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34a18bc529
commit
883e369b4e
@ -1,5 +1,6 @@
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open Lacaml.D
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open Util
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open Constants
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(** One-electron orthogonal basis set, corresponding to Molecular Orbitals. *)
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@ -33,8 +34,7 @@ type t =
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let mo_matrix_of_ao_matrix ~mo_coef ao_matrix =
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gemm ~transa:`T mo_coef @@
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gemm ao_matrix mo_coef
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xt_o_x ~x:mo_coef ~o:ao_matrix
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let ao_matrix_of_mo_matrix ~mo_coef ~ao_overlap mo_matrix =
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@ -56,14 +56,10 @@ let four_index_transform ~mo_coef eri_ao =
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let range_mo = list_range ~start:1 mo_num in
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let range_ao = list_range ~start:1 ao_num in
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let u =
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||||
Mat.create mo_num_2 mo_num
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and o =
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||||
Mat.create ao_num ao_num_2
|
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and p =
|
||||
Mat.create ao_num_2 mo_num
|
||||
and q =
|
||||
Mat.create ao_mo_num mo_num
|
||||
let u = Mat.create mo_num_2 mo_num
|
||||
and o = Mat.create ao_num ao_num_2
|
||||
and p = Mat.create ao_num_2 mo_num
|
||||
and q = Mat.create ao_mo_num mo_num
|
||||
in
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||||
Printf.eprintf "Transforming %d integrals : %!" mo_num;
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List.iter (fun delta ->
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@ -71,39 +67,40 @@ let four_index_transform ~mo_coef eri_ao =
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Mat.fill u 0.;
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List.iter (fun l ->
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if abs_float mo_coef.{l,delta} > epsilon then
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begin
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let jk = ref 0 in
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List.iter (fun k ->
|
||||
List.iter (fun j ->
|
||||
incr jk;
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||||
ERI.get_chem_all_i eri_ao ~j ~k ~l
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||||
|> Array.iteri (fun i x -> o.{i+1,!jk} <- x)
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||||
) range_ao
|
||||
) range_ao;
|
||||
(* o_i_jk *)
|
||||
|
||||
let jk = ref 0 in
|
||||
List.iter (fun k ->
|
||||
List.iter (fun j ->
|
||||
incr jk;
|
||||
ERI.get_chem_all_i eri_ao ~j ~k ~l
|
||||
|> Array.iteri (fun i x -> o.{i+1,!jk} <- x)
|
||||
) range_ao
|
||||
) range_ao;
|
||||
(* o_i_jk *)
|
||||
let p =
|
||||
gemm ~transa:`T ~c:p o mo_coef
|
||||
(* p_jk_alpha = \sum_i o_i_jk c_i_alpha *)
|
||||
in
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||||
let p' =
|
||||
Bigarray.reshape_2 (Bigarray.genarray_of_array2 p) ao_num ao_mo_num
|
||||
(* p_j_kalpha *)
|
||||
in
|
||||
|
||||
let p =
|
||||
gemm ~transa:`T ~c:p o mo_coef
|
||||
(* p_jk_alpha = \sum_i o_i_jk c_i_alpha *)
|
||||
in
|
||||
let p' =
|
||||
Bigarray.reshape_2 (Bigarray.genarray_of_array2 p) ao_num ao_mo_num
|
||||
(* p_j_kalpha *)
|
||||
in
|
||||
|
||||
let q =
|
||||
gemm ~transa:`T ~c:q p' mo_coef
|
||||
(* q_kalpha_beta = \sum_j p_j_kalpha c_j_beta *)
|
||||
in
|
||||
let q' =
|
||||
Bigarray.reshape_2 (Bigarray.genarray_of_array2 q) ao_num mo_num_2
|
||||
(* q_k_alphabeta = \sum_j p_j_kalpha c_j_beta *)
|
||||
in
|
||||
|
||||
ignore @@
|
||||
gemm ~transa:`T ~beta:1. ~c:u q' mo_coef
|
||||
(* u_alphabeta_gamma = \sum_k q_k_alphabeta c_k_gamma *)
|
||||
let q =
|
||||
gemm ~transa:`T ~c:q p' mo_coef
|
||||
(* q_kalpha_beta = \sum_j p_j_kalpha c_j_beta *)
|
||||
in
|
||||
let q' =
|
||||
Bigarray.reshape_2 (Bigarray.genarray_of_array2 q) ao_num mo_num_2
|
||||
(* q_k_alphabeta = \sum_j p_j_kalpha c_j_beta *)
|
||||
in
|
||||
|
||||
ignore @@
|
||||
gemm ~transa:`T ~beta:1. ~alpha:mo_coef.{l,delta} ~c:u q' mo_coef ;
|
||||
(* u_alphabeta_gamma = \sum_k q_k_alphabeta c_k_gamma *)
|
||||
end
|
||||
) range_ao;
|
||||
let u =
|
||||
Bigarray.reshape
|
||||
@ -119,7 +116,7 @@ let four_index_transform ~mo_coef eri_ao =
|
||||
ERI.set_chem eri_mo alpha beta gamma delta x
|
||||
) (list_range ~start:1 beta)
|
||||
) range_mo
|
||||
) (list_range ~start:1 delta)
|
||||
) (list_range ~start:1 delta)
|
||||
) range_mo;
|
||||
Printf.eprintf "\n%!";
|
||||
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||||
@ -172,7 +169,35 @@ let of_rhf ~frozen_core hf =
|
||||
|> Vec.of_array
|
||||
in
|
||||
let mo_coef = hf.HF.eigenvectors in
|
||||
make ~ao_basis ~mo_type ~mo_class ~mo_occupation ~mo_coef ()
|
||||
let result =
|
||||
make ~ao_basis ~mo_type ~mo_class ~mo_occupation ~mo_coef ()
|
||||
in
|
||||
|
||||
let () =
|
||||
let e = ref 0. in
|
||||
let t = KinInt.matrix (Lazy.force result.kin_ints) in
|
||||
let v = NucInt.matrix (Lazy.force result.eN_ints) in
|
||||
let g = Lazy.force result.ee_ints in
|
||||
for i = 1 to 5 do
|
||||
e := !e +. 2. *. (t.{i,i} +. v.{i,i})
|
||||
done;
|
||||
Printf.printf "Energy Mono = %20.15f\n" !e;
|
||||
let e2 = ref 0. in
|
||||
for i = 1 to 5 do
|
||||
for j = i+1 to 5 do
|
||||
e2 := !e2 +. 2. *. (ERI.get_phys g i j i j -.
|
||||
ERI.get_phys g i j j i)
|
||||
done;
|
||||
done;
|
||||
for i = 1 to 5 do
|
||||
for j = 1 to 5 do
|
||||
e2 := !e2 +. ERI.get_phys g i j i j
|
||||
done;
|
||||
done;
|
||||
Printf.printf "Energy bi = %20.15f\n" !e2;
|
||||
Printf.printf "Energy = %20.15f\n" (simulation.Si.nuclear_repulsion +. !e +. !e2)
|
||||
in
|
||||
result
|
||||
|
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|
||||
let of_hartree_fock ~frozen_core = function
|
||||
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||||
@ -172,7 +172,7 @@ let list_some l =
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||||
let stream_range ?(start=0) n =
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Stream.from (fun i ->
|
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let result = i+start in
|
||||
if result < n then
|
||||
if result <= n then
|
||||
Some result
|
||||
else None
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||||
)
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||||
|
||||
@ -64,11 +64,11 @@ val list_some : 'a option list -> 'a list
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the [Some]. *)
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||||
val list_range : ?start:int -> int -> int list
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||||
(** Returns a list [start ; start+1 ; ... ; start+(n-1)]. Default is [start=0]. *)
|
||||
(** Returns a list [start ; start+1 ; ... ; start+n]. Default is [start=0]. *)
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|
||||
(** {2 Useful streams} *)
|
||||
val stream_range : ?start:int -> int -> int Stream.t
|
||||
(** Returns a stream <start ; start+1 ; ... ; start+(n-1)>. Default is [start=0]. *)
|
||||
(** Returns a stream <start ; start+1 ; ... ; start+n>. Default is [start=0]. *)
|
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|
||||
(** {2 Linear algebra } *)
|
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