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e24933d3fe
5
c++/plovasp/locproj_io/.gitignore
vendored
5
c++/plovasp/locproj_io/.gitignore
vendored
@ -1,5 +0,0 @@
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makefile
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Makefile
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*.so
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*.o
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*.pyc
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@ -1,2 +0,0 @@
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@ -1,302 +0,0 @@
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/*
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* C-module for fast reading of LOCPROJ file generated by VASP
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*/
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#include <Python.h>
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#define NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION
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#include <numpy/arrayobject.h>
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#include <complex.h>
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#include <string.h>
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#define MAX_STR_LEN 512
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static int verbose = 0;
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typedef struct {
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int nion;
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int ns;
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int nk;
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int nb;
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int nlmmax;
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int nc_flag;
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int isdouble;
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} t_params;
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static PyObject* io_read_locproj(PyObject *self, PyObject *args);
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PyObject* create_par_dictionary(t_params* p);
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PyArrayObject* create_plo_array(t_params* p);
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PyArrayObject* create_ferw_array(t_params* p);
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int read_arrays(FILE* fh, t_params* p, PyArrayObject* py_plo);
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// Python module descriptor
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static PyMethodDef c_locproj_io[] = {
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{"read_locproj", io_read_locproj, METH_VARARGS,
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"Reads from LOCPROJ and returns projector functions"},
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{NULL, NULL, 0, NULL}
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};
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PyMODINIT_FUNC
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initc_locproj_io(void)
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{
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(void) Py_InitModule("c_locproj_io", c_locproj_io);
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import_array();
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}
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||||||
/*
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Main function.
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Reads data from the specified file (default is 'LOCPROJ')
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and returns it as a Python tuple.
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*/
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||||||
static PyObject *
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io_read_locproj(PyObject *self, PyObject *args)
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||||||
{
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PyArrayObject *py_plo = NULL;
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PyArrayObject *py_ferw = NULL;
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PyObject *par_dict = NULL;
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PyObject *ret_tuple = NULL;
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char *fname = "LOCPROJ";
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char errmsg[MAX_STR_LEN] = {"\0"};
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FILE* fh;
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int prec;
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t_params params;
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if(!PyArg_ParseTuple(args, "|s", &fname))
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return NULL;
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if(verbose)
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printf(" Reading projector functions from file: %s\n", fname);
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//
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// Read the header
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//
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fh = fopen(fname, "rt");
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if(fh == NULL) {
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||||||
// Treat this error separately because no clean-up is necessary
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||||||
snprintf(errmsg, MAX_STR_LEN, "Error opening %s\n%s", fname, strerror(errno));
|
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||||||
PyErr_SetString(PyExc_IOError, errmsg);
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||||||
return NULL;
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||||||
}
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||||||
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||||||
// TODO: implement input of LOCPROJ
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||||||
// if(!fread(&prec, 4, 1, fh)) goto ioerror;
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||||||
// if(!fread(¶ms.nion, 4, 1, fh)) goto ioerror;
|
|
||||||
// if(!fread(¶ms.ns, 4, 1, fh)) goto ioerror;
|
|
||||||
// if(!fread(¶ms.nk, 4, 1, fh)) goto ioerror;
|
|
||||||
// if(!fread(¶ms.nb, 4, 1, fh)) goto ioerror;
|
|
||||||
// if(!fread(¶ms.nlmmax, 4, 1, fh)) goto ioerror;
|
|
||||||
// if(!fread(¶ms.nc_flag, 4, 1, fh)) goto ioerror;
|
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||||||
//
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||||||
// switch(prec) {
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||||||
// case 8:
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// params.isdouble = 1;
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||||||
// if(verbose) printf(" Data in double precision\n");
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||||||
// break;
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||||||
// case 4:
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// params.isdouble = 0;
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||||||
// if(verbose) printf(" Data in single precision\n");
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||||||
// break;
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||||||
// default:
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||||||
// PyErr_SetString(PyExc_ValueError,
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||||||
// "Error reading PLOCAR: only 'prec = 4, 8' are supported");
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||||||
// goto error;
|
|
||||||
// }
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||||||
//
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||||||
// if(verbose) {
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||||||
// printf(" nion: %d\n", params.nion);
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||||||
// printf(" ns: %d\n", params.ns);
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||||||
// printf(" nk: %d\n", params.nk);
|
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||||||
// printf(" nb: %d\n", params.nb);
|
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||||||
// printf(" nlmmax: %d\n", params.nlmmax);
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||||||
// printf(" nc_flag: %d\n", params.nc_flag);
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||||||
// }
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||||||
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||||||
//
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||||||
// Create parameter dictionary
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//
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par_dict = create_par_dictionary(¶ms);
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//
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||||||
// Create PLO and Fermi-weight arrays
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//
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py_plo = create_plo_array(¶ms);
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py_ferw = create_ferw_array(¶ms);
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||||||
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||||||
//
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||||||
// Read the data from file
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||||||
//
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||||||
if(read_arrays(fh, ¶ms, py_plo, py_ferw)) goto ioerror;
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//
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||||||
// Create return tuple
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//
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ret_tuple = PyTuple_New(3);
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||||||
if(PyTuple_SetItem(ret_tuple, 0, par_dict) < 0) {
|
|
||||||
PyErr_SetString(PyExc_ValueError,
|
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||||||
"Error adding element to the return tuple (parameter dictionary)");
|
|
||||||
goto error;
|
|
||||||
}
|
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||||||
|
|
||||||
if(PyTuple_SetItem(ret_tuple, 1, (PyObject *)py_plo) < 0) {
|
|
||||||
PyErr_SetString(PyExc_ValueError,
|
|
||||||
"Error adding element to the return tuple (PLO array)");
|
|
||||||
goto error;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if(PyTuple_SetItem(ret_tuple, 2, (PyObject *)py_ferw) < 0) {
|
|
||||||
PyErr_SetString(PyExc_ValueError,
|
|
||||||
"Error adding element to the return tuple (Fermi-weight array)");
|
|
||||||
goto error;
|
|
||||||
}
|
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||||||
// Py_DECREF(par_dict);
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||||||
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||||||
fclose(fh);
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||||||
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||||||
return ret_tuple;
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//
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||||||
// Handle IO-errors
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//
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||||||
ioerror:
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||||||
if(feof(fh)) {
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||||||
snprintf(errmsg, MAX_STR_LEN, "End-of-file reading %s", fname);
|
|
||||||
PyErr_SetString(PyExc_IOError, errmsg);
|
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||||||
}
|
|
||||||
else {
|
|
||||||
snprintf(errmsg, MAX_STR_LEN, "Error reading %s: %s", fname, strerror(errno));
|
|
||||||
PyErr_SetString(PyExc_IOError, errmsg);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
//
|
|
||||||
// Clean-up after an error
|
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||||||
//
|
|
||||||
error:
|
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||||||
fclose(fh);
|
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||||||
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Py_XDECREF(par_dict);
|
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||||||
Py_XDECREF(py_plo);
|
|
||||||
Py_XDECREF(py_ferw);
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||||||
Py_XDECREF(ret_tuple);
|
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||||||
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||||||
return NULL;
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||||||
}
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||||||
//
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// Auxiliary functions
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||||||
//
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PyObject*
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||||||
create_par_dictionary(t_params* p)
|
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||||||
{
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||||||
PyObject *par_dict = PyDict_New();
|
|
||||||
PyDict_SetItemString(par_dict, "nion", PyInt_FromLong((long)p->nion));
|
|
||||||
PyDict_SetItemString(par_dict, "ns", PyInt_FromLong((long)p->ns));
|
|
||||||
PyDict_SetItemString(par_dict, "nk", PyInt_FromLong((long)p->nk));
|
|
||||||
PyDict_SetItemString(par_dict, "nb", PyInt_FromLong((long)p->nb));
|
|
||||||
PyDict_SetItemString(par_dict, "nc_flag", PyInt_FromLong((long)p->nc_flag));
|
|
||||||
|
|
||||||
return par_dict;
|
|
||||||
}
|
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||||||
|
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||||||
PyArrayObject*
|
|
||||||
create_plo_array(t_params* p)
|
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||||||
{
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||||||
double complex *plo;
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||||||
npy_intp *dims;
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||||||
int ntot = p->nion * p->ns * p->nk * p->nb * p->nlmmax;
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||||||
int ndim = 5;
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||||||
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|
||||||
plo = (double complex*)malloc(ntot * sizeof(double complex));
|
|
||||||
memset(plo, 0, ntot * sizeof(double complex));
|
|
||||||
dims = (npy_intp *)malloc(ndim * sizeof(npy_intp));
|
|
||||||
|
|
||||||
dims[0] = p->nion;
|
|
||||||
dims[1] = p->ns;
|
|
||||||
dims[2] = p->nk;
|
|
||||||
dims[3] = p->nb;
|
|
||||||
dims[4] = p->nlmmax;
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|
||||||
|
|
||||||
return (PyArrayObject *)PyArray_SimpleNewFromData(ndim, dims, NPY_CDOUBLE, plo);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
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||||||
PyArrayObject*
|
|
||||||
create_ferw_array(t_params* p)
|
|
||||||
{
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|
||||||
double *ferw;
|
|
||||||
npy_intp *dims;
|
|
||||||
int ntot = p->nion * p->ns * p->nk * p->nb;
|
|
||||||
int ndim = 4;
|
|
||||||
|
|
||||||
ferw = (double *)malloc(ntot * sizeof(double));
|
|
||||||
memset(ferw, 0, ntot * sizeof(double));
|
|
||||||
dims = (npy_intp *)malloc(ndim * sizeof(npy_intp));
|
|
||||||
|
|
||||||
dims[0] = p->nion;
|
|
||||||
dims[1] = p->ns;
|
|
||||||
dims[2] = p->nk;
|
|
||||||
dims[3] = p->nb;
|
|
||||||
|
|
||||||
return (PyArrayObject *)PyArray_SimpleNewFromData(ndim, dims, NPY_DOUBLE, ferw);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
int read_arrays(FILE* fh, t_params* p, PyArrayObject* py_plo, PyArrayObject* py_ferw)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
double complex *plo;
|
|
||||||
double *ferw;
|
|
||||||
npy_intp idx5[5];
|
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||||||
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||||||
int ilm;
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|
||||||
int nlm;
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||||||
float rtmp;
|
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||||||
float complex rbuf[50];
|
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||||||
double dtmp;
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||||||
double complex dbuf[50];
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|
||||||
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||||||
idx5[4] = 0;
|
|
||||||
for(idx5[0] = 0; idx5[0] < p->nion; idx5[0]++) {
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|
||||||
if(fread(&nlm, 4, 1, fh) < 1) goto error;
|
|
||||||
// printf(" nlm = %d\n", nlm);
|
|
||||||
for(idx5[1] = 0; idx5[1] < p->ns; idx5[1]++)
|
|
||||||
for(idx5[2] = 0; idx5[2] < p->nk; idx5[2]++)
|
|
||||||
for(idx5[3] = 0; idx5[3] < p->nb; idx5[3]++) {
|
|
||||||
// Get the pointers to corresponding elements according to the new API
|
|
||||||
plo = (double complex *)PyArray_GetPtr(py_plo, idx5);
|
|
||||||
|
|
||||||
// Here, only the first 4 elements of idx5 are used
|
|
||||||
ferw = (double *)PyArray_GetPtr(py_ferw, idx5);
|
|
||||||
|
|
||||||
if(p->isdouble) {
|
|
||||||
if(fread(&dtmp, sizeof(double), 1, fh) < 1) goto error;
|
|
||||||
if(fread(dbuf, sizeof(double complex), nlm, fh) < nlm) goto error;
|
|
||||||
|
|
||||||
ferw[0] = dtmp;
|
|
||||||
// printf("%5d %5d %5d %5d %lf\n", ion, is, ik, ib, dtmp);
|
|
||||||
memcpy(plo, dbuf, nlm * sizeof(double complex));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else {
|
|
||||||
if(fread(&rtmp, sizeof(float), 1, fh) < 1) goto error;
|
|
||||||
if(fread(rbuf, sizeof(float complex), nlm, fh) < nlm) goto error;
|
|
||||||
|
|
||||||
ferw[0] = (double)rtmp;
|
|
||||||
// printf("%5d %5d %5d %5d %f\n", ion, is, ik, ib, rtmp);
|
|
||||||
// In this case destination and source arrays are not compatible,
|
|
||||||
// we have to copy element-wise
|
|
||||||
for(ilm = 0; ilm < nlm; ilm++) {
|
|
||||||
plo[ilm] = (double complex)rbuf[ilm];
|
|
||||||
// printf("%5d %5d %f\n", ilm, ind2 + ilm, rbuf[ilm]);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} // if p->isdouble
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
error:
|
|
||||||
return -1;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
@ -1,9 +0,0 @@
|
|||||||
|
|
||||||
from distutils.core import setup, Extension
|
|
||||||
import numpy
|
|
||||||
|
|
||||||
c_locproj_io_mod = Extension('c_locproj_io', sources=['c_locproj_io.c'],
|
|
||||||
include_dirs=[numpy.get_include()])
|
|
||||||
|
|
||||||
setup(ext_modules=[c_locproj_io_mod])
|
|
||||||
|
|
||||||
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