mirror of
https://github.com/triqs/dft_tools
synced 2024-11-07 06:33:48 +01:00
Fixed 'proj_shell' test suite
This test suite is based on V d-projectors in SrVO3. The data have been recalculated to obtain the correct format of LOCPROJ. Also, some small but important changes are introduced to the LOCPROJ parser and class ElectronicStructure. Specifically, eigenvalues, Fermi-weights, and Fermi level are now read from LOCPROJ instead of EIGENVAL and DOSCAR. Besides, LOCPROJ now provides the value of NCDIJ instead of NSPIN. Basically, with these changes EIGENVAL and DOSCAR are no longer needed. Although corresponding parseres will remain in 'vaspio.py' they will not be used for standard operations.
This commit is contained in:
Oleg E. Peil
parent
a347360302
commit
2bb45c775c
@ -80,7 +80,7 @@ class ElectronicStructure:
|
||||
# Note that the number of spin-components of projectors might be different from those
|
||||
# of bands in case of non-collinear calculations
|
||||
self.nspin = vasp_data.plocar.nspin
|
||||
self.nc_flag = vasp_data.doscar.ncdij == 4
|
||||
self.nc_flag = vasp_data.plocar.ncdij == 4
|
||||
|
||||
self.nband = vasp_data.plocar.nband
|
||||
|
||||
@ -88,7 +88,10 @@ class ElectronicStructure:
|
||||
_, ns_plo, nk_plo, nb_plo = vasp_data.plocar.plo.shape
|
||||
assert nk_plo == self.nktot, "PLOCAR is inconsistent with IBZKPT (number of k-points)"
|
||||
|
||||
if not vasp_data.eigenval.eigs is None:
|
||||
# FIXME: Reading from EIGENVAL is obsolete and should be
|
||||
# removed completely.
|
||||
# if not vasp_data.eigenval.eigs is None:
|
||||
if False:
|
||||
print "eigvals from EIGENVAL"
|
||||
self.eigvals = vasp_data.eigenval.eigs
|
||||
self.ferw = vasp_data.eigenval.ferw.transpose((2, 0, 1))
|
||||
|
||||
@ -25,7 +25,7 @@ LORBIT = 0
|
||||
LREAL = False
|
||||
ROPT = 1e-3 1e-3 1e-3
|
||||
LWAVE = FALSE
|
||||
NBANDS = 32
|
||||
NBANDS = 16
|
||||
NEDOS = 501
|
||||
NELM = 100
|
||||
NELMDL = -7
|
||||
|
||||
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||
Automatic kpoint scheme
|
||||
0
|
||||
Gamma
|
||||
2 2 2
|
||||
3 3 3
|
||||
|
||||
@ -7,7 +7,7 @@ EMIN = -2.0
|
||||
ENCUT = 550
|
||||
ENAUG = 1100
|
||||
IBRION = -1
|
||||
ICHARG = 1
|
||||
ICHARG = 11
|
||||
ISIF = 4
|
||||
ISMEAR = -5
|
||||
ISPIN = 1
|
||||
@ -40,4 +40,4 @@ SMASS = 0.5
|
||||
SYMPREC = 1.0e-6
|
||||
|
||||
# Projectors
|
||||
LOCPROJ = 2 : d : Pr 1
|
||||
LOCPROJ = 2 : d : Hy
|
||||
|
||||
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||
Automatic kpoint scheme
|
||||
0
|
||||
Gamma
|
||||
10 10 10
|
||||
3 3 3
|
||||
|
||||
@ -236,7 +236,10 @@ class Plocar:
|
||||
line = f.readline()
|
||||
line = line.split("#")[0]
|
||||
sline = line.split()
|
||||
self.nspin, nk, self.nband, nproj = map(int, sline[:4])
|
||||
self.ncdij, nk, self.nband, nproj = map(int, sline[:4])
|
||||
self.nspin = 1 if self.ncdij == 1 else 2
|
||||
self.nspin_band = 2 if self.ncdij == 2 else 1
|
||||
|
||||
self.efermi = float(sline[4])
|
||||
|
||||
plo = np.zeros((nproj, self.nspin, nk, self.nband), dtype=np.complex128)
|
||||
@ -266,10 +269,12 @@ class Plocar:
|
||||
|
||||
assert ip == nproj, "Number of projectors in the header is wrong in LOCPROJ"
|
||||
|
||||
self.eigs = np.zeros((nk, self.nband, self.nspin))
|
||||
self.ferw = np.zeros((nk, self.nband, self.nspin))
|
||||
self.eigs = np.zeros((nk, self.nband, self.nspin_band))
|
||||
self.ferw = np.zeros((nk, self.nband, self.nspin_band))
|
||||
|
||||
patt = re.compile("^orbital")
|
||||
# FIXME: fix spin indices for NCDIJ = 4 (non-collinear)
|
||||
assert self.ncdij < 4, "Non-collinear case is not implemented"
|
||||
for ispin in xrange(self.nspin):
|
||||
for ik in xrange(nk):
|
||||
for ib in xrange(self.nband):
|
||||
|
||||
@ -1,7 +1,7 @@
|
||||
# load triqs helper to set up tests
|
||||
set(TestSuites
|
||||
inpconf
|
||||
plocar_io
|
||||
# plocar_io
|
||||
plotools
|
||||
proj_group
|
||||
proj_shell
|
||||
|
||||
@ -1,10 +1,10 @@
|
||||
density matrix: [[[[ 0.48051805 -0.0005949 0.00000482 -0.00058152 -0.00000012]
|
||||
[-0.0005949 0.48106567 0.00000231 0.00070569 -0.00001428]
|
||||
[ 0.00000482 0.00000231 0.22376447 0.00000211 0.00000001]
|
||||
[-0.00058152 0.00070569 0.00000211 0.48455262 0.00001417]
|
||||
[-0.00000012 -0.00001428 0.00000001 0.00001417 0.22394773]]]]
|
||||
overlap matrix: [[[[ 0.8828321 0. -0. 0. -0. ]
|
||||
[ 0. 0.8828321 -0. 0. 0. ]
|
||||
[-0. -0. 0.4809965 -0. 0. ]
|
||||
[ 0. 0. -0. 0.88283211 -0. ]
|
||||
[-0. 0. 0. -0. 0.48082538]]]]
|
||||
density matrix: [[[[ 0.48051801 -0.00059489 0.00000482 -0.00058151 -0.00000012]
|
||||
[-0.00059489 0.48106558 0.00000231 0.00070567 -0.00001428]
|
||||
[ 0.00000482 0.00000231 0.22376445 0.00000211 0.00000001]
|
||||
[-0.00058151 0.00070567 0.00000211 0.48455255 0.00001417]
|
||||
[-0.00000012 -0.00001428 0.00000001 0.00001417 0.22394771]]]]
|
||||
overlap matrix: [[[[ 0.88283203 0. -0. 0. -0. ]
|
||||
[ 0. 0.88283203 -0. 0. 0. ]
|
||||
[-0. -0. 0.48099646 -0. 0. ]
|
||||
[ 0. 0. -0. 0.88283204 -0. ]
|
||||
[-0. 0. 0. -0. 0.48082534]]]]
|
||||
|
||||
@ -1,507 +0,0 @@
|
||||
5 5 0 1
|
||||
0.1133347E+02 0.3841000E-09 0.3841000E-09 0.3841000E-09 0.4000000E-15
|
||||
1.000000000000000E-004
|
||||
CAR
|
||||
unknown system
|
||||
13.00000000 -2.00000000 501 5.60220911 1.00000000
|
||||
-2.000 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.970 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.940 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.910 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.880 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.850 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.820 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.790 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.760 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.730 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.700 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.670 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.640 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.610 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.580 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.550 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.520 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.490 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.460 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.430 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.400 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.370 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.340 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.310 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.280 0.0000E+00 0.2000E+02
|
||||
-1.250 0.1286E+02 0.2028E+02
|
||||
-1.220 0.2039E+02 0.2078E+02
|
||||
-1.190 0.5387E+01 0.2099E+02
|
||||
-1.160 0.4965E+01 0.2114E+02
|
||||
-1.130 0.4499E+01 0.2128E+02
|
||||
-1.100 0.3989E+01 0.2141E+02
|
||||
-1.070 0.3434E+01 0.2152E+02
|
||||
-1.040 0.2835E+01 0.2162E+02
|
||||
-1.010 0.2192E+01 0.2169E+02
|
||||
-0.980 0.1505E+01 0.2175E+02
|
||||
-0.950 0.7727E+00 0.2178E+02
|
||||
-0.920 0.5368E+00 0.2180E+02
|
||||
-0.890 0.5084E+00 0.2182E+02
|
||||
-0.860 0.4808E+00 0.2183E+02
|
||||
-0.830 0.4540E+00 0.2184E+02
|
||||
-0.800 0.4279E+00 0.2186E+02
|
||||
-0.770 0.4026E+00 0.2187E+02
|
||||
-0.740 0.1900E+02 0.2211E+02
|
||||
-0.710 0.3263E+02 0.2324E+02
|
||||
-0.680 0.4241E+01 0.2359E+02
|
||||
-0.650 0.4173E+01 0.2371E+02
|
||||
-0.620 0.4101E+01 0.2384E+02
|
||||
-0.590 0.4026E+01 0.2396E+02
|
||||
-0.560 0.3947E+01 0.2408E+02
|
||||
-0.530 0.3865E+01 0.2420E+02
|
||||
-0.500 0.4418E+01 0.2439E+02
|
||||
-0.470 0.4381E+01 0.2452E+02
|
||||
-0.440 0.4341E+01 0.2465E+02
|
||||
-0.410 0.4299E+01 0.2478E+02
|
||||
-0.380 0.4255E+01 0.2491E+02
|
||||
-0.350 0.4209E+01 0.2503E+02
|
||||
-0.320 0.4160E+01 0.2516E+02
|
||||
-0.290 0.4109E+01 0.2528E+02
|
||||
-0.260 0.4056E+01 0.2541E+02
|
||||
-0.230 0.4796E+01 0.2568E+02
|
||||
-0.200 0.4797E+01 0.2582E+02
|
||||
-0.170 0.4797E+01 0.2597E+02
|
||||
-0.140 0.4796E+01 0.2611E+02
|
||||
-0.110 0.4795E+01 0.2626E+02
|
||||
-0.080 0.4793E+01 0.2640E+02
|
||||
-0.050 0.4790E+01 0.2654E+02
|
||||
-0.020 0.4786E+01 0.2669E+02
|
||||
0.010 0.4781E+01 0.2683E+02
|
||||
0.040 0.4776E+01 0.2697E+02
|
||||
0.070 0.4770E+01 0.2712E+02
|
||||
0.100 0.4763E+01 0.2726E+02
|
||||
0.130 0.4756E+01 0.2740E+02
|
||||
0.160 0.4748E+01 0.2755E+02
|
||||
0.190 0.3965E+01 0.2768E+02
|
||||
0.220 0.3213E+01 0.2778E+02
|
||||
0.250 0.3277E+01 0.2788E+02
|
||||
0.280 0.3342E+01 0.2798E+02
|
||||
0.310 0.3406E+01 0.2808E+02
|
||||
0.340 0.3470E+01 0.2818E+02
|
||||
0.370 0.3534E+01 0.2828E+02
|
||||
0.400 0.3598E+01 0.2839E+02
|
||||
0.430 0.3662E+01 0.2850E+02
|
||||
0.460 0.3726E+01 0.2861E+02
|
||||
0.490 0.3790E+01 0.2872E+02
|
||||
0.520 0.3854E+01 0.2884E+02
|
||||
0.550 0.3918E+01 0.2896E+02
|
||||
0.580 0.3982E+01 0.2907E+02
|
||||
0.610 0.3898E+01 0.2919E+02
|
||||
0.640 0.3863E+01 0.2931E+02
|
||||
0.670 0.3818E+01 0.2943E+02
|
||||
0.700 0.3762E+01 0.2954E+02
|
||||
0.730 0.3694E+01 0.2965E+02
|
||||
0.760 0.3616E+01 0.2976E+02
|
||||
0.790 0.3526E+01 0.2987E+02
|
||||
0.820 0.3426E+01 0.2997E+02
|
||||
0.850 0.3314E+01 0.3007E+02
|
||||
0.880 0.3191E+01 0.3017E+02
|
||||
0.910 0.3057E+01 0.3027E+02
|
||||
0.940 0.2912E+01 0.3035E+02
|
||||
0.970 0.2756E+01 0.3044E+02
|
||||
1.000 0.2588E+01 0.3052E+02
|
||||
1.030 0.2410E+01 0.3059E+02
|
||||
1.060 0.2220E+01 0.3066E+02
|
||||
1.090 0.2020E+01 0.3073E+02
|
||||
1.120 0.1961E+01 0.3079E+02
|
||||
1.150 0.1950E+01 0.3085E+02
|
||||
1.180 0.1941E+01 0.3090E+02
|
||||
1.210 0.2161E+01 0.3096E+02
|
||||
1.240 0.2508E+01 0.3103E+02
|
||||
1.270 0.2788E+01 0.3111E+02
|
||||
1.300 0.3001E+01 0.3120E+02
|
||||
1.330 0.3147E+01 0.3129E+02
|
||||
1.360 0.3226E+01 0.3139E+02
|
||||
1.390 0.3239E+01 0.3149E+02
|
||||
1.420 0.3184E+01 0.3158E+02
|
||||
1.450 0.3063E+01 0.3168E+02
|
||||
1.480 0.3075E+01 0.3177E+02
|
||||
1.510 0.3615E+01 0.3187E+02
|
||||
1.540 0.2313E+01 0.3193E+02
|
||||
1.570 0.2808E+01 0.3201E+02
|
||||
1.600 0.3188E+01 0.3210E+02
|
||||
1.630 0.3452E+01 0.3220E+02
|
||||
1.660 0.3601E+01 0.3230E+02
|
||||
1.690 0.3634E+01 0.3241E+02
|
||||
1.720 0.2566E+01 0.3251E+02
|
||||
1.750 0.2469E+01 0.3258E+02
|
||||
1.780 0.2375E+01 0.3266E+02
|
||||
1.810 0.2285E+01 0.3273E+02
|
||||
1.840 0.3791E+01 0.3280E+02
|
||||
1.870 0.3787E+01 0.3291E+02
|
||||
1.900 0.3782E+01 0.3303E+02
|
||||
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|
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|
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|
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||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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||||
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||||
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|
||||
29 12.815368 0.000000
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|
||||
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|
||||
|
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0.0000000E+00 0.0000000E+00 -0.3333333E+00 0.3703704E-01
|
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|
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|
||||
3 -34.330681 1.000000
|
||||
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|
||||
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|
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|
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|
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|
||||
9 -11.136748 1.000000
|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
15 1.097086 1.000000
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
3 -34.355254 1.000000
|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
7 -13.155560 1.000000
|
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|
||||
9 -11.253533 1.000000
|
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10 -10.910412 1.000000
|
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|
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|
||||
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|
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|
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|
||||
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|
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|
||||
18 2.710136 1.000000
|
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|
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|
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||||
22 6.446830 0.000000
|
||||
23 9.844952 0.000000
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||||
24 9.844953 0.000000
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||||
25 11.393940 0.000000
|
||||
26 11.515381 0.000000
|
||||
27 11.515381 0.000000
|
||||
28 12.815368 0.000000
|
||||
29 12.815368 0.000000
|
||||
30 15.067311 0.000000
|
||||
31 17.257856 0.000000
|
||||
32 18.870153 0.000000
|
||||
|
||||
-0.3333333E+00 -0.3333333E+00 -0.3333333E+00 0.3703704E-01
|
||||
1 -34.355628 1.000000
|
||||
2 -34.355254 1.000000
|
||||
3 -34.355254 1.000000
|
||||
4 -29.115338 1.000000
|
||||
5 -13.705395 1.000000
|
||||
6 -13.155560 1.000000
|
||||
7 -13.155560 1.000000
|
||||
8 -11.253533 1.000000
|
||||
9 -11.253533 1.000000
|
||||
10 -10.910412 1.000000
|
||||
11 -1.269213 1.000000
|
||||
12 -0.707627 1.000000
|
||||
13 -0.707627 1.000000
|
||||
14 -0.503202 1.000000
|
||||
15 -0.237872 1.000000
|
||||
16 -0.237872 1.000000
|
||||
17 2.710136 1.000000
|
||||
18 2.710136 1.000000
|
||||
19 3.029742 1.000000
|
||||
20 6.400258 0.002701
|
||||
21 6.446830 0.000000
|
||||
22 6.446830 0.000000
|
||||
23 9.844952 0.000000
|
||||
24 9.844953 0.000000
|
||||
25 11.393940 0.000000
|
||||
26 11.515381 0.000000
|
||||
27 11.515381 0.000000
|
||||
28 12.815368 0.000000
|
||||
29 12.815368 0.000000
|
||||
30 15.067311 0.000000
|
||||
31 17.257856 0.000000
|
||||
32 18.870149 0.000000
|
||||
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
5
test/plovasp/proj_shell/one_site/readme.txt
Normal file
5
test/plovasp/proj_shell/one_site/readme.txt
Normal file
@ -0,0 +1,5 @@
|
||||
A remark on how to get nice test results for a very small k-mesh.
|
||||
|
||||
To reproduce this test one first performs a self-consistent cacluation of SrVO3
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||||
with 8x8x8 k-points and then obtains projectors (LOCPROJ) with a non-selfconsistent
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||||
calculation for the grid 3x3x3.
|
||||
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
@ -4,8 +4,8 @@ import rpath
|
||||
_rpath = os.path.dirname(rpath.__file__) + '/'
|
||||
|
||||
import numpy as np
|
||||
import pytriqs.applications.dft.converters.plovasp.vaspio as vaspio
|
||||
import pytriqs.applications.dft.converters.plovasp.elstruct as elstruct
|
||||
from pytriqs.applications.dft.converters.plovasp.vaspio import VaspData
|
||||
from pytriqs.applications.dft.converters.plovasp.elstruct import ElectronicStructure
|
||||
from pytriqs.applications.dft.converters.plovasp.inpconf import ConfigParameters
|
||||
from pytriqs.applications.dft.converters.plovasp.proj_shell import ProjectorShell
|
||||
from pytriqs.applications.dft.converters.plovasp.proj_group import ProjectorGroup
|
||||
@ -32,11 +32,13 @@ class TestProjectorShell(mytest.MyTestCase):
|
||||
conf_file = _rpath + 'example.cfg'
|
||||
self.pars = ConfigParameters(conf_file)
|
||||
self.pars.parse_input()
|
||||
vasp_data = vaspio.VaspData(_rpath + 'one_site/')
|
||||
self.el_struct = elstruct.ElectronicStructure(vasp_data)
|
||||
vasp_data = VaspData(_rpath + 'one_site/')
|
||||
self.el_struct = ElectronicStructure(vasp_data)
|
||||
|
||||
efermi = vasp_data.doscar.efermi
|
||||
eigvals = vasp_data.eigenval.eigs - efermi
|
||||
# efermi = vasp_data.doscar.efermi
|
||||
# eigvals = vasp_data.eigenval.eigs - efermi
|
||||
efermi = self.el_struct.efermi
|
||||
eigvals = self.el_struct.eigvals - efermi
|
||||
emin, emax = self.pars.groups[0]['ewindow']
|
||||
|
||||
self.proj_sh = ProjectorShell(self.pars.shells[0], vasp_data.plocar.plo, vasp_data.plocar.proj_params, 0)
|
||||
|
||||
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