mirror of
https://github.com/triqs/dft_tools
synced 2024-12-22 12:23:41 +01:00
Added several tests
Tests for 'select_bands()' and class 'ProjectorShell' have been added. The function and class methods have been fixed accordingly to pass the tests.
This commit is contained in:
Oleg E. Peil
Michel Ferrero
parent
90c93c4693
commit
5c3b3d0b8d
@ -93,7 +93,13 @@ def select_bands(eigvals, emin, emax):
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ib_win, nb_min, nb_max :
|
ib_win, nb_min, nb_max :
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"""
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"""
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||||||
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# Sanity check
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if emin > eigvals.max() or emax < eigvals.min():
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raise Exception("Energy window does not overlap with the band structure")
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nk, nband, ns_band = eigvals.shape
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nk, nband, ns_band = eigvals.shape
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||||||
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print nk, nband, ns_band
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||||||
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print emin, emax
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ib_win = np.zeros((nk, ns_band, 2), dtype=np.int32)
|
ib_win = np.zeros((nk, ns_band, 2), dtype=np.int32)
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||||||
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|
||||||
nb_min = 10000000
|
nb_min = 10000000
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||||||
@ -105,11 +111,14 @@ def select_bands(eigvals, emin, emax):
|
|||||||
if en >= emin:
|
if en >= emin:
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break
|
break
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||||||
ib1 = ib
|
ib1 = ib
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||||||
for ib in xrange(ib1, nb_max):
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for ib in xrange(ib1, nband):
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en = eigvals[ik, ib, isp]
|
en = eigvals[ik, ib, isp]
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||||||
if en <= emax:
|
if en > emax:
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||||||
break
|
break
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ib2 = ib
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else:
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# If we reached the last band add 1 to get the correct bound
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||||||
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ib += 1
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ib2 = ib - 1
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ib_win[ik, isp, 0] = ib1
|
ib_win[ik, isp, 0] = ib1
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||||||
ib_win[ik, isp, 1] = ib2
|
ib_win[ik, isp, 1] = ib2
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||||||
@ -248,7 +257,7 @@ class ProjectorShell:
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|||||||
self.lm2 = (self.lorb+1)**2
|
self.lm2 = (self.lorb+1)**2
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||||||
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||||||
# Pre-select a subset of projectors (this should be an array view => no memory is wasted)
|
# Pre-select a subset of projectors (this should be an array view => no memory is wasted)
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||||||
self.proj_arr = proj_raw[self.ion_list, :, :, :, lm1:lm2]
|
self.proj_arr = proj_raw[self.ion_list, :, :, :, self.lm1:self.lm2]
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||||||
|
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||||||
################################################################################
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||||||
#
|
#
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||||||
@ -282,6 +291,7 @@ class ProjectorShell:
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|||||||
self.proj_win[:, isp, ik, ib1_win:ib2_win, :] = self.proj_arr[:, isp, ik, ib1:ib2, :]
|
self.proj_win[:, isp, ik, ib1_win:ib2_win, :] = self.proj_arr[:, isp, ik, ib1:ib2, :]
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||||||
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||||||
# !!! This sucks but I have to change the order of 'ib' and 'ilm' indices here
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# !!! This sucks but I have to change the order of 'ib' and 'ilm' indices here
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|
# This should perhaps be done right after the projector array is read from PLOCAR
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||||||
self.proj_win.transpose((0, 1, 2, 4, 3))
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self.proj_win.transpose((0, 1, 2, 4, 3))
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||||||
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|||||||
@ -271,7 +271,7 @@ class Kpoints:
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line = ibz_file.next()
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line = ibz_file.next()
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||||||
self.itet[it, :] = map(int, line.split()[:5])
|
self.itet[it, :] = map(int, line.split()[:5])
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||||||
except StopIteration, ValueError:
|
except StopIteration, ValueError:
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||||||
print " Error reading tetrahedra. No tetrahedron data is used"
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print " No tetrahedron data found in %s. Skipping..."%(ibz_filename)
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||||||
self.ntet = 0
|
self.ntet = 0
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||||||
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|
||||||
# data = { 'nktot': nktot,
|
# data = { 'nktot': nktot,
|
||||||
|
|||||||
2
python/converters/vasp/test/plotools/.gitignore
vendored
Normal file
2
python/converters/vasp/test/plotools/.gitignore
vendored
Normal file
@ -0,0 +1,2 @@
|
|||||||
|
*.pyc
|
||||||
|
*.test
|
||||||
609
python/converters/vasp/test/plotools/DOSCAR
Normal file
609
python/converters/vasp/test/plotools/DOSCAR
Normal file
@ -0,0 +1,609 @@
|
|||||||
|
1 1 1 0
|
||||||
|
0.1333597E+02 0.2587511E-09 0.2587511E-09 0.2587511E-09 0.5000000E-15
|
||||||
|
1.000000000000000E-004
|
||||||
|
CAR
|
||||||
|
V
|
||||||
|
17.10090628 -34.14880953 301 5.84395237 1.00000000
|
||||||
|
-34.149 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
-33.978 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
-33.807 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
-33.636 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
-33.465 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
-33.295 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
-33.124 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
-32.953 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
-32.782 0.3428E-37 0.5857E-38
|
||||||
|
-32.611 0.1961E-24 0.3349E-25
|
||||||
|
-32.440 0.2784E-14 0.4757E-15
|
||||||
|
-32.270 0.8681E-07 0.1483E-07
|
||||||
|
-32.099 0.3941E-02 0.6732E-03
|
||||||
|
-31.928 -0.2188E+00 -0.3670E-01
|
||||||
|
-31.757 0.8736E+01 0.1456E+01
|
||||||
|
-31.586 0.8403E+01 0.2891E+01
|
||||||
|
-31.415 0.2792E+01 0.3368E+01
|
||||||
|
-31.245 0.6307E+01 0.4445E+01
|
||||||
|
-31.074 0.7856E+01 0.5787E+01
|
||||||
|
-30.903 0.1212E+01 0.5994E+01
|
||||||
|
-30.732 0.3246E-01 0.6000E+01
|
||||||
|
-30.561 0.3448E-04 0.6000E+01
|
||||||
|
-30.390 0.2050E-10 0.6000E+01
|
||||||
|
-30.220 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-30.049 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-29.878 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-29.707 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-29.536 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-29.366 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-29.195 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-29.024 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-28.853 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-28.682 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-28.511 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-28.341 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-28.170 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-27.999 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-27.828 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-27.657 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-27.486 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-27.316 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-27.145 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-26.974 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-26.803 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-26.632 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-26.461 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-26.291 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-26.120 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-25.949 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-25.778 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-25.607 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-25.436 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-25.266 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-25.095 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-24.924 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-24.753 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-24.582 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-24.411 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-24.241 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-24.070 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-23.899 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-23.728 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-23.557 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-23.386 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-23.216 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-23.045 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-22.874 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-22.703 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-22.532 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-22.361 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-22.191 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-22.020 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-21.849 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-21.678 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-21.507 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-21.336 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-21.166 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-20.995 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-20.824 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-20.653 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-20.482 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-20.311 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-20.141 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-19.970 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-19.799 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-19.628 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-19.457 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-19.286 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-19.116 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-18.945 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-18.774 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-18.603 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-18.432 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-18.261 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-18.091 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-17.920 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-17.749 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-17.578 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-17.407 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-17.236 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-17.066 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-16.895 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-16.724 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-16.553 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-16.382 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-16.211 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-16.041 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-15.870 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-15.699 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-15.528 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-15.357 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-15.186 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-15.016 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-14.845 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-14.674 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-14.503 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-14.332 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-14.161 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-13.991 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-13.820 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-13.649 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-13.478 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-13.307 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-13.136 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-12.966 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-12.795 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-12.624 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-12.453 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-12.282 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-12.111 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-11.941 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-11.770 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-11.599 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-11.428 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-11.257 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-11.086 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-10.916 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-10.745 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-10.574 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-10.403 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-10.232 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-10.061 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-9.891 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-9.720 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-9.549 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-9.378 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-9.207 0.0000E+00 0.6000E+01
|
||||||
|
-9.036 0.0000E+00 0.6000E+01
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||||
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4.801 0.1107E+02 0.1028E+02
|
||||||
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|
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5.143 0.3027E-01 0.1052E+02
|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
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|
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|
||||||
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|
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|
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|
||||||
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7.022 0.2862E-03 0.1163E+02
|
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|
||||||
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|
||||||
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|
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7.705 -0.1424E+00 0.1249E+02
|
||||||
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|
||||||
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|
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|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
11.122 0.2769E+01 0.1741E+02
|
||||||
|
11.293 -0.4470E-01 0.1741E+02
|
||||||
|
11.463 0.7455E-02 0.1741E+02
|
||||||
|
11.634 0.1064E-05 0.1741E+02
|
||||||
|
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|
||||||
|
11.976 0.0000E+00 0.1741E+02
|
||||||
|
12.147 0.0000E+00 0.1741E+02
|
||||||
|
12.318 0.0000E+00 0.1741E+02
|
||||||
|
12.488 0.0000E+00 0.1741E+02
|
||||||
|
12.659 0.0000E+00 0.1741E+02
|
||||||
|
12.830 0.0000E+00 0.1741E+02
|
||||||
|
13.001 0.0000E+00 0.1741E+02
|
||||||
|
13.172 0.0000E+00 0.1741E+02
|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
14.709 0.3659E-02 0.1741E+02
|
||||||
|
14.880 0.3617E+01 0.1803E+02
|
||||||
|
15.051 -0.1653E+00 0.1800E+02
|
||||||
|
15.222 0.2517E-02 0.1800E+02
|
||||||
|
15.393 0.5772E-07 0.1800E+02
|
||||||
|
15.563 0.1926E-14 0.1800E+02
|
||||||
|
15.734 0.0000E+00 0.1800E+02
|
||||||
|
15.905 0.0000E+00 0.1800E+02
|
||||||
|
16.076 0.0000E+00 0.1800E+02
|
||||||
|
16.247 0.0000E+00 0.1800E+02
|
||||||
|
16.418 0.0000E+00 0.1800E+02
|
||||||
|
16.588 0.0000E+00 0.1800E+02
|
||||||
|
16.759 0.0000E+00 0.1800E+02
|
||||||
|
16.930 0.0000E+00 0.1800E+02
|
||||||
|
17.101 0.0000E+00 0.1800E+02
|
||||||
|
17.10090628 -34.14880953 301 5.84395237 1.00000000
|
||||||
|
-34.149 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
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|
||||||
|
-33.807 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
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|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
|
-30.903 -0.2630E-05 0.1210E+01 -0.3012E-05
|
||||||
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|
||||||
|
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|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
-30.049 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
-29.878 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
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|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
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|
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|
||||||
|
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|
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
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|
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|
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|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
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|
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|
||||||
|
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|
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|
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|
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
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|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
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|
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|
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|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
7.534 0.2215E-05 0.9189E-01 0.1819E+01
|
||||||
|
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|
||||||
|
7.876 0.6585E-02 0.3074E-01 0.4480E+01
|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
8.388 0.1716E-07 0.7527E-01 0.8529E+01
|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
9.413 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
9.584 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
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|
||||||
|
9.926 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
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|
||||||
|
10.268 0.4418E-25 0.4329E-25 0.8930E-25
|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
11.122 0.5333E+00 0.5226E+00 0.1078E+01
|
||||||
|
11.293 -0.8611E-02 -0.8437E-02 -0.1741E-01
|
||||||
|
11.463 0.1436E-02 0.1407E-02 0.2902E-02
|
||||||
|
11.634 0.2049E-06 0.2008E-06 0.4142E-06
|
||||||
|
11.805 0.2993E-13 0.2933E-13 0.6050E-13
|
||||||
|
11.976 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
12.147 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
12.318 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
12.488 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
12.659 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
12.830 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
13.001 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
13.172 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
13.343 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
13.513 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
13.684 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
13.855 0.3209E-47 0.3498E-34 0.5894E-34
|
||||||
|
14.026 0.3601E-35 0.3925E-22 0.6614E-22
|
||||||
|
14.197 0.9807E-26 0.1069E-12 0.1802E-12
|
||||||
|
14.368 0.5466E-19 0.5958E-06 0.1004E-05
|
||||||
|
14.538 0.2931E-15 0.3195E-02 0.5384E-02
|
||||||
|
14.709 0.9435E-16 0.1028E-02 0.1733E-02
|
||||||
|
14.880 0.9327E-13 0.1017E+01 0.1713E+01
|
||||||
|
15.051 -0.4263E-14 -0.4647E-01 -0.7831E-01
|
||||||
|
15.222 0.6490E-16 0.7075E-03 0.1192E-02
|
||||||
|
15.393 0.1489E-20 0.1623E-07 0.2734E-07
|
||||||
|
15.563 0.4966E-28 0.5413E-15 0.9122E-15
|
||||||
|
15.734 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
15.905 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
16.076 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
16.247 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
16.418 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
16.588 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
16.759 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
16.930 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
|
17.101 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
|
||||||
50
python/converters/vasp/test/plotools/EIGENVAL
Normal file
50
python/converters/vasp/test/plotools/EIGENVAL
Normal file
@ -0,0 +1,50 @@
|
|||||||
|
1 1 1 1
|
||||||
|
0.1333597E+02 0.2587511E-09 0.2587511E-09 0.2587511E-09 0.5000000E-15
|
||||||
|
1.000000000000000E-004
|
||||||
|
CAR
|
||||||
|
V
|
||||||
|
11 4 9
|
||||||
|
|
||||||
|
0.0000000E+00 0.0000000E+00 0.0000000E+00 0.3703704E-01
|
||||||
|
1 -31.099965
|
||||||
|
2 -31.099965
|
||||||
|
3 -31.099965
|
||||||
|
4 -0.813470
|
||||||
|
5 5.974027
|
||||||
|
6 5.974027
|
||||||
|
7 5.974027
|
||||||
|
8 7.986328
|
||||||
|
9 7.986328
|
||||||
|
|
||||||
|
0.3333333E+00 0.0000000E+00 0.0000000E+00 0.4444444E+00
|
||||||
|
1 -31.819277
|
||||||
|
2 -31.322999
|
||||||
|
3 -31.105684
|
||||||
|
4 2.193081
|
||||||
|
5 4.784864
|
||||||
|
6 5.839340
|
||||||
|
7 7.833446
|
||||||
|
8 8.202781
|
||||||
|
9 8.589551
|
||||||
|
|
||||||
|
0.3333333E+00 0.3333333E+00 0.0000000E+00 0.2962963E+00
|
||||||
|
1 -31.750021
|
||||||
|
2 -31.750021
|
||||||
|
3 -31.217560
|
||||||
|
4 3.978315
|
||||||
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5 4.708263
|
||||||
|
6 4.708263
|
||||||
|
7 8.262522
|
||||||
|
8 8.262522
|
||||||
|
9 14.771374
|
||||||
|
|
||||||
|
-0.3333333E+00 0.3333333E+00 0.3333333E+00 0.2222222E+00
|
||||||
|
1 -31.719893
|
||||||
|
2 -31.577292
|
||||||
|
3 -31.577292
|
||||||
|
4 3.383714
|
||||||
|
5 3.756320
|
||||||
|
6 7.355029
|
||||||
|
7 7.355029
|
||||||
|
8 8.411511
|
||||||
|
9 11.054129
|
||||||
7
python/converters/vasp/test/plotools/IBZKPT
Normal file
7
python/converters/vasp/test/plotools/IBZKPT
Normal file
@ -0,0 +1,7 @@
|
|||||||
|
Automatically generated mesh
|
||||||
|
4
|
||||||
|
Reciprocal lattice
|
||||||
|
0.00000000000000 0.00000000000000 0.00000000000000 1
|
||||||
|
0.33333333333333 0.00000000000000 0.00000000000000 12
|
||||||
|
0.33333333333333 0.33333333333333 0.00000000000000 8
|
||||||
|
-0.33333333333333 0.33333333333333 0.33333333333333 6
|
||||||
1835
python/converters/vasp/test/plotools/OUTCAR
Normal file
1835
python/converters/vasp/test/plotools/OUTCAR
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
BIN
python/converters/vasp/test/plotools/PLOCAR
Normal file
BIN
python/converters/vasp/test/plotools/PLOCAR
Normal file
Binary file not shown.
10
python/converters/vasp/test/plotools/POSCAR
Normal file
10
python/converters/vasp/test/plotools/POSCAR
Normal file
@ -0,0 +1,10 @@
|
|||||||
|
V SF test
|
||||||
|
2.9878
|
||||||
|
-0.5 0.5 0.5
|
||||||
|
0.5 -0.5 0.5
|
||||||
|
0.5 0.5 -0.5
|
||||||
|
V
|
||||||
|
1
|
||||||
|
Direct
|
||||||
|
0.0 0.0 0.0
|
||||||
|
|
||||||
8
python/converters/vasp/test/plotools/example.cfg
Normal file
8
python/converters/vasp/test/plotools/example.cfg
Normal file
@ -0,0 +1,8 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
[Shell 1]
|
||||||
|
LSHELL = 2
|
||||||
|
IONS = 1
|
||||||
|
EMIN = -15.0
|
||||||
|
EMAX = 5.0
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
56
python/converters/vasp/test/plotools/mytest.py
Normal file
56
python/converters/vasp/test/plotools/mytest.py
Normal file
@ -0,0 +1,56 @@
|
|||||||
|
r"""
|
||||||
|
Module defining a custom TestCase with extra functionality.
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
|
||||||
|
import unittest
|
||||||
|
import numpy as np
|
||||||
|
import difflib
|
||||||
|
|
||||||
|
class MyTestCase(unittest.TestCase):
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
Custom TestCase class supporting additional equality checks:
|
||||||
|
- numpy array equality
|
||||||
|
- file equality
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
def __init__(self, *args, **kwargs):
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
Initializes a custom equality function for comparing numpy arrays.
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
super(MyTestCase, self).__init__(*args, **kwargs)
|
||||||
|
self.addTypeEqualityFunc(np.ndarray, self.is_arrays_equal)
|
||||||
|
|
||||||
|
def is_arrays_equal(self, arr1, arr2, msg=None):
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
Raises self.failureException is arrays arr1 and arr2
|
||||||
|
are not equal.
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
if not np.allclose(arr1, arr2):
|
||||||
|
raise self.failureException(msg)
|
||||||
|
|
||||||
|
def assertFileEqual(self, file1, file2):
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
Compares two files using difflib.
|
||||||
|
Empty lines are ignored.
|
||||||
|
Files are assumed to be relatively small;
|
||||||
|
the data is truncated for files larger than MAX_SIZE bytes.
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
MAX_SIZE = 100000
|
||||||
|
with open(file1, 'r') as f1:
|
||||||
|
str1 = f1.read(MAX_SIZE)
|
||||||
|
with open(file2, 'r') as f2:
|
||||||
|
str2 = f2.read(MAX_SIZE)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Make a diff
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Remove empty lines
|
||||||
|
lstr1 = filter(lambda s: s.strip() != '', str1.splitlines(True))
|
||||||
|
lstr2 = filter(lambda s: s.strip() != '', str2.splitlines(True))
|
||||||
|
# diff
|
||||||
|
delta = difflib.unified_diff(lstr1, lstr2)
|
||||||
|
# combine delta's to a string
|
||||||
|
diff = ''.join(delta)
|
||||||
|
# if 'diff' is non-empty, files are different
|
||||||
|
if diff:
|
||||||
|
return self.fail("Files '%s' and '%s' differ"%(file1, file2))
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
115
python/converters/vasp/test/plotools/projshells.out
Normal file
115
python/converters/vasp/test/plotools/projshells.out
Normal file
@ -0,0 +1,115 @@
|
|||||||
|
pars: {'ion_list': array([0]), 'user_index': 1, 'lshell': 2}
|
||||||
|
3 8
|
||||||
|
1 (2.5198055198e-08+0j)
|
||||||
|
2 (2.51956215891e-08+0j)
|
||||||
|
3 (-1.39707700703e-12+0j)
|
||||||
|
4 (2.51956464581e-08+0j)
|
||||||
|
5 (-9.58669992349e-14+0j)
|
||||||
|
1 (0.423249542713+0j)
|
||||||
|
2 (0.441459685564+0j)
|
||||||
|
3 (5.45383349593e-10+0j)
|
||||||
|
4 (0.441459536552+0j)
|
||||||
|
5 (-5.07696386694e-15+0j)
|
||||||
|
1 (-0.624317586422+0j)
|
||||||
|
2 (0.299283236265+0j)
|
||||||
|
3 (3.00651912255e-08+0j)
|
||||||
|
4 (0.299281418324+0j)
|
||||||
|
5 (-5.44629513472e-14+0j)
|
||||||
|
1 (-2.9753928743e-07+0j)
|
||||||
|
2 (-0.495364636183+0j)
|
||||||
|
3 (1.61749496311e-14+0j)
|
||||||
|
4 (0.495365083218+0j)
|
||||||
|
5 (2.86656725024e-08+0j)
|
||||||
|
1 (2.31630860326e-12+0j)
|
||||||
|
2 (-2.07712407274e-08+0j)
|
||||||
|
3 (6.79555596435e-05+0j)
|
||||||
|
4 (2.07689296872e-08+0j)
|
||||||
|
5 (-0.686951518059+0j)
|
||||||
|
1 (-2.55608547661e-08+0j)
|
||||||
|
2 (1.27339729872e-08+0j)
|
||||||
|
3 (-0.749936163425+0j)
|
||||||
|
4 (1.27377095538e-08+0j)
|
||||||
|
5 (-6.18639533059e-05+0j)
|
||||||
|
3 8
|
||||||
|
1 (-7.42354511196e-10+0j)
|
||||||
|
2 (-0.407458901405+0j)
|
||||||
|
3 (-0.132825627923+0j)
|
||||||
|
4 (-1.12258624618e-09+0j)
|
||||||
|
5 (0.230060741305+0j)
|
||||||
|
1 (-0.529840826988+0j)
|
||||||
|
2 (1.02242869726e-09+0j)
|
||||||
|
3 (1.47169805231e-08+0j)
|
||||||
|
4 (0.529840826988+0j)
|
||||||
|
5 (8.58095106082e-09+0j)
|
||||||
|
1 (-5.59593660299e-09+0j)
|
||||||
|
2 (-0.46026712656+0j)
|
||||||
|
3 (-0.189698129892+0j)
|
||||||
|
4 (-3.64733043767e-09+0j)
|
||||||
|
5 (0.328566819429+0j)
|
||||||
|
1 (-5.92653073284e-08+0j)
|
||||||
|
2 (-0.511403858662+0j)
|
||||||
|
3 (0.342116594315+0j)
|
||||||
|
4 (-5.81566510505e-08+0j)
|
||||||
|
5 (-0.592563331127+0j)
|
||||||
|
1 (9.17969966707e-09+0j)
|
||||||
|
2 (3.7528921637e-10+0j)
|
||||||
|
3 (0.743389487267+0j)
|
||||||
|
4 (-7.80711495452e-09+0j)
|
||||||
|
5 (0.429196119308+0j)
|
||||||
|
1 (-0.60352396965+0j)
|
||||||
|
2 (5.06060757743e-07+0j)
|
||||||
|
3 (1.02901012156e-07+0j)
|
||||||
|
4 (-0.60352396965+0j)
|
||||||
|
5 (-1.76288821763e-07+0j)
|
||||||
|
3 7
|
||||||
|
1 (-0.157831609249+0j)
|
||||||
|
2 (0.157831639051+0j)
|
||||||
|
3 (1.93573299612e-08+0j)
|
||||||
|
4 (0.157831639051+0j)
|
||||||
|
5 (5.40782289825e-14+0j)
|
||||||
|
1 (-1.07380124348e-07+0j)
|
||||||
|
2 (-0.227066069841+0j)
|
||||||
|
3 (-1.22580686934e-07+0j)
|
||||||
|
4 (0.227065965533+0j)
|
||||||
|
5 (0.299297988415+0j)
|
||||||
|
1 (0.115845791996+0j)
|
||||||
|
2 (0.057922616601+0j)
|
||||||
|
3 (0.13223952055+0j)
|
||||||
|
4 (0.0579231306911+0j)
|
||||||
|
5 (3.36705625159e-07+0j)
|
||||||
|
1 (0.159106343985+0j)
|
||||||
|
2 (0.0795532241464+0j)
|
||||||
|
3 (-0.240490317345+0j)
|
||||||
|
4 (0.0795530825853+0j)
|
||||||
|
5 (1.18692518924e-07+0j)
|
||||||
|
1 (3.98122104173e-08+0j)
|
||||||
|
2 (-0.241537705064+0j)
|
||||||
|
3 (-6.01558127755e-08+0j)
|
||||||
|
4 (0.241537734866+0j)
|
||||||
|
5 (-0.421558618546+0j)
|
||||||
|
3 7
|
||||||
|
1 (7.91286647317e-10+0j)
|
||||||
|
2 (3.03037844818e-10+0j)
|
||||||
|
3 (0.204362645745+0j)
|
||||||
|
4 (4.89190632447e-10+0j)
|
||||||
|
5 (-0.353966474533+0j)
|
||||||
|
1 (9.13699960137e-09+0j)
|
||||||
|
2 (1.0438577086e-10+0j)
|
||||||
|
3 (-0.42577791214+0j)
|
||||||
|
4 (-6.95880419954e-09+0j)
|
||||||
|
5 (-0.245822981+0j)
|
||||||
|
1 (0.368288576603+0j)
|
||||||
|
2 (1.67113629601e-08+0j)
|
||||||
|
3 (-1.44080747333e-10+0j)
|
||||||
|
4 (0.365979760885+0j)
|
||||||
|
5 (1.25375620996e-09+0j)
|
||||||
|
1 (0.365983724594+0j)
|
||||||
|
2 (-2.74820233237e-09+0j)
|
||||||
|
3 (1.77222470032e-09+0j)
|
||||||
|
4 (-0.368292748928+0j)
|
||||||
|
5 (7.90098320103e-10+0j)
|
||||||
|
1 (-3.99936368467e-08+0j)
|
||||||
|
2 (0.546248733997+0j)
|
||||||
|
3 (-2.91795543284e-09+0j)
|
||||||
|
4 (-2.16134438347e-07+0j)
|
||||||
|
5 (1.55786352707e-08+0j)
|
||||||
1
python/converters/vasp/test/plotools/runtest.sh
Executable file
1
python/converters/vasp/test/plotools/runtest.sh
Executable file
@ -0,0 +1 @@
|
|||||||
|
PYTHONPATH=../../python:../../c:$PYTHONPATH python $1
|
||||||
34
python/converters/vasp/test/plotools/test_consistency.py
Normal file
34
python/converters/vasp/test/plotools/test_consistency.py
Normal file
@ -0,0 +1,34 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
import vaspio
|
||||||
|
from inpconf import ConfigParameters
|
||||||
|
import mytest
|
||||||
|
|
||||||
|
################################################################################
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# TestDataConsistency
|
||||||
|
#
|
||||||
|
################################################################################
|
||||||
|
class TestDataConsistency(mytest.MyTestCase):
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
Function:
|
||||||
|
|
||||||
|
def read_plocar(filename)
|
||||||
|
|
||||||
|
Scenarios:
|
||||||
|
|
||||||
|
- **if** file PLOCAR does not exist **raise** IOError
|
||||||
|
- **if** PLOCAR is truncated **raise** IOError
|
||||||
|
- **if** the precision flag is not 4 or 8 **raise** ValueError
|
||||||
|
- **if** PLOCAR with prec=8 is read **compare** the output
|
||||||
|
- **if** PLOCAR with prec=4 is read **compare** the output
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
# Scenario 1
|
||||||
|
def test_example(self):
|
||||||
|
conf_file = 'example.cfg'
|
||||||
|
pars = ConfigParameters(conf_file)
|
||||||
|
pars.parse_input()
|
||||||
|
vasp_data = vaspio.VaspData('./')
|
||||||
|
|
||||||
|
print pars.shells
|
||||||
|
print pars.groups
|
||||||
|
|
||||||
10
python/converters/vasp/test/plotools/test_plotools.py
Normal file
10
python/converters/vasp/test/plotools/test_plotools.py
Normal file
@ -0,0 +1,10 @@
|
|||||||
|
r"""
|
||||||
|
Test suite for module `plotools`.
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
import unittest
|
||||||
|
|
||||||
|
if __name__ == '__main__':
|
||||||
|
suite = unittest.TestLoader().discover('./')
|
||||||
|
# unittest.TextTestRunner(verbosity=2, buffer=True).run(suite)
|
||||||
|
unittest.TextTestRunner(verbosity=2, buffer=False).run(suite)
|
||||||
|
|
||||||
56
python/converters/vasp/test/plotools/test_projshells.py
Normal file
56
python/converters/vasp/test/plotools/test_projshells.py
Normal file
@ -0,0 +1,56 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
import numpy as np
|
||||||
|
import vaspio
|
||||||
|
from inpconf import ConfigParameters
|
||||||
|
from plotools import select_bands, ProjectorShell
|
||||||
|
import mytest
|
||||||
|
|
||||||
|
################################################################################
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# TestProjectorShell
|
||||||
|
#
|
||||||
|
################################################################################
|
||||||
|
class TestProjectorShell(mytest.MyTestCase):
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
Class:
|
||||||
|
|
||||||
|
ProjectorShell(sh_pars, proj_raw)
|
||||||
|
|
||||||
|
Scenarios:
|
||||||
|
- compare output for a correct input
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
# Scenario 1
|
||||||
|
def test_example(self):
|
||||||
|
conf_file = 'example.cfg'
|
||||||
|
pars = ConfigParameters(conf_file)
|
||||||
|
pars.parse_input()
|
||||||
|
vasp_data = vaspio.VaspData('./')
|
||||||
|
|
||||||
|
efermi = vasp_data.doscar.efermi
|
||||||
|
eigvals = vasp_data.eigenval.eigs - efermi
|
||||||
|
emin = pars.groups[0]['emin']
|
||||||
|
emax = pars.groups[0]['emax']
|
||||||
|
ib_win, nb_min, nb_max = select_bands(eigvals, emin, emax)
|
||||||
|
|
||||||
|
proj_sh = ProjectorShell(pars.shells[0], vasp_data.plocar.plo)
|
||||||
|
|
||||||
|
proj_sh.select_projectors(ib_win, nb_min, nb_max)
|
||||||
|
|
||||||
|
testout = 'projshells.out.test'
|
||||||
|
nion, ns, nk, nbtot, nlm = proj_sh.proj_win.shape
|
||||||
|
with open(testout, 'wt') as f:
|
||||||
|
f.write("pars: %s\n"%(pars.shells[0]))
|
||||||
|
for ion in xrange(nion):
|
||||||
|
for isp in xrange(ns):
|
||||||
|
for ik in xrange(nk):
|
||||||
|
ib1 = ib_win[ik, 0, 0]
|
||||||
|
ib2 = ib_win[ik, 0, 1]
|
||||||
|
f.write("%i %i\n"%(ib1, ib2))
|
||||||
|
for ib in xrange(ib2 - nb_min + 1):
|
||||||
|
for ilm in xrange(nlm):
|
||||||
|
p = proj_sh.proj_win[ion, isp, ik, ib, ilm]
|
||||||
|
f.write("%5i %s\n"%(ilm+1, p))
|
||||||
|
|
||||||
|
expected_file = 'projshells.out'
|
||||||
|
self.assertFileEqual(testout, expected_file)
|
||||||
|
|
||||||
73
python/converters/vasp/test/plotools/test_select_bands.py
Normal file
73
python/converters/vasp/test/plotools/test_select_bands.py
Normal file
@ -0,0 +1,73 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
import numpy as np
|
||||||
|
import vaspio
|
||||||
|
from inpconf import ConfigParameters
|
||||||
|
from plotools import select_bands
|
||||||
|
import mytest
|
||||||
|
|
||||||
|
################################################################################
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# TestSelectBands
|
||||||
|
#
|
||||||
|
################################################################################
|
||||||
|
class TestSelectBands(mytest.MyTestCase):
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
Function:
|
||||||
|
|
||||||
|
def select_bands(eigvals, emin, emax)
|
||||||
|
|
||||||
|
Scenarios:
|
||||||
|
- compare output for a correct input
|
||||||
|
- **if** emin > max(eigvals) **raise** Exception
|
||||||
|
- **if** emax > min(eigvals) **raise** Exception
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
# Scenario 1
|
||||||
|
def test_example(self):
|
||||||
|
conf_file = 'example.cfg'
|
||||||
|
pars = ConfigParameters(conf_file)
|
||||||
|
pars.parse_input()
|
||||||
|
vasp_data = vaspio.VaspData('./')
|
||||||
|
|
||||||
|
efermi = vasp_data.doscar.efermi
|
||||||
|
eigvals = vasp_data.eigenval.eigs - efermi
|
||||||
|
emin = pars.groups[0]['emin']
|
||||||
|
emax = pars.groups[0]['emax']
|
||||||
|
ib_win, nb_min, nb_max = select_bands(eigvals, emin, emax)
|
||||||
|
|
||||||
|
nb_min_exp = 3
|
||||||
|
nb_max_exp = 8
|
||||||
|
ib_win_exp = np.array([[[3, 8]], [[3, 8]], [[3, 7]], [[3, 7]]])
|
||||||
|
|
||||||
|
self.assertEqual(nb_min, nb_min_exp)
|
||||||
|
self.assertEqual(nb_max, nb_max_exp)
|
||||||
|
self.assertEqual(ib_win, ib_win_exp)
|
||||||
|
|
||||||
|
# Scenario 2
|
||||||
|
def test_emin_too_large(self):
|
||||||
|
conf_file = 'example.cfg'
|
||||||
|
pars = ConfigParameters(conf_file)
|
||||||
|
pars.parse_input()
|
||||||
|
vasp_data = vaspio.VaspData('./')
|
||||||
|
|
||||||
|
efermi = vasp_data.doscar.efermi
|
||||||
|
eigvals = vasp_data.eigenval.eigs - efermi
|
||||||
|
emin = 20.0
|
||||||
|
emax = 25.0
|
||||||
|
with self.assertRaisesRegexp(Exception, "Energy window does not overlap"):
|
||||||
|
ib_win, nb_min, nb_max = select_bands(eigvals, emin, emax)
|
||||||
|
|
||||||
|
# Scenario 3
|
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def test_emax_too_small(self):
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conf_file = 'example.cfg'
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pars = ConfigParameters(conf_file)
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pars.parse_input()
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vasp_data = vaspio.VaspData('./')
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efermi = vasp_data.doscar.efermi
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eigvals = vasp_data.eigenval.eigs - efermi
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emin = -50.0
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emax = -55.0
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with self.assertRaisesRegexp(Exception, "Energy window does not overlap"):
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ib_win, nb_min, nb_max = select_bands(eigvals, emin, emax)
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