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commit
44bf2f0384
113
EMSL_api.py
113
EMSL_api.py
@ -4,11 +4,18 @@
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||||
"""EMSL Api.
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||||
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||||
Usage:
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||||
EMSL_api.py get_list_basis <db_path> [<elts>...]
|
||||
EMSL_api.py get_list_elements <db_path> <basis_name>
|
||||
EMSL_api.py get_basis_data <db_path> <basis_name> <elts>...
|
||||
EMSL_api.py list_basis [--ele=element_name...]
|
||||
[--db_path=db_path]
|
||||
EMSL_api.py list_elements --basis=basis_name
|
||||
[--db_path=db_path]
|
||||
EMSL_api.py get_basis_data --basis=basis_name
|
||||
[--ele=element_name...]
|
||||
[--db_path=db_path]
|
||||
[(--save [--path=path])]
|
||||
EMSL_api.py get_list_formats
|
||||
EMSL_api.py create_db <db_path> <format> [--no-contraction]
|
||||
EMSL_api.py create_db --db_path=db_path
|
||||
--format
|
||||
[--no-contraction]
|
||||
EMSL_api.py (-h | --help)
|
||||
EMSL_api.py --version
|
||||
|
||||
@ -18,9 +25,10 @@ Options:
|
||||
--no-contraction Basis functions are not contracted
|
||||
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||||
<db_path> is the path to the SQLite3 file containing the Basis sets.
|
||||
By default is $EMSL_API_ROOT/db/Gausian_uk.db
|
||||
"""
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||||
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||||
version = "0.1.2"
|
||||
version = "0.2.0"
|
||||
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||||
import sys
|
||||
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||||
@ -29,7 +37,6 @@ try:
|
||||
from EMSL_utility import EMSL_dump
|
||||
from EMSL_utility import format_dict
|
||||
from EMSL_utility import EMSL_local
|
||||
|
||||
except:
|
||||
print "Run setup.py then source EMSL_api.rc"
|
||||
sys.exit(1)
|
||||
@ -38,50 +45,92 @@ if __name__ == '__main__':
|
||||
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||||
arguments = docopt(__doc__, version='EMSL Api ' + version)
|
||||
|
||||
if arguments["get_list_basis"]:
|
||||
db_path = arguments["<db_path>"]
|
||||
|
||||
elts = arguments["<elts>"]
|
||||
if arguments["--db_path"]:
|
||||
db_path = arguments["--db_path"]
|
||||
else:
|
||||
import os
|
||||
db_path = os.path.dirname(sys.argv[0]) + "/db/Gausian_uk.db"
|
||||
|
||||
# _ _ _ ______ _
|
||||
#| | (_) | | | ___ \ (_)
|
||||
#| | _ ___| |_ | |_/ / __ _ ___ _ ___
|
||||
#| | | / __| __| | ___ \/ _` / __| / __|
|
||||
#| |___| \__ \ |_ | |_/ / (_| \__ \ \__ \
|
||||
#\_____/_|___/\__| \____/ \__,_|___/_|___/
|
||||
#
|
||||
if arguments["list_basis"]:
|
||||
e = EMSL_local(db_path=db_path)
|
||||
|
||||
elts = arguments["--ele"]
|
||||
l = e.get_list_basis_available(elts)
|
||||
for i in l:
|
||||
print i
|
||||
|
||||
elif arguments["get_list_elements"]:
|
||||
|
||||
db_path = arguments["<db_path>"]
|
||||
basis_name = arguments["<basis_name>"]
|
||||
for name, des in l:
|
||||
print name, "|", des
|
||||
|
||||
# _ _ _ _____ _ _
|
||||
#| | (_) | | | ___| | | |
|
||||
#| | _ ___| |_ | |__ | | ___ _ __ ___ ___ _ __ | |_ ___
|
||||
#| | | / __| __| | __|| |/ _ \ '_ ` _ \ / _ \ '_ \| __/ __|
|
||||
#| |___| \__ \ |_ | |___| | __/ | | | | | __/ | | | |_\__ \
|
||||
#\_____/_|___/\__| \____/|_|\___|_| |_| |_|\___|_| |_|\__|___/
|
||||
if arguments["list_elements"]:
|
||||
e = EMSL_local(db_path=db_path)
|
||||
|
||||
basis_name = arguments["--basis"]
|
||||
l = e.get_list_element_available(basis_name)
|
||||
for i in l:
|
||||
print i
|
||||
|
||||
elif arguments["get_basis_data"]:
|
||||
|
||||
db_path = arguments["<db_path>"]
|
||||
basis_name = arguments["<basis_name>"]
|
||||
elts = arguments["<elts>"]
|
||||
print ", ".join(l)
|
||||
|
||||
#______ _ _ _
|
||||
#| ___ \ (_) | | | |
|
||||
#| |_/ / __ _ ___ _ ___ __| | __ _| |_ __ _
|
||||
#| ___ \/ _` / __| / __| / _` |/ _` | __/ _` |
|
||||
#| |_/ / (_| \__ \ \__ \ | (_| | (_| | || (_| |
|
||||
#\____/ \__,_|___/_|___/ \__,_|\__,_|\__\__,_|
|
||||
if arguments["get_basis_data"]:
|
||||
e = EMSL_local(db_path=db_path)
|
||||
|
||||
l = e.get_basis(basis_name, elts)
|
||||
for i in l:
|
||||
print i, '\n'
|
||||
l = e.get_basis(arguments["--basis"], arguments["--ele"])
|
||||
str_ = "\n\n".join(l) + "\n"
|
||||
|
||||
elif arguments["get_list_formats"]:
|
||||
if arguments["--save"]:
|
||||
|
||||
if arguments["--path"]:
|
||||
path = arguments["--path"]
|
||||
else:
|
||||
path = "/tmp/" + "_".join([basis_name, ".".join(elts)])
|
||||
|
||||
with open(path, 'w') as f:
|
||||
f.write(str_ + "\n")
|
||||
print path
|
||||
else:
|
||||
print str_
|
||||
|
||||
# _ _ _ __ _
|
||||
#| | (_) | | / _| | |
|
||||
#| | _ ___| |_ | |_ ___ _ __ _ __ ___ __ _| |_ ___
|
||||
#| | | / __| __| | _/ _ \| '__| '_ ` _ \ / _` | __/ __|
|
||||
#| |___| \__ \ |_ | || (_) | | | | | | | | (_| | |_\__ \
|
||||
#\_____/_|___/\__| |_| \___/|_| |_| |_| |_|\__,_|\__|___/
|
||||
if arguments["get_list_formats"]:
|
||||
for i in format_dict:
|
||||
print i
|
||||
|
||||
elif arguments["create_db"]:
|
||||
db_path = arguments["<db_path>"]
|
||||
format = arguments["<format>"]
|
||||
# _____ _ _ _
|
||||
#/ __ \ | | | | |
|
||||
#| / \/_ __ ___ __ _| |_ ___ __| | |__
|
||||
#| | | '__/ _ \/ _` | __/ _ \ / _` | '_ \
|
||||
#| \__/\ | | __/ (_| | || __/ | (_| | |_) |
|
||||
# \____/_| \___|\__,_|\__\___| \__,_|_.__/
|
||||
if arguments["create_db"]:
|
||||
db_path = arguments["--db_path"]
|
||||
format = arguments["--format"]
|
||||
if format not in format_dict:
|
||||
print "Format %s doesn't exist. Run get_list_formats to get the list of formats." % (format)
|
||||
sys.exit(1)
|
||||
contraction = not arguments["--no-contraction"]
|
||||
|
||||
e = EMSL_dump(
|
||||
db_path=db_path, format=format_dict[format], contraction=contraction)
|
||||
db_path=db_path,
|
||||
format=format_dict[format],
|
||||
contraction=contraction)
|
||||
e.new_db()
|
||||
|
||||
@ -9,6 +9,16 @@ import time
|
||||
debug = False
|
||||
|
||||
|
||||
def cond_sql_or(table_name, l_value):
|
||||
|
||||
l = []
|
||||
dmy = " OR ".join(['%s = "%s"' % (table_name, i) for i in l_value])
|
||||
if dmy:
|
||||
l.append("(%s)" % dmy)
|
||||
|
||||
return l
|
||||
|
||||
|
||||
class EMSL_dump:
|
||||
|
||||
def __init__(self, db_path=None, format="GAMESS-US", contraction="True"):
|
||||
@ -106,7 +116,7 @@ class EMSL_dump:
|
||||
if (b == -1 or data.find("$DATA$END") != -1):
|
||||
if debug:
|
||||
print data
|
||||
raise StandardError("WARNING not DATA")
|
||||
raise Exception("WARNING not DATA")
|
||||
else:
|
||||
data = data[b + 5:e].split('\n\n')
|
||||
for (elt, data_elt) in zip(elts, data):
|
||||
@ -213,7 +223,8 @@ class EMSL_local:
|
||||
data = c.fetchall()
|
||||
|
||||
else:
|
||||
cmd = ["SELECT name,description FROM all_value WHERE elt=?"] * len(elts)
|
||||
cmd = [
|
||||
"SELECT name,description FROM all_value WHERE elt=?"] * len(elts)
|
||||
cmd = " INTERSECT ".join(cmd) + ";"
|
||||
|
||||
c.execute(cmd, elts)
|
||||
@ -229,8 +240,9 @@ class EMSL_local:
|
||||
conn = sqlite3.connect(self.db_path)
|
||||
c = conn.cursor()
|
||||
|
||||
c.execute("SELECT DISTINCT elt from all_value WHERE name=:name_us COLLATE NOCASE",
|
||||
{"name_us": basis_name})
|
||||
c.execute(
|
||||
"SELECT DISTINCT elt from all_value WHERE name=:name_us COLLATE NOCASE", {
|
||||
"name_us": basis_name})
|
||||
|
||||
data = c.fetchall()
|
||||
|
||||
@ -246,13 +258,18 @@ class EMSL_local:
|
||||
|
||||
d = []
|
||||
|
||||
for elt in elts:
|
||||
c.execute("SELECT DISTINCT data from all_value WHERE name=:name_cur COLLATE NOCASE AND elt=:elt_cur COLLATE NOCASE",
|
||||
{"name_cur": basis_name,
|
||||
"elt_cur": elt})
|
||||
if elts:
|
||||
cmd_ele = "AND " + " ".join(cond_sql_or("elt", elts))
|
||||
else:
|
||||
cmd_ele = ""
|
||||
|
||||
data = c.fetchone()
|
||||
d.append(data[0])
|
||||
c.execute('''SELECT DISTINCT data from all_value
|
||||
WHERE name="{basis_name}" COLLATE NOCASE
|
||||
{cmd_ele}'''.format(basis_name=basis_name,
|
||||
cmd_ele=cmd_ele))
|
||||
|
||||
for data in c.fetchall():
|
||||
d.append(data[0].strip())
|
||||
|
||||
conn.close()
|
||||
return d
|
||||
|
||||
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