mirror of
https://github.com/QuantumPackage/qp2.git
synced 2025-04-25 17:54:44 +02:00
Merge branch 'dev-stable' of https://github.com/QuantumPackage/qp2 into dev-stable
This commit is contained in:
eginer
commit
160468e99f
@ -13,11 +13,9 @@ Options:
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import sys
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import sys
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import os
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import os
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from functools import reduce
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import tempfile
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from ezfio import ezfio
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from docopt import docopt
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from docopt import docopt
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try:
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try:
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QP_ROOT = os.environ["QP_ROOT"]
|
QP_ROOT = os.environ["QP_ROOT"]
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QP_EZFIO = os.environ["QP_EZFIO"]
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QP_EZFIO = os.environ["QP_EZFIO"]
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@ -30,401 +28,41 @@ else:
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QP_ROOT + "/install",
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QP_ROOT + "/install",
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QP_ROOT + "/scripts"] + sys.path
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QP_ROOT + "/scripts"] + sys.path
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from resultsFile import *
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from ezfio import ezfio
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from qp_import_trexio import write_ezfio
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try:
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try:
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from resultsFile import *
|
from trexio_tools import trexio_run
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except:
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except:
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print("Error: resultsFile Python library not installed")
|
print("Error: trexio-tools python package is not installed.")
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print("Use pip install trexio-tools to install it.")
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sys.exit(1)
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sys.exit(1)
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def write_ezfio(res, filename):
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res.clean_uncontractions()
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ezfio.set_file(filename)
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ezfio.set_ezfio_files_ezfio_convention(20250211)
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# _
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# |_ | _ _ _|_ ._ _ ._ _
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# |_ | (/_ (_ |_ | (_) | | _>
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||||||
#
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||||||
print("Electrons\t...\t", end=' ')
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||||||
ezfio.set_electrons_elec_alpha_num(res.num_alpha)
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ezfio.set_electrons_elec_beta_num(res.num_beta)
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print("OK")
|
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#
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# |\ | _ | _ o
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# | \| |_| (_ | (/_ |
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#
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print("Nuclei\t\t...\t", end=' ')
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# ~#~#~#~ #
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# I n i t #
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# ~#~#~#~ #
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charge = []
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coord_x = []
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coord_y = []
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coord_z = []
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# ~#~#~#~#~#~#~ #
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# P a r s i n g #
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# ~#~#~#~#~#~#~ #
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for a in res.geometry:
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charge.append(a.charge)
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if res.units == 'BOHR':
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coord_x.append(a.coord[0])
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coord_y.append(a.coord[1])
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coord_z.append(a.coord[2])
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else:
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coord_x.append(a.coord[0] / a0)
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coord_y.append(a.coord[1] / a0)
|
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coord_z.append(a.coord[2] / a0)
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# ~#~#~#~#~ #
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# W r i t e #
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# ~#~#~#~#~ #
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||||||
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||||||
ezfio.set_nuclei_nucl_num(len(res.geometry))
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ezfio.set_nuclei_nucl_charge(charge)
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# Transformt H1 into H
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import re
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p = re.compile(r'(\d*)$')
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label = [p.sub("", x.name).capitalize() for x in res.geometry]
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ezfio.set_nuclei_nucl_label(label)
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ezfio.set_nuclei_nucl_coord(coord_x + coord_y + coord_z)
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print("OK")
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# _
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||||||
# /\ _ _ |_) _. _ o _
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# /--\ (_) _> |_) (_| _> | _>
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#
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print("AOS\t\t...\t", end=' ')
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# ~#~#~#~ #
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# I n i t #
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# ~#~#~#~ #
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||||||
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at = []
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num_prim = []
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power_x = []
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power_y = []
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power_z = []
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coefficient = []
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exponent = []
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||||||
res.convert_to_cartesian()
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# ~#~#~#~#~#~#~ #
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# P a r s i n g #
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# ~#~#~#~#~#~#~ #
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for b in res.basis:
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c = b.center
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for i, atom in enumerate(res.geometry):
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if atom.coord == c:
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at.append(i + 1)
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||||||
num_prim.append(len(b.prim))
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||||||
s = b.sym
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||||||
power_x.append(str.count(s, "x"))
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||||||
power_y.append(str.count(s, "y"))
|
|
||||||
power_z.append(str.count(s, "z"))
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||||||
coefficient.append(b.coef)
|
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||||||
exponent.append([p.expo for p in b.prim])
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# ~#~#~#~#~ #
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# W r i t e #
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# ~#~#~#~#~ #
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||||||
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||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_num(len(res.basis))
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ezfio.set_ao_basis_ao_nucl(at)
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||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_prim_num(num_prim)
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||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_power(power_x + power_y + power_z)
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||||||
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# ~#~#~#~#~#~#~ #
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# P a r s i n g #
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||||||
# ~#~#~#~#~#~#~ #
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||||||
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prim_num_max = ezfio.get_ao_basis_ao_prim_num_max()
|
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||||||
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||||||
for i in range(len(res.basis)):
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||||||
coefficient[i] += [0. for j in range(len(coefficient[i]), prim_num_max)]
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|
||||||
exponent[i] += [0. for j in range(len(exponent[i]), prim_num_max)]
|
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||||||
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||||||
coefficient = reduce(lambda x, y: x + y, coefficient, [])
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||||||
exponent = reduce(lambda x, y: x + y, exponent, [])
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||||||
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||||||
coef = []
|
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||||||
expo = []
|
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||||||
for i in range(prim_num_max):
|
|
||||||
for j in range(i, len(coefficient), prim_num_max):
|
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||||||
coef.append(coefficient[j])
|
|
||||||
expo.append(exponent[j])
|
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||||||
|
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||||||
# ~#~#~#~#~ #
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||||||
# W r i t e #
|
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||||||
# ~#~#~#~#~ #
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||||||
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||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_coef(coef)
|
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||||||
ezfio.set_basis_ao_normalized(True)
|
|
||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_expo(expo)
|
|
||||||
ezfio.set_ao_basis_ao_basis("Read by resultsFile")
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||||||
print("OK")
|
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||||||
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||||||
# _
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||||||
# |_) _. _ o _
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||||||
# |_) (_| _> | _>
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||||||
#
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||||||
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||||||
print("Basis\t\t...\t", end=' ')
|
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# ~#~#~#~ #
|
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||||||
# I n i t #
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||||||
# ~#~#~#~ #
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||||||
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coefficient = []
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||||||
exponent = []
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# ~#~#~#~#~#~#~ #
|
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||||||
# P a r s i n g #
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||||||
# ~#~#~#~#~#~#~ #
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||||||
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||||||
inucl = {}
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||||||
for i, a in enumerate(res.geometry):
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inucl[a.coord] = i
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nbasis = 0
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||||||
nucl_index = []
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curr_center = -1
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||||||
nucl_shell_num = []
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||||||
ang_mom = []
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||||||
nshell = 0
|
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||||||
nshell_tot = 0
|
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||||||
shell_index = []
|
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||||||
shell_prim_num = []
|
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||||||
for b in res.basis:
|
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||||||
s = b.sym
|
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||||||
if str.count(s, "y") + str.count(s, "x") == 0:
|
|
||||||
c = inucl[b.center]
|
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||||||
nshell += 1
|
|
||||||
nshell_tot += 1
|
|
||||||
if c != curr_center:
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||||||
curr_center = c
|
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||||||
nucl_shell_num.append(nshell)
|
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||||||
nshell = 0
|
|
||||||
nbasis += 1
|
|
||||||
nucl_index.append(c+1)
|
|
||||||
coefficient += b.coef[:len(b.prim)]
|
|
||||||
exponent += [p.expo for p in b.prim]
|
|
||||||
ang_mom.append(str.count(s, "z"))
|
|
||||||
shell_prim_num.append(len(b.prim))
|
|
||||||
shell_index += [nshell_tot] * len(b.prim)
|
|
||||||
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||||||
shell_num = len(ang_mom)
|
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||||||
assert(shell_index[0] == 1)
|
|
||||||
assert(shell_index[-1] == shell_num)
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||||||
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||||||
# ~#~#~#~#~ #
|
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||||||
# W r i t e #
|
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||||||
# ~#~#~#~#~ #
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|
||||||
|
|
||||||
ezfio.set_basis_basis("Read from ResultsFile")
|
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||||||
ezfio.set_basis_shell_num(shell_num)
|
|
||||||
ezfio.set_basis_basis_nucleus_index(nucl_index)
|
|
||||||
ezfio.set_basis_prim_num(len(coefficient))
|
|
||||||
|
|
||||||
ezfio.set_basis_nucleus_shell_num(nucl_shell_num)
|
|
||||||
ezfio.set_basis_prim_coef(coefficient)
|
|
||||||
ezfio.set_basis_prim_expo(exponent)
|
|
||||||
ezfio.set_basis_shell_ang_mom(ang_mom)
|
|
||||||
ezfio.set_basis_shell_prim_num(shell_prim_num)
|
|
||||||
ezfio.set_basis_shell_index(shell_index)
|
|
||||||
|
|
||||||
print("OK")
|
|
||||||
|
|
||||||
# _
|
|
||||||
# |\/| _ _ |_) _. _ o _
|
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||||||
# | | (_) _> |_) (_| _> | _>
|
|
||||||
#
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||||||
|
|
||||||
print("MOS\t\t...\t", end=' ')
|
|
||||||
# ~#~#~#~ #
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||||||
# I n i t #
|
|
||||||
# ~#~#~#~ #
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||||||
|
|
||||||
MoTag = res.determinants_mo_type
|
|
||||||
ezfio.set_mo_basis_mo_label('Orthonormalized')
|
|
||||||
ezfio.set_determinants_mo_label('Orthonormalized')
|
|
||||||
MO_type = MoTag
|
|
||||||
allMOs = res.mo_sets[MO_type]
|
|
||||||
|
|
||||||
# ~#~#~#~#~#~#~ #
|
|
||||||
# P a r s i n g #
|
|
||||||
# ~#~#~#~#~#~#~ #
|
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
closed = [(allMOs[i].eigenvalue, i) for i in res.closed_mos]
|
|
||||||
active = [(allMOs[i].eigenvalue, i) for i in res.active_mos]
|
|
||||||
virtual = [(allMOs[i].eigenvalue, i) for i in res.virtual_mos]
|
|
||||||
except:
|
|
||||||
closed = []
|
|
||||||
virtual = []
|
|
||||||
active = [(allMOs[i].eigenvalue, i) for i in range(len(allMOs))]
|
|
||||||
|
|
||||||
closed = [x[1] for x in closed]
|
|
||||||
active = [x[1] for x in active]
|
|
||||||
virtual = [x[1] for x in virtual]
|
|
||||||
MOindices = closed + active + virtual
|
|
||||||
|
|
||||||
MOs = []
|
|
||||||
for i in MOindices:
|
|
||||||
MOs.append(allMOs[i])
|
|
||||||
|
|
||||||
mo_num = len(MOs)
|
|
||||||
while len(MOindices) < mo_num:
|
|
||||||
MOindices.append(len(MOindices))
|
|
||||||
|
|
||||||
MOmap = list(MOindices)
|
|
||||||
for i in range(len(MOindices)):
|
|
||||||
MOmap[i] = MOindices.index(i)
|
|
||||||
|
|
||||||
energies = []
|
|
||||||
for i in range(mo_num):
|
|
||||||
energies.append(MOs[i].eigenvalue)
|
|
||||||
|
|
||||||
OccNum = []
|
|
||||||
if res.occ_num is not None:
|
|
||||||
for i in MOindices:
|
|
||||||
OccNum.append(res.occ_num[MO_type][i])
|
|
||||||
else:
|
|
||||||
for i in range(res.num_beta):
|
|
||||||
OccNum.append(2.)
|
|
||||||
for i in range(res.num_beta,res.num_alpha):
|
|
||||||
OccNum.append(1.)
|
|
||||||
|
|
||||||
while len(OccNum) < mo_num:
|
|
||||||
OccNum.append(0.)
|
|
||||||
|
|
||||||
MoMatrix = []
|
|
||||||
sym0 = [i.sym for i in res.mo_sets[MO_type]]
|
|
||||||
sym = [i.sym for i in res.mo_sets[MO_type]]
|
|
||||||
for i in range(len(sym)):
|
|
||||||
sym[MOmap[i]] = sym0[i]
|
|
||||||
|
|
||||||
irrep = {}
|
|
||||||
for i in sym:
|
|
||||||
irrep[i] = 0
|
|
||||||
|
|
||||||
for i, j in enumerate(irrep.keys()):
|
|
||||||
irrep[j] = i+1
|
|
||||||
|
|
||||||
sym = [ irrep[k] for k in sym ]
|
|
||||||
|
|
||||||
MoMatrix = []
|
|
||||||
for i in range(len(MOs)):
|
|
||||||
m = MOs[i]
|
|
||||||
for coef in m.vector:
|
|
||||||
MoMatrix.append(coef)
|
|
||||||
|
|
||||||
while len(MoMatrix) < len(MOs[0].vector)**2:
|
|
||||||
MoMatrix.append(0.)
|
|
||||||
|
|
||||||
# ~#~#~#~#~ #
|
|
||||||
# W r i t e #
|
|
||||||
# ~#~#~#~#~ #
|
|
||||||
|
|
||||||
ezfio.set_mo_basis_mo_num(mo_num)
|
|
||||||
ezfio.set_mo_basis_mo_coef(MoMatrix)
|
|
||||||
ezfio.set_mo_basis_mo_occ(OccNum)
|
|
||||||
ezfio.set_mo_basis_mo_symmetry(sym)
|
|
||||||
|
|
||||||
print("OK")
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
print("Pseudos\t\t...\t", end=' ')
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
lmax = 0
|
|
||||||
nucl_charge_remove = []
|
|
||||||
klocmax = 0
|
|
||||||
kmax = 0
|
|
||||||
nucl_num = len(res.geometry)
|
|
||||||
for ecp in res.pseudo:
|
|
||||||
lmax_local = ecp['lmax']
|
|
||||||
lmax = max(lmax_local, lmax)
|
|
||||||
nucl_charge_remove.append(ecp['zcore'])
|
|
||||||
klocmax = max(klocmax, len(ecp[str(lmax_local)]))
|
|
||||||
for l in range(lmax_local):
|
|
||||||
kmax = max(kmax, len(ecp[str(l)]))
|
|
||||||
lmax = lmax-1
|
|
||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_lmax(lmax)
|
|
||||||
ezfio.set_pseudo_nucl_charge_remove(nucl_charge_remove)
|
|
||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_klocmax(klocmax)
|
|
||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_kmax(kmax)
|
|
||||||
pseudo_n_k = [[0 for _ in range(nucl_num)] for _ in range(klocmax)]
|
|
||||||
pseudo_v_k = [[0. for _ in range(nucl_num)] for _ in range(klocmax)]
|
|
||||||
pseudo_dz_k = [[0. for _ in range(nucl_num)] for _ in range(klocmax)]
|
|
||||||
pseudo_n_kl = [[[0 for _ in range(nucl_num)] for _ in range(kmax)] for _ in range(lmax+1)]
|
|
||||||
pseudo_v_kl = [[[0. for _ in range(nucl_num)] for _ in range(kmax)] for _ in range(lmax+1)]
|
|
||||||
pseudo_dz_kl = [[[0. for _ in range(nucl_num)] for _ in range(kmax)] for _ in range(lmax+1)]
|
|
||||||
for ecp in res.pseudo:
|
|
||||||
lmax_local = ecp['lmax']
|
|
||||||
klocmax = len(ecp[str(lmax_local)])
|
|
||||||
atom = ecp['atom']-1
|
|
||||||
for kloc in range(klocmax):
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
v, n, dz = ecp[str(lmax_local)][kloc]
|
|
||||||
pseudo_n_k[kloc][atom] = n-2
|
|
||||||
pseudo_v_k[kloc][atom] = v
|
|
||||||
pseudo_dz_k[kloc][atom] = dz
|
|
||||||
except:
|
|
||||||
pass
|
|
||||||
for l in range(lmax_local):
|
|
||||||
for k in range(kmax):
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
v, n, dz = ecp[str(l)][k]
|
|
||||||
pseudo_n_kl[l][k][atom] = n-2
|
|
||||||
pseudo_v_kl[l][k][atom] = v
|
|
||||||
pseudo_dz_kl[l][k][atom] = dz
|
|
||||||
except:
|
|
||||||
pass
|
|
||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_n_k(pseudo_n_k)
|
|
||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_v_k(pseudo_v_k)
|
|
||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_dz_k(pseudo_dz_k)
|
|
||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_n_kl(pseudo_n_kl)
|
|
||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_v_kl(pseudo_v_kl)
|
|
||||||
ezfio.set_pseudo_pseudo_dz_kl(pseudo_dz_kl)
|
|
||||||
|
|
||||||
n_alpha = res.num_alpha
|
|
||||||
n_beta = res.num_beta
|
|
||||||
for i in range(nucl_num):
|
|
||||||
charge[i] -= nucl_charge_remove[i]
|
|
||||||
ezfio.set_nuclei_nucl_charge(charge)
|
|
||||||
ezfio.set_electrons_elec_alpha_num(n_alpha)
|
|
||||||
ezfio.set_electrons_elec_beta_num(n_beta)
|
|
||||||
|
|
||||||
except:
|
|
||||||
ezfio.set_pseudo_do_pseudo(False)
|
|
||||||
else:
|
|
||||||
ezfio.set_pseudo_do_pseudo(True)
|
|
||||||
|
|
||||||
print("OK")
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
def get_full_path(file_path):
|
def get_full_path(file_path):
|
||||||
file_path = os.path.expanduser(file_path)
|
file_path = os.path.expanduser(file_path)
|
||||||
file_path = os.path.expandvars(file_path)
|
file_path = os.path.expandvars(file_path)
|
||||||
# file_path = os.path.abspath(file_path)
|
|
||||||
return file_path
|
return file_path
|
||||||
|
|
||||||
|
class NoneDict(dict):
|
||||||
|
def __missing__(self, key):
|
||||||
|
return None
|
||||||
|
|
||||||
|
def main(FILE,EZFIO_FILE):
|
||||||
|
with tempfile.NamedTemporaryFile(mode='w+b', delete=True, errors=None) as f:
|
||||||
|
trexio_file = f.name
|
||||||
|
|
||||||
|
args = NoneDict()
|
||||||
|
args["convert-from"] = True
|
||||||
|
args["--input"] = FILE
|
||||||
|
args["--back_end"] = "hdf5"
|
||||||
|
args["--type"] = "gaussian"
|
||||||
|
args["TREXIO_FILE"] = trexio_file
|
||||||
|
|
||||||
|
trexio_run.main(filename=trexio_file, args=args)
|
||||||
|
write_ezfio(trexio_file, EZFIO_FILE)
|
||||||
|
trexio_run.remove_trexio_file(trexio_file, overwrite=True)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
if __name__ == '__main__':
|
if __name__ == '__main__':
|
||||||
ARGUMENTS = docopt(__doc__)
|
ARGUMENTS = docopt(__doc__)
|
||||||
@ -436,20 +74,5 @@ if __name__ == '__main__':
|
|||||||
else:
|
else:
|
||||||
EZFIO_FILE = "{0}.ezfio".format(FILE)
|
EZFIO_FILE = "{0}.ezfio".format(FILE)
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
main (FILE,EZFIO_FILE)
|
||||||
RES_FILE = getFile(FILE)
|
|
||||||
except:
|
|
||||||
raise
|
|
||||||
else:
|
|
||||||
print(FILE, 'recognized as', str(RES_FILE).split('.')[-1].split()[0])
|
|
||||||
|
|
||||||
write_ezfio(RES_FILE, EZFIO_FILE)
|
|
||||||
sys.stdout.flush()
|
|
||||||
if os.system("qp_run save_ortho_mos "+EZFIO_FILE) != 0:
|
|
||||||
print("""Warning: You need to run
|
|
||||||
|
|
||||||
qp run save_ortho_mos
|
|
||||||
|
|
||||||
to be sure your MOs will be orthogonal, which is not the case when
|
|
||||||
the MOs are read from output files (not enough precision in output).""")
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -43,7 +43,8 @@ subroutine print_basis_correction
|
|||||||
|
|
||||||
else if(mu_of_r_potential.EQ."cas_full".or. &
|
else if(mu_of_r_potential.EQ."cas_full".or. &
|
||||||
mu_of_r_potential.EQ."cas_truncated".or. &
|
mu_of_r_potential.EQ."cas_truncated".or. &
|
||||||
mu_of_r_potential.EQ."pure_act") then
|
mu_of_r_potential.EQ."pure_act".or. &
|
||||||
|
mu_of_r_potential.EQ."proj_cas") then
|
||||||
print*, ''
|
print*, ''
|
||||||
print*,'Using a CAS-like two-body density to define mu(r)'
|
print*,'Using a CAS-like two-body density to define mu(r)'
|
||||||
print*,'This assumes that the CAS is a qualitative representation of the wave function '
|
print*,'This assumes that the CAS is a qualitative representation of the wave function '
|
||||||
|
|||||||
@ -1 +0,0 @@
|
|||||||
/home/scemama/qp2/plugins/qp_plugins_lct/stable/rsdft_cipsi/qp_cipsi_rsh
|
|
||||||
@ -1,6 +1,9 @@
|
|||||||
#!/usr/bin/env python3
|
#!/usr/bin/env python3
|
||||||
|
|
||||||
# Computes the error on the excitation energy of a CIPSI run.
|
# Computes the error on the excitation energy of a CIPSI run.
|
||||||
|
# see "QUESTDB: a database of highly-accurate excitation energies for the electronic structure community"
|
||||||
|
# doi:10.1002/wcms.1517 or arXiv:2011.14675
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
def student(p,df):
|
def student(p,df):
|
||||||
import scipy
|
import scipy
|
||||||
|
|||||||
@ -80,6 +80,8 @@ def generate_xyz(l):
|
|||||||
def write_ezfio(trexio_filename, filename):
|
def write_ezfio(trexio_filename, filename):
|
||||||
|
|
||||||
warnings = []
|
warnings = []
|
||||||
|
while trexio_filename[-1] == '/':
|
||||||
|
trexio_filename = trexio_filename[:-1]
|
||||||
trexio_file = trexio.File(trexio_filename,mode='r',back_end=trexio.TREXIO_AUTO)
|
trexio_file = trexio.File(trexio_filename,mode='r',back_end=trexio.TREXIO_AUTO)
|
||||||
|
|
||||||
ezfio.set_file(filename)
|
ezfio.set_file(filename)
|
||||||
@ -258,7 +260,6 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
|
|||||||
else:
|
else:
|
||||||
raise TypeError
|
raise TypeError
|
||||||
|
|
||||||
print(basis_type)
|
|
||||||
except:
|
except:
|
||||||
basis_type = "None"
|
basis_type = "None"
|
||||||
print("None")
|
print("None")
|
||||||
@ -275,7 +276,7 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
|
|||||||
if basis_type.lower() == "gaussian" and not cartesian:
|
if basis_type.lower() == "gaussian" and not cartesian:
|
||||||
try:
|
try:
|
||||||
import trexio_tools
|
import trexio_tools
|
||||||
tmp = "cartesian_"+trexio_filename
|
tmp = trexio_filename+"_cartesian"
|
||||||
retcode = subprocess.call(["trexio", "convert-to", "-t", "cartesian", "-o", tmp, trexio_filename])
|
retcode = subprocess.call(["trexio", "convert-to", "-t", "cartesian", "-o", tmp, trexio_filename])
|
||||||
trexio_file_cart = trexio.File(tmp,mode='r',back_end=trexio.TREXIO_AUTO)
|
trexio_file_cart = trexio.File(tmp,mode='r',back_end=trexio.TREXIO_AUTO)
|
||||||
cartesian = trexio.read_ao_cartesian(trexio_file_cart)
|
cartesian = trexio.read_ao_cartesian(trexio_file_cart)
|
||||||
@ -357,7 +358,7 @@ def write_ezfio(trexio_filename, filename):
|
|||||||
|
|
||||||
else:
|
else:
|
||||||
if basis_type.lower() == "gaussian" and not cartesian:
|
if basis_type.lower() == "gaussian" and not cartesian:
|
||||||
warnings.append(f"Spherical AOs not handled by QP. Convert the TREXIO file using trexio_tools:\n trexio convert-to -t cartesian -o cartesian_{trexio_filename} {trexio_filename}")
|
warnings.append(f"Spherical AOs not handled by QP. Convert the TREXIO file using trexio_tools:\n trexio convert-to -t cartesian -o {trexio_filename}_cartesian {trexio_filename}")
|
||||||
warnings.append("Integrals should be imported using:\n qp run import_trexio_integrals")
|
warnings.append("Integrals should be imported using:\n qp run import_trexio_integrals")
|
||||||
print("None")
|
print("None")
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -28,11 +28,15 @@ BEGIN_PROVIDER [ integer, ao_sphe_num ]
|
|||||||
! Number of spherical AOs
|
! Number of spherical AOs
|
||||||
END_DOC
|
END_DOC
|
||||||
integer :: n, i
|
integer :: n, i
|
||||||
ao_sphe_num=0
|
if (ao_cartesian) then
|
||||||
do i=1,shell_num
|
ao_sphe_num = ao_num
|
||||||
n = shell_ang_mom(i)
|
else
|
||||||
ao_sphe_num += 2*n+1
|
ao_sphe_num=0
|
||||||
enddo
|
do i=1,shell_num
|
||||||
|
n = shell_ang_mom(i)
|
||||||
|
ao_sphe_num += 2*n+1
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
endif
|
||||||
END_PROVIDER
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
BEGIN_PROVIDER [ integer, ao_sphe_shell, (ao_sphe_num) ]
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, ao_sphe_shell, (ao_sphe_num) ]
|
||||||
|
|||||||
@ -14,45 +14,55 @@
|
|||||||
prev = 0
|
prev = 0
|
||||||
ao_cart_to_sphe_coef(:,:) = 0.d0
|
ao_cart_to_sphe_coef(:,:) = 0.d0
|
||||||
ao_cart_to_sphe_normalization(:) = 1.d0
|
ao_cart_to_sphe_normalization(:) = 1.d0
|
||||||
! Assume order provided by ao_power_index
|
|
||||||
i = 1
|
if (ao_cartesian) then
|
||||||
ao_sphe_count = 0
|
! Identity matrix
|
||||||
do while (i <= ao_num)
|
do i=1,ao_sphe_num
|
||||||
select case ( ao_l(i) )
|
ao_cart_to_sphe_coef(i,i) = 1.d0
|
||||||
case (0)
|
enddo
|
||||||
ao_sphe_count += 1
|
|
||||||
ao_cart_to_sphe_coef(i,ao_sphe_count) = 1.d0
|
else
|
||||||
ao_cart_to_sphe_normalization(i) = 1.d0
|
! Assume order provided by ao_power_index
|
||||||
i += 1
|
i = 1
|
||||||
BEGIN_TEMPLATE
|
ao_sphe_count = 0
|
||||||
case ($SHELL)
|
do while (i <= ao_num)
|
||||||
if (ao_power(i,1) == $SHELL) then
|
select case ( ao_l(i) )
|
||||||
do k=1,size(cart_to_sphe_$SHELL,2)
|
case (0)
|
||||||
do j=1,size(cart_to_sphe_$SHELL,1)
|
ao_sphe_count += 1
|
||||||
ao_cart_to_sphe_coef(i+j-1,ao_sphe_count+k) = cart_to_sphe_$SHELL(j,k)
|
ao_cart_to_sphe_coef(i,ao_sphe_count) = 1.d0
|
||||||
|
ao_cart_to_sphe_normalization(i) = 1.d0
|
||||||
|
i += 1
|
||||||
|
BEGIN_TEMPLATE
|
||||||
|
case ($SHELL)
|
||||||
|
if (ao_power(i,1) == $SHELL) then
|
||||||
|
do k=1,size(cart_to_sphe_$SHELL,2)
|
||||||
|
do j=1,size(cart_to_sphe_$SHELL,1)
|
||||||
|
ao_cart_to_sphe_coef(i+j-1,ao_sphe_count+k) = cart_to_sphe_$SHELL(j,k)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
enddo
|
enddo
|
||||||
enddo
|
do j=1,size(cart_to_sphe_$SHELL,1)
|
||||||
do j=1,size(cart_to_sphe_$SHELL,1)
|
ao_cart_to_sphe_normalization(i+j-1) = cart_to_sphe_norm_$SHELL(j)
|
||||||
ao_cart_to_sphe_normalization(i+j-1) = cart_to_sphe_norm_$SHELL(j)
|
enddo
|
||||||
enddo
|
i += size(cart_to_sphe_$SHELL,1)
|
||||||
i += size(cart_to_sphe_$SHELL,1)
|
ao_sphe_count += size(cart_to_sphe_$SHELL,2)
|
||||||
ao_sphe_count += size(cart_to_sphe_$SHELL,2)
|
endif
|
||||||
endif
|
SUBST [ SHELL ]
|
||||||
SUBST [ SHELL ]
|
1;;
|
||||||
1;;
|
2;;
|
||||||
2;;
|
3;;
|
||||||
3;;
|
4;;
|
||||||
4;;
|
5;;
|
||||||
5;;
|
6;;
|
||||||
6;;
|
7;;
|
||||||
7;;
|
8;;
|
||||||
8;;
|
9;;
|
||||||
9;;
|
END_TEMPLATE
|
||||||
END_TEMPLATE
|
case default
|
||||||
case default
|
stop 'Error in ao_cart_to_sphe : angular momentum too high'
|
||||||
stop 'Error in ao_cart_to_sphe : angular momentum too high'
|
end select
|
||||||
end select
|
enddo
|
||||||
enddo
|
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
|
||||||
if (ao_sphe_count /= ao_sphe_num) then
|
if (ao_sphe_count /= ao_sphe_num) then
|
||||||
call qp_bug(irp_here, ao_sphe_count, "ao_sphe_count /= ao_sphe_num")
|
call qp_bug(irp_here, ao_sphe_count, "ao_sphe_count /= ao_sphe_num")
|
||||||
|
|||||||
@ -116,13 +116,14 @@ BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_pseudo_integrals_local, (ao_num,ao_num)]
|
|||||||
alpha = ao_expo_ordered_transp(l,j)
|
alpha = ao_expo_ordered_transp(l,j)
|
||||||
|
|
||||||
do m=1,ao_prim_num(i)
|
do m=1,ao_prim_num(i)
|
||||||
beta = ao_expo_ordered_transp(m,i)
|
|
||||||
c = 0.d0
|
|
||||||
|
|
||||||
if (dabs(ao_coef_normalized_ordered_transp(l,j)*ao_coef_normalized_ordered_transp(m,i))&
|
if (dabs(ao_coef_normalized_ordered_transp(l,j)*ao_coef_normalized_ordered_transp(m,i))&
|
||||||
< thresh) then
|
< thresh) then
|
||||||
cycle
|
cycle
|
||||||
endif
|
endif
|
||||||
|
|
||||||
|
beta = ao_expo_ordered_transp(m,i)
|
||||||
|
c = 0.d0
|
||||||
|
|
||||||
do k = 1, nucl_num
|
do k = 1, nucl_num
|
||||||
Z = nucl_charge(k)
|
Z = nucl_charge(k)
|
||||||
|
|
||||||
@ -154,6 +155,12 @@ BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_pseudo_integrals_local, (ao_num,ao_num)]
|
|||||||
!$OMP END DO
|
!$OMP END DO
|
||||||
!$OMP END PARALLEL
|
!$OMP END PARALLEL
|
||||||
|
|
||||||
|
do i=1,ao_num
|
||||||
|
do j=1,i
|
||||||
|
ao_pseudo_integrals_local(j,i) = 0.5d0*(ao_pseudo_integrals_local(i,j) + ao_pseudo_integrals_local(i,j))
|
||||||
|
ao_pseudo_integrals_local(i,j) = ao_pseudo_integrals_local(i,j)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
END_PROVIDER
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -216,14 +223,14 @@ BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_pseudo_integrals_local, (ao_num,ao_num)]
|
|||||||
alpha = ao_expo_ordered_transp(l,j)
|
alpha = ao_expo_ordered_transp(l,j)
|
||||||
|
|
||||||
do m=1,ao_prim_num(i)
|
do m=1,ao_prim_num(i)
|
||||||
beta = ao_expo_ordered_transp(m,i)
|
|
||||||
c = 0.d0
|
|
||||||
|
|
||||||
if (dabs(ao_coef_normalized_ordered_transp(l,j)*ao_coef_normalized_ordered_transp(m,i))&
|
if (dabs(ao_coef_normalized_ordered_transp(l,j)*ao_coef_normalized_ordered_transp(m,i))&
|
||||||
< thresh) then
|
< thresh) then
|
||||||
cycle
|
cycle
|
||||||
endif
|
endif
|
||||||
|
|
||||||
|
beta = ao_expo_ordered_transp(m,i)
|
||||||
|
c = 0.d0
|
||||||
|
|
||||||
do k = 1, nucl_num
|
do k = 1, nucl_num
|
||||||
Z = nucl_charge(k)
|
Z = nucl_charge(k)
|
||||||
|
|
||||||
@ -256,6 +263,12 @@ BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_pseudo_integrals_local, (ao_num,ao_num)]
|
|||||||
!$OMP END PARALLEL
|
!$OMP END PARALLEL
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
do i=1,ao_num
|
||||||
|
do j=1,i
|
||||||
|
ao_pseudo_integrals_non_local(j,i) = 0.5d0*(ao_pseudo_integrals_non_local(i,j) + ao_pseudo_integrals_non_local(i,j))
|
||||||
|
ao_pseudo_integrals_non_local(i,j) = ao_pseudo_integrals_non_local(i,j)
|
||||||
|
enddo
|
||||||
|
enddo
|
||||||
END_PROVIDER
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
BEGIN_PROVIDER [ double precision, pseudo_v_k_transp, (pseudo_klocmax,nucl_num) ]
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, pseudo_v_k_transp, (pseudo_klocmax,nucl_num) ]
|
||||||
|
|||||||
@ -649,20 +649,11 @@ double precision function general_primitive_integral(dim, &
|
|||||||
! call multiply_poly(d_poly ,n_pt_tmp ,Iz_pol,n_Iz,d1,n_pt_out)
|
! call multiply_poly(d_poly ,n_pt_tmp ,Iz_pol,n_Iz,d1,n_pt_out)
|
||||||
if (ior(n_pt_tmp,n_Iz) >= 0) then
|
if (ior(n_pt_tmp,n_Iz) >= 0) then
|
||||||
! Bottleneck here
|
! Bottleneck here
|
||||||
if (ic > ib) then
|
do ib=0,n_pt_tmp
|
||||||
do ib=0,n_pt_tmp
|
|
||||||
d1(ib:) = d1(ib:) + Iz_pol(:) * d_poly(ib)
|
|
||||||
enddo
|
|
||||||
else
|
|
||||||
do ic = 0,n_Iz
|
do ic = 0,n_Iz
|
||||||
d1(ic:) = d1(ic:) + Iz_pol(ic) * d_poly(:)
|
d1(ib+ic) = d1(ib+ic) + Iz_pol(ic) * d_poly(ib)
|
||||||
enddo
|
enddo
|
||||||
endif
|
enddo
|
||||||
! do ib=0,n_pt_tmp
|
|
||||||
! do ic = 0,n_Iz
|
|
||||||
! d1(ib+ic) = d1(ib+ic) + Iz_pol(ic) * d_poly(ib)
|
|
||||||
! enddo
|
|
||||||
! enddo
|
|
||||||
|
|
||||||
do n_pt_out = n_pt_tmp+n_Iz, 0, -1
|
do n_pt_out = n_pt_tmp+n_Iz, 0, -1
|
||||||
if (d1(n_pt_out) /= 0.d0) exit
|
if (d1(n_pt_out) /= 0.d0) exit
|
||||||
|
|||||||
@ -16,11 +16,10 @@ integer*8 function spin_det_search_key(det,Nint)
|
|||||||
integer(bit_kind), intent(in) :: det(Nint)
|
integer(bit_kind), intent(in) :: det(Nint)
|
||||||
integer(bit_kind), parameter :: unsigned_shift = 1_bit_kind-huge(1_bit_kind) ! 100...00
|
integer(bit_kind), parameter :: unsigned_shift = 1_bit_kind-huge(1_bit_kind) ! 100...00
|
||||||
integer :: i
|
integer :: i
|
||||||
spin_det_search_key = det(1)
|
spin_det_search_key = det(1)+unsigned_shift
|
||||||
do i=2,Nint
|
do i=2,Nint
|
||||||
spin_det_search_key = ieor(spin_det_search_key,det(i))
|
spin_det_search_key = ieor(spin_det_search_key,det(i))
|
||||||
enddo
|
enddo
|
||||||
spin_det_search_key = spin_det_search_key+unsigned_shift
|
|
||||||
end
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -31,3 +31,42 @@ BEGIN_PROVIDER [ character*(32), mo_class , (mo_num) ]
|
|||||||
IRP_ENDIF
|
IRP_ENDIF
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||||||
|
|
||||||
END_PROVIDER
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ integer, mo_symmetry , (mo_num) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
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||||||
|
! MOs with the same integer belong to the same irrep.
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||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
|
||||||
|
logical :: has
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||||||
|
PROVIDE ezfio_filename
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||||||
|
if (mpi_master) then
|
||||||
|
if (size(mo_symmetry) == 0) return
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||||||
|
|
||||||
|
call ezfio_has_mo_basis_mo_symmetry(has)
|
||||||
|
if (has) then
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||||||
|
! write(6,'(A)') '.. >>>>> [ IO READ: mo_symmetry ] <<<<< ..'
|
||||||
|
call ezfio_get_mo_basis_mo_symmetry(mo_symmetry)
|
||||||
|
else
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||||||
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mo_symmetry(:) = 1
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||||||
|
call ezfio_set_mo_basis_mo_symmetry(mo_symmetry)
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||||||
|
endif
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||||||
|
endif
|
||||||
|
IRP_IF MPI_DEBUG
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||||||
|
print *, irp_here, mpi_rank
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call MPI_BARRIER(MPI_COMM_WORLD, ierr)
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||||||
|
IRP_ENDIF
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||||||
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IRP_IF MPI
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|
include 'mpif.h'
|
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|
integer :: ierr
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||||||
|
call MPI_BCAST( mo_symmetry, (mo_num), MPI_INTEGER, 0, MPI_COMM_WORLD, ierr)
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||||||
|
if (ierr /= MPI_SUCCESS) then
|
||||||
|
stop 'Unable to read mo_symmetry with MPI'
|
||||||
|
endif
|
||||||
|
IRP_ENDIF
|
||||||
|
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||||||
|
! call write_time(6)
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|||||||
@ -73,3 +73,87 @@ BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_one_e_integrals_from_mo, (ao_num, ao_num)]
|
|||||||
END_DOC
|
END_DOC
|
||||||
call mo_to_ao(mo_one_e_integrals,mo_num,ao_one_e_integrals_from_mo,ao_num)
|
call mo_to_ao(mo_one_e_integrals,mo_num,ao_one_e_integrals_from_mo,ao_num)
|
||||||
END_PROVIDER
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
! ---
|
||||||
|
|
||||||
|
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||||||
|
subroutine mo_to_ao_sphe(A_mo,LDA_mo,A_ao,LDA_ao)
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
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||||||
|
! Transform A from the MO basis to the AO basis
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||||||
|
!
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||||||
|
! $(S.C).A_{mo}.(S.C)^\dagger$
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer, intent(in) :: LDA_ao,LDA_mo
|
||||||
|
double precision, intent(in) :: A_mo(LDA_mo,mo_num)
|
||||||
|
double precision, intent(out) :: A_ao(LDA_ao,ao_sphe_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: T(:,:)
|
||||||
|
|
||||||
|
allocate ( T(mo_num,ao_sphe_num) )
|
||||||
|
|
||||||
|
call dgemm('N','T', mo_num, ao_sphe_num, mo_num, &
|
||||||
|
1.d0, A_mo,size(A_mo,1), &
|
||||||
|
S_mo_sphe_coef, size(S_mo_sphe_coef,1), &
|
||||||
|
0.d0, T, size(T,1))
|
||||||
|
|
||||||
|
call dgemm('N','N', ao_sphe_num, ao_sphe_num, mo_num, &
|
||||||
|
1.d0, S_mo_sphe_coef, size(S_mo_sphe_coef,1), &
|
||||||
|
T, size(T,1), &
|
||||||
|
0.d0, A_ao, size(A_ao,1))
|
||||||
|
|
||||||
|
deallocate(T)
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
subroutine mo_to_ao_sphe_no_overlap(A_mo,LDA_mo,A_ao,LDA_ao)
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! $C.A_{mo}.C^\dagger$
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
integer, intent(in) :: LDA_ao,LDA_mo
|
||||||
|
double precision, intent(in) :: A_mo(LDA_mo,mo_num)
|
||||||
|
double precision, intent(out) :: A_ao(LDA_ao,ao_sphe_num)
|
||||||
|
double precision, allocatable :: T(:,:)
|
||||||
|
|
||||||
|
allocate ( T(mo_num,ao_sphe_num) )
|
||||||
|
|
||||||
|
call dgemm('N','T', mo_num, ao_sphe_num, mo_num, &
|
||||||
|
1.d0, A_mo,size(A_mo,1), &
|
||||||
|
mo_sphe_coef, size(mo_sphe_coef,1), &
|
||||||
|
0.d0, T, size(T,1))
|
||||||
|
|
||||||
|
call dgemm('N','N', ao_sphe_num, ao_sphe_num, mo_num, &
|
||||||
|
1.d0, mo_sphe_coef, size(mo_sphe_coef,1), &
|
||||||
|
T, size(T,1), &
|
||||||
|
0.d0, A_ao, size(A_ao,1))
|
||||||
|
|
||||||
|
deallocate(T)
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, S_mo_sphe_coef, (ao_sphe_num, mo_num) ]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Product S.C where S is the overlap matrix in the AO basis and C the mo_sphe_coef matrix.
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
|
||||||
|
call dgemm('N','N', ao_sphe_num, mo_num, ao_sphe_num, &
|
||||||
|
1.d0, ao_overlap,size(ao_overlap,1), &
|
||||||
|
mo_sphe_coef, size(mo_coef,1), &
|
||||||
|
0.d0, S_mo_coef, size(S_mo_coef,1))
|
||||||
|
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
BEGIN_PROVIDER [ double precision, ao_sphe_one_e_integrals_from_mo, (ao_sphe_num, ao_sphe_num)]
|
||||||
|
implicit none
|
||||||
|
BEGIN_DOC
|
||||||
|
! Integrals of the one e hamiltonian obtained from the integrals on the MO basis
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||||||
|
!
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||||||
|
! WARNING : this is equal to ao_one_e_integrals only if the AO and MO basis have the same number of functions
|
||||||
|
END_DOC
|
||||||
|
call mo_to_ao_sphe(mo_one_e_integrals,mo_num,ao_one_e_integrals_from_mo,ao_sphe_num)
|
||||||
|
END_PROVIDER
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -38,7 +38,7 @@
|
|||||||
do ipoint = 1, n_points_final_grid
|
do ipoint = 1, n_points_final_grid
|
||||||
mu_of_r_prov(ipoint,istate) = mu_of_r_psi_cas(ipoint,istate)
|
mu_of_r_prov(ipoint,istate) = mu_of_r_psi_cas(ipoint,istate)
|
||||||
enddo
|
enddo
|
||||||
else if(mu_of_r_potential.EQ."proj")then
|
else if((mu_of_r_potential.EQ."proj").or.(mu_of_r_potential.EQ."proj_cas"))then
|
||||||
do ipoint = 1, n_points_final_grid
|
do ipoint = 1, n_points_final_grid
|
||||||
mu_of_r_prov(ipoint,istate) = mu_of_r_projector_mo(ipoint)
|
mu_of_r_prov(ipoint,istate) = mu_of_r_projector_mo(ipoint)
|
||||||
enddo
|
enddo
|
||||||
|
|||||||
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