mirror of
https://gitlab.com/scemama/EZFIO.git
synced 2024-12-22 04:13:34 +01:00
Revert "Add hostname in temporary filename (problem on clusters)"
This commit is contained in:
Anthony Scemama
GitHub
parent
4b4fad1a00
commit
8234a2aea4
@ -4,7 +4,7 @@ EZFIO_ROOT=$( cd $(dirname "${BASH_SOURCE}")/.. ; pwd -P )
|
||||
|
||||
function _ezfio_py()
|
||||
{
|
||||
python "${EZFIO_ROOT}/Python/ezfio.py" $@
|
||||
python ${EZFIO_ROOT}/Python/ezfio.py $@
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
@ -84,11 +84,11 @@ function _ezfio_set_file()
|
||||
{
|
||||
_require_first_argument $@ || return 1
|
||||
|
||||
if [[ ! -d "$1" ]]
|
||||
if [[ ! -d $1 ]]
|
||||
then
|
||||
mkdir -p "$1" || return 1
|
||||
mkdir -p $1 || return 1
|
||||
fi
|
||||
export EZFIO_FILE="$1"
|
||||
export EZFIO_FILE=$1
|
||||
_ezfio_info "Set file ${EZFIO_FILE}"
|
||||
return 0
|
||||
}
|
||||
@ -106,12 +106,12 @@ function _ezfio_has()
|
||||
_require_ezfio_file || return 1
|
||||
_require_first_argument $@ || return 1
|
||||
|
||||
if [[ ! -d "${EZFIO_FILE}/${1,,}" ]]
|
||||
if [[ ! -d ${EZFIO_FILE}/${1,,} ]]
|
||||
then
|
||||
return 1
|
||||
fi
|
||||
|
||||
if [[ -z "$2" ]]
|
||||
if [[ -z $2 ]]
|
||||
then
|
||||
return 0
|
||||
fi
|
||||
@ -123,14 +123,14 @@ function _ezfio_get()
|
||||
{
|
||||
_require_ezfio_file || return 1
|
||||
|
||||
if [[ -z "$1" ]]
|
||||
if [[ -z $1 ]]
|
||||
then
|
||||
ls ${EZFIO_FILE} && return 0 || return 1
|
||||
fi
|
||||
|
||||
if [[ -z "$2" ]]
|
||||
if [[ -z $2 ]]
|
||||
then
|
||||
ls "${EZFIO_FILE}/${1,,}" && return 0 || return 1
|
||||
ls ${EZFIO_FILE}/${1,,} && return 0 || return 1
|
||||
fi
|
||||
|
||||
_ezfio_py get $@ && return 0 || return 1
|
||||
@ -142,11 +142,11 @@ function _ezfio_set()
|
||||
_require_first_argument $@ || return 1
|
||||
_require_second_argument $@ || return 2
|
||||
|
||||
if [[ -z "$3" ]]
|
||||
if [[ -z $3 ]]
|
||||
then
|
||||
_ezfio_py set $@ || return 1
|
||||
else
|
||||
echo "$3" | _ezfio_py set "$1" "$2" || return 1
|
||||
echo $3 | _ezfio_py set $1 $2 || return 1
|
||||
fi
|
||||
return 0
|
||||
}
|
||||
|
||||
2
Makefile
2
Makefile
@ -28,7 +28,7 @@ include make.config
|
||||
.PHONY: default clean veryclean archive
|
||||
|
||||
default: make.config
|
||||
cd src && BUILD_SYSTEM=make $(MAKE)
|
||||
cd src && $(MAKE)
|
||||
|
||||
clean:
|
||||
- bash -c "[[ -f lib/libezfio.a ]] && rm $$PWD/lib/*"
|
||||
|
||||
@ -37,7 +37,7 @@ def main():
|
||||
f_name = f[4:]
|
||||
try:
|
||||
exec """d['%s'] = ezfio.%s"""%(f_name,f_name)
|
||||
except IOError:
|
||||
except:
|
||||
if do_verbose:
|
||||
print "%-40s [%5s]"%(f_name, "Empty")
|
||||
else:
|
||||
|
||||
@ -26,7 +26,7 @@ d_default = {
|
||||
"FCFLAGS" : '-O2',
|
||||
"RANLIB" : 'ranlib',
|
||||
"AR" : 'ar',
|
||||
"BUILD_SYSTEM" : 'make'
|
||||
"NINJA" : 'ninja',
|
||||
}
|
||||
|
||||
CONFIG_FILES=' '.join([ os.path.join("config",x) for x in os.listdir('config') if x != '.empty'])
|
||||
@ -112,7 +112,7 @@ rule build_libezfio_a
|
||||
description = Building libezfio.a
|
||||
|
||||
rule build_libezfio_irp_a
|
||||
command = cp lib/libezfio.a lib/libezfio_irp.a ; {RANLIB} lib/libezfio_irp.a
|
||||
command = cp lib/libezfio.a lib/libezfio_irp.a ; {AR} dv lib/libezfio_irp.a irp_stack.irp.o > /dev/null ; {RANLIB} lib/libezfio_irp.a
|
||||
description = Building libezfio_irp.a
|
||||
|
||||
rule build_python
|
||||
@ -141,4 +141,5 @@ build Ocaml/ezfio.ml: build_ocaml | lib/libezfio.a
|
||||
|
||||
|
||||
if __name__ == '__main__':
|
||||
create_build_ninja()
|
||||
|
||||
create_build_ninja()
|
||||
|
||||
87
src/Makefile
87
src/Makefile
@ -1,71 +1,60 @@
|
||||
.EXPORT_ALL_VARIABLES:
|
||||
# EZFIO is an automatic generator of I/O libraries
|
||||
# Copyright (C) 2009 Anthony SCEMAMA, CNRS
|
||||
#
|
||||
# This program is free software; you can redistribute it and/or modify
|
||||
# it under the terms of the GNU General Public License as published by
|
||||
# the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
|
||||
# (at your option) any later version.
|
||||
#
|
||||
# This program is distributed in the hope that it will be useful,
|
||||
# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
|
||||
# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
|
||||
# GNU General Public License for more details.
|
||||
#
|
||||
# You should have received a copy of the GNU General Public License along
|
||||
# with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
|
||||
# 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
|
||||
#
|
||||
# Anthony Scemama
|
||||
# LCPQ - IRSAMC - CNRS
|
||||
# Universite Paul Sabatier
|
||||
# 118, route de Narbonne
|
||||
# 31062 Toulouse Cedex 4
|
||||
# scemama@irsamc.ups-tlse.fr
|
||||
|
||||
DEFAULT_TARGET: all
|
||||
|
||||
include ../make.config
|
||||
export
|
||||
|
||||
# Dark magic below modify with caution!
|
||||
# "You are Not Expected to Understand This"
|
||||
# .
|
||||
# /^\ .
|
||||
# /\ "V",
|
||||
# /__\ I O o
|
||||
# //..\\ I .
|
||||
# \].`[/ I
|
||||
# /l\/j\ (] . O
|
||||
# /. ~~ ,\/I .
|
||||
# \\L__j^\/I o
|
||||
# \/--v} I o .
|
||||
# | | I _________
|
||||
# | | I c(` ')o
|
||||
# | l I \. ,/
|
||||
# _/j L l\_! _//^---^\\_
|
||||
include irpf90.make
|
||||
|
||||
irpf90.make: $(wildcard *.irp.f) ../config/*
|
||||
$(IRPF90)
|
||||
|
||||
ifeq ($(BUILD_SYSTEM),ninja)
|
||||
BUILD_FILE=IRPF90_temp/build.ninja
|
||||
IRPF90FLAGS += -j
|
||||
else ifeq ($(BUILD_SYSTEM),make)
|
||||
BUILD_FILE=IRPF90_temp/build.make
|
||||
BUILD_SYSTEM += -j
|
||||
else
|
||||
DUMMY:
|
||||
$(error 'Wrong BUILD_SYSTEM: $(BUILD_SYSTEM)')
|
||||
endif
|
||||
|
||||
define run_and_touch
|
||||
$(BUILD_SYSTEM) -C $(dir $(1) ) -f $(notdir $(1) ) $(addprefix $(CURDIR)/, $(2)) && touch $(2)
|
||||
endef
|
||||
|
||||
export PYTHONPATH:=$(CURDIR):$(PYTHONPATH)
|
||||
|
||||
include ../version
|
||||
|
||||
.PHONY: static all
|
||||
|
||||
all: static ../Python/ezfio.py ../Ocaml/ezfio.ml
|
||||
|
||||
static: ../lib/libezfio.a ../lib/libezfio_irp.a
|
||||
|
||||
../lib/libezfio.a: IRPF90_temp/irpf90.a
|
||||
rm -f ../lib/libezfio.a
|
||||
cp IRPF90_temp/irpf90.a ../lib/libezfio.a
|
||||
$(AR) cru ../lib/libezfio.a $(OBJ1)
|
||||
$(RANLIB) ../lib/libezfio.a
|
||||
|
||||
#No more irp_stack
|
||||
../lib/libezfio_irp.a: ../lib/libezfio.a
|
||||
rm -f ../lib/libezfio_irp.a
|
||||
cp ../lib/libezfio.a ../lib/libezfio_irp.a
|
||||
$(AR) dv ../lib/libezfio_irp.a irp_stack.irp.o
|
||||
$(RANLIB) ../lib/libezfio_irp.a
|
||||
|
||||
../Python/ezfio.py: ../lib/libezfio.a
|
||||
../Python/ezfio.py:
|
||||
python create_python.py
|
||||
|
||||
../Ocaml/ezfio.ml: ../lib/libezfio.a
|
||||
../Ocaml/ezfio.ml:
|
||||
python create_ocaml.py
|
||||
|
||||
IRPF90_temp/irpf90.a: $(BUILD_FILE)
|
||||
$(call run_and_touch, $<, $@)
|
||||
|
||||
$(BUILD_FILE): $(shell find . -maxdepth 2 -path ./IRPF90_temp -prune -o -name '*.irp.f' -print) ../config/*
|
||||
$(IRPF90) $(IRPF90FLAGS)
|
||||
|
||||
clean:
|
||||
rm -f -- $(BUILD_FILE) $(shell find IRPF90_temp -type f \( -name "*.o" -o -name "*.mod" -name "*.a" \) -delete;)
|
||||
rm -f ../lib/libezfio.a ../lib/libezfio_irp.a
|
||||
|
||||
veryclean: clean
|
||||
rm -rf IRPF90_temp/ IRPF90_man/ irpf90_entities dist tags
|
||||
|
||||
@ -27,7 +27,7 @@ format= {
|
||||
'integer' : ["'(I20)'", "%20d"],
|
||||
'real' : ["'(E24.15)'","%24.15E"],
|
||||
'double precision': ["'(E24.15)'","%24.15E"],
|
||||
'logical' : ["'(L1)'","%c"],
|
||||
'logical' : ["'(L)'","%c"],
|
||||
'character*(*)' : ["'(A)'","%s"]
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
@ -40,9 +40,6 @@ print >>file_py, """
|
||||
version = property(fset=None,fget=get_version)
|
||||
"""%(v)
|
||||
|
||||
file_c = open("../C/ezfio.h","w")
|
||||
print >>file_c, c_header
|
||||
|
||||
import sys
|
||||
|
||||
for group in groups.keys():
|
||||
@ -80,7 +77,6 @@ for group in groups.keys():
|
||||
'group': group,
|
||||
'dims': strdims}
|
||||
print attributes%d
|
||||
print >>file_c, attributes_c%d
|
||||
print >>file_py, attributes_py%d
|
||||
else:
|
||||
d = { 'type': type,
|
||||
@ -100,7 +96,6 @@ for group in groups.keys():
|
||||
'dims_py': dims_py,
|
||||
'dims': dims }
|
||||
print buffered%d
|
||||
print >>file_c, buffered_c%d
|
||||
print >>file_py, buffered_py%d
|
||||
else:
|
||||
dims_loop = ''
|
||||
@ -147,9 +142,5 @@ for group in groups.keys():
|
||||
'declar_loop' : declar_loop}
|
||||
print attributes_arr%d
|
||||
print >>file_py, attributes_arr_py%d
|
||||
print >>file_c, attributes_arr_c%d
|
||||
|
||||
print >>file_c, c_footer
|
||||
file_py.close()
|
||||
file_c.close()
|
||||
|
||||
|
||||
@ -239,48 +239,38 @@ end
|
||||
#---------
|
||||
|
||||
attributes_c = """
|
||||
void ezfio_set_%(group)s_%(var)s(%(ctype)s %(var)s)
|
||||
void ezfio_set_%(group)s_%(var)s(%(type)s %(var)s)
|
||||
{
|
||||
ezfio_set_%(group)s_%(var)s_(&%(var)s);
|
||||
}
|
||||
|
||||
void ezfio_get_%(group)s_%(var)s(%(ctype)s *%(var)s)
|
||||
{
|
||||
ezfio_get_%(group)s_%(var)s_(%(var)s);
|
||||
}
|
||||
|
||||
int ezfio_has_%(group)s_%(var)s()
|
||||
{
|
||||
ezfio_has_%(group)s_%(var)s_();
|
||||
}
|
||||
"""
|
||||
|
||||
attributes_arr_c = """
|
||||
void ezfio_set_%(group)s_%(var)s(%(ctype)s %(var)s)
|
||||
{
|
||||
ezfio_set_%(group)s_%(var)s_(&%(var)s);
|
||||
}
|
||||
|
||||
void ezfio_get_%(group)s_%(var)s(%(ctype)s *%(var)s)
|
||||
{
|
||||
ezfio_get_%(group)s_%(var)s_(%(var)s);
|
||||
}
|
||||
|
||||
int ezfio_has_%(group)s_%(var)s()
|
||||
{
|
||||
ezfio_has_%(group)s_%(var)s_();
|
||||
}
|
||||
"""
|
||||
|
||||
calculated_c = attributes_c
|
||||
|
||||
c_header = """#ifndef EZFIO_H\n#define EZFIO_H
|
||||
|
||||
#include <string.h>
|
||||
c_header = """
|
||||
#ifndef EZFIO_H
|
||||
#define EZFIO_H
|
||||
|
||||
#ifdef __cplusplus
|
||||
extern "C" {
|
||||
#endif
|
||||
"""
|
||||
|
||||
c_footer = """
|
||||
#ifdef __cplusplus
|
||||
}
|
||||
#endif
|
||||
#endif
|
||||
"""
|
||||
|
||||
|
||||
file_h = [c_header]
|
||||
file_h +=[ """
|
||||
void ezfio_set_file_(char* filename, long filename_size);
|
||||
|
||||
void ezfio_read_buffer_(int* indices,double* values, int* isize);
|
||||
void ezfio_write_buffer_(int* indices,double* values, int* isize);
|
||||
"""]
|
||||
|
||||
file_c = [ """
|
||||
|
||||
typedef struct
|
||||
{
|
||||
@ -292,7 +282,7 @@ void ezfio_set_file(char* filename)
|
||||
{
|
||||
long len;
|
||||
len = strlen(filename);
|
||||
ezfio_set_file_(filename,len);
|
||||
ezfio_set_file_(filename,mlen);
|
||||
}
|
||||
|
||||
sparse ezfio_read_buffer(int isize)
|
||||
@ -307,15 +297,7 @@ void ezfio_write_buffer(sparse data, int isize)
|
||||
ezfio_write_buffer_(data.indices,data.values,&isize);
|
||||
}
|
||||
|
||||
"""
|
||||
|
||||
c_footer = """
|
||||
#ifdef __cplusplus
|
||||
}
|
||||
#endif
|
||||
#endif
|
||||
"""
|
||||
|
||||
""" ]
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
@ -128,16 +128,16 @@ logical function exists(path)
|
||||
character*(*) :: path
|
||||
character*(32) :: V
|
||||
inquire(file=trim(path)//'/.version',exist=exists)
|
||||
! if (exists) then
|
||||
! open(libezfio_iunit,file=trim(path)//'/.version')
|
||||
! read(libezfio_iunit,*) V
|
||||
! close(libezfio_iunit)
|
||||
if (exists) then
|
||||
open(libezfio_iunit,file=trim(path)//'/.version')
|
||||
read(libezfio_iunit,*) V
|
||||
close(libezfio_iunit)
|
||||
! integer :: char_to_version
|
||||
! if (char_to_version(V) > char_to_version(libezfio_version)) then
|
||||
! call ezfio_error(irp_here, 'This file was generated with version '//trim(V)//&
|
||||
! ' but the current installed version is '//trim(libezfio_version)//'')
|
||||
! endif
|
||||
! endif
|
||||
endif
|
||||
end function
|
||||
|
||||
subroutine ezfio_set_file(filename_in)
|
||||
|
||||
@ -23,21 +23,14 @@
|
||||
! scemama@irsamc.ups-tlse.fr
|
||||
|
||||
BEGIN_PROVIDER [ integer, PID ]
|
||||
&BEGIN_PROVIDER [ character*(256), PID_str ]
|
||||
&BEGIN_PROVIDER [ character*(8), PID_str ]
|
||||
implicit none
|
||||
BEGIN_DOC
|
||||
! Current process ID
|
||||
END_DOC
|
||||
integer :: getpid
|
||||
character*(240) :: hostname
|
||||
PID = getpid()
|
||||
write(PID_str,'(I8.8)') PID
|
||||
call HOSTNM(hostname)
|
||||
write(PID_str,'(A,''.'',I8.8,X)') trim(hostname), PID
|
||||
PID_str = trim(PID_str)
|
||||
print *, PID_str
|
||||
call sleep(1)
|
||||
|
||||
END_PROVIDER
|
||||
|
||||
logical function ezfio_exists(path)
|
||||
@ -82,7 +75,7 @@ subroutine libezfio_openz(filename,mode,err)
|
||||
character*(*) :: filename, mode
|
||||
character*(1024) :: fifo
|
||||
integer :: err
|
||||
fifo = trim(filename)//'.'//trim(PID_str)
|
||||
fifo = trim(filename)//'.'//PID_str
|
||||
err=1
|
||||
|
||||
if (mode(1:1) == 'r') then
|
||||
@ -104,7 +97,7 @@ subroutine libezfio_closez(filename,mode)
|
||||
END_DOC
|
||||
character*(*) :: filename, mode
|
||||
character*(1024) :: fifo
|
||||
fifo = trim(filename)//'.'//trim(PID_str)
|
||||
fifo = trim(filename)//'.'//PID_str
|
||||
if (mode(1:1) == 'w') then
|
||||
close(unit=libezfio_iunit)
|
||||
call system('gzip -c < '//trim(fifo)//' > '//trim(filename))
|
||||
@ -148,7 +141,7 @@ subroutine ezfio_write_%(type_short)s(dir,fil,dat)
|
||||
if (libezfio_read_only) then
|
||||
call ezfio_error(irp_here,'Read-only file.')
|
||||
endif
|
||||
l_filename(1)=trim(dir)//'/.'//fil//'.'//trim(PID_str)
|
||||
l_filename(1)=trim(dir)//'/.'//fil//'.'//PID_str
|
||||
l_filename(2)=trim(dir)//'/'//fil
|
||||
open(unit=libezfio_iunit,file=l_filename(1),form='FORMATTED',action='WRITE')
|
||||
write(libezfio_iunit,%(fmt)s) dat
|
||||
@ -223,7 +216,7 @@ subroutine ezfio_write_array_%(type_short)s(dir,fil,rank,dims,dim_max,dat)
|
||||
if (libezfio_read_only) then
|
||||
call ezfio_error(irp_here,'Read-only file.')
|
||||
endif
|
||||
l_filename(1)=trim(dir)//'/.'//fil//trim(PID_str)//'.gz'
|
||||
l_filename(1)=trim(dir)//'/.'//fil//PID_str//'.gz'
|
||||
l_filename(2)=trim(dir)//'/'//fil//'.gz'
|
||||
|
||||
err = 0
|
||||
|
||||
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