao_nucl_1s, (n_func_tot)]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer :: i,j,ii,i_ao,n_func,n_func_total,n_nucl
|
||||||
|
double precision :: coef
|
||||||
|
n_func_total = 0
|
||||||
|
do i = 1, nucl_num
|
||||||
|
n_func = 0
|
||||||
|
do ii = 1, Nucl_N_Aos(i)
|
||||||
|
i_ao = nucl_aos_transposed(ii,i)
|
||||||
|
if(ao_l(i_ao)==0)then
|
||||||
|
do j = 1, ao_prim_num(i_ao)
|
||||||
|
coef= ao_expo(i_ao,j)
|
||||||
|
n_func_total += 1
|
||||||
|
n_func +=1
|
||||||
|
new_nucl_aos_transposed(n_func,i) = n_func_total
|
||||||
|
new_ao_expo_1s(n_func_total) = coef
|
||||||
|
new_ao_nucl_1s(n_func_total) = i
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
new_Nucl_N_Aos(i) = n_func
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
n_nucl=nucl_num
|
||||||
|
do i = 1, nucl_num
|
||||||
|
do ii = 1, Nucl_N_Aos(i)
|
||||||
|
i_ao = nucl_aos_transposed(ii,i)
|
||||||
|
if(ao_l(i_ao)==1)then
|
||||||
|
do j = 1, ao_prim_num(i_ao)
|
||||||
|
coef= ao_expo(i_ao,j)
|
||||||
|
n_func_total+=1
|
||||||
|
n_nucl +=1
|
||||||
|
new_nucl_aos_transposed(1,n_nucl) = n_func_total
|
||||||
|
new_ao_expo_1s(n_func_total) = coef
|
||||||
|
new_Nucl_N_Aos(n_nucl)=1
|
||||||
|
new_ao_nucl_1s(n_func_total) = n_nucl
|
||||||
|
|
||||||
|
n_func_total+=1
|
||||||
|
n_nucl +=1
|
||||||
|
new_nucl_aos_transposed(1,n_nucl) = n_func_total
|
||||||
|
new_ao_expo_1s(n_func_total) = coef
|
||||||
|
new_Nucl_N_Aos(n_nucl)=1
|
||||||
|
new_ao_nucl_1s(n_func_total) = n_nucl
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, new_ao_coef_1s , (n_func_tot) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer :: i
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Primitive coefficients, read from input. Those should not be used directly, as the MOs are expressed on the basis of **normalized** AOs.
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
do i = 1, n_func_tot
|
||||||
|
new_ao_coef_1s(i) = 1.d0
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, new_ao_prim_num_1s, (n_func_tot)]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer :: i
|
||||||
|
do i = 1, n_func_tot
|
||||||
|
new_ao_prim_num_1s(i) = 1
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [integer, new_ao_power_1s, (n_func_tot,3)]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
new_ao_power_1s = 0
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
integer function return_xyz_int(power)
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
integer,intent(in) :: power(3)
|
||||||
|
if(power(1) == 1 .and. power(2) ==0 .and. power(3) ==0)then
|
||||||
|
return_xyz_int = 1
|
||||||
|
else if (power(2) == 1 .and. power(1) ==0 .and. power(3) ==0)then
|
||||||
|
return_xyz_int = 2
|
||||||
|
else if (power(3) == 1 .and. power(1) ==0 .and. power(1) ==0)then
|
||||||
|
return_xyz_int = 3
|
||||||
|
else
|
||||||
|
return_xyz_int = -1000
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
end
|
||||||
19
src/ao_extra_basis/qp_add_extra_fit_system
Executable file
19
src/ao_extra_basis/qp_add_extra_fit_system
Executable file
@ -0,0 +1,19 @@
|
|||||||
|
#!/bin/bash
|
||||||
|
# specify the QP folder
|
||||||
|
QP=$QP_ROOT
|
||||||
|
dir=${QP}
|
||||||
|
# sourcing the quantum_package.rc file
|
||||||
|
. ${QP}/quantum_package.rc
|
||||||
|
# The main EZFIO folder
|
||||||
|
main=${1%/}
|
||||||
|
# The XYZ file containing the geometry of the additional system you want to add
|
||||||
|
extra=${2%.xyz}
|
||||||
|
basis_extra=sto-3g
|
||||||
|
ezfio_extra=${extra}_${basis_extra}_1s
|
||||||
|
echo $ezfio_extra
|
||||||
|
qp_fit_1s_basis $extra $basis_extra
|
||||||
|
qp set_file $ezfio_extra
|
||||||
|
qp run scf | tee ${ezfio_extra}.scf.out
|
||||||
|
qp run save_one_e_dm | tee ${ezfio_extra}.one_rdm.out
|
||||||
|
qp_copy_extra_basis ${ezfio_extra} $main
|
||||||
|
|
||||||
67
src/ao_extra_basis/qp_copy_extra_basis
Executable file
67
src/ao_extra_basis/qp_copy_extra_basis
Executable file
@ -0,0 +1,67 @@
|
|||||||
|
#!/bin/bash
|
||||||
|
# specify the QP folder
|
||||||
|
QP=$QP_ROOT
|
||||||
|
dir=${QP}
|
||||||
|
# sourcing the quantum_package.rc file
|
||||||
|
. ${QP}/quantum_package.rc
|
||||||
|
# script that copy all data from |AO| basis and nuclei of EZFIO_extra to the ao_extra_basis and extra_nuclei of EZFIO_target
|
||||||
|
# use:
|
||||||
|
# qp_copy_extra_basis EZFIO_extra EZFIO_target
|
||||||
|
EZFIO_extra=${1%/}
|
||||||
|
EZFIO_extra=${EZFIO_extra%.xyz}
|
||||||
|
EZFIO_target=${2%/}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
echo "********** SCRIPT TO COPY DATA FROM EZFIO TO ANOTHER *********"
|
||||||
|
echo "Extracting data from "$EZFIO_extra
|
||||||
|
echo "and Copying data to "$EZFIO_target
|
||||||
|
|
||||||
|
### COPYING ALL DATA FROM $EZFIO_extra/nuclei/ to ${EZFIO_target}/extra_nuclei/
|
||||||
|
echo "COPYING ALL DATA FROM "$EZFIO_extra"/nuclei/ to "${EZFIO_target}"/extra_nuclei/"
|
||||||
|
direxists=false
|
||||||
|
if [ -d ${EZFIO_target}/extra_nuclei/ ] ; then
|
||||||
|
direxists=true
|
||||||
|
echo "The directory extra_nuclei exists"
|
||||||
|
else
|
||||||
|
echo "Creating the directory extra_nuclei "
|
||||||
|
direxists=false
|
||||||
|
mkdir ${EZFIO_target}/extra_nuclei/
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
data=`\ls $EZFIO_extra/nuclei/`
|
||||||
|
for i in $data
|
||||||
|
do
|
||||||
|
echo $i
|
||||||
|
newfile=`echo $i | sed 's/nucl/extra_nucl/g' `
|
||||||
|
echo $newfile
|
||||||
|
cp ${EZFIO_extra}/nuclei/$i ${EZFIO_target}/extra_nuclei/$newfile
|
||||||
|
done
|
||||||
|
|
||||||
|
### COPYING ALL DATA FROM $EZFIO_extra/ao_basis/ to ${EZFIO_target}/ao_extra_basis/
|
||||||
|
direxists=false
|
||||||
|
if [ -d ${EZFIO_target}/ao_extra_basis/ ] ; then
|
||||||
|
direxists=true
|
||||||
|
echo "The directory exists ao_extra_basis"
|
||||||
|
else
|
||||||
|
echo "Creating the directory ao_extra_basis"
|
||||||
|
direxists=false
|
||||||
|
mkdir ${EZFIO_target}/ao_extra_basis/
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
echo "COPYING ALL DATA FROM "$EZFIO_extra"/ao_basis/ to "${EZFIO_target}"/ao_extra_basis/"
|
||||||
|
data=`\ls $EZFIO_extra/ao_basis/`
|
||||||
|
for i in $data
|
||||||
|
do
|
||||||
|
echo $i
|
||||||
|
newfile=`echo $i | sed 's/ao/ao_extra/g' `
|
||||||
|
echo $newfile
|
||||||
|
cp ${EZFIO_extra}/ao_basis/$i ${EZFIO_target}/ao_extra_basis/$newfile
|
||||||
|
done
|
||||||
|
i=primitives_normalized
|
||||||
|
newfile=primitives_normalized_extra
|
||||||
|
cp ${EZFIO_extra}/ao_basis/$i ${EZFIO_target}/ao_extra_basis/$newfile
|
||||||
|
|
||||||
|
echo "COPYING ALL DATA FROM "$EZFIO_extra"/aux_quantities/ to "${EZFIO_target}"/ao_extra_basis/"
|
||||||
|
i=data_one_e_dm_tot_ao.gz
|
||||||
|
newfile=ao_extra_one_e_dm.gz
|
||||||
|
cp ${EZFIO_extra}/aux_quantities/$i ${EZFIO_target}/ao_extra_basis/$newfile
|
||||||
|
|
||||||
57
src/ao_extra_basis/qp_copy_extra_basis_to_usual_basis
Executable file
57
src/ao_extra_basis/qp_copy_extra_basis_to_usual_basis
Executable file
@ -0,0 +1,57 @@
|
|||||||
|
#!/bin/bash
|
||||||
|
# specify the QP folder
|
||||||
|
# script that copy all data in ao_extra_basis and extra_nuclei and copy it to ao_basis and ao_nuclei
|
||||||
|
QP=$QP_ROOT
|
||||||
|
dir=${QP}
|
||||||
|
# sourcing the quantum_package.rc file
|
||||||
|
. ${QP}/quantum_package.rc
|
||||||
|
EZFIO_extra=${1%/}
|
||||||
|
EZFIO_target=${2%/}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
echo "********** SCRIPT TO COPY DATA FROM EZFIO TO ANOTHER *********"
|
||||||
|
echo "Extracting data from "$EZFIO_extra
|
||||||
|
echo "and Copying data to "$EZFIO_target
|
||||||
|
|
||||||
|
### COPYING ALL DATA FROM $EZFIO_extra/nuclei/ to ${EZFIO_target}/extra_nuclei/
|
||||||
|
echo "COPYING ALL DATA FROM "$EZFIO_extra"/extra_nuclei/ to "${EZFIO_target}"/nuclei/"
|
||||||
|
direxists=false
|
||||||
|
if [ -d ${EZFIO_target}/extra_nuclei/ ] ; then
|
||||||
|
direxists=true
|
||||||
|
echo "The directory extra_nuclei exists"
|
||||||
|
else
|
||||||
|
echo "PB !!"
|
||||||
|
direxists=false
|
||||||
|
mkdir ${EZFIO_target}/extra_nuclei/
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
data=`\ls $EZFIO_extra/extra_nuclei/`
|
||||||
|
for i in $data
|
||||||
|
do
|
||||||
|
echo $i
|
||||||
|
newfile=`echo $i | sed 's/extra_nucl/nucl/g' `
|
||||||
|
echo $newfile
|
||||||
|
cp ${EZFIO_extra}/extra_nuclei/$i ${EZFIO_target}/nuclei/$newfile
|
||||||
|
done
|
||||||
|
|
||||||
|
### COPYING ALL DATA FROM $EZFIO_extra/ao_basis/ to ${EZFIO_target}/ao_extra_basis/
|
||||||
|
direxists=false
|
||||||
|
if [ -d ${EZFIO_target}/ao_extra_basis/ ] ; then
|
||||||
|
direxists=true
|
||||||
|
echo "The directory exists ao_extra_basis"
|
||||||
|
else
|
||||||
|
echo "PB !!"
|
||||||
|
direxists=false
|
||||||
|
mkdir ${EZFIO_target}/ao_extra_basis/
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
echo "COPYING ALL DATA FROM "$EZFIO_extra"/ao_basis/ to "${EZFIO_target}"/ao_extra_basis/"
|
||||||
|
data=`\ls $EZFIO_extra/ao_extra_basis/`
|
||||||
|
for i in $data
|
||||||
|
do
|
||||||
|
echo $i
|
||||||
|
newfile=`echo $i | sed 's/ao_extra/ao/g' `
|
||||||
|
echo $newfile
|
||||||
|
cp ${EZFIO_extra}/ao_extra_basis/$i ${EZFIO_target}/ao_basis/$newfile
|
||||||
|
done
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
12
src/ao_extra_basis/qp_fit_1s_basis
Executable file
12
src/ao_extra_basis/qp_fit_1s_basis
Executable file
@ -0,0 +1,12 @@
|
|||||||
|
#!/bin/bash
|
||||||
|
## Takes as an argument an xyz file and a basis, and fit the AO basis onto an "s" basis only
|
||||||
|
## use:
|
||||||
|
# qp_fit_1s_basis my_xyz_file.xyz basis
|
||||||
|
source ~/qp2/quantum_package.rc
|
||||||
|
input=${1%.xyz}
|
||||||
|
basis=$2
|
||||||
|
ezfio_fit=${input}_${basis}_1s
|
||||||
|
qp create_ezfio -b $basis $input.xyz -o $ezfio_fit
|
||||||
|
# Fitting the original basis on 1s only basis functions
|
||||||
|
qp run fit_1s_basis |tee ${ezfio_fit}.fit_1s.out
|
||||||
|
qp_copy_extra_basis_to_usual_basis $ezfio_fit $ezfio_fit
|
||||||
49
src/ao_extra_basis/transform_basis.irp.f
Normal file
49
src/ao_extra_basis/transform_basis.irp.f
Normal file
@ -0,0 +1,49 @@
|
|||||||
|
subroutine rotate_nuclei(phi,theta,psi,nucl_centers,n_nucl,nucl_centers_after)
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! routine that rotates a set of nuclei according to three axis corresponding to angles phi, theta, psi.
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
double precision, intent(in) :: phi,theta,psi
|
||||||
|
double precision, intent(in) :: nucl_centers(3,n_nucl)
|
||||||
|
integer, intent(in) :: n_nucl
|
||||||
|
double precision, intent(out):: nucl_centers_after(3,n_nucl)
|
||||||
|
double precision :: r_mat(3,3)
|
||||||
|
call r_phi_theta_psi_matrix(phi,theta,psi,r_mat)
|
||||||
|
call get_AB_prod(r_mat,3,3,nucl_centers,n_nucl,nucl_centers_after)
|
||||||
|
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine r_phi_theta_psi_matrix(phi,theta,psi,r_mat)
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! routine that creates the rotation matrix corresponding to phi,theta,psi
|
||||||
|
!
|
||||||
|
! according to conventions in MDFT code
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
double precision, intent(in) :: phi,theta,psi
|
||||||
|
double precision, intent(out):: r_mat(3,3)
|
||||||
|
double precision :: ctheta, stheta
|
||||||
|
double precision :: cphi , sphi
|
||||||
|
double precision :: cpsi , spsi
|
||||||
|
ctheta = dcos(theta)
|
||||||
|
cphi = dcos(phi)
|
||||||
|
cpsi = dcos(psi)
|
||||||
|
|
||||||
|
stheta = dsin(theta)
|
||||||
|
sphi = dsin(phi)
|
||||||
|
spsi = dsin(psi)
|
||||||
|
|
||||||
|
r_mat(1,1) = ctheta*cphi*cpsi-sphi*spsi
|
||||||
|
r_mat(1,2) = -ctheta*cphi*spsi-sphi*cpsi
|
||||||
|
r_mat(1,3) = stheta*cphi
|
||||||
|
|
||||||
|
r_mat(2,1) = ctheta*sphi*cpsi+cphi*spsi
|
||||||
|
r_mat(2,2) = -ctheta*sphi*spsi+cphi*cpsi
|
||||||
|
r_mat(2,3) = stheta*sphi
|
||||||
|
|
||||||
|
r_mat(3,1) = -stheta*cpsi
|
||||||
|
r_mat(3,2) = stheta*spsi
|
||||||
|
r_mat(3,3) = ctheta
|
||||||
|
|
||||||
|
end
|
||||||
20
src/ao_extra_basis/uninstall
Executable file
20
src/ao_extra_basis/uninstall
Executable file
@ -0,0 +1,20 @@
|
|||||||
|
#!/bin/bash
|
||||||
|
|
||||||
|
# Check if the QP_ROOT environment variable is set.
|
||||||
|
if [[ -z ${QP_ROOT} ]]
|
||||||
|
then
|
||||||
|
print "The QP_ROOT environment variable is not set."
|
||||||
|
print "Please reload the quantum_package.rc file."
|
||||||
|
exit -1
|
||||||
|
fi
|
||||||
|
|
||||||
|
# list of the scripts to be used by the module
|
||||||
|
scripts_list="qp_copy_extra_basis qp_add_extra_fit_system qp_copy_extra_basis_to_usual_basis qp_fit_1s_basis"
|
||||||
|
|
||||||
|
# Destroy ONLY the symbolic link for the scripts to be used in the
|
||||||
|
# ${QP_ROOT}/scripts/ directory.
|
||||||
|
for i in $scripts_list
|
||||||
|
do
|
||||||
|
find ${QP_ROOT}/scripts/$i -type l -delete
|
||||||
|
done
|
||||||
|
|
||||||
56
src/extra_nuclei/EZFIO.cfg
Normal file
56
src/extra_nuclei/EZFIO.cfg
Normal file
@ -0,0 +1,56 @@
|
|||||||
|
[extra_nucl_num]
|
||||||
|
doc: Number of nuclei
|
||||||
|
type: integer
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[extra_nucl_pouet]
|
||||||
|
doc: Number of nuclei
|
||||||
|
type: integer
|
||||||
|
interface: ezfio, provider, ocaml
|
||||||
|
default:1
|
||||||
|
|
||||||
|
[extra_nucl_label]
|
||||||
|
doc: Nuclear labels
|
||||||
|
type: character*(32)
|
||||||
|
size: (extra_nuclei.extra_nucl_num)
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[extra_nucl_charge]
|
||||||
|
doc: Nuclear charges
|
||||||
|
type:double precision
|
||||||
|
size: (extra_nuclei.extra_nucl_num)
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[extra_nucl_coord]
|
||||||
|
doc: Nuclear coordinates in the format (:, {x,y,z})
|
||||||
|
type: double precision
|
||||||
|
size: (extra_nuclei.extra_nucl_num,3)
|
||||||
|
interface: ezfio
|
||||||
|
|
||||||
|
[extra_nucl_real_num]
|
||||||
|
doc: Number of real nuclei
|
||||||
|
type: integer
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[extra_nucl_fictious_num]
|
||||||
|
doc: Number of fictious nuclei
|
||||||
|
type: integer
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[extra_nucl_real_fictious_list]
|
||||||
|
doc: List of real nuclei to which fictious nuclei are attached to
|
||||||
|
type: integer
|
||||||
|
size: (extra_nuclei.extra_nucl_fictious_num)
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[extra_nucl_fictious_list]
|
||||||
|
doc: List of fictious nuclei
|
||||||
|
type: integer
|
||||||
|
size: (extra_nuclei.extra_nucl_fictious_num)
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
|
|
||||||
|
[extra_nucl_real_list]
|
||||||
|
doc: List of real nuclei
|
||||||
|
type: integer
|
||||||
|
size: (extra_nuclei.extra_nucl_real_num)
|
||||||
|
interface: ezfio, provider
|
||||||
3
src/extra_nuclei/NEED
Normal file
3
src/extra_nuclei/NEED
Normal file
@ -0,0 +1,3 @@
|
|||||||
|
ezfio_files
|
||||||
|
utils
|
||||||
|
nuclei
|
||||||
4
src/extra_nuclei/README.rst
Normal file
4
src/extra_nuclei/README.rst
Normal file
@ -0,0 +1,4 @@
|
|||||||
|
============
|
||||||
|
extra_nuclei
|
||||||
|
============
|
||||||
|
|
||||||
7
src/extra_nuclei/extra_nuclei.irp.f
Normal file
7
src/extra_nuclei/extra_nuclei.irp.f
Normal file
@ -0,0 +1,7 @@
|
|||||||
|
program extra_nuclei
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! TODO : Put the documentation of the program here
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
print *, 'Hello world'
|
||||||
|
end
|
||||||
138
src/extra_nuclei/nuclei.irp.f
Normal file
138
src/extra_nuclei/nuclei.irp.f
Normal file
@ -0,0 +1,138 @@
|
|||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, extra_nucl_coord, (extra_nucl_num,3) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Nuclear coordinates in the format (:, {x,y,z})
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
PROVIDE ezfio_filename extra_nucl_label extra_nucl_charge
|
||||||
|
|
||||||
|
if (mpi_master) then
|
||||||
|
double precision, allocatable :: buffer(:,:)
|
||||||
|
extra_nucl_coord = 0.d0
|
||||||
|
allocate (buffer(extra_nucl_num,3))
|
||||||
|
buffer = 0.d0
|
||||||
|
logical :: has
|
||||||
|
call ezfio_has_extra_nuclei_extra_nucl_coord(has)
|
||||||
|
if (.not.has) then
|
||||||
|
print *, irp_here
|
||||||
|
stop 1
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
call ezfio_get_extra_nuclei_extra_nucl_coord(buffer)
|
||||||
|
integer :: i,j
|
||||||
|
|
||||||
|
do i=1,3
|
||||||
|
do j=1,extra_nucl_num
|
||||||
|
extra_nucl_coord(j,i) = buffer(j,i)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
deallocate(buffer)
|
||||||
|
|
||||||
|
character*(64), parameter :: f = '(A16, 4(1X,F12.6))'
|
||||||
|
character*(64), parameter :: ft= '(A16, 4(1X,A12 ))'
|
||||||
|
double precision, parameter :: a0= 0.529177249d0
|
||||||
|
|
||||||
|
call write_time(6)
|
||||||
|
write(6,'(A)') ''
|
||||||
|
write(6,'(A)') 'Extra Nuclear Coordinates (Angstroms)'
|
||||||
|
write(6,'(A)') '====================================='
|
||||||
|
write(6,'(A)') ''
|
||||||
|
write(6,ft) &
|
||||||
|
'================','============','============','============','============'
|
||||||
|
write(6,*) &
|
||||||
|
' Atom Charge X Y Z '
|
||||||
|
write(6,ft) &
|
||||||
|
'================','============','============','============','============'
|
||||||
|
|
||||||
|
do i=1,extra_nucl_num
|
||||||
|
write(6,f) extra_nucl_label(i), extra_nucl_charge(i), &
|
||||||
|
extra_nucl_coord(i,1)*a0, &
|
||||||
|
extra_nucl_coord(i,2)*a0, &
|
||||||
|
extra_nucl_coord(i,3)*a0
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
write(6,ft) &
|
||||||
|
'================','============','============','============','============'
|
||||||
|
write(6,'(A)') ''
|
||||||
|
|
||||||
|
if (extra_nucl_num > 1) then
|
||||||
|
double precision :: dist_min, x, y, z
|
||||||
|
dist_min = huge(1.d0)
|
||||||
|
do i=1,extra_nucl_num
|
||||||
|
do j=i+1,extra_nucl_num
|
||||||
|
x = extra_nucl_coord(i,1)-extra_nucl_coord(j,1)
|
||||||
|
y = extra_nucl_coord(i,2)-extra_nucl_coord(j,2)
|
||||||
|
z = extra_nucl_coord(i,3)-extra_nucl_coord(j,3)
|
||||||
|
dist_min = min(x*x + y*y + z*z, dist_min)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
write(6,'(A,F12.4,A)') 'Minimal interatomic distance found: ', &
|
||||||
|
dsqrt(dist_min)*a0,' Angstrom'
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
|
||||||
|
IRP_IF MPI_DEBUG
|
||||||
|
print *, irp_here, mpi_rank
|
||||||
|
call MPI_BARRIER(MPI_COMM_WORLD, ierr)
|
||||||
|
IRP_ENDIF
|
||||||
|
IRP_IF MPI
|
||||||
|
include 'mpif.h'
|
||||||
|
integer :: ierr
|
||||||
|
call MPI_BCAST( extra_nucl_coord, 3*extra_nucl_num, MPI_DOUBLE_PRECISION, 0, MPI_COMM_WORLD, ierr)
|
||||||
|
if (ierr /= MPI_SUCCESS) then
|
||||||
|
stop 'Unable to read nucl_coord with MPI'
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
IRP_ENDIF
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, extra_nucl_coord_transp, (3,extra_nucl_num) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Transposed array of extra_nucl_coord
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i, k
|
||||||
|
extra_nucl_coord_transp = 0.d0
|
||||||
|
|
||||||
|
do i=1,extra_nucl_num
|
||||||
|
extra_nucl_coord_transp(1,i) = extra_nucl_coord(i,1)
|
||||||
|
extra_nucl_coord_transp(2,i) = extra_nucl_coord(i,2)
|
||||||
|
extra_nucl_coord_transp(3,i) = extra_nucl_coord(i,3)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, extra_center_of_mass, (3) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Center of mass of the molecule
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer :: i,j
|
||||||
|
double precision :: s
|
||||||
|
extra_center_of_mass(:) = 0.d0
|
||||||
|
s = 0.d0
|
||||||
|
do i=1,extra_nucl_num
|
||||||
|
do j=1,3
|
||||||
|
extra_center_of_mass(j) += extra_nucl_coord(i,j)* element_mass(int(extra_nucl_charge(i)))
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
s += element_mass(int(extra_nucl_charge(i)))
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
s = 1.d0/s
|
||||||
|
extra_center_of_mass(:) = extra_center_of_mass(:)*s
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END_PROVIDER
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BEGIN_PROVIDER [ double precision, extra_nucl_dist, (extra_nucl_num,extra_nucl_num)]
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implicit none
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integer :: i,j
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double precision :: x,y,z
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do i = 1, extra_nucl_num
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do j = 1, extra_nucl_num
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x = extra_nucl_coord(i,1)-extra_nucl_coord(j,1)
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y = extra_nucl_coord(i,2)-extra_nucl_coord(j,2)
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z = extra_nucl_coord(i,3)-extra_nucl_coord(j,3)
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extra_nucl_dist(j,i) = x*x+y*y+z*z
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extra_nucl_dist(j,i) = dsqrt(extra_nucl_dist(j,i))
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enddo
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enddo
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END_PROVIDER
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@ -22,13 +22,3 @@ BEGIN_PROVIDER [ double precision, mo_one_e_integrals,(mo_num,mo_num)]
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END_PROVIDER
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END_PROVIDER
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BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_one_e_integrals_from_mo, (ao_num, ao_num)]
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implicit none
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BEGIN_DOC
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! Integrals of the one e hamiltonian obtained from the integrals on the MO basis
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!
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! WARNING : this is equal to ao_one_e_integrals only if the AO and MO basis have the same number of functions
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END_DOC
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call mo_to_ao(mo_one_e_integrals,mo_num,ao_one_e_integrals_from_mo,ao_num)
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END_PROVIDER
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