mirror of
https://github.com/QuantumPackage/qp2.git
synced 2024-08-29 04:12:00 +02:00
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This commit is contained in:
parent
f4bff28cd1
commit
8e6603c85a
1258
docs/source/modules/ao_basis.rst
Normal file
1258
docs/source/modules/ao_basis.rst
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
2028
docs/source/modules/ao_one_e_ints.rst
Normal file
2028
docs/source/modules/ao_one_e_ints.rst
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
905
docs/source/modules/ao_two_e_erf_ints.rst
Normal file
905
docs/source/modules/ao_two_e_erf_ints.rst
Normal file
@ -0,0 +1,905 @@
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.. _module_ao_two_e_erf_ints:
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.. program:: ao_two_e_erf_ints
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.. default-role:: option
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ao_two_e_erf_ints
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======================
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Here, all two-electron integrals (:math:`erf(\mu r_{12})/r_{12}`) are computed.
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As they have 4 indices and many are zero, they are stored in a map, as defined
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in :file:`utils/map_module.f90`.
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The main parameter of this module is :option:`ao_two_e_erf_ints mu_erf` which is the range-separation parameter.
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To fetch an |AO| integral, use the
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`get_ao_two_e_integral_erf(i,j,k,l,ao_integrals_erf_map)` function.
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The conventions are:
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* For |AO| integrals : (ij|kl) = (11|22) = <ik|jl> = <12|12>
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EZFIO parameters
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----------------
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.. option:: io_ao_two_e_integrals_erf
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Read/Write |AO| integrals with the long range interaction from/to disk [ Write | Read | None ]
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Default: None
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.. option:: mu_erf
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cutting of the interaction in the range separated model
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Default: 0.5
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Providers
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---------
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.. c:var:: ao_integrals_erf_cache
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File : :file:`ao_two_e_erf_ints/map_integrals_erf.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision, allocatable :: ao_integrals_erf_cache (0:64*64*64*64)
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Cache of |AO| integrals for fast access
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_integrals_erf_cache_min`
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* :c:data:`ao_integrals_erf_map`
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* :c:data:`ao_two_e_integrals_erf_in_map`
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.. c:var:: ao_integrals_erf_cache_max
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File : :file:`ao_two_e_erf_ints/map_integrals_erf.irp.f`
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.. code:: fortran
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integer :: ao_integrals_erf_cache_min
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integer :: ao_integrals_erf_cache_max
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Min and max values of the AOs for which the integrals are in the cache
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_integrals_erf_cache`
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.. c:var:: ao_integrals_erf_cache_min
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File : :file:`ao_two_e_erf_ints/map_integrals_erf.irp.f`
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.. code:: fortran
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integer :: ao_integrals_erf_cache_min
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integer :: ao_integrals_erf_cache_max
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Min and max values of the AOs for which the integrals are in the cache
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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Needed by:
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.. hlist::
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|
:columns: 3
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* :c:data:`ao_integrals_erf_cache`
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.. c:var:: ao_integrals_erf_map
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File : :file:`ao_two_e_erf_ints/map_integrals_erf.irp.f`
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.. code:: fortran
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type(map_type) :: ao_integrals_erf_map
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|AO| integrals
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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Needed by:
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.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
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* :c:data:`ao_integrals_erf_cache`
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|
* :c:data:`ao_two_e_integrals_erf_in_map`
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|
* :c:data:`mo_two_e_int_erf_jj_from_ao`
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.. c:var:: ao_two_e_integral_erf_schwartz
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File : :file:`ao_two_e_erf_ints/providers_ao_erf.irp.f`
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|
.. code:: fortran
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double precision, allocatable :: ao_two_e_integral_erf_schwartz (ao_num,ao_num)
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|
Needed to compute Schwartz inequalities
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|
Needs:
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
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* :c:data:`ao_coef_normalized_ordered_transp`
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|
* :c:data:`ao_expo_ordered_transp`
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|
* :c:data:`ao_nucl`
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|
* :c:data:`ao_num`
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|
* :c:data:`ao_power`
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|
* :c:data:`ao_prim_num`
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|
* :c:data:`n_pt_max_integrals`
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|
* :c:data:`nucl_coord`
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|
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Needed by:
|
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.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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* :c:data:`mo_two_e_int_erf_jj_from_ao`
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.. c:var:: ao_two_e_integrals_erf_in_map
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File : :file:`ao_two_e_erf_ints/providers_ao_erf.irp.f`
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.. code:: fortran
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logical :: ao_two_e_integrals_erf_in_map
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Map of Atomic integrals
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i(r1) j(r2) 1/r12 k(r1) l(r2)
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Needs:
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.. hlist::
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|
:columns: 3
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* :c:data:`ao_coef_normalized_ordered_transp`
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|
* :c:data:`ao_expo_ordered_transp`
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|
* :c:data:`ao_integrals_erf_map`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_power`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_prim_num`
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||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
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|
* :c:data:`io_ao_two_e_integrals_erf`
|
||||||
|
* :c:data:`n_pt_max_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`nproc`
|
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|
* :c:data:`nucl_coord`
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|
* :c:data:`read_ao_two_e_integrals_erf`
|
||||||
|
* :c:data:`zmq_context`
|
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|
* :c:data:`zmq_socket_pull_tcp_address`
|
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|
* :c:data:`zmq_state`
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|
|
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Needed by:
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|
|
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
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|
* :c:data:`ao_integrals_erf_cache`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_int_erf_jj_from_ao`
|
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|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_erf_in_map`
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|
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|
.. c:function:: general_primitive_integral_erf:
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|
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|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/two_e_integrals_erf.irp.f`
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|
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|
.. code:: fortran
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|
|
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|
double precision function general_primitive_integral_erf(dim, &
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|
P_new,P_center,fact_p,p,p_inv,iorder_p, &
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|
Q_new,Q_center,fact_q,q,q_inv,iorder_q)
|
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|
|
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|
|
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|
Computes the integral <pq|rs> where p,q,r,s are Gaussian primitives
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|
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Needs:
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.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`mu_erf`
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|
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Calls:
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.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:func:`add_poly_multiply`
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* :c:func:`give_polynom_mult_center_x`
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|
* :c:func:`multiply_poly`
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|
Subroutines / functions
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-----------------------
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.. c:function:: ao_two_e_integral_erf:
|
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|
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|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/two_e_integrals_erf.irp.f`
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|
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.. code:: fortran
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|
double precision function ao_two_e_integral_erf(i,j,k,l)
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|
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integral of the AO basis <ik|jl> or (ij|kl)
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|
i(r1) j(r1) 1/r12 k(r2) l(r2)
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
* :c:data:`n_pt_max_integrals`
|
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|
* :c:data:`ao_coef_normalized_ordered_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_power`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_expo_ordered_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_prim_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:func:`give_explicit_poly_and_gaussian`
|
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|
|
||||||
|
|
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|
.. c:function:: ao_two_e_integral_schwartz_accel_erf:
|
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|
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|
|
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|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/two_e_integrals_erf.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
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|
|
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|
double precision function ao_two_e_integral_schwartz_accel_erf(i,j,k,l)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
integral of the AO basis <ik|jl> or (ij|kl)
|
||||||
|
i(r1) j(r1) 1/r12 k(r2) l(r2)
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`n_pt_max_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_threshold`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_coef_normalized_ordered_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_power`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_expo_ordered_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_prim_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:func:`give_explicit_poly_and_gaussian`
|
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|
.. c:function:: ao_two_e_integrals_erf_in_map_collector:
|
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|
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||||||
|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/integrals_erf_in_map_slave.irp.f`
|
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|
.. code:: fortran
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|
||||||
|
subroutine ao_two_e_integrals_erf_in_map_collector(zmq_socket_pull)
|
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|
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|
Collects results from the AO integral calculation
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_erf_map`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integrals_erf_in_map`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`end_zmq_to_qp_run_socket`
|
||||||
|
* :c:func:`insert_into_ao_integrals_erf_map`
|
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|
|
||||||
|
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|
.. c:function:: ao_two_e_integrals_erf_in_map_slave:
|
||||||
|
|
||||||
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|
||||||
|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/integrals_erf_in_map_slave.irp.f`
|
||||||
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|
||||||
|
.. code:: fortran
|
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|
|
||||||
|
subroutine ao_two_e_integrals_erf_in_map_slave(thread,iproc)
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|
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|
Computes a buffer of integrals
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|
|
||||||
|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ao_two_e_integrals_erf_in_map_slave_inproc`
|
||||||
|
* :c:func:`ao_two_e_integrals_erf_in_map_slave_tcp`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`compute_ao_integrals_erf_jl`
|
||||||
|
* :c:func:`end_zmq_push_socket`
|
||||||
|
* :c:func:`end_zmq_to_qp_run_socket`
|
||||||
|
* :c:func:`push_integrals`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: ao_two_e_integrals_erf_in_map_slave_inproc:
|
||||||
|
|
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|
|
||||||
|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/integrals_erf_in_map_slave.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine ao_two_e_integrals_erf_in_map_slave_inproc(i)
|
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|
|
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|
|
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|
Computes a buffer of integrals. i is the ID of the current thread.
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integrals_erf_in_map`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ao_two_e_integrals_erf_in_map_slave`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: ao_two_e_integrals_erf_in_map_slave_tcp:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/integrals_erf_in_map_slave.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine ao_two_e_integrals_erf_in_map_slave_tcp(i)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Computes a buffer of integrals. i is the ID of the current thread.
|
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Calls:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:func:`ao_two_e_integrals_erf_in_map_slave`
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.. c:function:: clear_ao_erf_map:
|
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File : :file:`ao_two_e_erf_ints/map_integrals_erf.irp.f`
|
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.. code:: fortran
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|
|
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|
subroutine clear_ao_erf_map
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|
Frees the memory of the |AO| map
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|
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|
Needs:
|
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|
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:data:`ao_integrals_erf_map`
|
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|
|
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|
Calls:
|
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|
|
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:func:`map_deinit`
|
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|
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|
.. c:function:: compute_ao_integrals_erf_jl:
|
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|
|
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|
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|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/two_e_integrals_erf.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
|
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|
|
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|
subroutine compute_ao_integrals_erf_jl(j,l,n_integrals,buffer_i,buffer_value)
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|
Parallel client for AO integrals
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|
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Needs:
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|
|
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.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`ao_overlap_abs`
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`ao_integrals_threshold`
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|
* :c:data:`ao_two_e_integral_erf_schwartz`
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|
|
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|
Called by:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:func:`ao_two_e_integrals_erf_in_map_slave`
|
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|
|
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|
Calls:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:func:`two_e_integrals_index`
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.. c:function:: compute_ao_two_e_integrals_erf:
|
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|
|
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|
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|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/two_e_integrals_erf.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
|
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|
|
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|
subroutine compute_ao_two_e_integrals_erf(j,k,l,sze,buffer_value)
|
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|
|
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|
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|
Compute AO 1/r12 integrals for all i and fixed j,k,l
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_overlap_abs`
|
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|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_erf_schwartz`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_int_erf_jj_from_ao`
|
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|
|
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|
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|
.. c:function:: dump_ao_integrals_erf:
|
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|
|
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|
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|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/map_integrals_erf.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
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|
|
||||||
|
subroutine dump_ao_integrals_erf(filename)
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|
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|
Save to disk the |AO| erf integrals
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:data:`ao_integrals_erf_map`
|
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|
|
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|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_work_empty`
|
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|
|
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|
|
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|
.. c:function:: eri_erf:
|
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|
|
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|
|
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|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/two_e_integrals_erf.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision function ERI_erf(alpha,beta,delta,gama,a_x,b_x,c_x,d_x,a_y,b_y,c_y,d_y,a_z,b_z,c_z,d_z)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
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|
Atomic primtive two-electron integral between the 4 primitives :
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|
* primitive 1 : $x_1^{a_x} y_1^{a_y} z_1^{a_z} \exp(-\alpha * r1^2)$
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|
* primitive 2 : $x_1^{b_x} y_1^{b_y} z_1^{b_z} \exp(- \beta * r1^2)$
|
||||||
|
* primitive 3 : $x_2^{c_x} y_2^{c_y} z_2^{c_z} \exp(-\delta * r2^2)$
|
||||||
|
* primitive 4 : $x_2^{d_x} y_2^{d_y} z_2^{d_z} \exp(-\gamma * r2^2)$
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mu_erf`
|
||||||
|
|
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|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`integrale_new_erf`
|
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|
|
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|
|
||||||
|
.. c:function:: get_ao_erf_map_size:
|
||||||
|
|
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|
|
||||||
|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/map_integrals_erf.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
|
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|
|
||||||
|
function get_ao_erf_map_size()
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
Returns the number of elements in the |AO| map
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||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_erf_map`
|
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|
|
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|
|
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|
.. c:function:: get_ao_two_e_integral_erf:
|
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|
|
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|
|
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|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/map_integrals_erf.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
|
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|
|
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|
double precision function get_ao_two_e_integral_erf(i,j,k,l,map) result(result)
|
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|
|
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|
|
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|
Gets one |AO| two-electron integral from the |AO| map
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_erf_cache_min`
|
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|
* :c:data:`ao_overlap_abs`
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|
* :c:data:`ao_integrals_threshold`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_erf_cache`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_erf_schwartz`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integrals_erf_in_map`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`map_get`
|
||||||
|
* :c:func:`two_e_integrals_index`
|
||||||
|
|
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|
|
||||||
|
.. c:function:: get_ao_two_e_integrals_erf:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/map_integrals_erf.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine get_ao_two_e_integrals_erf(j,k,l,sze,out_val)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
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|
Gets multiple |AO| two-electron integral from the |AO| map .
|
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|
All i are retrieved for j,k,l fixed.
|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_erf_map`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_overlap_abs`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_threshold`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integrals_erf_in_map`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`add_integrals_to_map_erf`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: get_ao_two_e_integrals_erf_non_zero:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/map_integrals_erf.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine get_ao_two_e_integrals_erf_non_zero(j,k,l,sze,out_val,out_val_index,non_zero_int)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Gets multiple |AO| two-electron integrals from the |AO| map .
|
||||||
|
All non-zero i are retrieved for j,k,l fixed.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_erf_map`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_overlap_abs`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_threshold`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_erf_schwartz`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integrals_erf_in_map`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_int_erf_jj_from_ao`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`map_get`
|
||||||
|
* :c:func:`two_e_integrals_index`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: insert_into_ao_integrals_erf_map:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/map_integrals_erf.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine insert_into_ao_integrals_erf_map(n_integrals,buffer_i, buffer_values)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Create new entry into |AO| map
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_erf_map`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ao_two_e_integrals_erf_in_map_collector`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`map_append`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: integrale_new_erf:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/two_e_integrals_erf.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine integrale_new_erf(I_f,a_x,b_x,c_x,d_x,a_y,b_y,c_y,d_y,a_z,b_z,c_z,d_z,p,q,n_pt)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Calculate the integral of the polynomial :
|
||||||
|
|
||||||
|
$I_x1(a_x+b_x, c_x+d_x,p,q) \, I_x1(a_y+b_y, c_y+d_y,p,q) \, I_x1(a_z+b_z, c_z+d_z,p,q)$
|
||||||
|
|
||||||
|
between $( 0 ; 1)$
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mu_erf`
|
||||||
|
* :c:data:`n_pt_max_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`gauleg_t2`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`eri_erf`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`i_x1_new`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: load_ao_integrals_erf:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/map_integrals_erf.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer function load_ao_integrals_erf(filename)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Read from disk the |AO| erf integrals
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_erf_map`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`cache_map_reallocate`
|
||||||
|
* :c:func:`map_deinit`
|
||||||
|
* :c:func:`map_sort`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: save_erf_two_e_integrals_ao:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/routines_save_integrals_erf.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine save_erf_two_e_integrals_ao
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_erf_map`
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integrals_erf_in_map`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`routine`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_ao_two_e_erf_ints_io_ao_two_e_integrals_erf`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_work_empty`
|
||||||
|
* :c:func:`map_save_to_disk`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: save_erf_two_e_ints_ao_into_ints_ao:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`ao_two_e_erf_ints/routines_save_integrals_erf.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine save_erf_two_e_ints_ao_into_ints_ao
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_erf_map`
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integrals_erf_in_map`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_ao_two_e_ints_io_ao_two_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_work_empty`
|
||||||
|
* :c:func:`map_save_to_disk`
|
||||||
|
|
1285
docs/source/modules/ao_two_e_ints.rst
Normal file
1285
docs/source/modules/ao_two_e_ints.rst
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
52
docs/source/modules/aux_quantities.rst
Normal file
52
docs/source/modules/aux_quantities.rst
Normal file
@ -0,0 +1,52 @@
|
|||||||
|
.. _module_aux_quantities:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: aux_quantities
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
==============
|
||||||
|
aux_quantities
|
||||||
|
==============
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
This module contains some global variables (such as densities and energies)
|
||||||
|
which are stored in the EZFIO folder in a different place than determinants.
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This is used in practice to store density matrices which can be obtained from
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any methods, as long as they are stored in the same MO basis which is used for
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the calculations. In |RSDFT| calculations, this can be done to perform damping
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on the density in order to speed up convergence.
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The main providers of that module are:
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* `data_one_e_dm_alpha_mo` and `data_one_e_dm_beta_mo` which are the
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one-body alpha and beta densities which are necessary read from the EZFIO
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folder.
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Thanks to these providers you can use any density matrix that does not
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necessary corresponds to that of the current wave function.
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EZFIO parameters
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----------------
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.. option:: data_energy_var
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Variational energy computed with the wave function
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.. option:: data_energy_proj
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Projected energy computed with the wave function
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.. option:: data_one_e_dm_alpha_mo
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Alpha one body density matrix on the |MO| basis computed with the wave function
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.. option:: data_one_e_dm_beta_mo
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Beta one body density matrix on the |MO| basis computed with the wave function
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833
docs/source/modules/becke_numerical_grid.rst
Normal file
833
docs/source/modules/becke_numerical_grid.rst
Normal file
@ -0,0 +1,833 @@
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.. _module_becke_numerical_grid:
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.. program:: becke_numerical_grid
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.. default-role:: option
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becke_numerical_grid
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This module contains all quantities needed to build Becke's grid used in general for DFT integration. Note that it can be used for whatever integration in R^3 as long as the functions to be integrated are mostly concentrated near the atomic regions.
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This grid is built as the reunion of a spherical grid around each atom. Each spherical grid contains
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a certain number of radial and angular points. No pruning is done on the angular part of the grid.
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The main keyword for that module is:
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* :option:`becke_numerical_grid grid_type_sgn` which controls the precision of the grid according the standard **SG-n** grids. This keyword controls the two providers `n_points_integration_angular` `n_points_radial_grid`.
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The main providers of that module are:
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* `n_points_integration_angular` which is the number of angular integration points. WARNING: it obeys to specific rules so it cannot be any integer number. Some of the possible values are [ 50 | 74 | 170 | 194 | 266 | 302 | 590 | 1202 | 2030 | 5810 ] for instance. See :file:`angular.f` for more details.
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* `n_points_radial_grid` which is the number of radial angular points. This can be any strictly positive integer. Nevertheless, a minimum of 50 is in general necessary.
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* `final_grid_points` which are the (x,y,z) coordinates of the grid points.
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* `final_weight_at_r_vector` which are the weights at each grid point
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For a simple example of how to use the grid, see :file:`example.irp.f`.
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The spherical integration uses Lebedev-Laikov grids, which was used from the code distributed through CCL (http://www.ccl.net/).
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See next section for explanations and citation policies.
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.. code-block:: text
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This subroutine is part of a set of subroutines that generate
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Lebedev grids [1-6] for integration on a sphere. The original
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C-code [1] was kindly provided by Dr. Dmitri N. Laikov and
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translated into fortran by Dr. Christoph van Wuellen.
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This subroutine was translated using a C to fortran77 conversion
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tool written by Dr. Christoph van Wuellen.
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Users of this code are asked to include reference [1] in their
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publications, and in the user- and programmers-manuals
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describing their codes.
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This code was distributed through CCL (http://www.ccl.net/).
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[1] V.I. Lebedev, and D.N. Laikov
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"A quadrature formula for the sphere of the 131st
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algebraic order of accuracy"
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Doklady Mathematics, Vol. 59, No. 3, 1999, pp. 477-481.
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[2] V.I. Lebedev
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"A quadrature formula for the sphere of 59th algebraic
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|
order of accuracy"
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|
Russian Acad. Sci. Dokl. Math., Vol. 50, 1995, pp. 283-286.
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|
[3] V.I. Lebedev, and A.L. Skorokhodov
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|
"Quadrature formulas of orders 41, 47, and 53 for the sphere"
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|
Russian Acad. Sci. Dokl. Math., Vol. 45, 1992, pp. 587-592.
|
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|
[4] V.I. Lebedev
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||||||
|
"Spherical quadrature formulas exact to orders 25-29"
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||||||
|
Siberian Mathematical Journal, Vol. 18, 1977, pp. 99-107.
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|
[5] V.I. Lebedev
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|
"Quadratures on a sphere"
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|
Computational Mathematics and Mathematical Physics, Vol. 16,
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|
1976, pp. 10-24.
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|
[6] V.I. Lebedev
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|
"Values of the nodes and weights of ninth to seventeenth
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|
order Gauss-Markov quadrature formulae invariant under the
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|
octahedron group with inversion"
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|
Computational Mathematics and Mathematical Physics, Vol. 15,
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|
1975, pp. 44-51.
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EZFIO parameters
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----------------
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.. option:: grid_type_sgn
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Type of grid used for the Becke's numerical grid. Can be, by increasing accuracy: [ 0 | 1 | 2 | 3 ]
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Default: 2
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Providers
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---------
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.. c:var:: alpha_knowles
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File : :file:`becke_numerical_grid/integration_radial.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision, allocatable :: alpha_knowles (100)
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Recommended values for the alpha parameters according to the paper of Knowles (JCP, 104, 1996)
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as a function of the nuclear charge
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`final_weight_at_r`
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* :c:data:`grid_points_per_atom`
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.. c:var:: angular_quadrature_points
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File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
double precision, allocatable :: angular_quadrature_points (n_points_integration_angular,3)
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double precision, allocatable :: weights_angular_points (n_points_integration_angular)
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weights and grid points for the integration on the angular variables on
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the unit sphere centered on (0,0,0)
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According to the LEBEDEV scheme
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`n_points_radial_grid`
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Needed by:
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.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`final_weight_at_r`
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* :c:data:`grid_points_per_atom`
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|
.. c:var:: dr_radial_integral
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File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
double precision, allocatable :: grid_points_radial (n_points_radial_grid)
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double precision :: dr_radial_integral
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points in [0,1] to map the radial integral [0,\infty]
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Needs:
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`n_points_radial_grid`
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Needed by:
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.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`final_weight_at_r`
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|
* :c:data:`grid_points_per_atom`
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|
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|
.. c:var:: final_grid_points
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|
File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke_vector.irp.f`
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|
.. code:: fortran
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|
double precision, allocatable :: final_grid_points (3,n_points_final_grid)
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|
double precision, allocatable :: final_weight_at_r_vector (n_points_final_grid)
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||||||
|
integer, allocatable :: index_final_points (3,n_points_final_grid)
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|
integer, allocatable :: index_final_points_reverse (n_points_integration_angular,n_points_radial_grid,nucl_num)
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|
final_grid_points(1:3,j) = (/ x, y, z /) of the jth grid point
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|
final_weight_at_r_vector(i) = Total weight function of the ith grid point which contains the Lebedev, Voronoi and radial weights contributions
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|
index_final_points(1:3,i) = gives the angular, radial and atomic indices associated to the ith grid point
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|
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|
index_final_points_reverse(i,j,k) = index of the grid point having i as angular, j as radial and l as atomic indices
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|
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|
Needs:
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|
|
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:data:`final_weight_at_r`
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* :c:data:`grid_points_per_atom`
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|
* :c:data:`n_points_final_grid`
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|
* :c:data:`n_points_radial_grid`
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|
* :c:data:`nucl_num`
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|
|
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|
Needed by:
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|
|
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
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|
* :c:data:`aos_grad_in_r_array`
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|
* :c:data:`aos_in_r_array`
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|
* :c:data:`aos_lapl_in_r_array`
|
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|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_lda_w`
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|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_pbe_w`
|
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|
* :c:data:`aos_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_sr_x_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_sr_x_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`mos_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
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|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
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|
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|
|
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|
.. c:var:: final_weight_at_r
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|
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|
File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke.irp.f`
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|
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|
.. code:: fortran
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|
double precision, allocatable :: final_weight_at_r (n_points_integration_angular,n_points_radial_grid,nucl_num)
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Total weight on each grid point which takes into account all Lebedev, Voronoi and radial weights.
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|
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Needs:
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`alpha_knowles`
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* :c:data:`angular_quadrature_points`
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* :c:data:`grid_points_radial`
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|
* :c:data:`m_knowles`
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|
* :c:data:`n_points_radial_grid`
|
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|
* :c:data:`nucl_charge`
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|
* :c:data:`nucl_num`
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||||||
|
* :c:data:`weight_at_r`
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|
|
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|
Needed by:
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
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|
* :c:data:`final_grid_points`
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||||||
|
* :c:data:`n_points_final_grid`
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|
.. c:var:: final_weight_at_r_vector
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File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke_vector.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
double precision, allocatable :: final_grid_points (3,n_points_final_grid)
|
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|
double precision, allocatable :: final_weight_at_r_vector (n_points_final_grid)
|
||||||
|
integer, allocatable :: index_final_points (3,n_points_final_grid)
|
||||||
|
integer, allocatable :: index_final_points_reverse (n_points_integration_angular,n_points_radial_grid,nucl_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
final_grid_points(1:3,j) = (/ x, y, z /) of the jth grid point
|
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|
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||||||
|
final_weight_at_r_vector(i) = Total weight function of the ith grid point which contains the Lebedev, Voronoi and radial weights contributions
|
||||||
|
|
||||||
|
index_final_points(1:3,i) = gives the angular, radial and atomic indices associated to the ith grid point
|
||||||
|
|
||||||
|
index_final_points_reverse(i,j,k) = index of the grid point having i as angular, j as radial and l as atomic indices
|
||||||
|
|
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|
Needs:
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`final_weight_at_r`
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|
* :c:data:`grid_points_per_atom`
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|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_radial_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
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|
Needed by:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`aos_grad_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_lapl_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_sr_x_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_sr_x_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`mos_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
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|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
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|
|
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|
|
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|
.. c:var:: grid_points_per_atom
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|
File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
double precision, allocatable :: grid_points_per_atom (3,n_points_integration_angular,n_points_radial_grid,nucl_num)
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|
x,y,z coordinates of grid points used for integration in 3d space
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|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`alpha_knowles`
|
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|
* :c:data:`angular_quadrature_points`
|
||||||
|
* :c:data:`grid_points_radial`
|
||||||
|
* :c:data:`m_knowles`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_radial_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
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|
|
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|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`final_grid_points`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_in_r`
|
||||||
|
* :c:data:`weight_at_r`
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: grid_points_radial
|
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|
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||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: grid_points_radial (n_points_radial_grid)
|
||||||
|
double precision :: dr_radial_integral
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|
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||||||
|
points in [0,1] to map the radial integral [0,\infty]
|
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|
|
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|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_radial_grid`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
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||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
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|
* :c:data:`final_weight_at_r`
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|
* :c:data:`grid_points_per_atom`
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|
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|
|
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|
.. c:var:: index_final_points
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|
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|
File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke_vector.irp.f`
|
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.. code:: fortran
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|
||||||
|
double precision, allocatable :: final_grid_points (3,n_points_final_grid)
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|
double precision, allocatable :: final_weight_at_r_vector (n_points_final_grid)
|
||||||
|
integer, allocatable :: index_final_points (3,n_points_final_grid)
|
||||||
|
integer, allocatable :: index_final_points_reverse (n_points_integration_angular,n_points_radial_grid,nucl_num)
|
||||||
|
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|
|
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|
final_grid_points(1:3,j) = (/ x, y, z /) of the jth grid point
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|
final_weight_at_r_vector(i) = Total weight function of the ith grid point which contains the Lebedev, Voronoi and radial weights contributions
|
||||||
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|
||||||
|
index_final_points(1:3,i) = gives the angular, radial and atomic indices associated to the ith grid point
|
||||||
|
|
||||||
|
index_final_points_reverse(i,j,k) = index of the grid point having i as angular, j as radial and l as atomic indices
|
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|
Needs:
|
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`final_weight_at_r`
|
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* :c:data:`grid_points_per_atom`
|
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* :c:data:`n_points_final_grid`
|
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* :c:data:`n_points_radial_grid`
|
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* :c:data:`nucl_num`
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|
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Needed by:
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.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
|
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|
* :c:data:`aos_grad_in_r_array`
|
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|
* :c:data:`aos_in_r_array`
|
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|
* :c:data:`aos_lapl_in_r_array`
|
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|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_sr_x_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_sr_x_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`mos_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
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|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
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|
|
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|
.. c:var:: index_final_points_reverse
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|
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|
File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke_vector.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
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||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: final_grid_points (3,n_points_final_grid)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: final_weight_at_r_vector (n_points_final_grid)
|
||||||
|
integer, allocatable :: index_final_points (3,n_points_final_grid)
|
||||||
|
integer, allocatable :: index_final_points_reverse (n_points_integration_angular,n_points_radial_grid,nucl_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
final_grid_points(1:3,j) = (/ x, y, z /) of the jth grid point
|
||||||
|
|
||||||
|
final_weight_at_r_vector(i) = Total weight function of the ith grid point which contains the Lebedev, Voronoi and radial weights contributions
|
||||||
|
|
||||||
|
index_final_points(1:3,i) = gives the angular, radial and atomic indices associated to the ith grid point
|
||||||
|
|
||||||
|
index_final_points_reverse(i,j,k) = index of the grid point having i as angular, j as radial and l as atomic indices
|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
||||||
|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:data:`final_weight_at_r`
|
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|
* :c:data:`grid_points_per_atom`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_radial_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
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|
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|
Needed by:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:data:`aos_grad_in_r_array`
|
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|
* :c:data:`aos_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_lapl_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_sr_x_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_sr_x_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`mos_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
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|
|
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|
|
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|
.. c:var:: m_knowles
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|
|
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|
File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke.irp.f`
|
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|
.. code:: fortran
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|
integer :: m_knowles
|
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|
value of the "m" parameter in the equation (7) of the paper of Knowles (JCP, 104, 1996)
|
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|
|
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|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`final_weight_at_r`
|
||||||
|
* :c:data:`grid_points_per_atom`
|
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|
|
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|
|
||||||
|
.. c:var:: n_points_final_grid
|
||||||
|
|
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|
|
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|
File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke_vector.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: n_points_final_grid
|
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|
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|
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|
Number of points which are non zero
|
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`final_weight_at_r`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_radial_grid`
|
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|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
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|
Needed by:
|
||||||
|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`aos_grad_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_lapl_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_sr_x_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_sr_x_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`final_grid_points`
|
||||||
|
* :c:data:`mos_grad_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`mos_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`mos_lapl_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_sr_c_alpha_ao_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_sr_x_alpha_ao_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_sr_x_alpha_ao_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_x_alpha_ao_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_x_alpha_ao_pbe`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: n_points_grid_per_atom
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: n_points_grid_per_atom
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Number of grid points per atom
|
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_radial_grid`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: n_points_integration_angular
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: n_points_radial_grid
|
||||||
|
integer :: n_points_integration_angular
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
n_points_radial_grid = number of radial grid points per atom
|
||||||
|
|
||||||
|
n_points_integration_angular = number of angular grid points per atom
|
||||||
|
|
||||||
|
These numbers are automatically set by setting the grid_type_sgn parameter
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`grid_type_sgn`
|
||||||
|
|
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|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`angular_quadrature_points`
|
||||||
|
* :c:data:`final_grid_points`
|
||||||
|
* :c:data:`final_weight_at_r`
|
||||||
|
* :c:data:`grid_points_per_atom`
|
||||||
|
* :c:data:`grid_points_radial`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_grid_per_atom`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_in_r`
|
||||||
|
* :c:data:`weight_at_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: n_points_radial_grid
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: n_points_radial_grid
|
||||||
|
integer :: n_points_integration_angular
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
n_points_radial_grid = number of radial grid points per atom
|
||||||
|
|
||||||
|
n_points_integration_angular = number of angular grid points per atom
|
||||||
|
|
||||||
|
These numbers are automatically set by setting the grid_type_sgn parameter
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`grid_type_sgn`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`angular_quadrature_points`
|
||||||
|
* :c:data:`final_grid_points`
|
||||||
|
* :c:data:`final_weight_at_r`
|
||||||
|
* :c:data:`grid_points_per_atom`
|
||||||
|
* :c:data:`grid_points_radial`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_grid_per_atom`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_in_r`
|
||||||
|
* :c:data:`weight_at_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: weight_at_r
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: weight_at_r (n_points_integration_angular,n_points_radial_grid,nucl_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Weight function at grid points : w_n(r) according to the equation (22)
|
||||||
|
of Becke original paper (JCP, 88, 1988)
|
||||||
|
|
||||||
|
The "n" discrete variable represents the nucleis which in this array is
|
||||||
|
represented by the last dimension and the points are labelled by the
|
||||||
|
other dimensions.
|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`grid_points_per_atom`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_radial_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_dist_inv`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
* :c:data:`slater_bragg_type_inter_distance_ua`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`final_weight_at_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: weights_angular_points
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`becke_numerical_grid/grid_becke.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: angular_quadrature_points (n_points_integration_angular,3)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: weights_angular_points (n_points_integration_angular)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
weights and grid points for the integration on the angular variables on
|
||||||
|
the unit sphere centered on (0,0,0)
|
||||||
|
According to the LEBEDEV scheme
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_radial_grid`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`final_weight_at_r`
|
||||||
|
* :c:data:`grid_points_per_atom`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Subroutines / functions
|
||||||
|
-----------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: cell_function_becke:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`becke_numerical_grid/step_function_becke.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision function cell_function_becke(r,atom_number)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
atom_number :: atom on which the cell function of Becke (1988, JCP,88(4))
|
||||||
|
r(1:3) :: x,y,z coordinantes of the current point
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_dist_inv`
|
||||||
|
* :c:data:`slater_bragg_type_inter_distance_ua`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: derivative_knowles_function:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`becke_numerical_grid/integration_radial.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision function derivative_knowles_function(alpha,m,x)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Derivative of the function proposed by Knowles (JCP, 104, 1996) for distributing the radial points
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: example_becke_numerical_grid:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`becke_numerical_grid/example.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine example_becke_numerical_grid
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine that illustrates the main features available in becke_numerical_grid
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`final_weight_at_r`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_radial_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`grid_points_per_atom`
|
||||||
|
* :c:data:`final_grid_points`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: f_function_becke:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`becke_numerical_grid/step_function_becke.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision function f_function_becke(x)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: knowles_function:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`becke_numerical_grid/integration_radial.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
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|
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double precision function knowles_function(alpha,m,x)
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Function proposed by Knowles (JCP, 104, 1996) for distributing the radial points :
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the Log "m" function ( equation (7) in the paper )
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.. c:function:: step_function_becke:
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File : :file:`becke_numerical_grid/step_function_becke.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision function step_function_becke(x)
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Step function of the Becke paper (1988, JCP,88(4))
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|
3489
docs/source/modules/bitmask.rst
Normal file
3489
docs/source/modules/bitmask.rst
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
2269
docs/source/modules/cipsi.rst
Normal file
2269
docs/source/modules/cipsi.rst
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
280
docs/source/modules/cis.rst
Normal file
280
docs/source/modules/cis.rst
Normal file
@ -0,0 +1,280 @@
|
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|
.. _module_cis:
|
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.. program:: cis
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.. default-role:: option
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|
===
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|
cis
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|
===
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This module contains a |CIS| program.
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The user point of view
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----------------------
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The :ref:`cis` program performs the CI to obtain the ROHF reference + all
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single excitations on top of it. This program can be very useful to:
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* **Ground state calculations**: generate a guess for the ground state wave
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function if one is not sure that the :ref:`scf` program gave the lowest |SCF|
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solution. In combination with :ref:`save_natorb` it can produce new |MOs| in
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|
order to reperform an :ref:`scf` optimization.
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|
* **Excited states calculations**: generate guesses for all the
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|
:option:`determinants n_states` wave functions, that will be used by the
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:ref:`fci` program.
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The main keywords/options to be used are:
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* :option:`determinants n_states`: number of states to consider for the |CIS| calculation
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* :option:`determinants s2_eig`: force all states to have the desired value of |S^2|
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* :option:`determinants expected_s2`: desired value of |S^2|
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The programmer's point of view
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------------------------------
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This module was built by setting the following rules:
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* The only generator determinant is the Hartree-Fock (single-reference method)
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* All generated singly excited determinants are included in the wave function (no perturbative
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selection)
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These rules are set in the ``H_apply.irp.f`` file.
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EZFIO parameters
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----------------
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.. option:: energy
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Variational |CIS| energy
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Programs
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--------
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* :ref:`cis`
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Subroutines / functions
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-----------------------
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.. c:function:: h_apply_cis:
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File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
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.. code:: fortran
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subroutine H_apply_cis()
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Calls H_apply on the |HF| determinant and selects all connected single and double
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excitations (of the same symmetry). Auto-generated by the ``generate_h_apply`` script.
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`psi_coef`
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* :c:data:`n_states`
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|
* :c:data:`generators_bitmask`
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|
* :c:data:`mo_num`
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||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`h_apply_buffer_allocated`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`s2_eig`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`i_bitmask_gen`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_generators`
|
||||||
|
|
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|
Calls:
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.. hlist::
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||||||
|
:columns: 3
|
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|
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|
* :c:func:`build_fock_tmp`
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|
* :c:func:`copy_h_apply_buffer_to_wf`
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|
* :c:func:`dsort`
|
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|
* :c:func:`h_apply_cis_diexc`
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|
* :c:func:`h_apply_cis_monoexc`
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||||||
|
* :c:func:`make_s2_eigenfunction`
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|
* :c:func:`wall_time`
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|
|
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|
Touches:
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
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|
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
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|
* :c:data:`c0_weight`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted_bit`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_size`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted_bit`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: h_apply_cis_diexc:
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|
|
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|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
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|
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|
.. code:: fortran
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|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cis_diexc(key_in, key_prev, hole_1,particl_1, hole_2, particl_2, fock_diag_tmp, i_generator, iproc_in )
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|
|
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|
|
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|
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|
Needs:
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|
|
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.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
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|
* :c:data:`n_det`
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|
* :c:data:`mo_num`
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||||||
|
|
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|
Called by:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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|
|
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|
* :c:func:`h_apply_cis`
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|
|
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|
Calls:
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
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|
* :c:func:`h_apply_cis_diexcp`
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|
.. c:function:: h_apply_cis_diexcorg:
|
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|
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|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
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|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cis_diexcOrg(key_in,key_mask,hole_1,particl_1,hole_2, particl_2, fock_diag_tmp, i_generator, iproc_in )
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Generate all double excitations of key_in using the bit masks of holes and
|
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|
particles.
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|
Assume N_int is already provided.
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|
|
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Needs:
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|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
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|
* :c:data:`elec_alpha_num`
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|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
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|
Called by:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis_diexcp`
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|
|
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|
Calls:
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|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`bitstring_to_list_ab`
|
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|
* :c:func:`fill_h_apply_buffer_no_selection`
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|
|
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|
.. c:function:: h_apply_cis_diexcp:
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||||||
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
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|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cis_diexcP(key_in, fs1, fh1, particl_1, fs2, fh2, particl_2, fock_diag_tmp, i_generator, iproc_in )
|
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|
|
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|
|
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Needs:
|
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|
|
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.. hlist::
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:columns: 3
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|
* :c:data:`n_int`
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|
* :c:data:`n_det`
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|
* :c:data:`mo_num`
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|
|
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|
Called by:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis_diexc`
|
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|
|
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|
Calls:
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|
|
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
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|
* :c:func:`h_apply_cis_diexcorg`
|
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|
|
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|
|
||||||
|
.. c:function:: h_apply_cis_monoexc:
|
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|
|
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|
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|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
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|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cis_monoexc(key_in, hole_1,particl_1,fock_diag_tmp,i_generator,iproc_in )
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Generate all single excitations of key_in using the bit masks of holes and
|
||||||
|
particles.
|
||||||
|
Assume N_int is already provided.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cis`
|
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|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`bitstring_to_list_ab`
|
||||||
|
* :c:func:`fill_h_apply_buffer_no_selection`
|
||||||
|
|
273
docs/source/modules/cisd.rst
Normal file
273
docs/source/modules/cisd.rst
Normal file
@ -0,0 +1,273 @@
|
|||||||
|
.. _module_cisd:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: cisd
|
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|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
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|
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|
====
|
||||||
|
cisd
|
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|
====
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|
|
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|
This module contains a CI of single and double excitations.
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|
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|
The user point of view
|
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|
----------------------
|
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|
|
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|
The :command:`cisd` program performs the CI of the ROHF-like + all single and double excitations on top of it.
|
||||||
|
This program can be very useful to :
|
||||||
|
|
||||||
|
* **Ground state calculations**: generate a guess for the ground state wave function if one is not sure that the :c:func:`scf` program gave the lowest SCF solution. In combination with :c:func:`save_natorb` it can produce new |MOs| in order to reperform an :c:func:`scf` optimization.
|
||||||
|
|
||||||
|
* **Excited states calculations**: generate guess for all the :option:`determinants n_states` wave functions, that will be used by the :c:func:`fci` program.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
The main keywords/options to be used are:
|
||||||
|
|
||||||
|
* :option:`determinants n_states` : number of states to consider for the |cisd| calculation
|
||||||
|
|
||||||
|
* :option:`determinants s2_eig` : force all states to have the desired value of :math:`S^2`
|
||||||
|
|
||||||
|
* :option:`determinants expected_s2` : desired value of :math:`S^2`
|
||||||
|
|
||||||
|
The programmer point of view
|
||||||
|
----------------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
This module have been built by setting the following rules:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
* The only generator determinant is the Hartree-Fock (single-reference method)
|
||||||
|
* All generated determinants are included in the wave function (no perturbative
|
||||||
|
selection)
|
||||||
|
|
||||||
|
These rules are set in the ``H_apply.irp.f`` file.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
EZFIO parameters
|
||||||
|
----------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: energy
|
||||||
|
|
||||||
|
Variational |CISD| energy
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Programs
|
||||||
|
--------
|
||||||
|
|
||||||
|
* :ref:`cisd`
|
||||||
|
|
||||||
|
Subroutines / functions
|
||||||
|
-----------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: h_apply_cisd:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
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|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cisd()
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls H_apply on the |HF| determinant and selects all connected single and double
|
||||||
|
excitations (of the same symmetry). Auto-generated by the ``generate_h_apply`` script.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`psi_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`generators_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`h_apply_buffer_allocated`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`s2_eig`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`i_bitmask_gen`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_generators`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`build_fock_tmp`
|
||||||
|
* :c:func:`copy_h_apply_buffer_to_wf`
|
||||||
|
* :c:func:`dsort`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_diexc`
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_monoexc`
|
||||||
|
* :c:func:`make_s2_eigenfunction`
|
||||||
|
* :c:func:`wall_time`
|
||||||
|
|
||||||
|
Touches:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
||||||
|
* :c:data:`c0_weight`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted_bit`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_size`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted_bit`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_occ_pattern`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: h_apply_cisd_diexc:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine H_apply_cisd_diexc(key_in, key_prev, hole_1,particl_1, hole_2, particl_2, fock_diag_tmp, i_generator, iproc_in )
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_diexcp`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
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.. c:function:: h_apply_cisd_diexcorg:
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File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
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.. code:: fortran
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|
||||||
|
subroutine H_apply_cisd_diexcOrg(key_in,key_mask,hole_1,particl_1,hole_2, particl_2, fock_diag_tmp, i_generator, iproc_in )
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Generate all double excitations of key_in using the bit masks of holes and
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|
particles.
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Assume N_int is already provided.
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`n_int`
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* :c:data:`elec_alpha_num`
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* :c:data:`mo_num`
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Called by:
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.. hlist::
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|
:columns: 3
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* :c:func:`h_apply_cisd_diexcp`
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Calls:
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
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* :c:func:`bitstring_to_list_ab`
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|
* :c:func:`fill_h_apply_buffer_no_selection`
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|
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|
.. c:function:: h_apply_cisd_diexcp:
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File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
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.. code:: fortran
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||||||
|
subroutine H_apply_cisd_diexcP(key_in, fs1, fh1, particl_1, fs2, fh2, particl_2, fock_diag_tmp, i_generator, iproc_in )
|
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`n_int`
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* :c:data:`n_det`
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* :c:data:`mo_num`
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|
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Called by:
|
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|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
* :c:func:`h_apply_cisd_diexc`
|
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|
|
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|
Calls:
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|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd_diexcorg`
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|
.. c:function:: h_apply_cisd_monoexc:
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|
File : :file:`h_apply.irp.f_shell_8`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
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||||||
|
subroutine H_apply_cisd_monoexc(key_in, hole_1,particl_1,fock_diag_tmp,i_generator,iproc_in )
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Generate all single excitations of key_in using the bit masks of holes and
|
||||||
|
particles.
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|
Assume N_int is already provided.
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|
|
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|
Needs:
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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|
* :c:data:`n_int`
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|
* :c:data:`elec_alpha_num`
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|
* :c:data:`mo_num`
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||||||
|
|
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|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:func:`h_apply_cisd`
|
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|
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|
Calls:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
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|
* :c:func:`bitstring_to_list_ab`
|
||||||
|
* :c:func:`fill_h_apply_buffer_no_selection`
|
||||||
|
|
1788
docs/source/modules/davidson.rst
Normal file
1788
docs/source/modules/davidson.rst
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
13
docs/source/modules/davidson_dressed.rst
Normal file
13
docs/source/modules/davidson_dressed.rst
Normal file
@ -0,0 +1,13 @@
|
|||||||
|
.. _module_davidson_dressed:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: davidson_dressed
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|
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|
.. default-role:: option
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|
================
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|
davidson_dressed
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|
================
|
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|
|
||||||
|
Davidson with single-column dressing.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
75
docs/source/modules/davidson_undressed.rst
Normal file
75
docs/source/modules/davidson_undressed.rst
Normal file
@ -0,0 +1,75 @@
|
|||||||
|
.. _module_davidson_undressed:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: davidson_undressed
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|
|
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|
.. default-role:: option
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|
==================
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|
davidson_undressed
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|
==================
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|
Module for main files Davidson's algorithm with no dressing.
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|
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|
Providers
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---------
|
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|
|
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|
.. c:var:: dressing_column_h
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|
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|
File : :file:`davidson_undressed/null_dressing_vector.irp.f`
|
||||||
|
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|
.. code:: fortran
|
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|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: dressing_column_h (N_det,N_states)
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|
double precision, allocatable :: dressing_column_s (N_det,N_states)
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
Null dressing vectors
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|
|
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|
Needs:
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|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
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|
* :c:data:`n_states`
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|
|
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|
Needed by:
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ci_electronic_energy`
|
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|
|
||||||
|
.. c:var:: dressing_column_s
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||||||
|
|
||||||
|
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|
File : :file:`davidson_undressed/null_dressing_vector.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: dressing_column_h (N_det,N_states)
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|
double precision, allocatable :: dressing_column_s (N_det,N_states)
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|
|
||||||
|
|
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|
Null dressing vectors
|
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
* :c:data:`n_det`
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|
* :c:data:`n_states`
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|
|
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|
Needed by:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ci_electronic_energy`
|
||||||
|
|
306
docs/source/modules/density_for_dft.rst
Normal file
306
docs/source/modules/density_for_dft.rst
Normal file
@ -0,0 +1,306 @@
|
|||||||
|
.. _module_density_for_dft:
|
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|
|
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|
.. program:: density_for_dft
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|
.. default-role:: option
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===============
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|
density_for_dft
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|
===============
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|
This module defines the *provider* of the density used for the DFT related calculations.
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|
This definition is done through the keyword :option:`density_for_dft density_for_dft`.
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|
The density can be:
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* WFT : the density is computed with a potentially multi determinant wave function (see variables `psi_det` and `psi_det`)# input_density : the density is set to a density previously stored in the |EZFIO| folder (see ``aux_quantities``)
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|
* damping_rs_dft : the density is damped between the input_density and the WFT density, with a damping factor of :option:`density_for_dft damping_for_rs_dft`
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EZFIO parameters
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----------------
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.. option:: density_for_dft
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Type of density used for DFT calculation. If set to WFT , it uses the density of the wave function stored in (psi_det,psi_coef). If set to input_density it uses the one-body dm stored in aux_quantities/ . If set to damping_rs_dft it uses the damped density between WFT and input_density. In the ks_scf and rs_ks_scf programs, it is set to WFT.
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Default: WFT
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.. option:: damping_for_rs_dft
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damping factor for the density used in RSFT.
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Default: 0.5
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Providers
|
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---------
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.. c:var:: one_body_dm_mo_alpha_one_det
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|
File : :file:`density_for_dft/density_for_dft.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
double precision, allocatable :: one_body_dm_mo_alpha_one_det (mo_num,mo_num,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_body_dm_mo_beta_one_det (mo_num,mo_num,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
One body density matrix on the |MO| basis for a single determinant
|
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
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|
* :c:data:`elec_beta_num`
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|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
|
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|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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|
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_for_dft`
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|
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta_for_dft`
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|
|
||||||
|
|
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|
.. c:var:: one_body_dm_mo_beta_one_det
|
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|
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|
File : :file:`density_for_dft/density_for_dft.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
|
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|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_body_dm_mo_alpha_one_det (mo_num,mo_num,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_body_dm_mo_beta_one_det (mo_num,mo_num,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
One body density matrix on the |MO| basis for a single determinant
|
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|
|
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|
Needs:
|
||||||
|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta_for_dft`
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: one_e_dm_alpha_ao_for_dft
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`density_for_dft/density_for_dft.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_alpha_ao_for_dft (ao_num,ao_num,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_beta_ao_for_dft (ao_num,ao_num,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
one body density matrix on the AO basis based on one_e_dm_mo_alpha_for_dft
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta_for_dft`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_in_r`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: one_e_dm_average_mo_for_dft
|
||||||
|
|
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|
|
||||||
|
File : :file:`density_for_dft/density_for_dft.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_average_mo_for_dft (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`state_average_weight`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`short_range_hartree_operator`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: one_e_dm_beta_ao_for_dft
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`density_for_dft/density_for_dft.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_alpha_ao_for_dft (ao_num,ao_num,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_beta_ao_for_dft (ao_num,ao_num,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
one body density matrix on the AO basis based on one_e_dm_mo_alpha_for_dft
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta_for_dft`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_in_r`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: one_e_dm_mo_alpha_for_dft
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`density_for_dft/density_for_dft.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_mo_alpha_for_dft (mo_num,mo_num,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
density matrix for alpha electrons in the MO basis used for all DFT calculations based on the density
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`damping_for_rs_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`density_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`one_body_dm_mo_alpha_one_det`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_dft_energy_kinetic`
|
||||||
|
* :c:data:`trace_v_xc`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: one_e_dm_mo_beta_for_dft
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`density_for_dft/density_for_dft.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_mo_beta_for_dft (mo_num,mo_num,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
density matrix for beta electrons in the MO basis used for all DFT calculations based on the density
|
||||||
|
|
||||||
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`damping_for_rs_dft`
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* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
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* :c:data:`density_for_dft`
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* :c:data:`mo_coef`
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* :c:data:`mo_num`
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* :c:data:`n_states`
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* :c:data:`one_body_dm_mo_alpha_one_det`
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* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
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* :c:data:`one_e_dm_mo_for_dft`
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* :c:data:`psi_dft_energy_kinetic`
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* :c:data:`trace_v_xc`
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.. c:var:: one_e_dm_mo_for_dft
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File : :file:`density_for_dft/density_for_dft.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision, allocatable :: one_e_dm_mo_for_dft (mo_num,mo_num,N_states)
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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|
* :c:data:`mo_num`
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* :c:data:`n_states`
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|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_for_dft`
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|
* :c:data:`one_e_dm_mo_beta_for_dft`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`one_e_dm_average_mo_for_dft`
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|
* :c:data:`short_range_hartree_operator`
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|
|
7922
docs/source/modules/determinants.rst
Normal file
7922
docs/source/modules/determinants.rst
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
68
docs/source/modules/dft_keywords.rst
Normal file
68
docs/source/modules/dft_keywords.rst
Normal file
@ -0,0 +1,68 @@
|
|||||||
|
.. _module_dft_keywords:
|
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|
.. program:: dft_keywords
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.. default-role:: option
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============
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|
dft_keywords
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============
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This module contains the main keywords related to a DFT calculation or RS-DFT calculation, such as:
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* :option:`dft_keywords exchange_functional`
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* :option:`dft_keywords correlation_functional`
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* :option:`dft_keywords HF_exchange` : only relevent for the :c:func:`rs_ks_scf` program
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The keyword for the **range separation parameter** :math:`\mu` is the :option:`ao_two_e_erf_ints mu_erf` keyword.
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The keyword for the type of density used in RS-DFT calculation with a multi-configurational wave function is the :option:`density_for_dft density_for_dft` keyword.
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EZFIO parameters
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----------------
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.. option:: exchange_functional
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name of the exchange functional
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Default: short_range_LDA
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.. option:: correlation_functional
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||||||
|
name of the correlation functional
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Default: short_range_LDA
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.. option:: HF_exchange
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Percentage of HF exchange in the DFT model
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Default: 0.
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Providers
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---------
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.. c:var:: dft_type
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|
File : :file:`dft_keywords/keywords.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
character*(32) :: dft_type
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|
defines the type of DFT applied: LDA, GGA etc ...
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Needs:
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.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`correlation_functional`
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|
* :c:data:`exchange_functional`
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|
882
docs/source/modules/dft_utils_in_r.rst
Normal file
882
docs/source/modules/dft_utils_in_r.rst
Normal file
@ -0,0 +1,882 @@
|
|||||||
|
.. _module_dft_utils_in_r:
|
||||||
|
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|
.. program:: dft_utils_in_r
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||||||
|
.. default-role:: option
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|
==============
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|
dft_utils_in_r
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|
==============
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|
This module contains most of the fundamental quantities (AOs, MOs or density derivatives) evaluated in real-space representation that are needed for the various DFT modules.
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|
As these quantities might be used and re-used, the values at each point of the grid are stored (see ``becke_numerical_grid`` for more information on the grid).
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The main providers for this module are:
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* `aos_in_r_array`: values of the |AO| basis on the grid point.
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* `mos_in_r_array`: values of the |MO| basis on the grid point.
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|
* `one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`: values of the density and its gradienst on the grid points.
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|
Providers
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---------
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.. c:var:: aos_grad_in_r_array
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File : :file:`dft_utils_in_r/ao_in_r.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
double precision, allocatable :: aos_grad_in_r_array (ao_num,n_points_final_grid,3)
|
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|
double precision, allocatable :: aos_grad_in_r_array_transp (n_points_final_grid,ao_num,3)
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|
double precision, allocatable :: aos_grad_in_r_array_transp_xyz (3,n_points_final_grid,ao_num)
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|
aos_grad_in_r_array(i,j,k) = value of the kth component of the gradient of ith ao on the jth grid point
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|
aos_grad_in_r_array_transp(i,j,k) = value of the kth component of the gradient of jth ao on the ith grid point
|
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|
k = 1 : x, k= 2, y, k 3, z
|
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|
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|
Needs:
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`ao_coef_normalized_ordered_transp_per_nucl`
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* :c:data:`ao_expo_ordered_transp_per_nucl`
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|
* :c:data:`ao_num`
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|
* :c:data:`ao_power_ordered_transp_per_nucl`
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||||||
|
* :c:data:`ao_prim_num`
|
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|
* :c:data:`final_grid_points`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_aos_transposed`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_n_aos`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
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|
Needed by:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
|
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|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_pbe_w`
|
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|
* :c:data:`aos_vc_alpha_pbe_w`
|
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|
* :c:data:`mos_grad_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_sr_x_alpha_ao_pbe`
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||||||
|
* :c:data:`potential_x_alpha_ao_pbe`
|
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|
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|
|
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|
.. c:var:: aos_grad_in_r_array_transp
|
||||||
|
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|
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|
File : :file:`dft_utils_in_r/ao_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: aos_grad_in_r_array (ao_num,n_points_final_grid,3)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: aos_grad_in_r_array_transp (n_points_final_grid,ao_num,3)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: aos_grad_in_r_array_transp_xyz (3,n_points_final_grid,ao_num)
|
||||||
|
|
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|
||||||
|
aos_grad_in_r_array(i,j,k) = value of the kth component of the gradient of ith ao on the jth grid point
|
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|
|
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|
aos_grad_in_r_array_transp(i,j,k) = value of the kth component of the gradient of jth ao on the ith grid point
|
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|
|
||||||
|
k = 1 : x, k= 2, y, k 3, z
|
||||||
|
|
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|
Needs:
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|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
||||||
|
* :c:data:`ao_coef_normalized_ordered_transp_per_nucl`
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||||||
|
* :c:data:`ao_expo_ordered_transp_per_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_power_ordered_transp_per_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_prim_num`
|
||||||
|
* :c:data:`final_grid_points`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_aos_transposed`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_n_aos`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
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|
Needed by:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`mos_grad_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_sr_x_alpha_ao_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_x_alpha_ao_pbe`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: aos_grad_in_r_array_transp_xyz
|
||||||
|
|
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|
|
||||||
|
File : :file:`dft_utils_in_r/ao_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: aos_grad_in_r_array (ao_num,n_points_final_grid,3)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: aos_grad_in_r_array_transp (n_points_final_grid,ao_num,3)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: aos_grad_in_r_array_transp_xyz (3,n_points_final_grid,ao_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
aos_grad_in_r_array(i,j,k) = value of the kth component of the gradient of ith ao on the jth grid point
|
||||||
|
|
||||||
|
aos_grad_in_r_array_transp(i,j,k) = value of the kth component of the gradient of jth ao on the ith grid point
|
||||||
|
|
||||||
|
k = 1 : x, k= 2, y, k 3, z
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_coef_normalized_ordered_transp_per_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_expo_ordered_transp_per_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_power_ordered_transp_per_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_prim_num`
|
||||||
|
* :c:data:`final_grid_points`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_aos_transposed`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_n_aos`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`mos_grad_in_r_array`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_sr_x_alpha_ao_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_x_alpha_ao_pbe`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
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|
.. c:var:: aos_in_r_array
|
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|
|
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|
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|
File : :file:`dft_utils_in_r/ao_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: aos_in_r_array (ao_num,n_points_final_grid)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: aos_in_r_array_transp (n_points_final_grid,ao_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
aos_in_r_array(i,j) = value of the ith ao on the jth grid point
|
||||||
|
|
||||||
|
aos_in_r_array_transp(i,j) = value of the jth ao on the ith grid point
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_coef_normalized_ordered_transp_per_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_expo_ordered_transp_per_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_power_ordered_transp_per_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_prim_num`
|
||||||
|
* :c:data:`final_grid_points`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_aos_transposed`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_n_aos`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_sr_c_alpha_ao_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_sr_x_alpha_ao_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_sr_x_alpha_ao_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_x_alpha_ao_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_x_alpha_ao_pbe`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: aos_in_r_array_transp
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`dft_utils_in_r/ao_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: aos_in_r_array (ao_num,n_points_final_grid)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: aos_in_r_array_transp (n_points_final_grid,ao_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
aos_in_r_array(i,j) = value of the ith ao on the jth grid point
|
||||||
|
|
||||||
|
aos_in_r_array_transp(i,j) = value of the jth ao on the ith grid point
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_coef_normalized_ordered_transp_per_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_expo_ordered_transp_per_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_power_ordered_transp_per_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_prim_num`
|
||||||
|
* :c:data:`final_grid_points`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_aos_transposed`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_n_aos`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_lda_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_sr_c_alpha_ao_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_sr_x_alpha_ao_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_sr_x_alpha_ao_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_x_alpha_ao_lda`
|
||||||
|
* :c:data:`potential_x_alpha_ao_pbe`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: aos_lapl_in_r_array
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`dft_utils_in_r/ao_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: aos_lapl_in_r_array (ao_num,n_points_final_grid,3)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: aos_lapl_in_r_array_transp (n_points_final_grid,ao_num,3)
|
||||||
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aos_lapl_in_r_array(i,j,k) = value of the kth component of the laplacian of ith ao on the jth grid point
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aos_lapl_in_r_array_transp(i,j,k) = value of the kth component of the laplacian of jth ao on the ith grid point
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k = 1 : x, k= 2, y, k 3, z
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_coef_normalized_ordered_transp_per_nucl`
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* :c:data:`ao_expo_ordered_transp_per_nucl`
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`ao_power_ordered_transp_per_nucl`
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* :c:data:`ao_prim_num`
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* :c:data:`final_grid_points`
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* :c:data:`n_points_final_grid`
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* :c:data:`nucl_aos_transposed`
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* :c:data:`nucl_coord`
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* :c:data:`nucl_n_aos`
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* :c:data:`nucl_num`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`mos_lapl_in_r_array`
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.. c:var:: aos_lapl_in_r_array_transp
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File : :file:`dft_utils_in_r/ao_in_r.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision, allocatable :: aos_lapl_in_r_array (ao_num,n_points_final_grid,3)
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double precision, allocatable :: aos_lapl_in_r_array_transp (n_points_final_grid,ao_num,3)
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aos_lapl_in_r_array(i,j,k) = value of the kth component of the laplacian of ith ao on the jth grid point
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aos_lapl_in_r_array_transp(i,j,k) = value of the kth component of the laplacian of jth ao on the ith grid point
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k = 1 : x, k= 2, y, k 3, z
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_coef_normalized_ordered_transp_per_nucl`
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* :c:data:`ao_expo_ordered_transp_per_nucl`
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`ao_power_ordered_transp_per_nucl`
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* :c:data:`ao_prim_num`
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* :c:data:`final_grid_points`
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* :c:data:`n_points_final_grid`
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* :c:data:`nucl_aos_transposed`
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* :c:data:`nucl_coord`
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* :c:data:`nucl_n_aos`
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* :c:data:`nucl_num`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`mos_lapl_in_r_array`
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.. c:var:: mos_grad_in_r_array
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File : :file:`dft_utils_in_r/mo_in_r.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision, allocatable :: mos_grad_in_r_array (mo_num,n_points_final_grid,3)
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mos_grad_in_r_array(i,j,k) = value of the kth component of the gradient of ith mo on the jth grid point
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mos_grad_in_r_array_transp(i,j,k) = value of the kth component of the gradient of jth mo on the ith grid point
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k = 1 : x, k= 2, y, k 3, z
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`aos_grad_in_r_array`
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* :c:data:`mo_coef_transp`
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* :c:data:`mo_num`
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* :c:data:`n_points_final_grid`
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.. c:var:: mos_in_r_array
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File : :file:`dft_utils_in_r/mo_in_r.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision, allocatable :: mos_in_r_array (mo_num,n_points_final_grid)
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double precision, allocatable :: mos_in_r_array_transp (n_points_final_grid,mo_num)
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mos_in_r_array(i,j) = value of the ith mo on the jth grid point
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mos_in_r_array_transp(i,j) = value of the jth mo on the ith grid point
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`final_grid_points`
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* :c:data:`mo_coef_transp`
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* :c:data:`mo_num`
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* :c:data:`n_points_final_grid`
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.. c:var:: mos_in_r_array_transp
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File : :file:`dft_utils_in_r/mo_in_r.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision, allocatable :: mos_in_r_array (mo_num,n_points_final_grid)
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double precision, allocatable :: mos_in_r_array_transp (n_points_final_grid,mo_num)
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|
mos_in_r_array(i,j) = value of the ith mo on the jth grid point
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|
mos_in_r_array_transp(i,j) = value of the jth mo on the ith grid point
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`final_grid_points`
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* :c:data:`mo_coef_transp`
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* :c:data:`mo_num`
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* :c:data:`n_points_final_grid`
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.. c:var:: mos_lapl_in_r_array
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File : :file:`dft_utils_in_r/mo_in_r.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision, allocatable :: mos_lapl_in_r_array (mo_num,n_points_final_grid,3)
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|
mos_lapl_in_r_array(i,j,k) = value of the kth component of the laplacian of ith mo on the jth grid point
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|
mos_lapl_in_r_array_transp(i,j,k) = value of the kth component of the laplacian of jth mo on the ith grid point
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|
k = 1 : x, k= 2, y, k 3, z
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`aos_lapl_in_r_array`
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* :c:data:`mo_coef_transp`
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* :c:data:`mo_num`
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* :c:data:`n_points_final_grid`
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.. c:var:: one_e_dm_alpha_at_r
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File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision, allocatable :: one_e_dm_alpha_at_r (n_points_final_grid,N_states)
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double precision, allocatable :: one_e_dm_beta_at_r (n_points_final_grid,N_states)
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one_e_dm_alpha_at_r(i,istate) = n_alpha(r_i,istate)
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one_e_dm_beta_at_r(i,istate) = n_beta(r_i,istate)
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|
where r_i is the ith point of the grid and istate is the state number
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`final_grid_points`
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* :c:data:`n_points_final_grid`
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* :c:data:`n_states`
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* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_lda_w`
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* :c:data:`aos_vc_alpha_lda_w`
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* :c:data:`energy_sr_x_lda`
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* :c:data:`energy_x_lda`
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.. c:var:: one_e_dm_alpha_in_r
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File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision, allocatable :: one_e_dm_alpha_in_r (n_points_integration_angular,n_points_radial_grid,nucl_num,N_states)
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double precision, allocatable :: one_e_dm_beta_in_r (n_points_integration_angular,n_points_radial_grid,nucl_num,N_states)
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`grid_points_per_atom`
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* :c:data:`mo_num`
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* :c:data:`n_points_radial_grid`
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* :c:data:`n_states`
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* :c:data:`nucl_num`
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* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
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.. c:var:: one_e_dm_and_grad_alpha_in_r
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File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
double precision, allocatable :: one_e_dm_and_grad_alpha_in_r (4,n_points_final_grid,N_states)
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|
double precision, allocatable :: one_e_dm_and_grad_beta_in_r (4,n_points_final_grid,N_states)
|
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|
double precision, allocatable :: one_e_grad_2_dm_alpha_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
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|
double precision, allocatable :: one_e_grad_2_dm_beta_at_r (n_points_final_grid,N_states)
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|
one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(1,i,i_state) = d\dx n_alpha(r_i,istate)
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one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(2,i,i_state) = d\dy n_alpha(r_i,istate)
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one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(3,i,i_state) = d\dz n_alpha(r_i,istate)
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one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(4,i,i_state) = n_alpha(r_i,istate)
|
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one_e_grad_2_dm_alpha_at_r(i,istate) = d\dx n_alpha(r_i,istate)^2 + d\dy n_alpha(r_i,istate)^2 + d\dz n_alpha(r_i,istate)^2
|
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|
where r_i is the ith point of the grid and istate is the state number
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`final_grid_points`
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* :c:data:`n_points_final_grid`
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* :c:data:`n_states`
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* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_pbe_w`
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* :c:data:`aos_vc_alpha_pbe_w`
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* :c:data:`energy_sr_x_pbe`
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|
* :c:data:`energy_x_pbe`
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.. c:var:: one_e_dm_and_grad_beta_in_r
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File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision, allocatable :: one_e_dm_and_grad_alpha_in_r (4,n_points_final_grid,N_states)
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|
double precision, allocatable :: one_e_dm_and_grad_beta_in_r (4,n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_grad_2_dm_alpha_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
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|
double precision, allocatable :: one_e_grad_2_dm_beta_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
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|
one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(1,i,i_state) = d\dx n_alpha(r_i,istate)
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one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(2,i,i_state) = d\dy n_alpha(r_i,istate)
|
||||||
|
one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(3,i,i_state) = d\dz n_alpha(r_i,istate)
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||||||
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one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(4,i,i_state) = n_alpha(r_i,istate)
|
||||||
|
one_e_grad_2_dm_alpha_at_r(i,istate) = d\dx n_alpha(r_i,istate)^2 + d\dy n_alpha(r_i,istate)^2 + d\dz n_alpha(r_i,istate)^2
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|
where r_i is the ith point of the grid and istate is the state number
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`final_grid_points`
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* :c:data:`n_points_final_grid`
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* :c:data:`n_states`
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* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_pbe_w`
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* :c:data:`aos_vc_alpha_pbe_w`
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* :c:data:`energy_sr_x_pbe`
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* :c:data:`energy_x_pbe`
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.. c:var:: one_e_dm_beta_at_r
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File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision, allocatable :: one_e_dm_alpha_at_r (n_points_final_grid,N_states)
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double precision, allocatable :: one_e_dm_beta_at_r (n_points_final_grid,N_states)
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one_e_dm_alpha_at_r(i,istate) = n_alpha(r_i,istate)
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one_e_dm_beta_at_r(i,istate) = n_beta(r_i,istate)
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|
where r_i is the ith point of the grid and istate is the state number
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`final_grid_points`
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* :c:data:`n_points_final_grid`
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|
* :c:data:`n_states`
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* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_lda_w`
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* :c:data:`aos_vc_alpha_lda_w`
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* :c:data:`energy_sr_x_lda`
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|
* :c:data:`energy_x_lda`
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.. c:var:: one_e_dm_beta_in_r
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File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
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|
.. code:: fortran
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||||||
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|
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|
double precision, allocatable :: one_e_dm_alpha_in_r (n_points_integration_angular,n_points_radial_grid,nucl_num,N_states)
|
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|
double precision, allocatable :: one_e_dm_beta_in_r (n_points_integration_angular,n_points_radial_grid,nucl_num,N_states)
|
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|
Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`grid_points_per_atom`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_radial_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
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|
.. c:var:: one_e_grad_2_dm_alpha_at_r
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_and_grad_alpha_in_r (4,n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_and_grad_beta_in_r (4,n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_grad_2_dm_alpha_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_grad_2_dm_beta_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(1,i,i_state) = d\dx n_alpha(r_i,istate)
|
||||||
|
one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(2,i,i_state) = d\dy n_alpha(r_i,istate)
|
||||||
|
one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(3,i,i_state) = d\dz n_alpha(r_i,istate)
|
||||||
|
one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(4,i,i_state) = n_alpha(r_i,istate)
|
||||||
|
one_e_grad_2_dm_alpha_at_r(i,istate) = d\dx n_alpha(r_i,istate)^2 + d\dy n_alpha(r_i,istate)^2 + d\dz n_alpha(r_i,istate)^2
|
||||||
|
where r_i is the ith point of the grid and istate is the state number
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`final_grid_points`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_sr_x_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_pbe`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: one_e_grad_2_dm_beta_at_r
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_and_grad_alpha_in_r (4,n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_dm_and_grad_beta_in_r (4,n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_grad_2_dm_alpha_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: one_e_grad_2_dm_beta_at_r (n_points_final_grid,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(1,i,i_state) = d\dx n_alpha(r_i,istate)
|
||||||
|
one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(2,i,i_state) = d\dy n_alpha(r_i,istate)
|
||||||
|
one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(3,i,i_state) = d\dz n_alpha(r_i,istate)
|
||||||
|
one_e_dm_and_grad_alpha_in_r(4,i,i_state) = n_alpha(r_i,istate)
|
||||||
|
one_e_grad_2_dm_alpha_at_r(i,istate) = d\dx n_alpha(r_i,istate)^2 + d\dy n_alpha(r_i,istate)^2 + d\dz n_alpha(r_i,istate)^2
|
||||||
|
where r_i is the ith point of the grid and istate is the state number
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`final_grid_points`
|
||||||
|
* :c:data:`n_points_final_grid`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`aos_sr_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`aos_vc_alpha_pbe_w`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_sr_x_pbe`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_x_pbe`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Subroutines / functions
|
||||||
|
-----------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: density_and_grad_alpha_beta_and_all_aos_and_grad_aos_at_r:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine density_and_grad_alpha_beta_and_all_aos_and_grad_aos_at_r(r,dm_a,dm_b, grad_dm_a, grad_dm_b, aos_array, grad_aos_array)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
input:
|
||||||
|
|
||||||
|
* r(1) ==> r(1) = x, r(2) = y, r(3) = z
|
||||||
|
|
||||||
|
output:
|
||||||
|
|
||||||
|
* dm_a = alpha density evaluated at r
|
||||||
|
* dm_b = beta density evaluated at r
|
||||||
|
* aos_array(i) = ao(i) evaluated at r
|
||||||
|
* grad_dm_a(1) = X gradient of the alpha density evaluated in r
|
||||||
|
* grad_dm_a(1) = X gradient of the beta density evaluated in r
|
||||||
|
* grad_aos_array(1) = X gradient of the aos(i) evaluated at r
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_and_grad_alpha_in_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`dsymv`
|
||||||
|
* :c:func:`give_all_aos_and_grad_at_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: dm_dft_alpha_beta_and_all_aos_at_r:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine dm_dft_alpha_beta_and_all_aos_at_r(r,dm_a,dm_b,aos_array)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
input: r(1) ==> r(1) = x, r(2) = y, r(3) = z
|
||||||
|
output : dm_a = alpha density evaluated at r
|
||||||
|
output : dm_b = beta density evaluated at r
|
||||||
|
output : aos_array(i) = ao(i) evaluated at r
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`dsymv`
|
||||||
|
* :c:func:`give_all_aos_at_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: dm_dft_alpha_beta_at_r:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`dft_utils_in_r/dm_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine dm_dft_alpha_beta_at_r(r,dm_a,dm_b)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
input: r(1) ==> r(1) = x, r(2) = y, r(3) = z
|
||||||
|
output : dm_a = alpha density evaluated at r(3)
|
||||||
|
output : dm_b = beta density evaluated at r(3)
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_ao_for_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_at_r`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_alpha_in_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`dgemv`
|
||||||
|
* :c:func:`give_all_aos_at_r`
|
||||||
|
|
3765
docs/source/modules/dft_utils_one_e.rst
Normal file
3765
docs/source/modules/dft_utils_one_e.rst
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
36
docs/source/modules/dressing.rst
Normal file
36
docs/source/modules/dressing.rst
Normal file
@ -0,0 +1,36 @@
|
|||||||
|
.. _module_dressing:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: dressing
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
=========
|
||||||
|
dress_zmq
|
||||||
|
=========
|
||||||
|
|
||||||
|
Module to facilitate the construction of modules using dressed
|
||||||
|
Hamiltonians, parallelized with |ZeroMQ|.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
EZFIO parameters
|
||||||
|
----------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: thresh_dressed_ci
|
||||||
|
|
||||||
|
Threshold on the convergence of the dressed |CI| energy
|
||||||
|
|
||||||
|
Default: 1.e-5
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: n_it_max_dressed_ci
|
||||||
|
|
||||||
|
Maximum number of dressed |CI| iterations
|
||||||
|
|
||||||
|
Default: 10
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: dress_relative_error
|
||||||
|
|
||||||
|
Stop stochastic dressing when the relative error is smaller than :option:`perturbation PT2_relative_error`
|
||||||
|
|
||||||
|
Default: 0.001
|
114
docs/source/modules/electrons.rst
Normal file
114
docs/source/modules/electrons.rst
Normal file
@ -0,0 +1,114 @@
|
|||||||
|
.. _module_electrons:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: electrons
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
=========
|
||||||
|
electrons
|
||||||
|
=========
|
||||||
|
|
||||||
|
Describes the electrons. For the moment, only the number of alpha
|
||||||
|
and beta electrons are provided by this module.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Assumptions
|
||||||
|
===========
|
||||||
|
|
||||||
|
* `elec_num` >= 0
|
||||||
|
* `elec_alpha_num` >= 0
|
||||||
|
* `elec_beta_num` >= 0
|
||||||
|
* `elec_alpha_num` >= `elec_beta_num`
|
||||||
|
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
EZFIO parameters
|
||||||
|
----------------
|
||||||
|
|
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|
.. option:: elec_alpha_num
|
||||||
|
|
||||||
|
Numbers of electrons alpha ("up")
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: elec_beta_num
|
||||||
|
|
||||||
|
Numbers of electrons beta ("down")
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: elec_num
|
||||||
|
|
||||||
|
Numbers total of electrons (alpha + beta)
|
||||||
|
|
||||||
|
Default: = electrons.elec_alpha_num + electrons.elec_beta_num
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Providers
|
||||||
|
---------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: elec_num
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`electrons/electrons.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: elec_num
|
||||||
|
integer, allocatable :: elec_num_tab (2)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Numbers of alpha ("up") , beta ("down") and total electrons
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`diagonal_h_matrix_on_psi_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_hii`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_diag_h_mat`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_f`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: elec_num_tab
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`electrons/electrons.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: elec_num
|
||||||
|
integer, allocatable :: elec_num_tab (2)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Numbers of alpha ("up") , beta ("down") and total electrons
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`diagonal_h_matrix_on_psi_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_hii`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_diag_h_mat`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_f`
|
||||||
|
|
760
docs/source/modules/ezfio_files.rst
Normal file
760
docs/source/modules/ezfio_files.rst
Normal file
@ -0,0 +1,760 @@
|
|||||||
|
.. _module_ezfio_files:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: ezfio_files
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
===========
|
||||||
|
ezfio_files
|
||||||
|
===========
|
||||||
|
|
||||||
|
This modules essentially contains the name of the |EZFIO| directory in the
|
||||||
|
:c:data:`ezfio_filename` variable. This is read as the first argument of the
|
||||||
|
command-line, or as the :envvar:`QP_INPUT` environment variable.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Providers
|
||||||
|
---------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: ezfio_filename
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`ezfio_files/ezfio.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
character*(128) :: ezfio_filename
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Name of EZFIO file. It is obtained from the QPACKAGE_INPUT environment
|
||||||
|
variable if it is set, or as the 1st argument of the command line.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_initialized`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_cartesian`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_expo`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_threshold`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_md5`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_power`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_prim_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integrals_erf_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`cas_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`correlation_energy_ratio_max`
|
||||||
|
* :c:data:`data_energy_proj`
|
||||||
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* :c:data:`data_energy_var`
|
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|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
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|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
||||||
|
* :c:data:`disk_access_nuclear_repulsion`
|
||||||
|
* :c:data:`disk_based_davidson`
|
||||||
|
* :c:data:`distributed_davidson`
|
||||||
|
* :c:data:`do_direct_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`do_pseudo`
|
||||||
|
* :c:data:`do_pt2`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_num`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_iterations`
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_work_dir`
|
||||||
|
* :c:data:`frozen_orb_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`generators_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`generators_bitmask_restart`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_integrals_e_n`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_integrals_kinetic`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_integrals_overlap`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_integrals_pseudo`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_two_e_integrals`
|
||||||
|
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|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_integrals_e_n`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_integrals_kinetic`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_integrals_pseudo`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_two_e_integrals`
|
||||||
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* :c:data:`io_mo_two_e_integrals_erf`
|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
|
* :c:data:`mo_class`
|
||||||
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* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
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* :c:data:`mo_label`
|
||||||
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* :c:data:`mo_num`
|
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* :c:data:`mo_occ`
|
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* :c:data:`mo_two_e_integrals_erf_in_map`
|
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|
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* :c:data:`mu_erf`
|
||||||
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* :c:data:`n_cas_bitmask`
|
||||||
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* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_iterations`
|
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|
||||||
|
* :c:data:`n_det_max_full`
|
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|
* :c:data:`n_det_print_wf`
|
||||||
|
* :c:data:`n_generators_bitmask`
|
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|
||||||
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* :c:data:`n_it_scf_max`
|
||||||
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* :c:data:`n_iter`
|
||||||
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* :c:data:`n_states`
|
||||||
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* :c:data:`n_states_diag`
|
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* :c:data:`no_ivvv_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`no_vvv_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`no_vvvv_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge_remove`
|
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* :c:data:`nucl_coord`
|
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* :c:data:`nucl_label`
|
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* :c:data:`nucl_num`
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* :c:data:`only_expected_s2`
|
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* :c:data:`pseudo_dz_k`
|
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* :c:data:`pseudo_dz_kl`
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* :c:data:`pseudo_kmax`
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* :c:data:`pseudo_lmax`
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* :c:data:`pseudo_n_kl`
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* :c:data:`pseudo_v_k`
|
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* :c:data:`pseudo_v_kl`
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* :c:data:`psi_coef`
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* :c:data:`s2_eig`
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* :c:data:`scf_algorithm`
|
||||||
|
* :c:data:`state_following`
|
||||||
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* :c:data:`target_energy`
|
||||||
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* :c:data:`thresh_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`threshold_davidson`
|
||||||
|
* :c:data:`threshold_diis`
|
||||||
|
* :c:data:`threshold_generators`
|
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* :c:data:`used_weight`
|
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|
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.. c:var:: ezfio_work_dir
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File : :file:`ezfio_files/ezfio.irp.f`
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.. code:: fortran
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character*(128) :: ezfio_work_dir
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EZFIO/work/
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ezfio_filename`
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.. c:var:: file_lock
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File : :file:`ezfio_files/lock.irp.f`
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.. code:: fortran
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integer(omp_lock_kind) :: file_lock
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OpenMP Lock for I/O
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.. c:var:: output_cpu_time_0
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File : :file:`ezfio_files/output.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision :: output_wall_time_0
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double precision :: output_cpu_time_0
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Initial CPU and wall times when printing in the output files
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_cartesian`
|
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* :c:data:`ao_coef`
|
||||||
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* :c:data:`ao_expo`
|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
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|
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* :c:data:`ci_energy`
|
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* :c:data:`correlation_energy_ratio_max`
|
||||||
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|
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* :c:data:`data_energy_var`
|
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|
||||||
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* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
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|
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* :c:data:`disk_access_nuclear_repulsion`
|
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* :c:data:`disk_based_davidson`
|
||||||
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* :c:data:`distributed_davidson`
|
||||||
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* :c:data:`do_direct_integrals`
|
||||||
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* :c:data:`do_pseudo`
|
||||||
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* :c:data:`do_pt2`
|
||||||
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* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
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* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
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* :c:data:`energy_iterations`
|
||||||
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* :c:data:`frozen_orb_scf`
|
||||||
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* :c:data:`io_ao_integrals_e_n`
|
||||||
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* :c:data:`io_ao_integrals_kinetic`
|
||||||
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* :c:data:`io_ao_integrals_overlap`
|
||||||
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* :c:data:`io_ao_integrals_pseudo`
|
||||||
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* :c:data:`io_ao_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_two_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_two_e_integrals_erf`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_integrals_e_n`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_integrals_kinetic`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_integrals_pseudo`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_two_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_two_e_integrals_erf`
|
||||||
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* :c:data:`level_shift`
|
||||||
|
* :c:data:`max_dim_diis`
|
||||||
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* :c:data:`mo_class`
|
||||||
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* :c:data:`mo_guess_type`
|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
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|
||||||
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* :c:data:`n_det_max`
|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
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* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
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|
||||||
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* :c:data:`n_iter`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
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|
||||||
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* :c:data:`no_ivvv_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`no_vvv_integrals`
|
||||||
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* :c:data:`no_vvvv_integrals`
|
||||||
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* :c:data:`nucl_charge`
|
||||||
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* :c:data:`nucl_charge_remove`
|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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* :c:data:`pseudo_kmax`
|
||||||
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* :c:data:`pseudo_lmax`
|
||||||
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* :c:data:`pseudo_n_k`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
||||||
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* :c:data:`pseudo_v_k`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
||||||
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* :c:data:`pt2_iterations`
|
||||||
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* :c:data:`pt2_max`
|
||||||
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* :c:data:`pt2_relative_error`
|
||||||
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* :c:data:`read_wf`
|
||||||
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* :c:data:`s2_eig`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_algorithm`
|
||||||
|
* :c:data:`state_following`
|
||||||
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* :c:data:`target_energy`
|
||||||
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|
||||||
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* :c:data:`threshold_davidson`
|
||||||
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* :c:data:`threshold_diis`
|
||||||
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* :c:data:`threshold_generators`
|
||||||
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* :c:data:`used_weight`
|
||||||
|
|
||||||
|
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|
.. c:var:: output_wall_time_0
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|
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File : :file:`ezfio_files/output.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
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|
|
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|
double precision :: output_wall_time_0
|
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|
double precision :: output_cpu_time_0
|
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|
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|
Initial CPU and wall times when printing in the output files
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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|
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|
* :c:data:`ao_cartesian`
|
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|
* :c:data:`ao_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_expo`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_threshold`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_md5`
|
||||||
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* :c:data:`ao_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_power`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_prim_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ci_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`correlation_energy_ratio_max`
|
||||||
|
* :c:data:`data_energy_proj`
|
||||||
|
* :c:data:`data_energy_var`
|
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|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
||||||
|
* :c:data:`disk_access_nuclear_repulsion`
|
||||||
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* :c:data:`disk_based_davidson`
|
||||||
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* :c:data:`distributed_davidson`
|
||||||
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* :c:data:`do_direct_integrals`
|
||||||
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* :c:data:`do_pseudo`
|
||||||
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* :c:data:`do_pt2`
|
||||||
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* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
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* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
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* :c:data:`energy_iterations`
|
||||||
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* :c:data:`frozen_orb_scf`
|
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* :c:data:`io_ao_integrals_e_n`
|
||||||
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* :c:data:`io_ao_integrals_kinetic`
|
||||||
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|
||||||
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* :c:data:`io_ao_integrals_pseudo`
|
||||||
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* :c:data:`io_ao_one_e_integrals`
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* :c:data:`io_ao_two_e_integrals`
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* :c:data:`io_mo_integrals_e_n`
|
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|
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* :c:data:`io_mo_one_e_integrals`
|
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* :c:data:`io_mo_two_e_integrals`
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* :c:data:`io_mo_two_e_integrals_erf`
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||||||
|
* :c:data:`level_shift`
|
||||||
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* :c:data:`max_dim_diis`
|
||||||
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* :c:data:`mo_class`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_guess_type`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_threshold`
|
||||||
|
* :c:data:`mu_erf`
|
||||||
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* :c:data:`n_det_generators`
|
||||||
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|
||||||
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* :c:data:`n_det_max`
|
||||||
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* :c:data:`n_det_max_full`
|
||||||
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* :c:data:`n_det_print_wf`
|
||||||
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* :c:data:`n_det_selectors`
|
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* :c:data:`n_it_scf_max`
|
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* :c:data:`n_iter`
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||||||
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|
||||||
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* :c:data:`n_states_diag`
|
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* :c:data:`no_ivvv_integrals`
|
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* :c:data:`no_vvv_integrals`
|
||||||
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* :c:data:`no_vvvv_integrals`
|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
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|
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* :c:data:`nuclear_repulsion`
|
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* :c:data:`only_expected_s2`
|
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|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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* :c:data:`pseudo_kmax`
|
||||||
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* :c:data:`pseudo_lmax`
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||||||
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|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_v_k`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_iterations`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_max`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_relative_error`
|
||||||
|
* :c:data:`read_wf`
|
||||||
|
* :c:data:`s2_eig`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_algorithm`
|
||||||
|
* :c:data:`state_following`
|
||||||
|
* :c:data:`target_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`thresh_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`threshold_davidson`
|
||||||
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* :c:data:`threshold_diis`
|
||||||
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* :c:data:`threshold_generators`
|
||||||
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.. c:var:: qp_kill_filename
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File : :file:`ezfio_files/qp_stop.irp.f`
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.. code:: fortran
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character*(128) :: qp_stop_filename
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character*(128) :: qp_kill_filename
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integer :: qp_stop_variable
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Name of the file to check for qp stop
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Needs:
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
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||||||
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||||||
|
.. c:var:: qp_stop_filename
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||||||
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File : :file:`ezfio_files/qp_stop.irp.f`
|
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.. code:: fortran
|
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|
|
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|
character*(128) :: qp_stop_filename
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|
character*(128) :: qp_kill_filename
|
||||||
|
integer :: qp_stop_variable
|
||||||
|
|
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|
Name of the file to check for qp stop
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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|
* :c:data:`ezfio_filename`
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|
.. c:var:: qp_stop_variable
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|
File : :file:`ezfio_files/qp_stop.irp.f`
|
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|
.. code:: fortran
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|
|
||||||
|
character*(128) :: qp_stop_filename
|
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|
character*(128) :: qp_kill_filename
|
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|
integer :: qp_stop_variable
|
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|
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|
Name of the file to check for qp stop
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|
Needs:
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|
.. hlist::
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:columns: 3
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|
* :c:data:`ezfio_filename`
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|
Subroutines / functions
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-----------------------
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.. c:function:: getunitandopen:
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|
File : :file:`ezfio_files/get_unit_and_open.irp.f`
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|
.. code:: fortran
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|
integer function getUnitAndOpen(f,mode)
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|
:f:
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|
file name
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:mode:
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'R' : READ, UNFORMATTED
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|
'W' : WRITE, UNFORMATTED
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|
'r' : READ, FORMATTED
|
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|
'w' : WRITE, FORMATTED
|
||||||
|
'a' : APPEND, FORMATTED
|
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|
'x' : READ/WRITE, FORMATTED
|
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|
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|
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|
.. c:function:: qp_stop:
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File : :file:`ezfio_files/qp_stop.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
logical function qp_stop()
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|
Checks if the qp_stop command was invoked for the clean termination of the program
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|
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|
Needs:
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`qp_stop_filename`
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|
|
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|
.. c:function:: write_bool:
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|
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|
File : :file:`ezfio_files/output.irp.f`
|
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|
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.. code:: fortran
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|
subroutine write_bool(iunit,value,label)
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|
Write an logical value in output
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Needs:
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.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
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|
* :c:data:`mpi_master`
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||||||
|
.. c:function:: write_double:
|
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|
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|
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|
File : :file:`ezfio_files/output.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
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|
|
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|
subroutine write_double(iunit,value,label)
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|
Write a double precision value in output
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|
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Needs:
|
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|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
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|
* :c:data:`mpi_master`
|
||||||
|
|
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|
Called by:
|
||||||
|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`ci_energy`
|
||||||
|
* :c:func:`damping_scf`
|
||||||
|
* :c:func:`davidson_diag_hjj_sjj`
|
||||||
|
* :c:data:`nuclear_repulsion`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_coef_max`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_e0_denominator`
|
||||||
|
* :c:func:`roothaan_hall_scf`
|
||||||
|
* :c:func:`run_cipsi`
|
||||||
|
* :c:func:`run_slave_main`
|
||||||
|
* :c:func:`run_stochastic_cipsi`
|
||||||
|
* :c:func:`zmq_pt2`
|
||||||
|
* :c:func:`zmq_selection`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: write_int:
|
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|
|
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|
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||||||
|
File : :file:`ezfio_files/output.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
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|
|
||||||
|
subroutine write_int(iunit,value,label)
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|
Write an integer value in output
|
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:data:`mpi_master`
|
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|
|
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|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`davidson_diag_hjj_sjj`
|
||||||
|
* :c:func:`make_s2_eigenfunction`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_cas_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_orb`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`n_generators_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`n_generators_bitmask_restart`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`nthreads_davidson`
|
||||||
|
* :c:data:`nthreads_pt2`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_cas`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_alpha_unique`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_beta_unique`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_size`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_n_teeth`
|
||||||
|
* :c:data:`qp_max_mem`
|
||||||
|
* :c:func:`remove_small_contributions`
|
||||||
|
* :c:func:`save_wavefunction_general`
|
||||||
|
* :c:func:`save_wavefunction_specified`
|
||||||
|
* :c:func:`zmq_pt2`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: write_time:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`ezfio_files/output.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine write_time(iunit)
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|
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|
Write a time stamp in the output for chronological reconstruction
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`output_wall_time_0`
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_master`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_cartesian`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_expo`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_threshold`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_md5`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_power`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_prim_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ci_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`correlation_energy_ratio_max`
|
||||||
|
* :c:func:`damping_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`data_energy_proj`
|
||||||
|
* :c:data:`data_energy_var`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
||||||
|
* :c:func:`davidson_diag_hjj_sjj`
|
||||||
|
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
||||||
|
* :c:data:`disk_access_nuclear_repulsion`
|
||||||
|
* :c:data:`disk_based_davidson`
|
||||||
|
* :c:data:`distributed_davidson`
|
||||||
|
* :c:data:`do_direct_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`do_pseudo`
|
||||||
|
* :c:data:`do_pt2`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_iterations`
|
||||||
|
* :c:data:`frozen_orb_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_integrals_e_n`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_integrals_kinetic`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_integrals_overlap`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_integrals_pseudo`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_two_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_two_e_integrals_erf`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_integrals_e_n`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_integrals_kinetic`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_integrals_pseudo`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_two_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_two_e_integrals_erf`
|
||||||
|
* :c:data:`level_shift`
|
||||||
|
* :c:func:`make_s2_eigenfunction`
|
||||||
|
* :c:data:`max_dim_diis`
|
||||||
|
* :c:func:`mo_as_eigvectors_of_mo_matrix`
|
||||||
|
* :c:func:`mo_as_svd_vectors_of_mo_matrix`
|
||||||
|
* :c:func:`mo_as_svd_vectors_of_mo_matrix_eig`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_class`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_guess_type`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_threshold`
|
||||||
|
* :c:data:`mu_erf`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_iterations`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_max`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_max_full`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_print_wf`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`n_it_scf_max`
|
||||||
|
* :c:data:`n_iter`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states_diag`
|
||||||
|
* :c:data:`no_ivvv_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`no_vvv_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`no_vvvv_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge_remove`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_label`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
* :c:data:`nuclear_repulsion`
|
||||||
|
* :c:data:`only_expected_s2`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_dz_k`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_dz_kl`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_grid_rmax`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_grid_size`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_klocmax`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_kmax`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_lmax`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_n_k`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_v_k`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_iterations`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_max`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_relative_error`
|
||||||
|
* :c:data:`read_wf`
|
||||||
|
* :c:func:`roothaan_hall_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`s2_eig`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_algorithm`
|
||||||
|
* :c:data:`state_following`
|
||||||
|
* :c:data:`target_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`thresh_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`threshold_davidson`
|
||||||
|
* :c:data:`threshold_diis`
|
||||||
|
* :c:data:`threshold_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`used_weight`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`cpu_time`
|
||||||
|
* :c:func:`print_memory_usage`
|
||||||
|
* :c:func:`wall_time`
|
||||||
|
|
160
docs/source/modules/fci.rst
Normal file
160
docs/source/modules/fci.rst
Normal file
@ -0,0 +1,160 @@
|
|||||||
|
.. _module_fci:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: fci
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
===
|
||||||
|
fci
|
||||||
|
===
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|CIPSI| algorithm in the full configuration interaction space.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
The user point of view
|
||||||
|
----------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
* :ref:`fci` performs |CIPSI| calculations using a stochastic scheme for both
|
||||||
|
the selection and the |PT2| contribution,
|
||||||
|
|
||||||
|
* :ref:`pt2` computes the |PT2| contribution using the wave function stored in
|
||||||
|
the |EZFIO| database.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
The main keywords/options for this module are:
|
||||||
|
|
||||||
|
* :option:`determinants n_det_max` : maximum number of Slater determinants in
|
||||||
|
the |CIPSI| wave function. The :ref:`fci` program will stop when the size of
|
||||||
|
the |CIPSI| wave function will exceed :option:`determinants n_det_max`.
|
||||||
|
|
||||||
|
* :option:`perturbation pt2_max` : absolute value of the |PT2| to stop the
|
||||||
|
|CIPSI| calculation. Once the abs(|PT2|) :math:`<` :option:`perturbation pt2_max`,
|
||||||
|
the |CIPSI| calculation stops.
|
||||||
|
|
||||||
|
* :option:`determinants n_states` : number of states to consider in the |CIPSI|
|
||||||
|
calculation.
|
||||||
|
|
||||||
|
* :option:`determinants read_wf` : if |false|, starts with a |ROHF|-like
|
||||||
|
determinant, if |true|, starts with the current wave function(s) stored in
|
||||||
|
the |EZFIO| directory.
|
||||||
|
|
||||||
|
.. note::
|
||||||
|
For a multi-state calculation, it is recommended to start with :ref:`cis`
|
||||||
|
or :ref:`cisd` wave functions as a guess.
|
||||||
|
|
||||||
|
* :option:`determinants expected_s2` : expected value of |S^2| for the
|
||||||
|
desired spin multiplicity.
|
||||||
|
|
||||||
|
* :option:`determinants s2_eig` : if |true|, systematically add all the
|
||||||
|
determinants needed to have a pure value of |S^2|. Also, if |true|, it
|
||||||
|
tracks only the states having the good :option:`determinants expected_s2`.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
The programmer's point of view
|
||||||
|
------------------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
This module was created with the :ref:`module_cipsi` module.
|
||||||
|
|
||||||
|
.. seealso::
|
||||||
|
|
||||||
|
The documentation of the :ref:`module_cipsi` module.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
EZFIO parameters
|
||||||
|
----------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: energy
|
||||||
|
|
||||||
|
Calculated Selected |FCI| energy
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: energy_pt2
|
||||||
|
|
||||||
|
Calculated |FCI| energy + |PT2|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Programs
|
||||||
|
--------
|
||||||
|
|
||||||
|
* :ref:`fci`
|
||||||
|
* :ref:`pt2`
|
||||||
|
|
||||||
|
Providers
|
||||||
|
---------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: do_ddci
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`fci/class.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
logical :: do_only_1h1p
|
||||||
|
logical :: do_ddci
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
In the FCI case, all those are always false
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: do_only_1h1p
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`fci/class.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
logical :: do_only_1h1p
|
||||||
|
logical :: do_ddci
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
In the FCI case, all those are always false
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Subroutines / functions
|
||||||
|
-----------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: save_energy:
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|
|
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|
File : :file:`fci/save_energy.irp.f`
|
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|
.. code:: fortran
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||||||
|
subroutine save_energy(E,pt2)
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|
Saves the energy in |EZFIO|.
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|
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Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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|
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|
* :c:data:`n_states`
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|
|
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|
Called by:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:func:`run_cipsi`
|
||||||
|
* :c:func:`run_stochastic_cipsi`
|
||||||
|
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|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_fci_energy`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_fci_energy_pt2`
|
||||||
|
|
19
docs/source/modules/generators_cas.rst
Normal file
19
docs/source/modules/generators_cas.rst
Normal file
@ -0,0 +1,19 @@
|
|||||||
|
.. _module_generators_cas:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: generators_cas
|
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|
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||||||
|
.. default-role:: option
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|
==============
|
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|
generators_cas
|
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|
==============
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||||||
|
Module defining the generator determinants as those belonging to a |CAS|.
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||||||
|
The |MOs| belonging to the |CAS| are those which were set as active with
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||||||
|
the :ref:`qp_set_mo_class` command.
|
||||||
|
|
||||||
|
This module is intended to be included in the :file:`NEED` file to define
|
||||||
|
the generators as the |CAS| determinants, which can be useful to define post-CAS approaches (see cassd module for instance).
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
295
docs/source/modules/generators_full.rst
Normal file
295
docs/source/modules/generators_full.rst
Normal file
@ -0,0 +1,295 @@
|
|||||||
|
.. _module_generators_full:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: generators_full
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
===============
|
||||||
|
generators_full
|
||||||
|
===============
|
||||||
|
|
||||||
|
Module defining the generator determinants as all the determinants of the
|
||||||
|
variational space.
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||||||
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||||||
|
This module is intended to be included in the :file:`NEED` file to define
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||||||
|
a full set of generators.
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||||||
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
Providers
|
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|
---------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: degree_max_generators
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`generators_full/generators.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: degree_max_generators
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Max degree of excitation (respect to HF) of the generators
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`hf_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_generators`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: n_det_generators
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`generators_full/generators.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: n_det_generators
|
||||||
|
|
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|
|
||||||
|
For Single reference wave functions, the number of generators is 1 : the
|
||||||
|
Hartree-Fock determinant
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_master`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`output_wall_time_0`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted`
|
||||||
|
* :c:data:`threshold_generators`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`degree_max_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_f`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_j`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_n_tasks`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_n_teeth`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_u`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_w`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: psi_coef_generators
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`generators_full/generators.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer(bit_kind), allocatable :: psi_det_generators (N_int,2,psi_det_size)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: psi_coef_generators (psi_det_size,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
For Single reference wave functions, the generator is the
|
||||||
|
Hartree-Fock determinant
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_size`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`degree_max_generators`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: psi_coef_sorted_gen
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`generators_full/generators.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer(bit_kind), allocatable :: psi_det_sorted_gen (N_int,2,psi_det_size)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: psi_coef_sorted_gen (psi_det_size,N_states)
|
||||||
|
integer, allocatable :: psi_det_sorted_gen_order (psi_det_size)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
For Single reference wave functions, the generator is the
|
||||||
|
Hartree-Fock determinant
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_size`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_f`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_n_teeth`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_w`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: psi_det_generators
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`generators_full/generators.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer(bit_kind), allocatable :: psi_det_generators (N_int,2,psi_det_size)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: psi_coef_generators (psi_det_size,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
For Single reference wave functions, the generator is the
|
||||||
|
Hartree-Fock determinant
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_size`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`degree_max_generators`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: psi_det_sorted_gen
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`generators_full/generators.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer(bit_kind), allocatable :: psi_det_sorted_gen (N_int,2,psi_det_size)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: psi_coef_sorted_gen (psi_det_size,N_states)
|
||||||
|
integer, allocatable :: psi_det_sorted_gen_order (psi_det_size)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
For Single reference wave functions, the generator is the
|
||||||
|
Hartree-Fock determinant
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_size`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_f`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_n_teeth`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_w`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: psi_det_sorted_gen_order
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`generators_full/generators.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer(bit_kind), allocatable :: psi_det_sorted_gen (N_int,2,psi_det_size)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: psi_coef_sorted_gen (psi_det_size,N_states)
|
||||||
|
integer, allocatable :: psi_det_sorted_gen_order (psi_det_size)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
For Single reference wave functions, the generator is the
|
||||||
|
Hartree-Fock determinant
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_size`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_f`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_n_teeth`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_w`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: select_max
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`generators_full/generators.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: select_max (size_select_max)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Memo to skip useless selectors
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`size_select_max`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: size_select_max
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`generators_full/generators.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: size_select_max
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Size of the select_max array
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`select_max`
|
||||||
|
|
406
docs/source/modules/hartree_fock.rst
Normal file
406
docs/source/modules/hartree_fock.rst
Normal file
@ -0,0 +1,406 @@
|
|||||||
|
.. _module_hartree_fock:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: hartree_fock
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
============
|
||||||
|
hartree_fock
|
||||||
|
============
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
The :ref:`scf` program performs *Restricted* Hartree-Fock
|
||||||
|
calculations (the spatial part of the |MOs| is common for alpha and beta
|
||||||
|
spinorbitals).
|
||||||
|
|
||||||
|
The Hartree-Fock algorithm is a |SCF| and therefore is based on the
|
||||||
|
:ref:`module_scf_utils` module.
|
||||||
|
|
||||||
|
The Fock matrix is defined in :file:`fock_matrix_hf.irp.f`.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
EZFIO parameters
|
||||||
|
----------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: energy
|
||||||
|
|
||||||
|
Energy HF
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Programs
|
||||||
|
--------
|
||||||
|
|
||||||
|
* :ref:`scf`
|
||||||
|
|
||||||
|
Providers
|
||||||
|
---------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: ao_two_e_integral_alpha
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`hartree_fock/fock_matrix_hf.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: ao_two_e_integral_alpha (ao_num,ao_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: ao_two_e_integral_beta (ao_num,ao_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Alpha Fock matrix in AO basis set
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_coef_normalized_ordered_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_expo_ordered_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_map`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_threshold`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_overlap_abs`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_power`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_prim_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_schwartz`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`do_direct_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`n_pt_max_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`hf_energy`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: ao_two_e_integral_beta
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`hartree_fock/fock_matrix_hf.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: ao_two_e_integral_alpha (ao_num,ao_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: ao_two_e_integral_beta (ao_num,ao_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Alpha Fock matrix in AO basis set
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_coef_normalized_ordered_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_expo_ordered_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_map`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_threshold`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_overlap_abs`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_power`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_prim_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_schwartz`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`do_direct_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`n_pt_max_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
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|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
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* :c:data:`hf_energy`
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|
.. c:var:: extra_e_contrib_density
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|
File : :file:`hartree_fock/hf_energy.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
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|
|
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|
double precision :: extra_e_contrib_density
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|
Extra contribution to the SCF energy coming from the density.
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|
For a Hartree-Fock calculation: extra_e_contrib_density = 0
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|
For a Kohn-Sham or Range-separated Kohn-Sham: the exchange/correlation - trace of the V_xc potential
|
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|
|
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|
Needed by:
|
||||||
|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:data:`scf_energy`
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|
|
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|
.. c:var:: fock_matrix_ao_alpha
|
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|
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|
File : :file:`hartree_fock/fock_matrix_hf.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: fock_matrix_ao_alpha (ao_num,ao_num)
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|
double precision, allocatable :: fock_matrix_ao_beta (ao_num,ao_num)
|
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|
|
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|
|
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|
Alpha Fock matrix in AO basis set
|
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
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|
* :c:data:`ao_one_e_integrals`
|
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|
* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
||||||
|
|
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|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo_alpha`
|
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|
* :c:data:`fock_matrix_mo_beta`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_energy`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: fock_matrix_ao_beta
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`hartree_fock/fock_matrix_hf.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: fock_matrix_ao_alpha (ao_num,ao_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: fock_matrix_ao_beta (ao_num,ao_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Alpha Fock matrix in AO basis set
|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo_beta`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_energy`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: hf_energy
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`hartree_fock/hf_energy.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision :: hf_energy
|
||||||
|
double precision :: hf_two_electron_energy
|
||||||
|
double precision :: hf_one_electron_energy
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Hartree-Fock energy containing the nuclear repulsion, and its one- and two-body components.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`nuclear_repulsion`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: hf_one_electron_energy
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`hartree_fock/hf_energy.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision :: hf_energy
|
||||||
|
double precision :: hf_two_electron_energy
|
||||||
|
double precision :: hf_one_electron_energy
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Hartree-Fock energy containing the nuclear repulsion, and its one- and two-body components.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`nuclear_repulsion`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: hf_two_electron_energy
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`hartree_fock/hf_energy.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision :: hf_energy
|
||||||
|
double precision :: hf_two_electron_energy
|
||||||
|
double precision :: hf_one_electron_energy
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Hartree-Fock energy containing the nuclear repulsion, and its one- and two-body components.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`nuclear_repulsion`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Subroutines / functions
|
||||||
|
-----------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: create_guess:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`hartree_fock/scf.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine create_guess
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Create a MO guess if no MOs are present in the EZFIO directory
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_guess_type`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_ortho_lowdin_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_label`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`scf`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_has_mo_basis_mo_coef`
|
||||||
|
* :c:func:`huckel_guess`
|
||||||
|
* :c:func:`mo_as_eigvectors_of_mo_matrix`
|
||||||
|
|
||||||
|
Touches:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_label`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: run:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`hartree_fock/scf.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine run
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Run SCF calculation
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`scf_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_label`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`pt2`
|
||||||
|
* :c:func:`scf`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_hartree_fock_energy`
|
||||||
|
* :c:func:`roothaan_hall_scf`
|
||||||
|
|
||||||
|
Touches:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`level_shift`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
204
docs/source/modules/iterations.rst
Normal file
204
docs/source/modules/iterations.rst
Normal file
@ -0,0 +1,204 @@
|
|||||||
|
.. _module_iterations:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: iterations
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
==========
|
||||||
|
iterations
|
||||||
|
==========
|
||||||
|
|
||||||
|
Module which saves the computed energies for an extrapolation to
|
||||||
|
the |FCI| limit.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
EZFIO parameters
|
||||||
|
----------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: n_iter
|
||||||
|
|
||||||
|
Number of saved iterations
|
||||||
|
|
||||||
|
Default: 1
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: n_det_iterations
|
||||||
|
|
||||||
|
Number of determinants at each iteration
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: energy_iterations
|
||||||
|
|
||||||
|
The variational energy at each iteration
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: pt2_iterations
|
||||||
|
|
||||||
|
The |PT2| correction at each iteration
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Providers
|
||||||
|
---------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: extrapolated_energy
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`iterations/iterations.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
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|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: extrapolated_energy (N_iter,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Extrapolated energy, using E_var = f(PT2) where PT2=0
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`energy_iterations`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`n_iter`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_iterations`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: n_iter
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`iterations/io.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: n_iter
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
number of iterations
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_master`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`output_wall_time_0`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`extrapolated_energy`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Subroutines / functions
|
||||||
|
-----------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: print_extrapolated_energy:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`iterations/print_extrapolation.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine print_extrapolated_energy
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Print the extrapolated energy in the output
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`extrapolated_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_iterations`
|
||||||
|
* :c:data:`n_iter`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`run_cipsi`
|
||||||
|
* :c:func:`run_stochastic_cipsi`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: print_summary:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`iterations/print_summary.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine print_summary(e_,pt2_,error_,variance_,norm_,n_det_,n_occ_pattern_,n_st,s2_)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Print the extrapolated energy in the output
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`do_pt2`
|
||||||
|
* :c:data:`s2_eig`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`run_cipsi`
|
||||||
|
* :c:func:`run_stochastic_cipsi`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: save_iterations:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`iterations/iterations.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine save_iterations(e_, pt2_,n_)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Update the energy in the EZFIO file.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_iter`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_iterations`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_iterations`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_iterations`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`run_cipsi`
|
||||||
|
* :c:func:`run_stochastic_cipsi`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_iterations_energy_iterations`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_iterations_n_det_iterations`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_iterations_n_iter`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_iterations_pt2_iterations`
|
||||||
|
|
101
docs/source/modules/kohn_sham.rst
Normal file
101
docs/source/modules/kohn_sham.rst
Normal file
@ -0,0 +1,101 @@
|
|||||||
|
.. _module_kohn_sham:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: kohn_sham
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
=========
|
||||||
|
kohn_sham
|
||||||
|
=========
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
The Kohn-Sham module performs *Restricted* Kohn-Sham calculations (the
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spatial part of the |MOs| is common for alpha and beta spinorbitals).
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The Kohn-Sham in an SCF and therefore is based on the ``scf_utils`` structure.
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It performs the following actions:
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#. Compute/Read all the one- and two-electron integrals, and store them in memory
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#. Check in the |EZFIO| database if there is a set of |MOs|. If there is, it
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will read them as initial guess. Otherwise, it will create a guess.
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#. Perform the |SCF| iterations
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The definition of the Fock matrix is in :file:`kohn_sham fock_matrix_ks.irp.f`
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For the keywords related to the |SCF| procedure, see the ``scf_utils`` directory where you will find all options.
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The main are:
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#. :option:`scf_utils thresh_scf`
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#. :option:`scf_utils level_shift`
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At each iteration, the |MOs| are saved in the |EZFIO| database. Hence, if the calculation
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crashes for any unexpected reason, the calculation can be restarted by running again
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the |SCF| with the same |EZFIO| database.
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The `DIIS`_ algorithm is implemented, as well as the `level-shifting`_ method.
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If the |SCF| does not converge, try again with a higher value of :option:`level_shift`.
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To start a calculation from scratch, the simplest way is to remove the
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``mo_basis`` directory from the |EZFIO| database, and run the |SCF| again.
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.. _DIIS: https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=DIIS
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.. _level-shifting: https://doi.org/10.1002/qua.560070407
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Programs
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* :ref:`ks_scf`
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Providers
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---------
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.. c:var:: ks_energy
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File : :file:`ks_enery.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision :: ks_energy
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double precision :: two_e_energy
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double precision :: one_e_energy
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double precision :: fock_matrix_energy
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double precision :: trace_potential_xc
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Kohn-Sham energy containing the nuclear repulsion energy, and the various components of this quantity.
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`ao_one_e_integrals`
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* :c:data:`ao_potential_alpha_xc`
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* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
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* :c:data:`e_correlation_dft`
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* :c:data:`e_exchange_dft`
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* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
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* :c:data:`nuclear_repulsion`
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* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
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* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`extra_e_contrib_density`
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|
Subroutines / functions
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-----------------------
|
468
docs/source/modules/kohn_sham_rs.rst
Normal file
468
docs/source/modules/kohn_sham_rs.rst
Normal file
@ -0,0 +1,468 @@
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|
.. _module_kohn_sham_rs:
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|
.. program:: kohn_sham_rs
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.. default-role:: option
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============
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kohn_sham_rs
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============
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|
The Range-separated Kohn-Sham module performs *Restricted* Kohn-Sham calculations (the
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spatial part of the |MOs| is common for alpha and beta spinorbitals) where the coulomb interaction is partially treated using exact exchange.
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|
The splitting of the interaction between long- and short-range is determined by the range-separation parameter :option:`ao_two_e_erf_ints mu_erf`. The long-range part of the interaction is explicitly treated with exact exchange, and the short-range part of the interaction is treated with appropriate DFT functionals.
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|
The Range-separated Kohn-Sham in an SCF and therefore is based on the ``scf_utils`` structure.
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|
It performs the following actions:
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|
#. Compute/Read all the one- and two-electron integrals, and store them in memory
|
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|
#. Check in the |EZFIO| database if there is a set of |MOs|. If there is, it
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||||||
|
will read them as initial guess. Otherwise, it will create a guess.
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|
#. Perform the |SCF| iterations
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The definition of the Fock matrix is in :file:`kohn_sham_rs fock_matrix_rs_ks.irp.f`
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|
For the keywords related to the |SCF| procedure, see the ``scf_utils`` directory where you will find all options.
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|
The main are:
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# :option:`scf_utils thresh_scf`
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|
# :option:`scf_utils level_shift`
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|
At each iteration, the |MOs| are saved in the |EZFIO| database. Hence, if the calculation
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|
crashes for any unexpected reason, the calculation can be restarted by running again
|
||||||
|
the |SCF| with the same |EZFIO| database.
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|
The `DIIS`_ algorithm is implemented, as well as the `level-shifting`_ method.
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|
If the |SCF| does not converge, try again with a higher value of :option:`level_shift`.
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|
To start a calculation from scratch, the simplest way is to remove the
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|
``mo_basis`` directory from the |EZFIO| database, and run the |SCF| again.
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.. _DIIS: https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=DIIS
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|
.. _level-shifting: https://doi.org/10.1002/qua.560070407
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EZFIO parameters
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----------------
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.. option:: energy
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Energy range separated hybrid
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Programs
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--------
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* :ref:`rs_ks_scf`
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Providers
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---------
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.. c:var:: ao_potential_alpha_xc
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File : :file:`pot_functionals.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision, allocatable :: ao_potential_alpha_xc (ao_num,ao_num)
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double precision, allocatable :: ao_potential_beta_xc (ao_num,ao_num)
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`potential_x_alpha_ao`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
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* :c:data:`rs_ks_energy`
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.. c:var:: ao_potential_beta_xc
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File : :file:`pot_functionals.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
double precision, allocatable :: ao_potential_alpha_xc (ao_num,ao_num)
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double precision, allocatable :: ao_potential_beta_xc (ao_num,ao_num)
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`potential_x_alpha_ao`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
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* :c:data:`rs_ks_energy`
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.. c:var:: e_correlation_dft
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File : :file:`pot_functionals.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision :: e_correlation_dft
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`energy_x`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`extra_e_contrib_density`
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* :c:data:`rs_ks_energy`
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.. c:var:: e_exchange_dft
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File : :file:`pot_functionals.irp.f`
|
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.. code:: fortran
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|
double precision :: e_exchange_dft
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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|
* :c:data:`energy_x`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`extra_e_contrib_density`
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* :c:data:`rs_ks_energy`
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|
.. c:var:: fock_matrix_alpha_no_xc_ao
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File : :file:`fock_matrix_rs_ks.irp.f`
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|
.. code:: fortran
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|
double precision, allocatable :: fock_matrix_alpha_no_xc_ao (ao_num,ao_num)
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|
double precision, allocatable :: fock_matrix_beta_no_xc_ao (ao_num,ao_num)
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|
Mono electronic an Coulomb matrix in AO basis set
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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|
* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`ao_one_e_integrals`
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* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
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Needed by:
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.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
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|
.. c:var:: fock_matrix_beta_no_xc_ao
|
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|
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|
File : :file:`fock_matrix_rs_ks.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
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|
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|
double precision, allocatable :: fock_matrix_alpha_no_xc_ao (ao_num,ao_num)
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|
double precision, allocatable :: fock_matrix_beta_no_xc_ao (ao_num,ao_num)
|
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|
|
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||||||
|
Mono electronic an Coulomb matrix in AO basis set
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|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`ao_one_e_integrals`
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* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
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|
|
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Needed by:
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|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
|
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|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
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|
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|
.. c:var:: fock_matrix_energy
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File : :file:`rs_ks_energy.irp.f`
|
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.. code:: fortran
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double precision :: rs_ks_energy
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double precision :: two_e_energy
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double precision :: one_e_energy
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double precision :: fock_matrix_energy
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|
double precision :: trace_potential_xc
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|
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|
Range-separated Kohn-Sham energy containing the nuclear repulsion energy, and the various components of this quantity.
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|
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|
Needs:
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|
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`ao_one_e_integrals`
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* :c:data:`ao_potential_alpha_xc`
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||||||
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* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
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|
* :c:data:`e_correlation_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`e_exchange_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`nuclear_repulsion`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
|
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|
|
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|
Needed by:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
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|
* :c:data:`extra_e_contrib_density`
|
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.. c:var:: one_e_energy
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|
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|
File : :file:`rs_ks_energy.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
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|
double precision :: rs_ks_energy
|
||||||
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double precision :: two_e_energy
|
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double precision :: one_e_energy
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|
double precision :: fock_matrix_energy
|
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|
double precision :: trace_potential_xc
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
Range-separated Kohn-Sham energy containing the nuclear repulsion energy, and the various components of this quantity.
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|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
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|
* :c:data:`ao_num`
|
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|
* :c:data:`ao_one_e_integrals`
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|
* :c:data:`ao_potential_alpha_xc`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
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|
* :c:data:`e_correlation_dft`
|
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|
* :c:data:`e_exchange_dft`
|
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|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
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|
* :c:data:`nuclear_repulsion`
|
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|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
|
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|
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|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
|
||||||
|
* :c:data:`extra_e_contrib_density`
|
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.. c:var:: rs_ks_energy
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||||||
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||||||
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File : :file:`rs_ks_energy.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
|
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|
|
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|
double precision :: rs_ks_energy
|
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|
double precision :: two_e_energy
|
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|
double precision :: one_e_energy
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|
double precision :: fock_matrix_energy
|
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|
double precision :: trace_potential_xc
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|
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|
||||||
|
Range-separated Kohn-Sham energy containing the nuclear repulsion energy, and the various components of this quantity.
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|
|
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|
Needs:
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
|
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* :c:data:`ao_one_e_integrals`
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* :c:data:`ao_potential_alpha_xc`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
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|
* :c:data:`e_correlation_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`e_exchange_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`nuclear_repulsion`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
|
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|
|
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|
Needed by:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`extra_e_contrib_density`
|
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||||||
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.. c:var:: trace_potential_xc
|
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|
File : :file:`rs_ks_energy.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision :: rs_ks_energy
|
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double precision :: two_e_energy
|
||||||
|
double precision :: one_e_energy
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|
double precision :: fock_matrix_energy
|
||||||
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double precision :: trace_potential_xc
|
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|
Range-separated Kohn-Sham energy containing the nuclear repulsion energy, and the various components of this quantity.
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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|
* :c:data:`ao_num`
|
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|
* :c:data:`ao_one_e_integrals`
|
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* :c:data:`ao_potential_alpha_xc`
|
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* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`e_correlation_dft`
|
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|
* :c:data:`e_exchange_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`nuclear_repulsion`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
|
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|
|
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|
Needed by:
|
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`extra_e_contrib_density`
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.. c:var:: two_e_energy
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File : :file:`rs_ks_energy.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision :: rs_ks_energy
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double precision :: two_e_energy
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double precision :: one_e_energy
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|
double precision :: fock_matrix_energy
|
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|
double precision :: trace_potential_xc
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|
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||||||
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|
Range-separated Kohn-Sham energy containing the nuclear repulsion energy, and the various components of this quantity.
|
||||||
|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`ao_num`
|
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* :c:data:`ao_one_e_integrals`
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|
* :c:data:`ao_potential_alpha_xc`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`e_correlation_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`e_exchange_dft`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`nuclear_repulsion`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`extra_e_contrib_density`
|
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||||||
|
|
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|
Subroutines / functions
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|
-----------------------
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|
.. c:function:: check_coherence_functional:
|
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|
|
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|
File : :file:`rs_ks_scf.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
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||||||
|
subroutine check_coherence_functional
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|
|
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|
|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`exchange_functional`
|
||||||
|
* :c:data:`correlation_functional`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`rs_ks_scf`
|
||||||
|
|
815
docs/source/modules/mo_basis.rst
Normal file
815
docs/source/modules/mo_basis.rst
Normal file
@ -0,0 +1,815 @@
|
|||||||
|
.. _module_mo_basis:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: mo_basis
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|
.. default-role:: option
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========
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|
mo_basis
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|
========
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|
Molecular orbitals are expressed as
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.. math::
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|
\phi_k({\bf r}) = \sum_i C_{ik} \chi_k({\bf r})
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|
where :math:`\chi_k` are *normalized* atomic basis functions.
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||||||
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|
The current set of |MOs| has a label `mo_label`.
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|
When the orbitals are modified, the label should also be updated to keep
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|
everything consistent.
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|
When saving the |MOs|, the :file:`mo_basis` directory of the |EZFIO| database
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|
is copied in the :file:`save` directory, named by the current `mo_label`. All
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||||||
|
this is done with the script named :file:`save_current_mos.sh` in the
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||||||
|
:file:`$QP_ROOT/scripts` directory.
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|
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||||||
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|
EZFIO parameters
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----------------
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.. option:: mo_num
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Total number of |MOs|
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.. option:: mo_coef
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|
Coefficient of the i-th |AO| on the j-th |MO|
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.. option:: mo_label
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|
Label characterizing the MOS (Local, Canonical, Natural, *etc*)
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.. option:: mo_occ
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|MO| occupation numbers
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.. option:: mo_class
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|
[ Core | Inactive | Active | Virtual | Deleted ], as defined by :ref:`qp_set_mo_class`
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.. option:: ao_md5
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|
MD5 checksum characterizing the |AO| basis set.
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|
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Providers
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---------
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.. c:var:: mo_coef
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|
File : :file:`mo_basis/mos.irp.f`
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|
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|
.. code:: fortran
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|
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||||||
|
double precision, allocatable :: mo_coef (ao_num,mo_num)
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|
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|
Molecular orbital coefficients on |AO| basis set
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||||||
|
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|
mo_coef(i,j) = coefficient of the i-th |AO| on the jth mo
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|
|
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|
mo_label : Label characterizing the MOS (local, canonical, natural, etc)
|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_ortho_canonical_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_master`
|
||||||
|
|
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|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo_beta`
|
||||||
|
* :c:data:`fps_spf_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef_in_ao_ortho_basis`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_dipole_x`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_n_e`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_n_e_per_atom`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_kinetic_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_overlap`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_pseudo_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_spread_x`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_int_erf_jj_from_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integral_jj_from_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_erf_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_spin_density_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
|
* :c:data:`s_mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: mo_coef_begin_iteration
|
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|
|
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|
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|
File : :file:`mo_basis/track_orb.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
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|
double precision, allocatable :: mo_coef_begin_iteration (ao_num,mo_num)
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|
Void provider to store the coefficients of the |MO| basis at the beginning of the SCF iteration
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|
Usefull to track some orbitals
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|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
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|
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|
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|
|
||||||
|
.. c:var:: mo_coef_in_ao_ortho_basis
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|
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|
|
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|
File : :file:`mo_basis/mos.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
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|
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|
double precision, allocatable :: mo_coef_in_ao_ortho_basis (ao_num,mo_num)
|
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|
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|
|MO| coefficients in orthogonalized |AO| basis
|
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|
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|
:math:`C^{-1}.C_{mo}`
|
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_ortho_canonical_coef_inv`
|
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|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: mo_coef_transp
|
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|
|
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|
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|
File : :file:`mo_basis/mos.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
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|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_coef_transp (mo_num,ao_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|MO| coefficients on |AO| basis set
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_int_erf_jj_from_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integral_jj_from_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_erf_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: mo_label
|
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|
|
||||||
|
|
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|
File : :file:`mo_basis/mos.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
|
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|
|
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|
character*(64) :: mo_label
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|
|
||||||
|
|
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|
|MO| coefficients on |AO| basis set
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|
|
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|
mo_coef(i,j) = coefficient of the i-th |AO| on the j-th |MO|
|
||||||
|
|
||||||
|
mo_label : Label characterizing the |MOs| (local, canonical, natural, etc)
|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_master`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: mo_num
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_basis/mos.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: mo_num
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Number of MOs
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_ortho_canonical_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_master`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_ortho_canonical_nucl_elec_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_ortho_lowdin_nucl_elec_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`core_fock_operator`
|
||||||
|
* :c:data:`core_fock_operator_erf`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo_beta`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_operator_closed_shell_ref_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_wee_closed_shell`
|
||||||
|
* :c:data:`fps_spf_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`full_ijkl_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`int_erf_3_index`
|
||||||
|
* :c:data:`list_core_inact_act`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_class`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef_begin_iteration`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef_in_ao_ortho_basis`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_dipole_x`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_cache_min`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_erf_cache_min`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_erf_map`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_map`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_n_e`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_n_e_per_atom`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_kinetic_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_occ`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_overlap`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_pseudo_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_spread_x`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_int_erf_jj`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_int_erf_jj_from_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integral_jj_from_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_erf_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_jj`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_vv_from_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_orb`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_dagger_mo_spin_index`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha_average`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_diff`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_spin_index`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_spin_density_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_spin_density_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_energy_h_core`
|
||||||
|
* :c:data:`s_mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`singles_alpha_csc_idx`
|
||||||
|
* :c:data:`singles_beta_csc_idx`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: mo_occ
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_basis/mos.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_occ (mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|MO| occupation numbers
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_master`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Subroutines / functions
|
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-----------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: ao_ortho_cano_to_ao:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_basis/mos.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine ao_ortho_cano_to_ao(A_ao,LDA_ao,A,LDA)
|
||||||
|
|
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|
|
||||||
|
Transform A from the |AO| basis to the orthogonal |AO| basis
|
||||||
|
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|
$C^{-1}.A_{ao}.C^{\dagger-1}$
|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_ortho_canonical_coef_inv`
|
||||||
|
|
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|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`dgemm`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: ao_to_mo:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_basis/mos.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine ao_to_mo(A_ao,LDA_ao,A_mo,LDA_mo)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Transform A from the |AO| basis to the |MO| basis
|
||||||
|
|
||||||
|
$C^\dagger.A_{ao}.C$
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo_beta`
|
||||||
|
* :c:data:`fps_spf_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_dipole_x`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_n_e`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_n_e_per_atom`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_kinetic_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_pseudo_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_spread_x`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`dgemm`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: give_all_mos_and_grad_and_lapl_at_r:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_basis/mos_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine give_all_mos_and_grad_and_lapl_at_r(r,mos_array,mos_grad_array,mos_lapl_array)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`give_all_aos_and_grad_and_lapl_at_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: give_all_mos_and_grad_at_r:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_basis/mos_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine give_all_mos_and_grad_at_r(r,mos_array,mos_grad_array)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`give_all_aos_and_grad_at_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: give_all_mos_at_r:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_basis/mos_in_r.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine give_all_mos_at_r(r,mos_array)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef_transp`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`dgemv`
|
||||||
|
* :c:func:`give_all_aos_at_r`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: initialize_mo_coef_begin_iteration:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_basis/track_orb.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine initialize_mo_coef_begin_iteration
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Initialize :c:data:`mo_coef_begin_iteration` to the current :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef_begin_iteration`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`damping_scf`
|
||||||
|
* :c:func:`roothaan_hall_scf`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: mix_mo_jk:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_basis/mos.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine mix_mo_jk(j,k)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Rotates the j-th |MO| with the k-th |MO| to give two new |MOs| that are
|
||||||
|
|
||||||
|
* $+ = \frac{1}{\sqrt{2}} ( | j\rangle + | k\rangle)$
|
||||||
|
|
||||||
|
* $- = \frac{1}{\sqrt{2}} ( | j\rangle - | k\rangle)$
|
||||||
|
|
||||||
|
by convention, the '+' |MO| is in the lowest index (min(j,k))
|
||||||
|
by convention, the '-' |MO| is in the highest index (max(j,k))
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: mo_as_eigvectors_of_mo_matrix:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_basis/utils.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine mo_as_eigvectors_of_mo_matrix(matrix,n,m,label,sign,output)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_label`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`create_guess`
|
||||||
|
* :c:func:`damping_scf`
|
||||||
|
* :c:func:`hcore_guess`
|
||||||
|
* :c:func:`roothaan_hall_scf`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`dgemm`
|
||||||
|
* :c:func:`lapack_diag`
|
||||||
|
* :c:func:`write_time`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: mo_as_svd_vectors_of_mo_matrix:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_basis/utils.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine mo_as_svd_vectors_of_mo_matrix(matrix,lda,m,n,label)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_label`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`dgemm`
|
||||||
|
* :c:func:`svd`
|
||||||
|
* :c:func:`write_time`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: mo_as_svd_vectors_of_mo_matrix_eig:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_basis/utils.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine mo_as_svd_vectors_of_mo_matrix_eig(matrix,lda,m,n,eig,label)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_label`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`set_natural_mos`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`dgemm`
|
||||||
|
* :c:func:`svd`
|
||||||
|
* :c:func:`write_time`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: reorder_core_orb:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_basis/track_orb.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine reorder_core_orb
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
routines that takes the current :c:data:`mo_coef` and reorder the core orbitals (see :c:data:`list_core` and :c:data:`n_core_orb`) according to the overlap with :c:data:`mo_coef_begin_iteration`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef_begin_iteration`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_overlap`
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_orb`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`damping_scf`
|
||||||
|
* :c:func:`roothaan_hall_scf`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`dsort`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: save_mos:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_basis/utils.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine save_mos
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_occ`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_md5`
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_label`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`damping_scf`
|
||||||
|
* :c:func:`hcore_guess`
|
||||||
|
* :c:func:`huckel_guess`
|
||||||
|
* :c:func:`roothaan_hall_scf`
|
||||||
|
* :c:func:`save_natural_mos`
|
||||||
|
* :c:func:`save_ortho_mos`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_mo_basis_ao_md5`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_mo_basis_mo_coef`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_mo_basis_mo_label`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_mo_basis_mo_num`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_mo_basis_mo_occ`
|
||||||
|
* :c:func:`system`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: save_mos_truncated:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_basis/utils.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine save_mos_truncated(n)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_occ`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_md5`
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_label`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_mo_basis_ao_md5`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_mo_basis_mo_coef`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_mo_basis_mo_label`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_mo_basis_mo_num`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_mo_basis_mo_occ`
|
||||||
|
* :c:func:`system`
|
||||||
|
|
160
docs/source/modules/mo_guess.rst
Normal file
160
docs/source/modules/mo_guess.rst
Normal file
@ -0,0 +1,160 @@
|
|||||||
|
.. _module_mo_guess:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: mo_guess
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
========
|
||||||
|
mo_guess
|
||||||
|
========
|
||||||
|
|
||||||
|
Guess for |MOs|.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Providers
|
||||||
|
---------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: ao_ortho_canonical_nucl_elec_integrals
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_guess/pot_mo_ortho_canonical_ints.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
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|
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|
double precision, allocatable :: ao_ortho_canonical_nucl_elec_integrals (mo_num,mo_num)
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|
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|
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|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
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|
* :c:data:`ao_integrals_n_e`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_ortho_canonical_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
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||||||
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|
.. c:var:: ao_ortho_lowdin_coef
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||||||
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File : :file:`mo_guess/mo_ortho_lowdin.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
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||||||
|
double precision, allocatable :: ao_ortho_lowdin_coef (ao_num,ao_num)
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|
matrix of the coefficients of the mos generated by the
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|
orthonormalization by the S^{-1/2} canonical transformation of the aos
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|
ao_ortho_lowdin_coef(i,j) = coefficient of the ith ao on the jth ao_ortho_lowdin orbital
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|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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||||||
|
|
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|
* :c:data:`ao_num`
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||||||
|
* :c:data:`ao_overlap`
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|
|
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|
Needed by:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:data:`ao_ortho_lowdin_nucl_elec_integrals`
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|
* :c:data:`ao_ortho_lowdin_overlap`
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||||||
|
.. c:var:: ao_ortho_lowdin_nucl_elec_integrals
|
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|
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||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_guess/pot_mo_ortho_lowdin_ints.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
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||||||
|
|
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|
double precision, allocatable :: ao_ortho_lowdin_nucl_elec_integrals (mo_num,mo_num)
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|
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|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_n_e`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_ortho_lowdin_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: ao_ortho_lowdin_overlap
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_guess/mo_ortho_lowdin.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: ao_ortho_lowdin_overlap (ao_num,ao_num)
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
overlap matrix of the ao_ortho_lowdin
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|
supposed to be the Identity
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|
|
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|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_ortho_lowdin_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_overlap`
|
||||||
|
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||||||
|
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||||||
|
|
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|
|
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|
Subroutines / functions
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-----------------------
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|
.. c:function:: hcore_guess:
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_guess/h_core_guess_routine.irp.f`
|
||||||
|
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||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine hcore_guess
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|
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|
Produce `H_core` MO orbital
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|
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|
Needs:
|
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|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_label`
|
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|
* :c:data:`mo_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`mo_as_eigvectors_of_mo_matrix`
|
||||||
|
* :c:func:`save_mos`
|
||||||
|
|
||||||
|
Touches:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_label`
|
||||||
|
|
571
docs/source/modules/mo_one_e_ints.rst
Normal file
571
docs/source/modules/mo_one_e_ints.rst
Normal file
@ -0,0 +1,571 @@
|
|||||||
|
.. _module_mo_one_e_ints:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: mo_one_e_ints
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||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
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|
==================
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|
mo_one_e_integrals
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==================
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|
All the one-electron integrals in |MO| basis are defined here.
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|
The most important providers for usual quantum-chemistry calculation are:
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|
* `mo_kinetic_integrals` which are the kinetic operator integrals on the |AO| basis (see :file:`kin_mo_ints.irp.f`)
|
||||||
|
* `mo_integrals_n_e` which are the nuclear-elctron operator integrals on the |AO| basis (see :file:`pot_mo_ints.irp.f`)
|
||||||
|
* `mo_one_e_integrals` which are the the h_core operator integrals on the |AO| basis (see :file:`mo_mono_ints.irp.f`)
|
||||||
|
|
||||||
|
Note that you can find other interesting integrals related to the position operator in :file:`spread_dipole_mo.irp.f`.
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|
|
||||||
|
EZFIO parameters
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----------------
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|
.. option:: mo_integrals_e_n
|
||||||
|
|
||||||
|
Nucleus-electron integrals in |MO| basis set
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: io_mo_integrals_e_n
|
||||||
|
|
||||||
|
Read/Write |MO| electron-nucleus attraction integrals from/to disk [ Write | Read | None ]
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|
|
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|
Default: None
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: mo_integrals_kinetic
|
||||||
|
|
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|
Kinetic energy integrals in |MO| basis set
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|
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||||||
|
|
||||||
|
.. option:: io_mo_integrals_kinetic
|
||||||
|
|
||||||
|
Read/Write |MO| one-electron kinetic integrals from/to disk [ Write | Read | None ]
|
||||||
|
|
||||||
|
Default: None
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: mo_integrals_pseudo
|
||||||
|
|
||||||
|
Pseudopotential integrals in |MO| basis set
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: io_mo_integrals_pseudo
|
||||||
|
|
||||||
|
Read/Write |MO| pseudopotential integrals from/to disk [ Write | Read | None ]
|
||||||
|
|
||||||
|
Default: None
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: mo_one_e_integrals
|
||||||
|
|
||||||
|
One-electron integrals in |MO| basis set
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: io_mo_one_e_integrals
|
||||||
|
|
||||||
|
Read/Write |MO| one-electron integrals from/to disk [ Write | Read | None ]
|
||||||
|
|
||||||
|
Default: None
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Providers
|
||||||
|
---------
|
||||||
|
|
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|
.. c:var:: mo_dipole_x
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||||||
|
|
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|
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||||||
|
File : :file:`mo_one_e_ints/spread_dipole_mo.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_dipole_x (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_dipole_y (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_dipole_z (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
array of the integrals of MO_i * x MO_j
|
||||||
|
array of the integrals of MO_i * y MO_j
|
||||||
|
array of the integrals of MO_i * z MO_j
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_dipole_x`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: mo_dipole_y
|
||||||
|
|
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|
|
||||||
|
File : :file:`mo_one_e_ints/spread_dipole_mo.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_dipole_x (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_dipole_y (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_dipole_z (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
array of the integrals of MO_i * x MO_j
|
||||||
|
array of the integrals of MO_i * y MO_j
|
||||||
|
array of the integrals of MO_i * z MO_j
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_dipole_x`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: mo_dipole_z
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_one_e_ints/spread_dipole_mo.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_dipole_x (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_dipole_y (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_dipole_z (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
array of the integrals of MO_i * x MO_j
|
||||||
|
array of the integrals of MO_i * y MO_j
|
||||||
|
array of the integrals of MO_i * z MO_j
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_dipole_x`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: mo_integrals_n_e
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_one_e_ints/pot_mo_ints.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_integrals_n_e (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Nucleus-electron interaction on the |MO| basis
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_n_e`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`read_mo_integrals_e_n`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`ref_bitmask_energy`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: mo_integrals_n_e_per_atom
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_one_e_ints/pot_mo_ints.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_integrals_n_e_per_atom (mo_num,mo_num,nucl_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
mo_integrals_n_e_per_atom(i,j,k) =
|
||||||
|
:math:`\langle \phi_i| -\frac{1}{|r-R_k|} | \phi_j \rangle` .
|
||||||
|
where R_k is the coordinate of the k-th nucleus.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_n_e_per_atom`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: mo_kinetic_integrals
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_one_e_ints/kin_mo_ints.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_kinetic_integrals (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Kinetic energy integrals in the MO basis
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_kinetic_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`read_mo_integrals_kinetic`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`ref_bitmask_energy`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: mo_one_e_integrals
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_one_e_ints/mo_one_e_ints.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_one_e_integrals (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
array of the mono electronic hamiltonian on the MOs basis :
|
||||||
|
sum of the kinetic and nuclear electronic potential (and pseudo potential if needed)
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`do_pseudo`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_n_e`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_kinetic_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_pseudo_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`read_mo_one_e_integrals`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`core_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`core_energy_erf`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_operator_closed_shell_ref_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_energy_h_core`
|
||||||
|
* :c:data:`ref_bitmask_energy`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: mo_overlap
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_one_e_ints/mo_overlap.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_overlap (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Provider to check that the MOs are indeed orthonormal.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_overlap`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: mo_pseudo_integrals
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_one_e_ints/pot_mo_pseudo_ints.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_pseudo_integrals (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Pseudopotential integrals in |MO| basis
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_pseudo_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`do_pseudo`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`read_mo_integrals_pseudo`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`mo_one_e_integrals`
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.. c:var:: mo_spread_x
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File : :file:`mo_one_e_ints/spread_dipole_mo.irp.f`
|
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.. code:: fortran
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|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_spread_x (mo_num,mo_num)
|
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|
double precision, allocatable :: mo_spread_y (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_spread_z (mo_num,mo_num)
|
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||||||
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|
array of the integrals of MO_i * x^2 MO_j
|
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array of the integrals of MO_i * y^2 MO_j
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|
array of the integrals of MO_i * z^2 MO_j
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|
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Needs:
|
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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|
* :c:data:`ao_spread_x`
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* :c:data:`mo_coef`
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* :c:data:`mo_num`
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|
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|
.. c:var:: mo_spread_y
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File : :file:`mo_one_e_ints/spread_dipole_mo.irp.f`
|
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|
.. code:: fortran
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|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_spread_x (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_spread_y (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_spread_z (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
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|
array of the integrals of MO_i * x^2 MO_j
|
||||||
|
array of the integrals of MO_i * y^2 MO_j
|
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|
array of the integrals of MO_i * z^2 MO_j
|
||||||
|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`ao_num`
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|
* :c:data:`ao_spread_x`
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* :c:data:`mo_coef`
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|
* :c:data:`mo_num`
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|
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|
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|
.. c:var:: mo_spread_z
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|
File : :file:`mo_one_e_ints/spread_dipole_mo.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_spread_x (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_spread_y (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: mo_spread_z (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
array of the integrals of MO_i * x^2 MO_j
|
||||||
|
array of the integrals of MO_i * y^2 MO_j
|
||||||
|
array of the integrals of MO_i * z^2 MO_j
|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:data:`ao_num`
|
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|
* :c:data:`ao_spread_x`
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|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
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|
|
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|
|
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|
.. c:var:: s_mo_coef
|
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|
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|
File : :file:`mo_one_e_ints/ao_to_mo.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
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|
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|
double precision, allocatable :: s_mo_coef (ao_num,mo_num)
|
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|
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|
Product S.C where S is the overlap matrix in the AO basis and C the mo_coef matrix.
|
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|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
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|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_overlap`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
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|
Needed by:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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|
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao`
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|
|
||||||
|
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||||||
|
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|
Subroutines / functions
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|
-----------------------
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|
.. c:function:: mo_to_ao:
|
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|
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|
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||||||
|
File : :file:`mo_one_e_ints/ao_to_mo.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
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|
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|
subroutine mo_to_ao(A_mo,LDA_mo,A_ao,LDA_ao)
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|
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|
Transform A from the MO basis to the AO basis
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|
$(S.C).A_{mo}.(S.C)^\dagger$
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||||||
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`s_mo_coef`
|
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|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
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|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`dgemm`
|
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|
|
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|
|
||||||
|
.. c:function:: mo_to_ao_no_overlap:
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mo_one_e_ints/ao_to_mo.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine mo_to_ao_no_overlap(A_mo,LDA_mo,A_ao,LDA_ao)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
$C.A_{mo}.C^\dagger$
|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
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|
Calls:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`dgemm`
|
||||||
|
|
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|
|
||||||
|
.. c:function:: orthonormalize_mos:
|
||||||
|
|
||||||
|
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||||||
|
File : :file:`mo_one_e_ints/orthonormalize.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine orthonormalize_mos
|
||||||
|
|
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|
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|
|
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|
Needs:
|
||||||
|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_label`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_overlap`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`save_ortho_mos`
|
||||||
|
* :c:func:`scf`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ortho_lowdin`
|
||||||
|
|
||||||
|
Touches:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_label`
|
||||||
|
|
1000
docs/source/modules/mo_two_e_erf_ints.rst
Normal file
1000
docs/source/modules/mo_two_e_erf_ints.rst
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
1312
docs/source/modules/mo_two_e_ints.rst
Normal file
1312
docs/source/modules/mo_two_e_ints.rst
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
291
docs/source/modules/mpi.rst
Normal file
291
docs/source/modules/mpi.rst
Normal file
@ -0,0 +1,291 @@
|
|||||||
|
.. _module_mpi:
|
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|
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|
.. program:: mpi
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|
.. default-role:: option
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|
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||||||
|
===
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||||||
|
mpi
|
||||||
|
===
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|
Contains all the functions and providers for parallelization with |MPI|.
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|
|
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|
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|
Providers
|
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|
---------
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|
.. c:var:: mpi_initialized
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|
|
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|
File : :file:`mpi/mpi.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
logical :: mpi_initialized
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|
Always true. Initialized MPI
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|
|
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|
Needed by:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
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|
.. c:var:: mpi_master
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|
|
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||||||
|
File : :file:`mpi/mpi.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
logical :: mpi_master
|
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|
|
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|
|
||||||
|
If true, rank is zero
|
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|
|
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|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_rank`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_cartesian`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_expo`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_threshold`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_md5`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_nucl`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_power`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_prim_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`cas_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`ci_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`correlation_energy_ratio_max`
|
||||||
|
* :c:data:`data_energy_proj`
|
||||||
|
* :c:data:`data_energy_var`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_alpha_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`data_one_e_dm_beta_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`davidson_sze_max`
|
||||||
|
* :c:data:`disk_access_nuclear_repulsion`
|
||||||
|
* :c:data:`disk_based_davidson`
|
||||||
|
* :c:data:`distributed_davidson`
|
||||||
|
* :c:data:`do_direct_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`do_pseudo`
|
||||||
|
* :c:data:`do_pt2`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
|
* :c:data:`element_name`
|
||||||
|
* :c:data:`energy_iterations`
|
||||||
|
* :c:data:`frozen_orb_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`generators_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`generators_bitmask_restart`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_integrals_e_n`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_integrals_kinetic`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_integrals_overlap`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_integrals_pseudo`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_two_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`io_ao_two_e_integrals_erf`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_integrals_e_n`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_integrals_kinetic`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_integrals_pseudo`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_two_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`io_mo_two_e_integrals_erf`
|
||||||
|
* :c:data:`level_shift`
|
||||||
|
* :c:data:`max_dim_diis`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_class`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_guess_type`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_threshold`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_label`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_occ`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`mu_erf`
|
||||||
|
* :c:data:`n_cas_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_orb`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_iterations`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_max`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_max_full`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_print_wf`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`n_generators_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`n_generators_bitmask_restart`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`n_it_scf_max`
|
||||||
|
* :c:data:`n_iter`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states_diag`
|
||||||
|
* :c:data:`no_ivvv_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`no_vvv_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`no_vvvv_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`nthreads_davidson`
|
||||||
|
* :c:data:`nthreads_pt2`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge_remove`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_label`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
* :c:data:`nuclear_repulsion`
|
||||||
|
* :c:data:`only_expected_s2`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_dz_k`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_dz_kl`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_grid_rmax`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_grid_size`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_klocmax`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_kmax`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_lmax`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_n_k`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_n_kl`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_v_k`
|
||||||
|
* :c:data:`pseudo_v_kl`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_cas`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_coef_max`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_alpha_unique`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_beta_unique`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_size`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_e0_denominator`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_iterations`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_max`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_n_teeth`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_relative_error`
|
||||||
|
* :c:data:`qp_max_mem`
|
||||||
|
* :c:data:`read_wf`
|
||||||
|
* :c:data:`s2_eig`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_algorithm`
|
||||||
|
* :c:data:`state_following`
|
||||||
|
* :c:data:`target_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`thresh_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`threshold_davidson`
|
||||||
|
* :c:data:`threshold_diis`
|
||||||
|
* :c:data:`threshold_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`used_weight`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: mpi_rank
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`mpi/mpi.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: mpi_rank
|
||||||
|
integer :: mpi_size
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Rank of MPI process and number of MPI processes
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_master`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: mpi_size
|
||||||
|
|
||||||
|
|
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|
File : :file:`mpi/mpi.irp.f`
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.. code:: fortran
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integer :: mpi_rank
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integer :: mpi_size
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Rank of MPI process and number of MPI processes
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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|
* :c:data:`mpi_master`
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Subroutines / functions
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-----------------------
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.. c:function:: broadcast_chunks_double:
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File : :file:`mpi/mpi.irp.f_template_97`
|
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.. code:: fortran
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|
subroutine broadcast_chunks_double(A, LDA)
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Broadcast with chunks of ~2GB
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.. c:function:: broadcast_chunks_integer:
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File : :file:`mpi/mpi.irp.f_template_97`
|
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.. code:: fortran
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||||||
|
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||||||
|
subroutine broadcast_chunks_integer(A, LDA)
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||||||
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|
Broadcast with chunks of ~2GB
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||||||
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|
.. c:function:: broadcast_chunks_integer8:
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||||||
|
|
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||||||
|
File : :file:`mpi/mpi.irp.f_template_97`
|
||||||
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.. code:: fortran
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|
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||||||
|
subroutine broadcast_chunks_integer8(A, LDA)
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||||||
|
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||||||
|
Broadcast with chunks of ~2GB
|
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|
||||||
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.. c:function:: mpi_print:
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|
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File : :file:`mpi/mpi.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
subroutine mpi_print(string)
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|
Print string to stdout if the MPI rank is zero.
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
|
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|
* :c:data:`mpi_master`
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||||||
|
|
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|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`run_slave_main`
|
||||||
|
|
666
docs/source/modules/nuclei.rst
Normal file
666
docs/source/modules/nuclei.rst
Normal file
@ -0,0 +1,666 @@
|
|||||||
|
.. _module_nuclei:
|
||||||
|
|
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|
.. program:: nuclei
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.. default-role:: option
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|
======
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|
nuclei
|
||||||
|
======
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|
|
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|
This module contains data relative to the nuclei (coordinates, charge,
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|
nuclear repulsion energy, etc).
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|
The coordinates are expressed in atomic units.
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|
EZFIO parameters
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----------------
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|
.. option:: nucl_num
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||||||
|
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|
Number of nuclei
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.. option:: nucl_label
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||||||
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Nuclear labels
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.. option:: nucl_charge
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|
Nuclear charges
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|
.. option:: nucl_coord
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|
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|
Nuclear coordinates in the format (:, {x,y,z})
|
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|
.. option:: disk_access_nuclear_repulsion
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||||||
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|
Read/Write Nuclear Repulsion from/to disk [ Write | Read | None ]
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|
Default: None
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||||||
|
.. option:: nuclear_repulsion
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|
Nuclear repulsion (Computed automaticaly or Read in the |EZFIO|)
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|
||||||
|
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||||||
|
Providers
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---------
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|
.. c:var:: center_of_mass
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|
|
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|
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|
File : :file:`nuclei/nuclei.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
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|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: center_of_mass (3)
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|
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|
Center of mass of the molecule
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`element_name`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
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|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`inertia_tensor`
|
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|
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|
|
||||||
|
.. c:var:: element_mass
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|
|
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|
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|
File : :file:`nuclei/nuclei.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
character*(4), allocatable :: element_name (0:127)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: element_mass (0:127)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Array of the name of element, sorted by nuclear charge (integer)
|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_master`
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||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`center_of_mass`
|
||||||
|
* :c:data:`inertia_tensor`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: element_name
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/nuclei.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
character*(4), allocatable :: element_name (0:127)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: element_mass (0:127)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Array of the name of element, sorted by nuclear charge (integer)
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_master`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`center_of_mass`
|
||||||
|
* :c:data:`inertia_tensor`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: inertia_tensor
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/inertia.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: inertia_tensor (3,3)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Inertia tensor
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`center_of_mass`
|
||||||
|
* :c:data:`element_name`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`inertia_tensor_eigenvectors`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: inertia_tensor_eigenvalues
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/inertia.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: inertia_tensor_eigenvectors (3,3)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: inertia_tensor_eigenvalues (3)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Eigenvectors/eigenvalues of the inertia_tensor. Used to find normal orientation.
|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`inertia_tensor`
|
||||||
|
|
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|
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||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: inertia_tensor_eigenvectors
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/inertia.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: inertia_tensor_eigenvectors (3,3)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: inertia_tensor_eigenvalues (3)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Eigenvectors/eigenvalues of the inertia_tensor. Used to find normal orientation.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`inertia_tensor`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: nucl_coord
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/nuclei.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_coord (nucl_num,3)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Nuclear coordinates in the format (:, {x,y,z})
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_master`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_label`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
* :c:data:`output_wall_time_0`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_deriv2_x`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_deriv_1_x`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_dipole_x`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_n_e`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_integrals_n_e_per_atom`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_overlap`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_overlap_abs`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_pseudo_integrals_local`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_pseudo_integrals_non_local`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_spread_x`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_erf_schwartz`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_schwartz`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integrals_erf_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`center_of_mass`
|
||||||
|
* :c:data:`inertia_tensor`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_dist_2`
|
||||||
|
* :c:data:`nuclear_repulsion`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: nucl_coord_transp
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/nuclei.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_coord_transp (3,nucl_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Transposed array of nucl_coord
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: nucl_dist
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/nuclei.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_2 (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_vec_x (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_vec_y (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_vec_z (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
nucl_dist : Nucleus-nucleus distances
|
||||||
|
nucl_dist_2 : Nucleus-nucleus distances squared
|
||||||
|
nucl_dist_vec : Nucleus-nucleus distances vectors
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_dist_inv`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: nucl_dist_2
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/nuclei.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_2 (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_vec_x (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_vec_y (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_vec_z (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
nucl_dist : Nucleus-nucleus distances
|
||||||
|
nucl_dist_2 : Nucleus-nucleus distances squared
|
||||||
|
nucl_dist_vec : Nucleus-nucleus distances vectors
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_dist_inv`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: nucl_dist_inv
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/nuclei.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_inv (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Inverse of the distance between nucleus I and nucleus J
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_dist_2`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: nucl_dist_vec_x
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/nuclei.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_2 (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_vec_x (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_vec_y (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_vec_z (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
nucl_dist : Nucleus-nucleus distances
|
||||||
|
nucl_dist_2 : Nucleus-nucleus distances squared
|
||||||
|
nucl_dist_vec : Nucleus-nucleus distances vectors
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_dist_inv`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: nucl_dist_vec_y
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File : :file:`nuclei/nuclei.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_2 (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_vec_x (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_vec_y (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_vec_z (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist (nucl_num,nucl_num)
|
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nucl_dist : Nucleus-nucleus distances
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nucl_dist_2 : Nucleus-nucleus distances squared
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nucl_dist_vec : Nucleus-nucleus distances vectors
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Needs:
|
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`nucl_coord`
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* :c:data:`nucl_num`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`nucl_dist_inv`
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.. c:var:: nucl_dist_vec_z
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File : :file:`nuclei/nuclei.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
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||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_2 (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_vec_x (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_vec_y (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist_vec_z (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: nucl_dist (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
nucl_dist : Nucleus-nucleus distances
|
||||||
|
nucl_dist_2 : Nucleus-nucleus distances squared
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||||||
|
nucl_dist_vec : Nucleus-nucleus distances vectors
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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|
* :c:data:`nucl_coord`
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* :c:data:`nucl_num`
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|
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Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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|
|
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|
* :c:data:`nucl_dist_inv`
|
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|
.. c:var:: nuclear_repulsion
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|
File : :file:`nuclei/nuclei.irp.f`
|
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|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
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|
double precision :: nuclear_repulsion
|
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|
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|
|
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|
Nuclear repulsion energy
|
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|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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|
|
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|
* :c:data:`disk_access_nuclear_repulsion`
|
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|
* :c:data:`mpi_master`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
* :c:data:`output_wall_time_0`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ci_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`core_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`core_energy_erf`
|
||||||
|
* :c:data:`hf_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_energy_with_nucl_rep`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_e0_denominator`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_energy`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: slater_bragg_radii
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/atomic_radii.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
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|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: slater_bragg_radii (100)
|
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|
|
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|
|
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|
atomic radii in Angstrom defined in table I of JCP 41, 3199 (1964) Slater
|
||||||
|
execpt for the Hydrogen atom where we took the value of Becke (1988, JCP)
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`slater_bragg_radii_per_atom`
|
||||||
|
* :c:data:`slater_bragg_radii_ua`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: slater_bragg_radii_per_atom
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/atomic_radii.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
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|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: slater_bragg_radii_per_atom (nucl_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
* :c:data:`slater_bragg_radii`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`slater_bragg_type_inter_distance`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: slater_bragg_radii_per_atom_ua
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/atomic_radii.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: slater_bragg_radii_per_atom_ua (nucl_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
* :c:data:`slater_bragg_radii_ua`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`slater_bragg_type_inter_distance_ua`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: slater_bragg_radii_ua
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/atomic_radii.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: slater_bragg_radii_ua (100)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`slater_bragg_radii`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`slater_bragg_radii_per_atom_ua`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: slater_bragg_type_inter_distance
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/atomic_radii.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: slater_bragg_type_inter_distance (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
* :c:data:`slater_bragg_radii_per_atom`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: slater_bragg_type_inter_distance_ua
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`nuclei/atomic_radii.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: slater_bragg_type_inter_distance_ua (nucl_num,nucl_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
* :c:data:`slater_bragg_radii_per_atom_ua`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
998
docs/source/modules/perturbation.rst
Normal file
998
docs/source/modules/perturbation.rst
Normal file
@ -0,0 +1,998 @@
|
|||||||
|
.. _module_perturbation:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: perturbation
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
============
|
||||||
|
perturbation
|
||||||
|
============
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
All subroutines in ``*.irp.f`` starting with `pt2_` in the current directory are
|
||||||
|
perturbation computed using the routine `i_H_psi`. Other cases are not allowed.
|
||||||
|
The arguments of the `pt2_` are always:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code-block:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine pt2_...( &
|
||||||
|
psi_ref, &
|
||||||
|
psi_ref_coefs, &
|
||||||
|
E_refs, &
|
||||||
|
det_pert, &
|
||||||
|
c_pert, &
|
||||||
|
e_2_pert, &
|
||||||
|
H_pert_diag, &
|
||||||
|
Nint, &
|
||||||
|
Ndet, &
|
||||||
|
N_st )
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
integer , intent(in) :: Nint,Ndet,N_st
|
||||||
|
integer(bit_kind), intent(in) :: psi_ref(Nint,2,Ndet)
|
||||||
|
double precision , intent(in) :: psi_ref_coefs(Ndet,N_st)
|
||||||
|
double precision , intent(in) :: E_refs(N_st)
|
||||||
|
integer(bit_kind), intent(in) :: det_pert(Nint,2)
|
||||||
|
double precision , intent(out) :: c_pert(N_st),e_2_pert(N_st),H_pert_diag
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
`psi_ref`
|
||||||
|
bitstring of the determinants present in the various `N_st` states
|
||||||
|
|
||||||
|
`psi_ref_coefs`
|
||||||
|
coefficients of the determinants on the various `N_st` states
|
||||||
|
|
||||||
|
`E_refs`
|
||||||
|
Energy of the various `N_st` states
|
||||||
|
|
||||||
|
`det_pert`
|
||||||
|
Perturber determinant
|
||||||
|
|
||||||
|
`c_pert`
|
||||||
|
Perturbative coefficients for the various states
|
||||||
|
|
||||||
|
`e_2_pert`
|
||||||
|
Perturbative energetic contribution for the various states
|
||||||
|
|
||||||
|
`H_pert_diag`
|
||||||
|
Diagonal |H| matrix element of the perturber
|
||||||
|
|
||||||
|
`Nint`
|
||||||
|
Should be equal to `N_int`
|
||||||
|
|
||||||
|
`Ndet`
|
||||||
|
Number of determinants `i` in |Psi| on which we apply <det_pert | |H| | `i`>
|
||||||
|
|
||||||
|
`N_st`
|
||||||
|
Number of states
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
EZFIO parameters
|
||||||
|
----------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: do_pt2
|
||||||
|
|
||||||
|
If `True`, compute the |PT2| contribution
|
||||||
|
|
||||||
|
Default: True
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: pt2_max
|
||||||
|
|
||||||
|
The selection process stops when the largest |PT2| (for all the state) is lower
|
||||||
|
|
||||||
|
than `pt2_max` in absolute value
|
||||||
|
|
||||||
|
Default: 0.0001
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: pt2_relative_error
|
||||||
|
|
||||||
|
Stop stochastic |PT2| when the relative error is smaller than `PT2_relative_error`
|
||||||
|
|
||||||
|
Default: 0.002
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: correlation_energy_ratio_max
|
||||||
|
|
||||||
|
The selection process stops at a fixed correlation ratio (useful for getting same accuracy between molecules).
|
||||||
|
|
||||||
|
Defined as :math:`{E_{CI}-E_{HF}}/{E_{CI}+E_{PT2} - E_{HF}}`.
|
||||||
|
|
||||||
|
Default: 1.00
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Providers
|
||||||
|
---------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: h0_type
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`perturbation/h0_type.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
character*32 :: h0_type
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Type of zeroth-order Hamiltonian
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`s2_eig`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_e0_denominator`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: max_exc_pert
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`perturbation/exc_max.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: max_exc_pert
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: selection_criterion
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`perturbation/selection.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision :: selection_criterion
|
||||||
|
double precision :: selection_criterion_min
|
||||||
|
double precision :: selection_criterion_factor
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Threshold to select determinants. Set by selection routines.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: selection_criterion_factor
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`perturbation/selection.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision :: selection_criterion
|
||||||
|
double precision :: selection_criterion_min
|
||||||
|
double precision :: selection_criterion_factor
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Threshold to select determinants. Set by selection routines.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: selection_criterion_min
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`perturbation/selection.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision :: selection_criterion
|
||||||
|
double precision :: selection_criterion_min
|
||||||
|
double precision :: selection_criterion_factor
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Threshold to select determinants. Set by selection routines.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: var_pt2_ratio
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`perturbation/var_pt2_ratio_provider.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision :: var_pt2_ratio
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
The selection process stops when the energy ratio variational/(variational+PT2)
|
||||||
|
is equal to var_pt2_ratio
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`correlation_energy_ratio_max`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Subroutines / functions
|
||||||
|
-----------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: fill_h_apply_buffer_selection:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`perturbation/selection.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine fill_H_apply_buffer_selection(n_selected,det_buffer,e_2_pert_buffer,coef_pert_buffer, N_st,Nint,iproc,select_max_out)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Fill the H_apply buffer with determiants for the selection
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`selection_criterion`
|
||||||
|
* :c:data:`h_apply_buffer_allocated`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
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|
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Calls:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:func:`omp_set_lock`
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* :c:func:`omp_unset_lock`
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* :c:func:`resize_h_apply_buffer`
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.. c:function:: perturb_buffer_by_mono_dummy:
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File : :file:`perturbation/perturbation.irp.f_shell_13`
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.. code:: fortran
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subroutine perturb_buffer_by_mono_dummy(i_generator,buffer,buffer_size,e_2_pert_buffer,coef_pert_buffer,sum_e_2_pert,sum_norm_pert,sum_H_pert_diag,N_st,Nint,key_mask,fock_diag_tmp,electronic_energy)
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Apply pertubration ``dummy`` to the buffer of determinants generated in the H_apply
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routine.
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`mo_num`
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* :c:data:`psi_selectors`
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* :c:data:`n_det`
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`n_det_generators`
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* :c:data:`psi_det_generators`
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Calls:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:func:`create_minilist`
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* :c:func:`create_minilist_find_previous`
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* :c:func:`pt2_dummy`
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.. c:function:: perturb_buffer_by_mono_epstein_nesbet:
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File : :file:`perturbation/perturbation.irp.f_shell_13`
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.. code:: fortran
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subroutine perturb_buffer_by_mono_epstein_nesbet(i_generator,buffer,buffer_size,e_2_pert_buffer,coef_pert_buffer,sum_e_2_pert,sum_norm_pert,sum_H_pert_diag,N_st,Nint,key_mask,fock_diag_tmp,electronic_energy)
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Apply pertubration ``epstein_nesbet`` to the buffer of determinants generated in the H_apply
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routine.
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`mo_num`
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* :c:data:`psi_selectors`
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* :c:data:`n_det`
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`n_det_generators`
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* :c:data:`psi_det_generators`
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Calls:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:func:`create_minilist`
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* :c:func:`create_minilist_find_previous`
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* :c:func:`pt2_epstein_nesbet`
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.. c:function:: perturb_buffer_by_mono_epstein_nesbet_2x2:
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File : :file:`perturbation/perturbation.irp.f_shell_13`
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.. code:: fortran
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subroutine perturb_buffer_by_mono_epstein_nesbet_2x2(i_generator,buffer,buffer_size,e_2_pert_buffer,coef_pert_buffer,sum_e_2_pert,sum_norm_pert,sum_H_pert_diag,N_st,Nint,key_mask,fock_diag_tmp,electronic_energy)
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Apply pertubration ``epstein_nesbet_2x2`` to the buffer of determinants generated in the H_apply
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routine.
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`mo_num`
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* :c:data:`psi_selectors`
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* :c:data:`n_det`
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`n_det_generators`
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|
* :c:data:`psi_det_generators`
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Calls:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:func:`create_minilist`
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* :c:func:`create_minilist_find_previous`
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* :c:func:`pt2_epstein_nesbet_2x2`
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.. c:function:: perturb_buffer_by_mono_epstein_nesbet_2x2_no_ci_diag:
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File : :file:`perturbation/perturbation.irp.f_shell_13`
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.. code:: fortran
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subroutine perturb_buffer_by_mono_epstein_nesbet_2x2_no_ci_diag(i_generator,buffer,buffer_size,e_2_pert_buffer,coef_pert_buffer,sum_e_2_pert,sum_norm_pert,sum_H_pert_diag,N_st,Nint,key_mask,fock_diag_tmp,electronic_energy)
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|
Apply pertubration ``epstein_nesbet_2x2_no_ci_diag`` to the buffer of determinants generated in the H_apply
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routine.
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`mo_num`
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* :c:data:`psi_selectors`
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* :c:data:`n_det`
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`n_det_generators`
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|
* :c:data:`psi_det_generators`
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Calls:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:func:`create_minilist`
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* :c:func:`create_minilist_find_previous`
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* :c:func:`pt2_epstein_nesbet_2x2_no_ci_diag`
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.. c:function:: perturb_buffer_by_mono_moller_plesset:
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File : :file:`perturbation/perturbation.irp.f_shell_13`
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.. code:: fortran
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subroutine perturb_buffer_by_mono_moller_plesset(i_generator,buffer,buffer_size,e_2_pert_buffer,coef_pert_buffer,sum_e_2_pert,sum_norm_pert,sum_H_pert_diag,N_st,Nint,key_mask,fock_diag_tmp,electronic_energy)
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|
Apply pertubration ``moller_plesset`` to the buffer of determinants generated in the H_apply
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routine.
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`mo_num`
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* :c:data:`psi_selectors`
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* :c:data:`n_det`
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* :c:data:`n_det_selectors`
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|
* :c:data:`n_det_generators`
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|
* :c:data:`psi_det_generators`
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Calls:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:func:`create_minilist`
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* :c:func:`create_minilist_find_previous`
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* :c:func:`pt2_moller_plesset`
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.. c:function:: perturb_buffer_by_mono_qdpt:
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File : :file:`perturbation/perturbation.irp.f_shell_13`
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.. code:: fortran
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subroutine perturb_buffer_by_mono_qdpt(i_generator,buffer,buffer_size,e_2_pert_buffer,coef_pert_buffer,sum_e_2_pert,sum_norm_pert,sum_H_pert_diag,N_st,Nint,key_mask,fock_diag_tmp,electronic_energy)
|
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|
|
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|
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|
Apply pertubration ``qdpt`` to the buffer of determinants generated in the H_apply
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routine.
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`mo_num`
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* :c:data:`psi_selectors`
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* :c:data:`n_det`
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`n_det_generators`
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* :c:data:`psi_det_generators`
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Calls:
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.. hlist::
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:columns: 3
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|
* :c:func:`create_minilist`
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* :c:func:`create_minilist_find_previous`
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* :c:func:`pt2_qdpt`
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.. c:function:: perturb_buffer_dummy:
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File : :file:`perturbation/perturbation.irp.f_shell_13`
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.. code:: fortran
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|
subroutine perturb_buffer_dummy(i_generator,buffer,buffer_size,e_2_pert_buffer,coef_pert_buffer,sum_e_2_pert,sum_norm_pert,sum_H_pert_diag,N_st,Nint,key_mask,fock_diag_tmp,electronic_energy)
|
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|
|
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|
|
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|
Apply pertubration ``dummy`` to the buffer of determinants generated in the H_apply
|
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|
routine.
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`n_det_generators`
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* :c:data:`psi_selectors`
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* :c:data:`psi_det_generators`
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|
* :c:data:`mo_num`
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Calls:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:func:`create_microlist`
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|
* :c:func:`create_minilist`
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* :c:func:`create_minilist_find_previous`
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* :c:func:`getmobiles`
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|
* :c:func:`pt2_dummy`
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.. c:function:: perturb_buffer_epstein_nesbet:
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File : :file:`perturbation/perturbation.irp.f_shell_13`
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.. code:: fortran
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|
subroutine perturb_buffer_epstein_nesbet(i_generator,buffer,buffer_size,e_2_pert_buffer,coef_pert_buffer,sum_e_2_pert,sum_norm_pert,sum_H_pert_diag,N_st,Nint,key_mask,fock_diag_tmp,electronic_energy)
|
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|
|
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|
|
||||||
|
Apply pertubration ``epstein_nesbet`` to the buffer of determinants generated in the H_apply
|
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|
routine.
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|
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|
Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`n_det_generators`
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* :c:data:`psi_selectors`
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|
* :c:data:`psi_det_generators`
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|
* :c:data:`mo_num`
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|
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Calls:
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.. hlist::
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:columns: 3
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|
* :c:func:`create_microlist`
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|
* :c:func:`create_minilist`
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|
* :c:func:`create_minilist_find_previous`
|
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|
* :c:func:`getmobiles`
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|
* :c:func:`pt2_epstein_nesbet`
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.. c:function:: perturb_buffer_epstein_nesbet_2x2:
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File : :file:`perturbation/perturbation.irp.f_shell_13`
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.. code:: fortran
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|
subroutine perturb_buffer_epstein_nesbet_2x2(i_generator,buffer,buffer_size,e_2_pert_buffer,coef_pert_buffer,sum_e_2_pert,sum_norm_pert,sum_H_pert_diag,N_st,Nint,key_mask,fock_diag_tmp,electronic_energy)
|
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|
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|
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||||||
|
Apply pertubration ``epstein_nesbet_2x2`` to the buffer of determinants generated in the H_apply
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routine.
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`n_det_generators`
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* :c:data:`psi_selectors`
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* :c:data:`psi_det_generators`
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* :c:data:`mo_num`
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Calls:
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.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:func:`create_microlist`
|
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|
* :c:func:`create_minilist`
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||||||
|
* :c:func:`create_minilist_find_previous`
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|
* :c:func:`getmobiles`
|
||||||
|
* :c:func:`pt2_epstein_nesbet_2x2`
|
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|
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|
.. c:function:: perturb_buffer_epstein_nesbet_2x2_no_ci_diag:
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|
File : :file:`perturbation/perturbation.irp.f_shell_13`
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.. code:: fortran
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|
subroutine perturb_buffer_epstein_nesbet_2x2_no_ci_diag(i_generator,buffer,buffer_size,e_2_pert_buffer,coef_pert_buffer,sum_e_2_pert,sum_norm_pert,sum_H_pert_diag,N_st,Nint,key_mask,fock_diag_tmp,electronic_energy)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Apply pertubration ``epstein_nesbet_2x2_no_ci_diag`` to the buffer of determinants generated in the H_apply
|
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|
routine.
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|
|
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|
Needs:
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|
.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`n_det_generators`
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* :c:data:`psi_selectors`
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|
* :c:data:`psi_det_generators`
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|
* :c:data:`mo_num`
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|
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Calls:
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.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:func:`create_microlist`
|
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|
* :c:func:`create_minilist`
|
||||||
|
* :c:func:`create_minilist_find_previous`
|
||||||
|
* :c:func:`getmobiles`
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|
* :c:func:`pt2_epstein_nesbet_2x2_no_ci_diag`
|
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|
|
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|
.. c:function:: perturb_buffer_moller_plesset:
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File : :file:`perturbation/perturbation.irp.f_shell_13`
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.. code:: fortran
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|
subroutine perturb_buffer_moller_plesset(i_generator,buffer,buffer_size,e_2_pert_buffer,coef_pert_buffer,sum_e_2_pert,sum_norm_pert,sum_H_pert_diag,N_st,Nint,key_mask,fock_diag_tmp,electronic_energy)
|
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|
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|
Apply pertubration ``moller_plesset`` to the buffer of determinants generated in the H_apply
|
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|
routine.
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`n_det_selectors`
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|
* :c:data:`n_det_generators`
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* :c:data:`psi_selectors`
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|
* :c:data:`psi_det_generators`
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|
* :c:data:`mo_num`
|
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|
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Calls:
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.. hlist::
|
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:columns: 3
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|
* :c:func:`create_microlist`
|
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|
* :c:func:`create_minilist`
|
||||||
|
* :c:func:`create_minilist_find_previous`
|
||||||
|
* :c:func:`getmobiles`
|
||||||
|
* :c:func:`pt2_moller_plesset`
|
||||||
|
|
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|
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|
.. c:function:: perturb_buffer_qdpt:
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|
File : :file:`perturbation/perturbation.irp.f_shell_13`
|
||||||
|
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|
.. code:: fortran
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|
|
||||||
|
subroutine perturb_buffer_qdpt(i_generator,buffer,buffer_size,e_2_pert_buffer,coef_pert_buffer,sum_e_2_pert,sum_norm_pert,sum_H_pert_diag,N_st,Nint,key_mask,fock_diag_tmp,electronic_energy)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Apply pertubration ``qdpt`` to the buffer of determinants generated in the H_apply
|
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|
routine.
|
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
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|
* :c:data:`n_det_generators`
|
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|
* :c:data:`psi_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_generators`
|
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|
* :c:data:`mo_num`
|
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|
|
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|
Calls:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:func:`create_microlist`
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* :c:func:`create_minilist`
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* :c:func:`create_minilist_find_previous`
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* :c:func:`getmobiles`
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* :c:func:`pt2_qdpt`
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.. c:function:: pt2_dummy:
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File : :file:`perturbation/pt2_equations.irp.f_template_305`
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.. code:: fortran
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subroutine pt2_dummy (electronic_energy,det_ref,det_pert,fock_diag_tmp,c_pert,e_2_pert,H_pert_diag,Nint,ndet,N_st,minilist,idx_minilist,N_minilist)
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Dummy perturbation to add all connected determinants.
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`selection_criterion`
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* :c:data:`psi_selectors`
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* :c:data:`psi_selectors_size`
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* :c:data:`mo_num`
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Called by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:func:`perturb_buffer_by_mono_dummy`
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* :c:func:`perturb_buffer_dummy`
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Calls:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:func:`i_h_psi_minilist`
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.. c:function:: pt2_epstein_nesbet:
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File : :file:`perturbation/pt2_equations.irp.f_template_305`
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.. code:: fortran
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subroutine pt2_epstein_nesbet (electronic_energy,det_ref,det_pert,fock_diag_tmp,c_pert,e_2_pert,H_pert_diag,Nint,ndet,N_st,minilist,idx_minilist,N_minilist)
|
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|
Compute the standard Epstein-Nesbet perturbative first order coefficient and
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|
second order energetic contribution for the various N_st states.
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|
`c_pert(i)` = $\frac{\langle i|H|\alpha \rangle}{ E_n - \langle \alpha|H|\alpha \rangle }$.
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`e_2_pert(i)` = $\frac{\langle i|H|\alpha \rangle^2}{ E_n - \langle \alpha|H|\alpha \rangle }$.
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`selection_criterion`
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* :c:data:`psi_selectors`
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* :c:data:`psi_selectors_size`
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* :c:data:`mo_num`
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Called by:
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.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:func:`perturb_buffer_by_mono_epstein_nesbet`
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|
* :c:func:`perturb_buffer_epstein_nesbet`
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Calls:
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.. hlist::
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:columns: 3
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|
* :c:func:`i_h_psi_minilist`
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.. c:function:: pt2_epstein_nesbet_2x2:
|
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|
File : :file:`perturbation/pt2_equations.irp.f_template_305`
|
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|
.. code:: fortran
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|
||||||
|
subroutine pt2_epstein_nesbet_2x2 (electronic_energy,det_ref,det_pert,fock_diag_tmp,c_pert,e_2_pert,H_pert_diag,Nint,ndet,N_st,minilist,idx_minilist,N_minilist)
|
||||||
|
|
||||||
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|
Computes the Epstein-Nesbet 2x2 diagonalization coefficient and energetic contribution
|
||||||
|
for the various N_st states.
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|
`e_2_pert(i)` = $\frac{1}{2} ( \langle \alpha|H|\alpha \rangle - E_n) - \sqrt{ (\langle \alpha|H|\alpha \rangle - E_n)^2 + 4 \langle i|H|\alpha \rangle^2 }$.
|
||||||
|
|
||||||
|
`c_pert(i)` = `e_2_pert(i)` $\times \frac{1}{ \langle i|H|\alpha \rangle}$.
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Needs:
|
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|
.. hlist::
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|
:columns: 3
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|
* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`psi_selectors`
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* :c:data:`psi_selectors_size`
|
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|
* :c:data:`mo_num`
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|
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|
Called by:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
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|
* :c:func:`perturb_buffer_by_mono_epstein_nesbet_2x2`
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|
* :c:func:`perturb_buffer_epstein_nesbet_2x2`
|
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|
|
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|
Calls:
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|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
|
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|
* :c:func:`i_h_psi`
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|
.. c:function:: pt2_epstein_nesbet_2x2_no_ci_diag:
|
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|
|
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|
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|
File : :file:`perturbation/pt2_equations.irp.f_template_305`
|
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|
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|
.. code:: fortran
|
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|
|
||||||
|
subroutine pt2_epstein_nesbet_2x2_no_ci_diag(electronic_energy,det_ref,det_pert,fock_diag_tmp,c_pert,e_2_pert,H_pert_diag,Nint,ndet,N_st,minilist,idx_minilist,N_minilist)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
compute the Epstein-Nesbet 2x2 diagonalization coefficient and energetic contribution
|
||||||
|
|
||||||
|
for the various N_st states.
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||||||
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|
||||||
|
e_2_pert(i) = 0.5 * (( <det_pert|H|det_pert> - E(i) ) - sqrt( ( <det_pert|H|det_pert> - E(i)) ^2 + 4 <psi(i)|H|det_pert>^2 )
|
||||||
|
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||||||
|
c_pert(i) = e_2_pert(i)/ <psi(i)|H|det_pert>
|
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|
Needs:
|
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|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
|
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|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
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|
* :c:data:`psi_selectors`
|
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|
* :c:data:`psi_selectors_size`
|
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|
* :c:data:`psi_energy`
|
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|
* :c:data:`mo_num`
|
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|
|
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|
Called by:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`perturb_buffer_by_mono_epstein_nesbet_2x2_no_ci_diag`
|
||||||
|
* :c:func:`perturb_buffer_epstein_nesbet_2x2_no_ci_diag`
|
||||||
|
|
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|
Calls:
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
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|
* :c:func:`i_h_psi`
|
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|
.. c:function:: pt2_moller_plesset:
|
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|
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|
File : :file:`perturbation/pt2_equations.irp.f_template_305`
|
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|
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|
.. code:: fortran
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|
|
||||||
|
subroutine pt2_moller_plesset (electronic_energy,det_ref,det_pert,fock_diag_tmp,c_pert,e_2_pert,H_pert_diag,Nint,ndet,N_st,minilist,idx_minilist,N_minilist)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Computes the standard Moller-Plesset perturbative first order coefficient and second
|
||||||
|
order energetic contribution for the various N_st states.
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||||||
|
|
||||||
|
`c_pert(i)` = $\frac{\langle i|H|\alpha \rangle}{\text{difference of orbital energies}}$.
|
||||||
|
|
||||||
|
`e_2_pert(i)` = $\frac{\langle i|H|\alpha \rangle^2}{\text{difference of orbital energies}}$.
|
||||||
|
|
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`ref_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_size`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
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|
|
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|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`perturb_buffer_by_mono_moller_plesset`
|
||||||
|
* :c:func:`perturb_buffer_moller_plesset`
|
||||||
|
|
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|
Calls:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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|
|
||||||
|
* :c:func:`decode_exc`
|
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|
* :c:func:`get_excitation`
|
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|
* :c:func:`i_h_psi_minilist`
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|
|
||||||
|
.. c:function:: pt2_qdpt:
|
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|
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|
|
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|
File : :file:`perturbation/pt2_equations.irp.f_template_305`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
|
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|
|
||||||
|
subroutine pt2_qdpt (electronic_energy,det_ref,det_pert,fock_diag_tmp,c_pert,e_2_pert,H_pert_diag,Nint,ndet,N_st,minilist,idx_minilist,N_minilist)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Computes the QDPT first order coefficient and second order energetic contribution
|
||||||
|
for the various N_st states.
|
||||||
|
|
||||||
|
`c_pert(i)` = $\frac{\langle i|H|\alpha \rangle}{\langle i|H|i \rangle - \langle \alpha|H|\alpha \rangle}$.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`selection_criterion`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_size`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`perturb_buffer_by_mono_qdpt`
|
||||||
|
* :c:func:`perturb_buffer_qdpt`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`get_excitation_degree`
|
||||||
|
* :c:func:`i_h_j`
|
||||||
|
* :c:func:`i_h_psi_minilist`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: remove_small_contributions:
|
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|
|
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|
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||||||
|
File : :file:`perturbation/selection.irp.f`
|
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|
|
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|
.. code:: fortran
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|
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|
subroutine remove_small_contributions
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|
Remove determinants with small contributions. N_states is assumed to be
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|
provided.
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Needs:
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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|
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|
* :c:data:`psi_coef`
|
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|
* :c:data:`selection_criterion`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_size`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted`
|
||||||
|
|
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|
Calls:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:func:`diagonalize_ci`
|
||||||
|
* :c:func:`i_h_psi`
|
||||||
|
* :c:func:`write_int`
|
||||||
|
|
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|
Touches:
|
||||||
|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ci_electronic_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`ci_electronic_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`ci_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`ci_electronic_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det`
|
||||||
|
|
94
docs/source/modules/pseudo.rst
Normal file
94
docs/source/modules/pseudo.rst
Normal file
@ -0,0 +1,94 @@
|
|||||||
|
.. _module_pseudo:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: pseudo
|
||||||
|
|
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|
.. default-role:: option
|
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|
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|
======
|
||||||
|
pseudo
|
||||||
|
======
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|
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||||||
|
This module defines the |EZFIO| parameters of the effective core potentials.
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
EZFIO parameters
|
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|
----------------
|
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|
.. option:: nucl_charge_remove
|
||||||
|
|
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|
Nuclear charges removed per atom
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|
.. option:: pseudo_klocmax
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|
|
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|
Maximum value of k for the local component
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|
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|
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|
.. option:: pseudo_n_k
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|
|
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|
Number of gaussians in the local component
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|
.. option:: pseudo_v_k
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|
Coefficients in the local component
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.. option:: pseudo_dz_k
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|
|
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|
Exponents in the local component
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|
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|
.. option:: pseudo_lmax
|
||||||
|
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|
Maximum angular momentum
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. option:: pseudo_kmax
|
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|
|
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|
Maximum number of functions in the non-local component
|
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|
|
||||||
|
|
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|
.. option:: pseudo_n_kl
|
||||||
|
|
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|
Number of functions in the non-local component
|
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|
|
||||||
|
|
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|
.. option:: pseudo_v_kl
|
||||||
|
|
||||||
|
Coefficients in the non-local component
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|
|
||||||
|
|
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|
.. option:: pseudo_dz_kl
|
||||||
|
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|
Exponents in the non-local component
|
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|
|
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|
.. option:: do_pseudo
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|
If `True`, pseudo-potentials are used.
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|
Default: False
|
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|
.. option:: pseudo_grid_size
|
||||||
|
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|
Nb of points of the grid for the QMC interfaces
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|
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|
Default: 1000
|
||||||
|
|
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|
.. option:: pseudo_grid_rmax
|
||||||
|
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|
R_max of the QMC grid
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|
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|
Default: 10.0
|
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|
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|
.. option:: ao_pseudo_grid
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|
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|
Grid for the QMC interface
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|
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|
.. option:: mo_pseudo_grid
|
||||||
|
|
||||||
|
Grid for the QMC interface
|
||||||
|
|
14
docs/source/modules/psiref_cas.rst
Normal file
14
docs/source/modules/psiref_cas.rst
Normal file
@ -0,0 +1,14 @@
|
|||||||
|
.. _module_psiref_cas:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: psiref_cas
|
||||||
|
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|
.. default-role:: option
|
||||||
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||||||
|
psiref_cas
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||||||
|
==========
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||||||
|
Reference wave function is defined as a |CAS| wave function.
|
||||||
|
This module is required for |CAS-SD|, |MRPT| or |MRCC|.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
16
docs/source/modules/psiref_utils.rst
Normal file
16
docs/source/modules/psiref_utils.rst
Normal file
@ -0,0 +1,16 @@
|
|||||||
|
.. _module_psiref_utils:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: psiref_utils
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
============
|
||||||
|
psiref_utils
|
||||||
|
============
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Utilities related to the use of a reference wave function. This module
|
||||||
|
needs to be loaded with any `psi_ref_*` module.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
795
docs/source/modules/scf_utils.rst
Normal file
795
docs/source/modules/scf_utils.rst
Normal file
@ -0,0 +1,795 @@
|
|||||||
|
.. _module_scf_utils:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: scf_utils
|
||||||
|
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.. default-role:: option
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scf_utils
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=========
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The scf_utils module is an abstract module which contains the basics to perform *Restricted* SCF calculations (the
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spatial part of the |MOs| is common for alpha and beta spinorbitals) based on a single-determinant wave function.
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This module does not produce any executable *and must not do*, but instead it contains everything one needs to perform an orbital optimization based on an Fock matrix.
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The ``scf_utils`` module is meant to be included in the :file:`NEED` of the various single determinant SCF procedures, such as ``hartree_fock`` or ``kohn_sham``, where a specific definition of the Fock matrix is given (see :file:`hartree_fock fock_matrix_hf.irp.f` for an example).
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All SCF programs perform the following actions:
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#. Compute/Read all the one- and two-electron integrals, and store them in memory
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#. Check in the |EZFIO| database if there is a set of |MOs|. If there is, it
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will read them as initial guess. Otherwise, it will create a guess.
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#. Perform the |SCF| iterations based on the definition of the Fock matrix
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The main keywords/options are:
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* :option:`scf_utils thresh_scf`
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* :option:`scf_utils level_shift`
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At each iteration, the |MOs| are saved in the |EZFIO| database. Hence, if the calculation
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crashes for any unexpected reason, the calculation can be restarted by running again
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the |SCF| with the same |EZFIO| database.
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The `DIIS`_ algorithm is implemented, as well as the `level-shifting`_ method.
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If the |SCF| does not converge, try again with a higher value of :option:`level_shift`.
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To start a calculation from scratch, the simplest way is to remove the
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``mo_basis`` directory from the |EZFIO| database, and run the |SCF| again.
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.. _DIIS: https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=DIIS
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.. _level-shifting: https://doi.org/10.1002/qua.560070407
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EZFIO parameters
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----------------
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.. option:: max_dim_diis
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Maximum size of the DIIS extrapolation procedure
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Default: 15
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.. option:: threshold_diis
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Threshold on the convergence of the DIIS error vector during a Hartree-Fock calculation. If 0. is chosen, the square root of thresh_scf will be used.
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Default: 0.
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.. option:: thresh_scf
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Threshold on the convergence of the Hartree Fock energy.
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Default: 1.e-10
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.. option:: n_it_scf_max
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Maximum number of SCF iterations
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Default: 500
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.. option:: level_shift
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Energy shift on the virtual MOs to improve SCF convergence
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Default: 0.
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.. option:: scf_algorithm
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Type of SCF algorithm used. Possible choices are [ Simple | DIIS]
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Default: DIIS
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.. option:: mo_guess_type
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Initial MO guess. Can be [ Huckel | HCore ]
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Default: Huckel
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.. option:: energy
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Calculated HF energy
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.. option:: frozen_orb_scf
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If true, leave untouched all the orbitals defined as core and optimize all the orbitals defined as active with qp_set_mo_class
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Default: False
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Providers
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---------
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.. c:var:: eigenvalues_fock_matrix_ao
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File : :file:`scf_utils/diis.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
double precision, allocatable :: eigenvalues_fock_matrix_ao (AO_num)
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|
double precision, allocatable :: eigenvectors_fock_matrix_ao (AO_num,AO_num)
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|
Eigenvalues and eigenvectors of the Fock matrix over the AO basis
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Needs:
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|
.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`fock_matrix_ao`
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* :c:data:`s_half_inv`
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.. c:var:: eigenvectors_fock_matrix_ao
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|
File : :file:`scf_utils/diis.irp.f`
|
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|
.. code:: fortran
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|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: eigenvalues_fock_matrix_ao (AO_num)
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|
double precision, allocatable :: eigenvectors_fock_matrix_ao (AO_num,AO_num)
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|
|
||||||
|
|
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|
Eigenvalues and eigenvectors of the Fock matrix over the AO basis
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|
|
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|
Needs:
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
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|
* :c:data:`ao_num`
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* :c:data:`fock_matrix_ao`
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|
* :c:data:`s_half_inv`
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|
|
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|
.. c:var:: eigenvectors_fock_matrix_mo
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|
File : :file:`scf_utils/diagonalize_fock.irp.f`
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|
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|
.. code:: fortran
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|
||||||
|
double precision, allocatable :: eigenvectors_fock_matrix_mo (ao_num,mo_num)
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|
Eigenvector of the Fock matrix in the MO basis obtained with level shift.
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Needs:
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
|
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|
* :c:data:`ao_num`
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|
* :c:data:`elec_alpha_num`
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|
* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`frozen_orb_scf`
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||||||
|
* :c:data:`level_shift`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
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|
* :c:data:`mo_num`
|
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|
* :c:data:`n_core_orb`
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|
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|
.. c:function:: extrapolate_fock_matrix:
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|
File : :file:`scf_utils/roothaan_hall_scf.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
||||||
|
subroutine extrapolate_Fock_matrix( &
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|
error_matrix_DIIS,Fock_matrix_DIIS, &
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|
Fock_matrix_AO_,size_Fock_matrix_AO, &
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|
iteration_SCF,dim_DIIS &
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|
)
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|
Compute the extrapolated Fock matrix using the DIIS procedure
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Needs:
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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||||||
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|
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|
* :c:data:`max_dim_diis`
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|
* :c:data:`ao_num`
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|
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Called by:
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
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|
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|
* :c:func:`roothaan_hall_scf`
|
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|
|
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|
Calls:
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
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* :c:func:`dgemm`
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|
* :c:func:`dsysvx`
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|
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|
.. c:var:: fock_matrix_ao
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|
File : :file:`scf_utils/fock_matrix.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
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|
|
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|
double precision, allocatable :: fock_matrix_ao (ao_num,ao_num)
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|
Fock matrix in AO basis set
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Needs:
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|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`frozen_orb_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`level_shift`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`s_mo_coef`
|
||||||
|
|
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|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`eigenvalues_fock_matrix_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`fps_spf_matrix_ao`
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: fock_matrix_diag_mo
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|
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|
File : :file:`scf_utils/fock_matrix.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
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|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: fock_matrix_mo (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: fock_matrix_diag_mo (mo_num)
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|
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|
|
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|
Fock matrix on the MO basis.
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|
For open shells, the ROHF Fock Matrix is ::
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| F-K | F + K/2 | F |
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|---------------------------------|
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| F + K/2 | F | F - K/2 |
|
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|
|---------------------------------|
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| F | F - K/2 | F + K |
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|
|
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|
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|
F = 1/2 (Fa + Fb)
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|
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K = Fb - Fa
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|
|
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo_beta`
|
||||||
|
* :c:data:`frozen_orb_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_orb`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao`
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: fock_matrix_mo
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`scf_utils/fock_matrix.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: fock_matrix_mo (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: fock_matrix_diag_mo (mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Fock matrix on the MO basis.
|
||||||
|
For open shells, the ROHF Fock Matrix is ::
|
||||||
|
|
||||||
|
| F-K | F + K/2 | F |
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|
|---------------------------------|
|
||||||
|
| F + K/2 | F | F - K/2 |
|
||||||
|
|---------------------------------|
|
||||||
|
| F | F - K/2 | F + K |
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
F = 1/2 (Fa + Fb)
|
||||||
|
|
||||||
|
K = Fb - Fa
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|
|
||||||
|
|
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|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo_beta`
|
||||||
|
* :c:data:`frozen_orb_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`list_inact`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_core_orb`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: fock_matrix_mo_alpha
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`scf_utils/fock_matrix.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: fock_matrix_mo_alpha (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Fock matrix on the MO basis
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: fock_matrix_mo_beta
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`scf_utils/fock_matrix.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: fock_matrix_mo_beta (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Fock matrix on the MO basis
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: fps_spf_matrix_ao
|
||||||
|
|
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|
|
||||||
|
File : :file:`scf_utils/diis.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: fps_spf_matrix_ao (AO_num,AO_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
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|
Commutator FPS - SPF
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|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_overlap`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`fps_spf_matrix_mo`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: fps_spf_matrix_mo
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`scf_utils/diis.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: fps_spf_matrix_mo (mo_num,mo_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Commutator FPS - SPF in MO basis
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`fps_spf_matrix_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: scf_density_matrix_ao
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`scf_utils/scf_density_matrix_ao.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
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|
double precision, allocatable :: scf_density_matrix_ao (ao_num,ao_num)
|
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|
|
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|
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|
S^{-1}.P.S^{-1} where P = C.C^t
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|
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Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
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|
:columns: 3
|
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|
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|
* :c:data:`ao_num`
|
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|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
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|
* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
|
||||||
|
|
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|
Needed by:
|
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|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
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|
|
||||||
|
* :c:data:`fps_spf_matrix_ao`
|
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|
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|
|
||||||
|
.. c:var:: scf_density_matrix_ao_alpha
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`scf_utils/scf_density_matrix_ao.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: scf_density_matrix_ao_alpha (ao_num,ao_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
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|
S^{-1}.P_alpha.S^{-1}
|
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|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_alpha_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`hf_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_energy`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: scf_density_matrix_ao_beta
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`scf_utils/scf_density_matrix_ao.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: scf_density_matrix_ao_beta (ao_num,ao_num)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
S^{-1}.P_beta.S^{-1}
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`elec_beta_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`hf_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_energy`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: scf_energy
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`scf_utils/fock_matrix.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision :: scf_energy
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Hartree-Fock energy
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`extra_e_contrib_density`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`nuclear_repulsion`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: threshold_diis_nonzero
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`scf_utils/diis.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision :: threshold_diis_nonzero
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
If threshold_DIIS is zero, choose sqrt(thresh_scf)
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`thresh_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`threshold_diis`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Subroutines / functions
|
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|
-----------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: damping_scf:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`scf_utils/damping_scf.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine damping_SCF
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_label`
|
||||||
|
* :c:data:`n_it_scf_max`
|
||||||
|
* :c:data:`thresh_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`frozen_orb_scf`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_hartree_fock_energy`
|
||||||
|
* :c:func:`initialize_mo_coef_begin_iteration`
|
||||||
|
* :c:func:`mo_as_eigvectors_of_mo_matrix`
|
||||||
|
* :c:func:`reorder_core_orb`
|
||||||
|
* :c:func:`save_mos`
|
||||||
|
* :c:func:`write_double`
|
||||||
|
* :c:func:`write_time`
|
||||||
|
|
||||||
|
Touches:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_density_matrix_ao_beta`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: huckel_guess:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`scf_utils/huckel.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine huckel_guess
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Build the MOs using the extended Huckel model
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`ao_one_e_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_overlap`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_two_e_integral_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`create_guess`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`save_mos`
|
||||||
|
|
||||||
|
Touches:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: roothaan_hall_scf:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`scf_utils/roothaan_hall_scf.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine Roothaan_Hall_SCF
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Roothaan-Hall algorithm for SCF Hartree-Fock calculation
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`max_dim_diis`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_occ`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_md5`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`level_shift`
|
||||||
|
* :c:data:`fps_spf_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`eigenvectors_fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_energy`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`thresh_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`scf_algorithm`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_mo`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_label`
|
||||||
|
* :c:data:`n_it_scf_max`
|
||||||
|
* :c:data:`threshold_diis_nonzero`
|
||||||
|
* :c:data:`frozen_orb_scf`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fps_spf_matrix_ao`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`run`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`extrapolate_fock_matrix`
|
||||||
|
* :c:func:`initialize_mo_coef_begin_iteration`
|
||||||
|
* :c:func:`mo_as_eigvectors_of_mo_matrix`
|
||||||
|
* :c:func:`reorder_core_orb`
|
||||||
|
* :c:func:`save_mos`
|
||||||
|
* :c:func:`write_double`
|
||||||
|
* :c:func:`write_time`
|
||||||
|
|
||||||
|
Touches:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`fock_matrix_ao_alpha`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`level_shift`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
|
13
docs/source/modules/selectors_cassd.rst
Normal file
13
docs/source/modules/selectors_cassd.rst
Normal file
@ -0,0 +1,13 @@
|
|||||||
|
.. _module_selectors_cassd:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: selectors_cassd
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
===============
|
||||||
|
selectors_cassd
|
||||||
|
===============
|
||||||
|
|
||||||
|
Selectors for |CAS-SD| calculations. The selectors are defined as first the
|
||||||
|
generators from :ref:`module_generators_cas`, and then the rest of the wave function.
|
||||||
|
|
153
docs/source/modules/selectors_full.rst
Normal file
153
docs/source/modules/selectors_full.rst
Normal file
@ -0,0 +1,153 @@
|
|||||||
|
.. _module_selectors_full:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: selectors_full
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
==============
|
||||||
|
selectors_full
|
||||||
|
==============
|
||||||
|
|
||||||
|
All the determinants are possible selectors. Only the largest contributions are kept, where
|
||||||
|
a threshold is applied to the squared norm of the wave function, with the :option:`determinants
|
||||||
|
threshold_selectors` flag.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Providers
|
||||||
|
---------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: n_det_selectors
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`selectors_full/selectors.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: n_det_selectors
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
For Single reference wave functions, the number of selectors is 1 : the
|
||||||
|
Hartree-Fock determinant
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_master`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`output_wall_time_0`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted`
|
||||||
|
* :c:data:`threshold_selectors`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`coef_hf_selector`
|
||||||
|
* :c:data:`exc_degree_per_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_coef_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_diag_h_mat`
|
||||||
|
* :c:data:`pt2_f`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: psi_selectors
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`selectors_full/selectors.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer(bit_kind), allocatable :: psi_selectors (N_int,2,psi_selectors_size)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: psi_selectors_coef (psi_selectors_size,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Determinants on which we apply <i|H|psi> for perturbation.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_size`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`coef_hf_selector`
|
||||||
|
* :c:data:`exc_degree_per_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_coef_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_diag_h_mat`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: psi_selectors_coef
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`selectors_full/selectors.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer(bit_kind), allocatable :: psi_selectors (N_int,2,psi_selectors_size)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: psi_selectors_coef (psi_selectors_size,N_states)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Determinants on which we apply <i|H|psi> for perturbation.
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_sorted`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_size`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`coef_hf_selector`
|
||||||
|
* :c:data:`exc_degree_per_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_coef_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_diag_h_mat`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: threshold_selectors
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`selectors_full/selectors.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision :: threshold_selectors
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Thresholds on selectors (fraction of the square of the norm)
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
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:columns: 3
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* :c:data:`threshold_generators`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`n_det_selectors`
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649
docs/source/modules/selectors_utils.rst
Normal file
649
docs/source/modules/selectors_utils.rst
Normal file
@ -0,0 +1,649 @@
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.. _module_selectors_utils:
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.. program:: selectors_utils
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.. default-role:: option
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===============
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selectors_utils
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===============
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Helper functions for selectors.
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Providers
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.. c:var:: coef_hf_selector
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File : :file:`selectors_utils/e_corr_selectors.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision :: coef_hf_selector
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double precision :: inv_selectors_coef_hf
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double precision :: inv_selectors_coef_hf_squared
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double precision, allocatable :: e_corr_per_selectors (N_det_selectors)
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double precision, allocatable :: i_h_hf_per_selectors (N_det_selectors)
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double precision, allocatable :: delta_e_per_selector (N_det_selectors)
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double precision :: e_corr_double_only
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double precision :: e_corr_second_order
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Correlation energy per determinant with respect to the Hartree-Fock determinant
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for the all the double excitations in the selectors determinants.
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E_corr_per_selectors(i) = :math:`\langle D_i | H | \text{HF}\rangle c(D_i)/c(HF)` if :math:`| D_i \rangle` is a double excitation.
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E_corr_per_selectors(i) = -1000.d0 if it is not a double excitation
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coef_hf_selector = coefficient of the Hartree Fock determinant in the selectors determinants
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
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* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
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* :c:data:`exc_degree_per_selectors`
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* :c:data:`mo_integrals_map`
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* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`n_int`
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* :c:data:`psi_selectors`
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* :c:data:`ref_bitmask`
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* :c:data:`ref_bitmask_energy`
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.. c:var:: delta_e_per_selector
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File : :file:`selectors_utils/e_corr_selectors.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision :: coef_hf_selector
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double precision :: inv_selectors_coef_hf
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double precision :: inv_selectors_coef_hf_squared
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double precision, allocatable :: e_corr_per_selectors (N_det_selectors)
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double precision, allocatable :: i_h_hf_per_selectors (N_det_selectors)
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|
double precision, allocatable :: delta_e_per_selector (N_det_selectors)
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double precision :: e_corr_double_only
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double precision :: e_corr_second_order
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Correlation energy per determinant with respect to the Hartree-Fock determinant
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for the all the double excitations in the selectors determinants.
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E_corr_per_selectors(i) = :math:`\langle D_i | H | \text{HF}\rangle c(D_i)/c(HF)` if :math:`| D_i \rangle` is a double excitation.
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E_corr_per_selectors(i) = -1000.d0 if it is not a double excitation
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coef_hf_selector = coefficient of the Hartree Fock determinant in the selectors determinants
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
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* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
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* :c:data:`exc_degree_per_selectors`
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* :c:data:`mo_integrals_map`
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* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`n_int`
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|
* :c:data:`psi_selectors`
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|
* :c:data:`ref_bitmask`
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* :c:data:`ref_bitmask_energy`
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.. c:var:: double_index_selectors
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File : :file:`selectors_utils/e_corr_selectors.irp.f`
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.. code:: fortran
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integer, allocatable :: exc_degree_per_selectors (N_det_selectors)
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integer, allocatable :: double_index_selectors (N_det_selectors)
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integer :: n_double_selectors
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Degree of excitation respect to Hartree Fock for the wave function
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for the all the selectors determinants.
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double_index_selectors = list of the index of the double excitations
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n_double_selectors = number of double excitations in the selectors determinants
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`n_int`
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* :c:data:`psi_selectors`
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|
* :c:data:`ref_bitmask`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`coef_hf_selector`
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.. c:var:: e_corr_double_only
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File : :file:`selectors_utils/e_corr_selectors.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision :: coef_hf_selector
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double precision :: inv_selectors_coef_hf
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double precision :: inv_selectors_coef_hf_squared
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double precision, allocatable :: e_corr_per_selectors (N_det_selectors)
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double precision, allocatable :: i_h_hf_per_selectors (N_det_selectors)
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|
double precision, allocatable :: delta_e_per_selector (N_det_selectors)
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|
double precision :: e_corr_double_only
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double precision :: e_corr_second_order
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Correlation energy per determinant with respect to the Hartree-Fock determinant
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for the all the double excitations in the selectors determinants.
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E_corr_per_selectors(i) = :math:`\langle D_i | H | \text{HF}\rangle c(D_i)/c(HF)` if :math:`| D_i \rangle` is a double excitation.
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|
E_corr_per_selectors(i) = -1000.d0 if it is not a double excitation
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coef_hf_selector = coefficient of the Hartree Fock determinant in the selectors determinants
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
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* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
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* :c:data:`exc_degree_per_selectors`
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* :c:data:`mo_integrals_map`
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* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`n_int`
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|
* :c:data:`psi_selectors`
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|
* :c:data:`ref_bitmask`
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* :c:data:`ref_bitmask_energy`
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.. c:var:: e_corr_per_selectors
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File : :file:`selectors_utils/e_corr_selectors.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision :: coef_hf_selector
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double precision :: inv_selectors_coef_hf
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double precision :: inv_selectors_coef_hf_squared
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double precision, allocatable :: e_corr_per_selectors (N_det_selectors)
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double precision, allocatable :: i_h_hf_per_selectors (N_det_selectors)
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double precision, allocatable :: delta_e_per_selector (N_det_selectors)
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double precision :: e_corr_double_only
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double precision :: e_corr_second_order
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|
Correlation energy per determinant with respect to the Hartree-Fock determinant
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for the all the double excitations in the selectors determinants.
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E_corr_per_selectors(i) = :math:`\langle D_i | H | \text{HF}\rangle c(D_i)/c(HF)` if :math:`| D_i \rangle` is a double excitation.
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|
E_corr_per_selectors(i) = -1000.d0 if it is not a double excitation
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coef_hf_selector = coefficient of the Hartree Fock determinant in the selectors determinants
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
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* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
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* :c:data:`exc_degree_per_selectors`
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* :c:data:`mo_integrals_map`
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* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
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* :c:data:`n_det_selectors`
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|
* :c:data:`n_int`
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|
* :c:data:`psi_selectors`
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|
* :c:data:`ref_bitmask`
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* :c:data:`ref_bitmask_energy`
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.. c:var:: e_corr_second_order
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File : :file:`selectors_utils/e_corr_selectors.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision :: coef_hf_selector
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double precision :: inv_selectors_coef_hf
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double precision :: inv_selectors_coef_hf_squared
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|
double precision, allocatable :: e_corr_per_selectors (N_det_selectors)
|
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|
double precision, allocatable :: i_h_hf_per_selectors (N_det_selectors)
|
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|
double precision, allocatable :: delta_e_per_selector (N_det_selectors)
|
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|
double precision :: e_corr_double_only
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|
double precision :: e_corr_second_order
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|
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|
Correlation energy per determinant with respect to the Hartree-Fock determinant
|
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|
for the all the double excitations in the selectors determinants.
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|
E_corr_per_selectors(i) = :math:`\langle D_i | H | \text{HF}\rangle c(D_i)/c(HF)` if :math:`| D_i \rangle` is a double excitation.
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|
E_corr_per_selectors(i) = -1000.d0 if it is not a double excitation
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|
coef_hf_selector = coefficient of the Hartree Fock determinant in the selectors determinants
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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|
* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
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* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
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|
* :c:data:`exc_degree_per_selectors`
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* :c:data:`mo_integrals_map`
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|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`n_int`
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|
* :c:data:`psi_selectors`
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* :c:data:`ref_bitmask`
|
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|
* :c:data:`ref_bitmask_energy`
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.. c:var:: exc_degree_per_selectors
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File : :file:`selectors_utils/e_corr_selectors.irp.f`
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.. code:: fortran
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|
integer, allocatable :: exc_degree_per_selectors (N_det_selectors)
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integer, allocatable :: double_index_selectors (N_det_selectors)
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|
integer :: n_double_selectors
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|
Degree of excitation respect to Hartree Fock for the wave function
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|
for the all the selectors determinants.
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double_index_selectors = list of the index of the double excitations
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n_double_selectors = number of double excitations in the selectors determinants
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`n_det_selectors`
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* :c:data:`n_int`
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* :c:data:`psi_selectors`
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|
* :c:data:`ref_bitmask`
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Needed by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:data:`coef_hf_selector`
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.. c:var:: i_h_hf_per_selectors
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File : :file:`selectors_utils/e_corr_selectors.irp.f`
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.. code:: fortran
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double precision :: coef_hf_selector
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double precision :: inv_selectors_coef_hf
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double precision :: inv_selectors_coef_hf_squared
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double precision, allocatable :: e_corr_per_selectors (N_det_selectors)
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|
double precision, allocatable :: i_h_hf_per_selectors (N_det_selectors)
|
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|
double precision, allocatable :: delta_e_per_selector (N_det_selectors)
|
||||||
|
double precision :: e_corr_double_only
|
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|
double precision :: e_corr_second_order
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|
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|
Correlation energy per determinant with respect to the Hartree-Fock determinant
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for the all the double excitations in the selectors determinants.
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E_corr_per_selectors(i) = :math:`\langle D_i | H | \text{HF}\rangle c(D_i)/c(HF)` if :math:`| D_i \rangle` is a double excitation.
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|
E_corr_per_selectors(i) = -1000.d0 if it is not a double excitation
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coef_hf_selector = coefficient of the Hartree Fock determinant in the selectors determinants
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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|
* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
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|
* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
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|
* :c:data:`exc_degree_per_selectors`
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|
* :c:data:`mo_integrals_map`
|
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|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
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|
* :c:data:`n_det_selectors`
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|
* :c:data:`n_int`
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|
* :c:data:`psi_selectors`
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* :c:data:`ref_bitmask`
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|
* :c:data:`ref_bitmask_energy`
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.. c:var:: inv_selectors_coef_hf
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File : :file:`selectors_utils/e_corr_selectors.irp.f`
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|
.. code:: fortran
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|
double precision :: coef_hf_selector
|
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|
double precision :: inv_selectors_coef_hf
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|
double precision :: inv_selectors_coef_hf_squared
|
||||||
|
double precision, allocatable :: e_corr_per_selectors (N_det_selectors)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: i_h_hf_per_selectors (N_det_selectors)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: delta_e_per_selector (N_det_selectors)
|
||||||
|
double precision :: e_corr_double_only
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|
double precision :: e_corr_second_order
|
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|
Correlation energy per determinant with respect to the Hartree-Fock determinant
|
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|
for the all the double excitations in the selectors determinants.
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|
E_corr_per_selectors(i) = :math:`\langle D_i | H | \text{HF}\rangle c(D_i)/c(HF)` if :math:`| D_i \rangle` is a double excitation.
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|
E_corr_per_selectors(i) = -1000.d0 if it is not a double excitation
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|
coef_hf_selector = coefficient of the Hartree Fock determinant in the selectors determinants
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Needs:
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.. hlist::
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:columns: 3
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|
* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`exc_degree_per_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_map`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors`
|
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|
* :c:data:`ref_bitmask`
|
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|
* :c:data:`ref_bitmask_energy`
|
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|
.. c:var:: inv_selectors_coef_hf_squared
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File : :file:`selectors_utils/e_corr_selectors.irp.f`
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|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision :: coef_hf_selector
|
||||||
|
double precision :: inv_selectors_coef_hf
|
||||||
|
double precision :: inv_selectors_coef_hf_squared
|
||||||
|
double precision, allocatable :: e_corr_per_selectors (N_det_selectors)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: i_h_hf_per_selectors (N_det_selectors)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: delta_e_per_selector (N_det_selectors)
|
||||||
|
double precision :: e_corr_double_only
|
||||||
|
double precision :: e_corr_second_order
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Correlation energy per determinant with respect to the Hartree-Fock determinant
|
||||||
|
for the all the double excitations in the selectors determinants.
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|
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||||||
|
E_corr_per_selectors(i) = :math:`\langle D_i | H | \text{HF}\rangle c(D_i)/c(HF)` if :math:`| D_i \rangle` is a double excitation.
|
||||||
|
|
||||||
|
E_corr_per_selectors(i) = -1000.d0 if it is not a double excitation
|
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|
|
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|
coef_hf_selector = coefficient of the Hartree Fock determinant in the selectors determinants
|
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|
|
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|
Needs:
|
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|
|
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|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`big_array_coulomb_integrals`
|
||||||
|
* :c:data:`exc_degree_per_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_integrals_map`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_two_e_integrals_in_map`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`ref_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`ref_bitmask_energy`
|
||||||
|
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: n_double_selectors
|
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|
|
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|
|
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|
File : :file:`selectors_utils/e_corr_selectors.irp.f`
|
||||||
|
|
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|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer, allocatable :: exc_degree_per_selectors (N_det_selectors)
|
||||||
|
integer, allocatable :: double_index_selectors (N_det_selectors)
|
||||||
|
integer :: n_double_selectors
|
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|
|
||||||
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|
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|
Degree of excitation respect to Hartree Fock for the wave function
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|
for the all the selectors determinants.
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|
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|
double_index_selectors = list of the index of the double excitations
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||||||
|
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|
n_double_selectors = number of double excitations in the selectors determinants
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||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`ref_bitmask`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`coef_hf_selector`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: psi_selectors_coef_transp
|
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|
|
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|
|
||||||
|
File : :file:`selectors_utils/selectors.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: psi_selectors_coef_transp (N_states,psi_selectors_size)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Transposed psi_selectors
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_size`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: psi_selectors_diag_h_mat
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`selectors_utils/selectors.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
double precision, allocatable :: psi_selectors_diag_h_mat (psi_selectors_size)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Diagonal elements of the H matrix for each selectors
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`elec_num`
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`n_int`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_size`
|
||||||
|
* :c:data:`ref_bitmask`
|
||||||
|
* :c:data:`ref_bitmask_energy`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:var:: psi_selectors_size
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`selectors_utils/selectors.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer :: psi_selectors_size
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`psi_det_size`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needed by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_coef_transp`
|
||||||
|
* :c:data:`psi_selectors_diag_h_mat`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Subroutines / functions
|
||||||
|
-----------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: zmq_get_n_det_generators:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`selectors_utils/zmq.irp.f_template_102`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer function zmq_get_N_det_generators(zmq_to_qp_run_socket, worker_id)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Get N_det_generators from the qp_run scheduler
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`zmq_state`
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_master`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: zmq_get_n_det_selectors:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`selectors_utils/zmq.irp.f_template_102`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer function zmq_get_N_det_selectors(zmq_to_qp_run_socket, worker_id)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Get N_det_selectors from the qp_run scheduler
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`zmq_state`
|
||||||
|
* :c:data:`mpi_master`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: zmq_put_n_det_generators:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`selectors_utils/zmq.irp.f_template_102`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer function zmq_put_N_det_generators(zmq_to_qp_run_socket,worker_id)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Put N_det_generators on the qp_run scheduler
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_generators`
|
||||||
|
* :c:data:`zmq_state`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: zmq_put_n_det_selectors:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`selectors_utils/zmq.irp.f_template_102`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
integer function zmq_put_N_det_selectors(zmq_to_qp_run_socket,worker_id)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Put N_det_selectors on the qp_run scheduler
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_det_selectors`
|
||||||
|
* :c:data:`zmq_state`
|
||||||
|
|
14
docs/source/modules/single_ref_method.rst
Normal file
14
docs/source/modules/single_ref_method.rst
Normal file
@ -0,0 +1,14 @@
|
|||||||
|
.. _module_single_ref_method:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: single_ref_method
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
=================
|
||||||
|
single_ref_method
|
||||||
|
=================
|
||||||
|
|
||||||
|
Include this module for single reference methods.
|
||||||
|
Using this module, the only generator determinant is the Hartree-Fock determinant.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
246
docs/source/modules/tools.rst
Normal file
246
docs/source/modules/tools.rst
Normal file
@ -0,0 +1,246 @@
|
|||||||
|
.. _module_tools:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. program:: tools
|
||||||
|
|
||||||
|
.. default-role:: option
|
||||||
|
|
||||||
|
=====
|
||||||
|
tools
|
||||||
|
=====
|
||||||
|
|
||||||
|
Useful tools are grouped in this module.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Programs
|
||||||
|
--------
|
||||||
|
|
||||||
|
* :ref:`diagonalize_h`
|
||||||
|
* :ref:`fcidump`
|
||||||
|
* :ref:`four_idx_transform`
|
||||||
|
* :ref:`molden`
|
||||||
|
* :ref:`print_e_conv`
|
||||||
|
* :ref:`print_wf`
|
||||||
|
* :ref:`save_natorb`
|
||||||
|
* :ref:`save_one_e_dm`
|
||||||
|
* :ref:`save_ortho_mos`
|
||||||
|
* :ref:`write_integrals_erf`
|
||||||
|
|
||||||
|
Subroutines / functions
|
||||||
|
-----------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: routine:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`write_integrals_erf.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine routine
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`diagonalize_h`
|
||||||
|
* :c:func:`print_wf`
|
||||||
|
* :c:func:`write_integrals_erf`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`save_erf_two_e_integrals_ao`
|
||||||
|
* :c:func:`save_erf_two_e_integrals_mo`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: routine_e_conv:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`print_e_conv.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine routine_e_conv
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
routine called by :c:func:`print_e_conv`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`n_states`
|
||||||
|
* :c:data:`ezfio_filename`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`print_e_conv`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_get_iterations_energy_iterations`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_get_iterations_n_det_iterations`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_get_iterations_n_iter`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_get_iterations_pt2_iterations`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: routine_save_one_e_dm:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`save_one_e_dm.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine routine_save_one_e_dm
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
routine called by :c:func:`save_one_e_dm`
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`one_e_dm_mo_alpha`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`save_one_e_dm`
|
||||||
|
|
||||||
|
Calls:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_aux_quantities_data_one_e_dm_alpha_mo`
|
||||||
|
* :c:func:`ezfio_set_aux_quantities_data_one_e_dm_beta_mo`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: write_ao_basis:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`molden.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine write_Ao_basis(i_unit_output)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_list_shell_aos`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_prim_num`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_l`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_expo`
|
||||||
|
* :c:data:`element_name`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`molden`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: write_geometry:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`molden.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine write_geometry(i_unit_output)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_coord`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_charge`
|
||||||
|
* :c:data:`element_name`
|
||||||
|
* :c:data:`nucl_num`
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`molden`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: write_intro_gamess:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`molden.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine write_intro_gamess(i_unit_output)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Called by:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:func:`molden`
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
.. c:function:: write_mo_basis:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
File : :file:`molden.irp.f`
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code:: fortran
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine write_Mo_basis(i_unit_output)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Needs:
|
||||||
|
|
||||||
|
.. hlist::
|
||||||
|
:columns: 3
|
||||||
|
|
||||||
|
* :c:data:`mo_num`
|
||||||
|
* :c:data:`mo_coef`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_num`
|
||||||
|
* :c:data:`ao_l_char_space`
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* :c:data:`nucl_charge`
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* :c:data:`ao_nucl`
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* :c:data:`element_name`
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Called by:
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.. hlist::
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:columns: 3
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* :c:func:`molden`
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3025
docs/source/modules/utils.rst
Normal file
3025
docs/source/modules/utils.rst
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
1513
docs/source/modules/zmq.rst
Normal file
1513
docs/source/modules/zmq.rst
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
66
man/qp_reset.1
Normal file
66
man/qp_reset.1
Normal file
@ -0,0 +1,66 @@
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|
.\" Man page generated from reStructuredText.
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.
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.TH "QP_RESET" "1" "Jan 29, 2019" "2.0" "Quantum Package"
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.SH NAME
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qp_reset \- | Quantum Package >
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.
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.nr rst2man-indent-level 0
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.
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.de1 rstReportMargin
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\\$1 \\n[an-margin]
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level \\n[rst2man-indent-level]
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level margin: \\n[rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level]]
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-
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\\n[rst2man-indent0]
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\\n[rst2man-indent1]
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\\n[rst2man-indent2]
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..
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.de1 INDENT
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.\" .rstReportMargin pre:
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. RS \\$1
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. nr rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level] \\n[an-margin]
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. nr rst2man-indent-level +1
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.\" .rstReportMargin post:
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||||||
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..
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.de UNINDENT
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. RE
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.\" indent \\n[an-margin]
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.\" old: \\n[rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level]]
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.nr rst2man-indent-level -1
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||||||
|
.\" new: \\n[rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level]]
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.in \\n[rst2man-indent\\n[rst2man-indent-level]]u
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||||||
|
..
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.sp
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|
This command resets parts of the \fI\%EZFIO\fP directory.
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.SH USAGE
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.INDENT 0.0
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.INDENT 3.5
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.sp
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|
.nf
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.ft C
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qp_reset [\-adhm] EZFIO_DIR
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.ft P
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.fi
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.UNINDENT
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.UNINDENT
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.INDENT 0.0
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|
.TP
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.B \-a, \-\-all
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|
Reset to the state in which the directory is after after running qp_create_ezfio\&.
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.UNINDENT
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.INDENT 0.0
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|
.TP
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.B \-d, \-\-dets
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|
Deletes the determinants and CI coefficients.
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.UNINDENT
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.INDENT 0.0
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|
.TP
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||||||
|
.B \-m, \-\-mos
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||||||
|
Deletes the MOs, and consequently the determinants and CI coefficients.
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||||||
|
.UNINDENT
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.SH AUTHOR
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|
A. Scemama, E. Giner
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.SH COPYRIGHT
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|
2019, A. Scemama, E. Giner
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||||||
|
.\" Generated by docutils manpage writer.
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.
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