mirror of
https://github.com/LCPQ/EMSL_Basis_Set_Exchange_Local
synced 2025-01-03 10:05:46 +01:00
Topologie, Doc, and glob
This commit is contained in:
Thomas Applencourt
parent
70553f1779
commit
8a756a465a
13
EMSL_api.py
13
EMSL_api.py
@ -7,6 +7,7 @@ Usage:
|
|||||||
EMSL_api.py list_basis [--atom=<atom_name>...]
|
EMSL_api.py list_basis [--atom=<atom_name>...]
|
||||||
[--db_path=<db_path>]
|
[--db_path=<db_path>]
|
||||||
[--average_mo_number]
|
[--average_mo_number]
|
||||||
|
[--basis=<basis_name>...]
|
||||||
EMSL_api.py list_atoms --basis=<basis_name>
|
EMSL_api.py list_atoms --basis=<basis_name>
|
||||||
[--db_path=<db_path>]
|
[--db_path=<db_path>]
|
||||||
EMSL_api.py get_basis_data --basis=<basis_name>
|
EMSL_api.py get_basis_data --basis=<basis_name>
|
||||||
@ -41,8 +42,8 @@ import sys
|
|||||||
import os
|
import os
|
||||||
|
|
||||||
from src.docopt import docopt
|
from src.docopt import docopt
|
||||||
from src.EMSL_utility import EMSL_dump
|
from src.EMSL_dump import EMSL_dump
|
||||||
from src.EMSL_utility import EMSL_local, checkSQLite3
|
from src.EMSL_local import EMSL_local, checkSQLite3
|
||||||
|
|
||||||
if __name__ == '__main__':
|
if __name__ == '__main__':
|
||||||
|
|
||||||
@ -79,14 +80,16 @@ if __name__ == '__main__':
|
|||||||
|
|
||||||
amn = arguments["--average_mo_number"]
|
amn = arguments["--average_mo_number"]
|
||||||
|
|
||||||
l = e.get_list_basis_available(elts, average_mo_number=amn)
|
l = e.get_list_basis_available(elts,
|
||||||
|
arguments["--basis"],
|
||||||
|
average_mo_number=amn)
|
||||||
|
|
||||||
if amn:
|
if amn:
|
||||||
for name, des, avg in l:
|
for name, des, avg in l:
|
||||||
print "{0} ({2}) | {1}".format(name, des, avg)
|
print "- '{}' ({}) || {:<50}".format(name, avg, des)
|
||||||
else:
|
else:
|
||||||
for name, des in l:
|
for name, des in l:
|
||||||
print "{0} | {1}".format(name, des)
|
print "- {} || {:<50}".format(name, des)
|
||||||
|
|
||||||
# _ _ _ _____ _ _
|
# _ _ _ _____ _ _
|
||||||
# | | (_) | | | ___| | | |
|
# | | (_) | | | ___| | | |
|
||||||
|
|||||||
328
src/EMSL_utility.py → src/EMSL_dump.py
Executable file → Normal file
328
src/EMSL_utility.py → src/EMSL_dump.py
Executable file → Normal file
@ -1,63 +1,8 @@
|
|||||||
# -*- coding: utf-8 -*-
|
|
||||||
|
|
||||||
import sqlite3
|
|
||||||
import re
|
|
||||||
import sys
|
|
||||||
import os
|
import os
|
||||||
|
import sys
|
||||||
|
import re
|
||||||
import time
|
import time
|
||||||
|
import sqlite3
|
||||||
debug = True
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
def checkSQLite3(db_path):
|
|
||||||
|
|
||||||
from os.path import isfile, getsize
|
|
||||||
|
|
||||||
# Check if db file is readable
|
|
||||||
if not os.access(db_path, os.R_OK):
|
|
||||||
print >>sys.stderr, "Db file %s is not readable" % (db_path)
|
|
||||||
raise IOError
|
|
||||||
|
|
||||||
if not isfile(db_path):
|
|
||||||
print >>sys.stderr, "Db file %s is not... a file!" % (db_path)
|
|
||||||
raise IOError
|
|
||||||
|
|
||||||
if getsize(db_path) < 100: # SQLite database file header is 100 bytes
|
|
||||||
print >>sys.stderr, "Db file %s is not a SQLite file!" % (db_path)
|
|
||||||
raise IOError
|
|
||||||
|
|
||||||
with open(db_path, 'rb') as fd:
|
|
||||||
header = fd.read(100)
|
|
||||||
|
|
||||||
if header[:16] != 'SQLite format 3\x00':
|
|
||||||
print >>sys.stderr, "Db file %s is not in SQLiteFormat3!" % (db_path)
|
|
||||||
raise IOError
|
|
||||||
|
|
||||||
# Check if the file system allows I/O on sqlite3 (lustre)
|
|
||||||
# If not, copy on /dev/shm and remove after opening
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
EMSL_local(db_path=db_path).get_list_basis_available()
|
|
||||||
except sqlite3.OperationalError:
|
|
||||||
print >>sys.stdrerr, "I/O Error for you file system"
|
|
||||||
print >>sys.stderr, "Try some fixe"
|
|
||||||
new_db_path = "/dev/shm/%d.db" % (os.getpid())
|
|
||||||
os.system("cp %s %s" % (db_path, new_db_path))
|
|
||||||
db_path = new_db_path
|
|
||||||
else:
|
|
||||||
changed = False
|
|
||||||
return db_path, changed
|
|
||||||
|
|
||||||
# Try again to check
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
EMSL_local(db_path=db_path).get_list_basis_available()
|
|
||||||
except:
|
|
||||||
print >>sys.stderr, "Sorry..."
|
|
||||||
os.system("rm -f /dev/shm/%d.db" % (os.getpid()))
|
|
||||||
raise
|
|
||||||
else:
|
|
||||||
print >>sys.stderr, "Working !"
|
|
||||||
changed = True
|
|
||||||
return db_path, changed
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
def install_with_pip(name):
|
def install_with_pip(name):
|
||||||
@ -83,17 +28,10 @@ def install_with_pip(name):
|
|||||||
sys.exit(1)
|
sys.exit(1)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
def cond_sql_or(table_name, l_value):
|
|
||||||
|
|
||||||
l = []
|
|
||||||
dmy = " OR ".join(['%s = "%s"' % (table_name, i) for i in l_value])
|
|
||||||
if dmy:
|
|
||||||
l.append("(%s)" % dmy)
|
|
||||||
|
|
||||||
return l
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
class EMSL_dump:
|
class EMSL_dump:
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
This call implement all you need for download the EMSL and save it localy
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
|
||||||
format_dict = {"g94": "Gaussian94",
|
format_dict = {"g94": "Gaussian94",
|
||||||
"gamess-us": "GAMESS-US",
|
"gamess-us": "GAMESS-US",
|
||||||
@ -116,6 +54,8 @@ class EMSL_dump:
|
|||||||
self.db_path = db_path
|
self.db_path = db_path
|
||||||
self.format = format
|
self.format = format
|
||||||
self.contraction = str(contraction)
|
self.contraction = str(contraction)
|
||||||
|
self.debug = True
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
try:
|
||||||
import requests
|
import requests
|
||||||
except:
|
except:
|
||||||
@ -152,7 +92,7 @@ class EMSL_dump:
|
|||||||
"""Download the source code of the iframe who contains the list of the basis set available"""
|
"""Download the source code of the iframe who contains the list of the basis set available"""
|
||||||
|
|
||||||
url = "https://bse.pnl.gov/bse/portal/user/anon/js_peid/11535052407933/panel/Main/template/content"
|
url = "https://bse.pnl.gov/bse/portal/user/anon/js_peid/11535052407933/panel/Main/template/content"
|
||||||
if debug:
|
if self.debug:
|
||||||
import cPickle as pickle
|
import cPickle as pickle
|
||||||
dbcache = 'db/cache'
|
dbcache = 'db/cache'
|
||||||
if not os.path.isfile(dbcache):
|
if not os.path.isfile(dbcache):
|
||||||
@ -211,7 +151,7 @@ class EMSL_dump:
|
|||||||
b = data.find("$DATA")
|
b = data.find("$DATA")
|
||||||
e = data.find("$END")
|
e = data.find("$END")
|
||||||
if (b == -1 or data.find("$DATA$END") != -1):
|
if (b == -1 or data.find("$DATA$END") != -1):
|
||||||
if debug:
|
if self.debug:
|
||||||
print data
|
print data
|
||||||
raise Exception("WARNING not DATA")
|
raise Exception("WARNING not DATA")
|
||||||
else:
|
else:
|
||||||
@ -229,14 +169,14 @@ class EMSL_dump:
|
|||||||
elt_long_exp = data_elt.split()[0].lower()
|
elt_long_exp = data_elt.split()[0].lower()
|
||||||
|
|
||||||
if "$" in data_elt:
|
if "$" in data_elt:
|
||||||
if debug:
|
if self.debug:
|
||||||
print "Eror",
|
print "Eror",
|
||||||
raise Exception("WARNING bad split")
|
raise Exception("WARNING bad split")
|
||||||
|
|
||||||
if elt_long_th == elt_long_exp:
|
if elt_long_th == elt_long_exp:
|
||||||
d.append([elt, data_elt.strip()])
|
d.append([elt, data_elt.strip()])
|
||||||
else:
|
else:
|
||||||
if debug:
|
if self.debug:
|
||||||
print "th", elt_long_th
|
print "th", elt_long_th
|
||||||
print "exp", elt_long_exp
|
print "exp", elt_long_exp
|
||||||
print "abv", elt
|
print "abv", elt
|
||||||
@ -314,7 +254,7 @@ class EMSL_dump:
|
|||||||
try:
|
try:
|
||||||
q_out.put(basis_data)
|
q_out.put(basis_data)
|
||||||
except:
|
except:
|
||||||
if debug:
|
if self.debug:
|
||||||
print "Fail on q_out.put", basis_data
|
print "Fail on q_out.put", basis_data
|
||||||
raise
|
raise
|
||||||
else:
|
else:
|
||||||
@ -375,245 +315,3 @@ class EMSL_dump:
|
|||||||
del _data
|
del _data
|
||||||
|
|
||||||
self.create_sql(array_basis)
|
self.create_sql(array_basis)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
def string_to_nb_mo(str_l):
|
|
||||||
|
|
||||||
assert len(str_l) == 1
|
|
||||||
|
|
||||||
d = {"S": 3,
|
|
||||||
"P": 5,
|
|
||||||
"D": 7,
|
|
||||||
"F": 9,
|
|
||||||
"L": 8}
|
|
||||||
|
|
||||||
if str_l in d:
|
|
||||||
return d[str_l]
|
|
||||||
# ord("G") = 72 and ord("Z") = 87
|
|
||||||
elif 72 <= ord(str_l) <= 87:
|
|
||||||
# orf("G") = 72 and l = 4 so ofset if 68
|
|
||||||
return 2 * (ord(str_l) - 68) + 1
|
|
||||||
else:
|
|
||||||
raise BaseException
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
class EMSL_local:
|
|
||||||
"""
|
|
||||||
All the method for using the EMSL db localy
|
|
||||||
"""
|
|
||||||
def __init__(self, db_path=None):
|
|
||||||
self.db_path = db_path
|
|
||||||
|
|
||||||
def get_list_basis_available(self, elts=[], average_mo_number=False):
|
|
||||||
"""
|
|
||||||
return all the basis name who contant all the elts
|
|
||||||
"""
|
|
||||||
conn = sqlite3.connect(self.db_path)
|
|
||||||
c = conn.cursor()
|
|
||||||
# If not elts just get the disctinct name
|
|
||||||
# Else: 1) fetch for geting the run_id available
|
|
||||||
# 2) If average_mo_number:
|
|
||||||
# * Get name,descripption,data
|
|
||||||
# * Then parse it
|
|
||||||
# Else Get name,description
|
|
||||||
# 3) Parse it
|
|
||||||
|
|
||||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
|
||||||
# G e t i n g B a s i s _ i d #
|
|
||||||
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
|
||||||
if not elts:
|
|
||||||
cmd = """SELECT DISTINCT name, description FROM basis_tab"""
|
|
||||||
c.execute(cmd)
|
|
||||||
info = c.fetchall()
|
|
||||||
else:
|
|
||||||
cmd_ele = ["SELECT DISTINCT basis_id FROM data_tab WHERE elt=?"] * len(elts)
|
|
||||||
cmd = " INTERSECT ".join(cmd_ele) + ";"
|
|
||||||
c.execute(cmd, elts)
|
|
||||||
|
|
||||||
dump = [i[0] for i in c.fetchall()]
|
|
||||||
cmd_basis = " ".join(cond_sql_or("basis_id", dump))
|
|
||||||
cmd_ele = " ".join(cond_sql_or("elt", elts))
|
|
||||||
|
|
||||||
if average_mo_number:
|
|
||||||
cmd = """SELECT DISTINCT name,description,data
|
|
||||||
FROM output_tab"""
|
|
||||||
|
|
||||||
else:
|
|
||||||
cmd = """SELECT DISTINCT name,description
|
|
||||||
FROM output_tab"""
|
|
||||||
|
|
||||||
cmd += " WHERE" + cmd_ele + " AND " + cmd_basis
|
|
||||||
|
|
||||||
c.execute(cmd)
|
|
||||||
info = c.fetchall()
|
|
||||||
|
|
||||||
conn.close()
|
|
||||||
|
|
||||||
# ~#~#~#~#~#~#~ #
|
|
||||||
# P a r s i n g #
|
|
||||||
# ~#~#~#~#~#~#~ #
|
|
||||||
|
|
||||||
dict_info = {}
|
|
||||||
# dict_info[name] = [description, nb_mo, nb_ele]
|
|
||||||
|
|
||||||
if average_mo_number:
|
|
||||||
|
|
||||||
for name, description, data in info:
|
|
||||||
nb_mo = 0
|
|
||||||
nb_ele = 0
|
|
||||||
for line in data.split("\n")[1:]:
|
|
||||||
str_l = line.split()[0]
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
nb_mo += string_to_nb_mo(str_l)
|
|
||||||
nb_ele += 1
|
|
||||||
except BaseException:
|
|
||||||
pass
|
|
||||||
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
dict_info[name][1] += nb_mo
|
|
||||||
dict_info[name][2] += 1
|
|
||||||
except:
|
|
||||||
dict_info[name] = [description, nb_mo, nb_ele]
|
|
||||||
|
|
||||||
# ~#~#~#~#~#~ #
|
|
||||||
# R e t u r n #
|
|
||||||
# ~#~#~#~#~#~ #
|
|
||||||
|
|
||||||
if average_mo_number:
|
|
||||||
return[[k, v[0], v[1] / v[2]] for k, v in dict_info.iteritems()]
|
|
||||||
else:
|
|
||||||
return [i[:] for i in info]
|
|
||||||
|
|
||||||
def get_list_element_available(self, basis_name):
|
|
||||||
|
|
||||||
conn = sqlite3.connect(self.db_path)
|
|
||||||
c = conn.cursor()
|
|
||||||
|
|
||||||
str_ = "SELECT DISTINCT elt from output_tab WHERE name=:name_us COLLATE NOCASE"
|
|
||||||
c.execute(str_, {"name_us": basis_name})
|
|
||||||
|
|
||||||
data = c.fetchall()
|
|
||||||
|
|
||||||
data = [str(i[0]) for i in data]
|
|
||||||
|
|
||||||
conn.close()
|
|
||||||
return data
|
|
||||||
|
|
||||||
def get_basis(self, basis_name, elts=None, with_l=False):
|
|
||||||
"""
|
|
||||||
Return the data from the basis set
|
|
||||||
"""
|
|
||||||
import re
|
|
||||||
|
|
||||||
def get_list_type(l_line):
|
|
||||||
"""
|
|
||||||
Return the begin and the end of all the type of orbital
|
|
||||||
Usefull for tranforming the L in S, P
|
|
||||||
output : [ [type, begin, end], ...]
|
|
||||||
"""
|
|
||||||
# Example
|
|
||||||
# [[u'S', 1, 5], [u'L', 5, 9], [u'L', 9, 12], [u'D', 16, 18]]"
|
|
||||||
|
|
||||||
l = []
|
|
||||||
for i, line in enumerate(l_line):
|
|
||||||
|
|
||||||
m = re.search(p, line)
|
|
||||||
if m:
|
|
||||||
l.append([m.group(1), i])
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
l[-2].append(i)
|
|
||||||
except IndexError:
|
|
||||||
pass
|
|
||||||
|
|
||||||
l[-1].append(i + 1)
|
|
||||||
print l
|
|
||||||
return l
|
|
||||||
|
|
||||||
# __ _
|
|
||||||
# /__ _ _|_ _|_ ._ _ ._ _ _ _. |
|
|
||||||
# \_| (/_ |_ | | (_) | | | _> (_| |
|
|
||||||
# |
|
|
||||||
conn = sqlite3.connect(self.db_path)
|
|
||||||
c = conn.cursor()
|
|
||||||
|
|
||||||
if elts:
|
|
||||||
cmd_ele = "AND " + " ".join(cond_sql_or("elt", elts))
|
|
||||||
else:
|
|
||||||
cmd_ele = ""
|
|
||||||
|
|
||||||
c.execute('''SELECT DISTINCT data from output_tab
|
|
||||||
WHERE name="{basis_name}" COLLATE NOCASE
|
|
||||||
{cmd_ele}'''.format(basis_name=basis_name,
|
|
||||||
cmd_ele=cmd_ele))
|
|
||||||
|
|
||||||
l_data_raw = c.fetchall()
|
|
||||||
conn.close()
|
|
||||||
|
|
||||||
# |_| _. ._ _| | _ || | ||
|
|
||||||
# | | (_| | | (_| | (/_ |_
|
|
||||||
#
|
|
||||||
|
|
||||||
p = re.compile(ur'^(\w)\s+\d+\b')
|
|
||||||
|
|
||||||
l_data = []
|
|
||||||
|
|
||||||
for data_raw in l_data_raw:
|
|
||||||
|
|
||||||
basis = data_raw[0].strip()
|
|
||||||
|
|
||||||
l_line_raw = basis.split("\n")
|
|
||||||
|
|
||||||
# l_line_raw[0] containt the name of the Atom
|
|
||||||
l_line = [l_line_raw[0]]
|
|
||||||
|
|
||||||
for symmetry, begin, end in get_list_type(l_line_raw):
|
|
||||||
|
|
||||||
if not(with_l) and symmetry in "L":
|
|
||||||
|
|
||||||
body_s = []
|
|
||||||
body_p = []
|
|
||||||
|
|
||||||
for i_l in l_line_raw[begin + 1:end]:
|
|
||||||
|
|
||||||
# one L => S & P
|
|
||||||
a = i_l.split()
|
|
||||||
|
|
||||||
common = "{:>3}".format(a[0])
|
|
||||||
common += "{:>15.7f}".format(float(a[1]))
|
|
||||||
|
|
||||||
tail_s = common + "{:>23.7f}".format(float(a[2]))
|
|
||||||
body_s.append(tail_s)
|
|
||||||
|
|
||||||
# Is only a whan only 3 elements, coef for p == coef for s
|
|
||||||
try:
|
|
||||||
tail_p = common + "{:>23.7f}".format(float(a[3]))
|
|
||||||
except IndexError:
|
|
||||||
tail_p = tail_s
|
|
||||||
finally:
|
|
||||||
body_p.append(tail_p)
|
|
||||||
|
|
||||||
l_line += [l_line_raw[begin].replace("L", "S")]
|
|
||||||
l_line += body_s
|
|
||||||
|
|
||||||
l_line += [l_line_raw[begin].replace("L", "P")]
|
|
||||||
l_line += body_p
|
|
||||||
else:
|
|
||||||
l_line += l_line_raw[begin:end]
|
|
||||||
|
|
||||||
l_data.append("\n".join(l_line))
|
|
||||||
|
|
||||||
return l_data
|
|
||||||
|
|
||||||
if __name__ == "__main__":
|
|
||||||
|
|
||||||
e = EMSL_local(db_path="EMSL.db")
|
|
||||||
l = e.get_list_basis_available()
|
|
||||||
for i in l:
|
|
||||||
print i
|
|
||||||
|
|
||||||
l = e.get_list_element_available("pc-0")
|
|
||||||
print l
|
|
||||||
|
|
||||||
l = e.get_basis("cc-pVTZ", ["H", "He"])
|
|
||||||
for i in l:
|
|
||||||
print i
|
|
||||||
340
src/EMSL_local.py
Executable file
340
src/EMSL_local.py
Executable file
@ -0,0 +1,340 @@
|
|||||||
|
# -*- coding: utf-8 -*-
|
||||||
|
|
||||||
|
import sqlite3
|
||||||
|
import re
|
||||||
|
import sys
|
||||||
|
import os
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
def checkSQLite3(db_path):
|
||||||
|
"""Check if the db_path is a good one"""
|
||||||
|
|
||||||
|
from os.path import isfile, getsize
|
||||||
|
|
||||||
|
# Check if db file is readable
|
||||||
|
if not os.access(db_path, os.R_OK):
|
||||||
|
print >>sys.stderr, "Db file %s is not readable" % (db_path)
|
||||||
|
raise IOError
|
||||||
|
|
||||||
|
if not isfile(db_path):
|
||||||
|
print >>sys.stderr, "Db file %s is not... a file!" % (db_path)
|
||||||
|
raise IOError
|
||||||
|
|
||||||
|
if getsize(db_path) < 100: # SQLite database file header is 100 bytes
|
||||||
|
print >>sys.stderr, "Db file %s is not a SQLite file!" % (db_path)
|
||||||
|
raise IOError
|
||||||
|
|
||||||
|
with open(db_path, 'rb') as fd:
|
||||||
|
header = fd.read(100)
|
||||||
|
|
||||||
|
if header[:16] != 'SQLite format 3\x00':
|
||||||
|
print >>sys.stderr, "Db file %s is not in SQLiteFormat3!" % (db_path)
|
||||||
|
raise IOError
|
||||||
|
|
||||||
|
# Check if the file system allows I/O on sqlite3 (lustre)
|
||||||
|
# If not, copy on /dev/shm and remove after opening
|
||||||
|
try:
|
||||||
|
EMSL_local(db_path=db_path).get_list_basis_available()
|
||||||
|
except sqlite3.OperationalError:
|
||||||
|
print >>sys.stderr, "I/O Error for you file system"
|
||||||
|
print >>sys.stderr, "Try some fixe"
|
||||||
|
new_db_path = "/dev/shm/%d.db" % (os.getpid())
|
||||||
|
os.system("cp %s %s" % (db_path, new_db_path))
|
||||||
|
db_path = new_db_path
|
||||||
|
else:
|
||||||
|
changed = False
|
||||||
|
return db_path, changed
|
||||||
|
|
||||||
|
# Try again to check
|
||||||
|
try:
|
||||||
|
EMSL_local(db_path=db_path).get_list_basis_available()
|
||||||
|
except:
|
||||||
|
print >>sys.stderr, "Sorry..."
|
||||||
|
os.system("rm -f /dev/shm/%d.db" % (os.getpid()))
|
||||||
|
raise
|
||||||
|
else:
|
||||||
|
print >>sys.stderr, "Working !"
|
||||||
|
changed = True
|
||||||
|
return db_path, changed
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
def cond_sql_or(table_name, l_value, glob=False):
|
||||||
|
|
||||||
|
opr = "GLOB" if glob else "="
|
||||||
|
|
||||||
|
l = []
|
||||||
|
dmy = " OR ".join(['%s %s "%s"' % (table_name, opr, i) for i in l_value])
|
||||||
|
if dmy:
|
||||||
|
l.append("(%s)" % dmy)
|
||||||
|
|
||||||
|
return l
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
def string_to_nb_mo(str_l):
|
||||||
|
|
||||||
|
assert len(str_l) == 1
|
||||||
|
|
||||||
|
d = {"S": 3,
|
||||||
|
"P": 5,
|
||||||
|
"D": 7,
|
||||||
|
"F": 9,
|
||||||
|
"L": 8}
|
||||||
|
|
||||||
|
if str_l in d:
|
||||||
|
return d[str_l]
|
||||||
|
# ord("G") = 72 and ord("Z") = 87
|
||||||
|
elif 72 <= ord(str_l) <= 87:
|
||||||
|
# orf("G") = 72 and l = 4 so ofset if 68
|
||||||
|
return 2 * (ord(str_l) - 68) + 1
|
||||||
|
else:
|
||||||
|
raise BaseException
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
class EMSL_local:
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
All the method for using the EMSL db localy
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
|
||||||
|
import re
|
||||||
|
|
||||||
|
def __init__(self, db_path=None):
|
||||||
|
self.db_path = db_path
|
||||||
|
self.p = re.compile(ur'^(\w)\s+\d+\b')
|
||||||
|
|
||||||
|
def get_list_type(self, atom_basis):
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
Return the begin and the end of all the type of orbital
|
||||||
|
input: atom_basis = [name, ]
|
||||||
|
output: [ [type, begin, end], ...]
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
# Example
|
||||||
|
# [[u'S', 1, 5], [u'L', 5, 9], [u'L', 9, 12], [u'D', 16, 18]]"
|
||||||
|
|
||||||
|
l = []
|
||||||
|
for i, line in enumerate(atom_basis):
|
||||||
|
|
||||||
|
m = re.search(self.p, line)
|
||||||
|
if m:
|
||||||
|
l.append([m.group(1), i])
|
||||||
|
try:
|
||||||
|
l[-2].append(i)
|
||||||
|
except IndexError:
|
||||||
|
pass
|
||||||
|
|
||||||
|
l[-1].append(i + 1)
|
||||||
|
return l
|
||||||
|
|
||||||
|
def get_list_basis_available(self,
|
||||||
|
elts=[],
|
||||||
|
basis=[],
|
||||||
|
average_mo_number=False):
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
return all the basis name who contant all the elts
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
# If not elts just get the disctinct name
|
||||||
|
# Else: 1) fetch for geting the run_id available
|
||||||
|
# 2) If average_mo_number:
|
||||||
|
# * Get name,descripption,data
|
||||||
|
# * Then parse it
|
||||||
|
# Else Get name,description
|
||||||
|
# 3) Parse it
|
||||||
|
|
||||||
|
# ~#~#~#~ #
|
||||||
|
# I n i t #
|
||||||
|
# ~#~#~#~ #
|
||||||
|
|
||||||
|
conn = sqlite3.connect(self.db_path)
|
||||||
|
c = conn.cursor()
|
||||||
|
|
||||||
|
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||||
|
# G e t i n g B a s i s _ i d #
|
||||||
|
# ~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||||
|
|
||||||
|
if basis:
|
||||||
|
cmd_basis = " ".join(cond_sql_or("name", basis, glob=True))
|
||||||
|
else:
|
||||||
|
cmd_basis = "(1)"
|
||||||
|
|
||||||
|
if not elts:
|
||||||
|
|
||||||
|
if not average_mo_number:
|
||||||
|
cmd = """SELECT DISTINCT name, description
|
||||||
|
FROM basis_tab
|
||||||
|
WHERE {0}"""
|
||||||
|
else:
|
||||||
|
cmd = """SELECT DISTINCT name, description, data
|
||||||
|
FROM output_tab
|
||||||
|
WHERE {0}"""
|
||||||
|
|
||||||
|
cmd = cmd.format(cmd_basis)
|
||||||
|
|
||||||
|
else:
|
||||||
|
str_ = """SELECT DISTINCT basis_id
|
||||||
|
FROM output_tab
|
||||||
|
WHERE elt=? AND {0}""".format(cmd_basis)
|
||||||
|
|
||||||
|
cmd = " INTERSECT ".join([str_] * len(elts)) + ";"
|
||||||
|
c.execute(cmd, elts)
|
||||||
|
|
||||||
|
dump = [i[0] for i in c.fetchall()]
|
||||||
|
cmd_basis = " ".join(cond_sql_or("basis_id", dump))
|
||||||
|
cmd_ele = " ".join(cond_sql_or("elt", elts))
|
||||||
|
|
||||||
|
cmd = """SELECT DISTINCT {0}
|
||||||
|
FROM output_tab
|
||||||
|
WHERE {1}
|
||||||
|
ORDER BY name"""
|
||||||
|
|
||||||
|
if average_mo_number:
|
||||||
|
column = "name, description, data"
|
||||||
|
else:
|
||||||
|
column = "name, description"
|
||||||
|
|
||||||
|
filter_ = cmd_ele + " AND " + cmd_basis
|
||||||
|
|
||||||
|
cmd = cmd.format(column, filter_)
|
||||||
|
|
||||||
|
c.execute(cmd)
|
||||||
|
info = c.fetchall()
|
||||||
|
|
||||||
|
conn.close()
|
||||||
|
|
||||||
|
# ~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||||
|
# P a r s i n g #
|
||||||
|
# ~#~#~#~#~#~#~ #
|
||||||
|
|
||||||
|
from collections import OrderedDict
|
||||||
|
dict_info = OrderedDict()
|
||||||
|
# Description : dict_info[name] = [description, nb_mo, nb_ele]
|
||||||
|
|
||||||
|
if average_mo_number:
|
||||||
|
for name, description, data in info:
|
||||||
|
nb_mo = 0
|
||||||
|
for line in data.split("\n")[1:]:
|
||||||
|
str_l = line.split()[0]
|
||||||
|
try:
|
||||||
|
nb_mo += string_to_nb_mo(str_l)
|
||||||
|
except BaseException:
|
||||||
|
pass
|
||||||
|
|
||||||
|
try:
|
||||||
|
dict_info[name][1] += nb_mo
|
||||||
|
dict_info[name][2] += 1.
|
||||||
|
except:
|
||||||
|
dict_info[name] = [description, nb_mo, 1.]
|
||||||
|
|
||||||
|
# ~#~#~#~#~#~ #
|
||||||
|
# R e t u r n #
|
||||||
|
# ~#~#~#~#~#~ #
|
||||||
|
|
||||||
|
if average_mo_number:
|
||||||
|
return[[k, v[0], str(v[1] / v[2])] for k, v in dict_info.iteritems()]
|
||||||
|
else:
|
||||||
|
return [i[:] for i in info]
|
||||||
|
|
||||||
|
def get_list_element_available(self, basis_name):
|
||||||
|
|
||||||
|
conn = sqlite3.connect(self.db_path)
|
||||||
|
c = conn.cursor()
|
||||||
|
|
||||||
|
str_ = "SELECT DISTINCT elt from output_tab WHERE name=:name_us COLLATE NOCASE"
|
||||||
|
c.execute(str_, {"name_us": basis_name})
|
||||||
|
|
||||||
|
data = c.fetchall()
|
||||||
|
|
||||||
|
data = [str(i[0]) for i in data]
|
||||||
|
|
||||||
|
conn.close()
|
||||||
|
return data
|
||||||
|
|
||||||
|
def get_basis(self, basis_name, elts=None, with_l=False):
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
Return the data from the basis set
|
||||||
|
"""
|
||||||
|
|
||||||
|
# __ _
|
||||||
|
# /__ _ _|_ _|_ ._ _ ._ _ _ _. |
|
||||||
|
# \_| (/_ |_ | | (_) | | | _> (_| |
|
||||||
|
# |
|
||||||
|
conn = sqlite3.connect(self.db_path)
|
||||||
|
c = conn.cursor()
|
||||||
|
|
||||||
|
if elts:
|
||||||
|
cmd_ele = "AND " + " ".join(cond_sql_or("elt", elts))
|
||||||
|
else:
|
||||||
|
cmd_ele = ""
|
||||||
|
|
||||||
|
c.execute('''SELECT DISTINCT data from output_tab
|
||||||
|
WHERE name="{basis_name}" COLLATE NOCASE
|
||||||
|
{cmd_ele}'''.format(basis_name=basis_name,
|
||||||
|
cmd_ele=cmd_ele))
|
||||||
|
|
||||||
|
l_data_raw = c.fetchall()
|
||||||
|
conn.close()
|
||||||
|
|
||||||
|
# |_| _. ._ _| | _ || | ||
|
||||||
|
# | | (_| | | (_| | (/_ |_
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
l_data = []
|
||||||
|
|
||||||
|
for data_raw in l_data_raw:
|
||||||
|
|
||||||
|
basis = data_raw[0].strip()
|
||||||
|
|
||||||
|
l_line_raw = basis.split("\n")
|
||||||
|
|
||||||
|
# l_line_raw[0] containt the name of the Atom
|
||||||
|
l_line = [l_line_raw[0]]
|
||||||
|
|
||||||
|
for symmetry, begin, end in self.get_list_type(l_line_raw):
|
||||||
|
|
||||||
|
if not(with_l) and symmetry in "L":
|
||||||
|
|
||||||
|
body_s = []
|
||||||
|
body_p = []
|
||||||
|
|
||||||
|
for i_l in l_line_raw[begin + 1:end]:
|
||||||
|
|
||||||
|
# one L => S & P
|
||||||
|
a = i_l.split()
|
||||||
|
|
||||||
|
common = "{:>3}".format(a[0])
|
||||||
|
common += "{:>15.7f}".format(float(a[1]))
|
||||||
|
|
||||||
|
tail_s = common + "{:>23.7f}".format(float(a[2]))
|
||||||
|
body_s.append(tail_s)
|
||||||
|
|
||||||
|
# Is only a whan only 3 elements, coef for p == coef for s
|
||||||
|
try:
|
||||||
|
tail_p = common + "{:>23.7f}".format(float(a[3]))
|
||||||
|
except IndexError:
|
||||||
|
tail_p = tail_s
|
||||||
|
finally:
|
||||||
|
body_p.append(tail_p)
|
||||||
|
|
||||||
|
l_line += [l_line_raw[begin].replace("L", "S")]
|
||||||
|
l_line += body_s
|
||||||
|
|
||||||
|
l_line += [l_line_raw[begin].replace("L", "P")]
|
||||||
|
l_line += body_p
|
||||||
|
else:
|
||||||
|
l_line += l_line_raw[begin:end]
|
||||||
|
|
||||||
|
l_data.append("\n".join(l_line))
|
||||||
|
|
||||||
|
return l_data
|
||||||
|
|
||||||
|
if __name__ == "__main__":
|
||||||
|
|
||||||
|
e = EMSL_local(db_path="EMSL.db")
|
||||||
|
l = e.get_list_basis_available()
|
||||||
|
for i in l:
|
||||||
|
print i
|
||||||
|
|
||||||
|
l = e.get_list_element_available("pc-0")
|
||||||
|
print l
|
||||||
|
|
||||||
|
l = e.get_basis("cc-pVTZ", ["H", "He"])
|
||||||
|
for i in l:
|
||||||
|
print i
|
||||||
Loading…
Reference in New Issue
Block a user